비업무용 토지 양도의 정당한 사유 해당 여부

심판청구번호 국심2004광 3020(2005.1.19) SPAN STYLE="size-font:18pt;"> 청구법인은 철구조물 제조 및 관련 공사업을 영위하는 법인으로 1999.8.28. (주)○○○ 소유의 서울특별시 ○○○에 대한 매입계약을 체결하고 1,200세대의 아파트신축분양사업을 추진하였다

○○○시장은 청구법인이 1999.11.28. 쟁점공장부지를 취득한 직후인 1999.12.1. 쟁점토지중 4,892.3㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)에 대한 도시계획상 용도를 행정산업업무용지로 결정고시하였고, 이에 따라 청구법인은 당초 사업계획을 조정하여 쟁점토지를 제외한 쟁점공장부지에 아파트 892세대를 신축분양하고, 쟁점토지는 2001.11.8. 상가개발 전문업체인 (주)○○○에 매각하였다. 처분청은 쟁점토지를 업무와 관련이 없는 자산으로 보아 쟁점토지가액에 해당하는 차입금이자 1,362,691,735원과 종합토지세 23,046,891원을 손금부인하고, 기타사항을 세무조정하여 2004.7.10. 청구법인에게 2001년사업연도분 법인세 698,040,830원(1999사업연도와 2000사업연도는 결손으로 산출세액이 발생되지 아니함)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.7.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 쟁점공장부지를 취득하기 전에는 쟁점공장부지는 도시계획상 특별설계단지로 지정되어 있었고, 다른 사용제한이 없어 전체 면적내에 아파트건설이 가능하였으나, 청구법인이 쟁점공장부지를 취득한 후 ○○○시장이 쟁점공장부지의 일부인 쟁점토지를 행정산업업무용지로 결정고시하여 아파트의 건설이 불가능하게 되었으며, 청구법인은 이와 같이 결정된 도시계획을 근거로 쟁점토지에 대한 매매계약을 취소할 수도 없었고, 쟁점토지상에 상가등을 신축분양하는 것은 청구법인의 목적사업도 아니어서 쟁점토지를 상가전문건설업체인 (주)○○○에게 약 11억원의 손실을 부담하면서 매각하였으므로 쟁점토지를 법인세법시행규칙 제26조제5항제29호 의 규정에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 못한 자산으로 보아 쟁점토지가액에 해당하는 차입금이자와 그 유지관리비를 손금부인한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점공장부지를 취득할 당시 쟁점공장부지는 도시계획상 상세계획구역내의 특별설계단지로 결정되어 있었으나, 이는 도시계획이 최종적으로 확정된 것이 아니어서 쟁점공장부지 전체에 확정적으로 아파트의 건축이 가능한 것이 아니었고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 직후 그 도시계획상 용도가 행정산업업무용지로 결정된 것으로 보아 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전에 쟁점토지가 행정산업업무용지로 지정될 것을 알 수 있었다고 보여지며, 청구법인은 등기부등본상 목적사업을 주택건설사업 및 관련부대사업 일체로 기재하고 있으므로 청구법인이 쟁점토지상에 근린생활시설을 신축하는 것도 목적사업에 포함된다고 보여지고, 청구법인은 실제 도봉구청장에게 쟁점토지의 개발계획을 제출하여 단일필지로 개발할 것을 조건으로 승인받았으며, 달리 청구법인이 쟁점토지를 사용할 수 없었던 정당한 사유가 발견되지 아니하므로 청구법인이 매각한 쟁점토지는 업무와 관련없는 자산에 해당되며, 이에 대한 차입금이자와 종합토지세를 손금부인한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 업무에 사용하지 못하고 양도한 데에 법인세법시행규칙 제26조제5항제29호 에 규정된 도시계획의 변경등 정당한 사유가 있다고 보아 쟁점토지의 차입금이자와 유지관리비를 손금부인대상에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액 같은 법 제28조 【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산 같은 법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. 같은 법 시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액 (총차입금을 한도로 한다) 지급이자 × ──────────────────── 총차입금 같은 법 시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】 ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “재정경제부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산: 취득일부터 2년

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “당해 법인의 업무”라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

2. 당해 부동산의 취득 후 다음 각목의 1에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)

• 가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

29. 당해 부동산의 취득후 제2호 내지 제28호의 사유외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) ○○○구청장은 1999.6.23. (주)○○○이 소유하던 쟁점공장부지를 도시계획상 상세설계구역내의 특별설계단지로 결정고시○○○하였고, (주)○○○은 특별설계단지에서는 지방자치단체 또는 토지소유자가 상세한 개발계획을 작성하여 도시계획심의위원회 승인을 받으면 개발이 가능한 점을 활용하여 쟁점공장부지를 아파트신축용지로 매각하여 구조조정사업을 추진하기로 결정하였다. (나) 청구법인은 ○○○(주)와 쟁점공장부지를 매입하여 아파트 1,200세대를 건설분양하기로 합의하고, 1999.8.28. (주)○○○과 쟁점공장부지의 매매가액을 77,724,000,000원으로 하고, 1999.8.28. 계약금 3,995,227,000원, 1999.11.6. 중도금 35,957,043,000원, 1999.11.30. 잔금 37,771,730,000원을 지급하기로 하는 매매계약(이하 "쟁점매매계약"이라 한다)을 체결하고, 아파트분양사업자로서의 자격을 갖추기 위해 1999.10.13. 주택법 제9조 와 동법 시행령 제10조의 규정에 의해 주택사업자로 등록하였으며, 그 후 쟁점매매계약에 따라 1999.11.28. 잔금을 지급하여 쟁점공장부지의 취득을 완료하였다. (다) ○○○시장은 1999.12.1. 쟁점공장부지의 상세계획을 결정하여 쟁점공장부지중 52,204.5㎡는 공동주택용지로, 쟁점토지 4,892.3㎡는 공동주택을 건설할 수 없는 행정산업용지로 결정고시○○○하였으며, 이에 따라 청구법인은 ○○○구청장에게 쟁점공장부지중 공동주택용지로 결정된 토지상에 아파트 891세대를 건설하는 사업계획승인신청서와 행정산업용지로 결정된 쟁점토지에 대한 개발계획을 제출하여 2000.3.31. 1차로 228세대의 아파트건설사업을 승인받고, 2000.4.6. 603세대의 아파트건설사업과 쟁점토지의 개발계획을 승인받았으며, 그 후 쟁점공장부지는 아래 <표>와 같이 아파트부지 12필지 47,613.5㎡, 공원용지 1필지 630.5㎡, 쟁점토지 2필지 4,892.3㎡, 기부채납토지 10필지 3,960.4㎡로 분할되었다.

○○○ (라)청구법인은 쟁점토지를 제외한 쟁점공장부지상에 승인받은 사업계획에 따라 아파트를 신축분양한 후 상가를 신축분양하는 사업은 청구법인이 영위하기 부적절한 사업으로 판단하고 2001.12.20. 쟁점토지를 상가개발 전문회사인 (주)○○○에게 7,766,000,000원에 매각하였으며, 쟁점토지를 매입한 (주)○○○은 쟁점토지상에 용도가 근린생활시설 및 업무시설로 지정된 지하3층 및 지상7층, 연면적 22,213.94㎡인 상가건물을 신축분양하였다. (마) 처분청은 쟁점토지를 업무와 관련없는 자산으로 보아 쟁점토지가액에 해당하는 차입금이자 1,362,691,735원(1999사업연도분 64,661,500원, 2000사업연도분 672,872,415원, 2001사업연도분 625,157,820원)과 종합토지세 23,046,891원(2000사업연도분11,541,534원, 2001사업연도분 11,505,357원)을 손금부인하였다. (바) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 제출한 쟁점공장부지 및 쟁점토지에 대한 등기부등본, 토지대장등본 및 매매계약서, ○○○구청장의 쟁점공장부지에 대한 특별설계단지 지정고시○○○, ○○○시장의 쟁점공장부지등에 대한 상세계획결정고시○○○, 청구법인이 ○○○구청장에게 제출한 아파트사업계획에 대한 승인신청서 및 승인서, 청구법인의 1999사업연도 내지 2000사업연도분 법인세 경정결의서등에 의해 확인되며, 이에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판 단 (가) 청구법인은 1999.8.28. 쟁점공장부지에 대한 매매계약을 체결하기 이전에 쟁점공장부지는 도시계획상 상세계획구역내의 특별설계단지로 지정되어 있고, 다른 제한이 없어 아파트건설이 가능하였다고 주장하고 있으나, 특별설계단지는 지방자치단체 또는 토지소유자가 상세한 지구단위계획을 작성하여 도시계획심의위원회 승인을 받아야 그 용도가 도시계획으로 결정되는 것이고, 이러한 절차에 따라 ○○○시장이 1999.12.1. 쟁점토지를 행정산업업무용지로 결정고시한것이므로 청구법인이 (주)○○○과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결할 당시 쟁점토지상에 아파트의 신축이 가능하였다고 하는 청구법인의 주장은 청구법인의 예측내용일 뿐 도시계획으로 확정된 사항이 아님을 알 수 있다. (나) 청구법인은 쟁점토지가 도시계획법에 의해 행정산업업무용지로 결정고시됨에 따라 아파트의 건설이 불가능하여 양도한 것이므로 쟁점토지는 도시계획이 변경되어 업무에 사용하지 못한 경우에 해당된다고 주장하고 있으나, 쟁점토지는 매매계약체결당시 상세계획구역내의 특별설계단지로 지정되어 도시계획이 미확정상태에 있다가 행정산업업무용지로 도시계획이 구체적으로 확정된 것이므로 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 도시계획이 변경되었다고 보기는 어렵다고 하겠으며, 청구법인이 ○○○구청장에게 쟁점토지의 개발계획을 제출하여 승인을 받았고, 쟁점토지를 매입한 (주)○○○이 쟁점토지상에 실제 근린생활시설과 업무시설로 사용될 빌딩을 신축분양하였으므로 쟁점토지는 행정산업업무용지로 결정된 상태에서도 아파트를 신축할 수 없는 것외에는 사용에 제한이 있었다고 보기 어렵다고 판단되는 바, 쟁점토지가 취득후 도시계획의 변경에 의해 업무에 사용할 수 없게 되었다고 하는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다. (다) 청구법인은 쟁점토지의 도시계획이 행정산업업무용지로 지정된 후 이를 근거로 쟁점공장부지중 쟁점토지부분에 대한 매입계약을 취소할 수도 없었고, 쟁점토지상에 상가를 신축분양하는 것은 청구법인의 목적사업이 아니어서 11억원의 손실을 부담하면서 매각하였으므로 쟁점토지를 업무에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 1999.11.28. 쟁점토지에 대한 잔금을 지급하였고, 그 3일 후인 1999.12.1. 쟁점토지가 아파트건설이 불가능한 행정산업무용지로 지정되었으므로 청구법인은 쟁점토지의 잔금을 지급하기 전에 쟁점토지에 아파트의 건설이 불가능하다는 사실을 알았다고 보여지고, 아파트건축사업계획 및 이에 대한 건축허가시에 부지내 상가등 근린생활시설의 건설에 관한 사항이 포함되고, 아파트신축분양사업자는 아파트를 신축하면서 일반적으로 부대사업으로 근린생활시설인 상가등을 신축하고 있으며, 청구법인의 등기부상 목적사업에 "주택건설사업 및 관련 부대사업 일체"라고 등기되어 있는 점등으로 보아 청구법인이 아파트를 신축분양하면서 연접한 쟁점토지상에 근린생활시설인 상가를 건축하는 것은 청구법인의 목적사업의 일부에 해당된다고 판단되며, 쟁점토지를 매각하여 처분손실이 발생된 것은 업무에 사용하지 못한 정당한 사유와 직접적인 관련성을 인정하기 어려우므로○○○, 쟁점토지를 업무에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다고 하는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다. (라) 이상 살펴 본 바와 같이 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 업무에 사용하지 아니하고 양도하였고, 쟁점토지를 양도한 데에 법인세법 시행규칙 제29조제5항제29호 의 규정에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지를 업무와 관련없는 자산으로 보아 차입금이자와 종합토지세를 손금부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.