근거과세의 원칙

심판청구번호 국심2003중 3679(2004. 3. 5) 유

청구법인은 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 환급조사 결과, 전기공사를 전문으로 하는 청구법인이 2002년 2기 중 청구외 (주)○○○토건으로부터 수취하였다는 공급가액 ○○○원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)가 실물거래가 없는 가공자료로 확인되자, 2003.6.9 청구법인 스스로 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 부가가치세 수정신고를 하는 한편, 법인소득금액을 추계로 계산하여 법인세 수정신고를 하였는 바, 처분청은 2003.9.2 청구법인이 수정신고 후 납부하지 아니한 2002년 2기분 부가가치세 ○○○원을 결정고지(동 부가가치세는 환급분 과다고지를 이유로 2003.12.9 ○○○원 경정감)하는 한편, 법인세 추계신고를 부인하고, 쟁점매입세금계산서의 공급가액을 법인소득금액 계산상 손금불산입하여 2003.9.2 청구법인에게 2002사업연도분 법인세 ○○○원을 결정고지하였으며, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 ○○○원을 대표자 상여처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.11.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 당초 쟁점매입세금계산서가 허위임을 몰랐고, 청구법인이 운영하는 전기공사업은 그 특성상 건축주 또는 건설회사로부터 자재를 공급받아 시설하므로 청구법인이 (주)○○○토건과 같은 건설회사로부터 자재를 매입하는 일이 거의 없는 바, 청구법인이 당초 제출한 재무제표는 ○○○원 상당의 재고자산이 계상되어 있는등 주요부분이 잘못이므로 처분청은 이 건 과세처분에 앞서 청구법인에게 충분한 소명기회를 주었어야 함에도 사실조사를 불충분하게 하여 근거과세의 원칙에 위배되었으므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 처분청의 부가가치세 환급조사결과, 쟁점매입세금계산서가 실물거래없는 가공자료로 확인되자, 청구법인 스스로 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 부가가치세 수정신고를 한 후, 관련 부가가치세를 납부하지 아니하였고, 청구법인은 2002사업연도 법인세를 기장신고한 사업자로 당초 신고한 재무제표의 기재내용이 상당부분 허위로 밝혀졌으나, 당초 신고한 장부에 의하여 소득금액의 계산이 불가능한 것은 아니어서 이에 근거한 과세처분이 근거과세의 원칙에 위배되었다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 과세처분이 국세기본법 제16조 소정의 근거과세의 원칙에 위배되었는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법(2002.12.18 법률 제6782호로 개정되기 이전의 것) 제16조 【근거과세】 ① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

(2) 부가가치세법(2001.12.29 법률 제6539호로 개정된 것) 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법(2002.12.30 법률 제6852호로 개정되기 이전의 것) 제66조 【결정과 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2000.4.1 개업하여 전기공사업을 영위하면서, 2002년 2기분 부가가치세 신고시 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 공제하여 신고하였고, 2002사업연도분 법인세를 자기조정에 의하여 기장 신고하였는 바, 처분청의 2002년 2기분 부가가치세 환급조사결과 쟁점매입세금계산서가 실물거래가 없는 가공자료로 확인되자, 청구법인 스스로 매입세액을 불공제하여 부가가치세 수정신고를 하는 한편, 법인소득금액을 추계결정하여 수정신고를 하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 수정신고후 무납부한 부가가치세를 결정고지하는 한편, 청구법인이 당초 기장에 의하여 과세표준확정신고를 한 후 가공매입자료가 적출되자 추계에 의한 신고로 변경하는 것은 국세기본법 제45조 의 수정신고의 대상이 될 수 없다고 보아 청구법인의 법인세 추계신고를 부인하고, 쟁점매입세금계산서의 공급가액을 법인소득금액 계산상 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 결정고지하였다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 쟁점매입세금계산서와 관련하여, 청구법인에 자주 드나들던 청구외 이○○○이 허위매입자료를 조작하였을 것으로 짐작할 뿐, 청구법인은 (주)○○○토건으로부터 가공매입자료 수취사실을 알지 못하였다고 주장하고 있으나, 처분청이 제출한 청구법인의 2002사업연도분 법인세 과세표준 및 세액신고서에 의하면, 청구법인은 2002사업연도 법인세를 자기조정에 의하여 기장신고한 것으로 나타나며, 청구법인은 이○○○이 누구인지, 외부인인 이○○○이 어떠한 방식으로 청구법인 몰래 청구법인의 매입세금계산서와 재무제표를 조작할 수 있다는 것인지 여부를 확인할 수 있는 신빙성있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있다. (나) 청구법인은 건축주나 시공업체로부터 건설자재를 공급받아 공사를 시행하고 있어 직접 자재를 매입하는 일이 드문데도 청구법인의 2002사업연도 재무제표상 재고자산 ○○○원이 계상된 점으로 보아 청구법인의 재무제표는 문제가 있고, 따라서, 처분청이 이 건 과세처분 이전에 청구법인에게 충분한 소명기회를 주었어야 함에도 사실조사를 소홀히 하여, 청구법인이 실체적 진실을 밝히고자 이○○○을 형사고발하였으므로 근거과세의 원칙에 위배된 이 건 과세처분은 전액 취소하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인이 청구주장 내용에 대하여 구체적인 근거자료를 제시하여 입증한 사실은 없다. 또한, 처분청 조사과정에서 가공매출이나 허위매입자료 등이 적출되는 경우, 이에 따른 매출누락이나 허위매입 등이 없었다는데 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이나, 청구법인은 이를 입증하지 못하고 있고, 위 국세기본법 제16조 의 규정에 의하면, 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 "당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 하며, 처분청은 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다"고 규정하고 있는 바, 이 건 처분청은 청구법인이 당초 비치·기장한 장부에 의하여 과세하면서, 기장이 사실과 다르게 된 부분에 대하여 처분청이 조사한 사실에 따라 과세한 것이므로 이를 근거과세의 원칙에 위배되었다고 보기도 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 과세처분이 국세기본법 제16조 소정의 근거과세의 원칙에 위배되었음을 이유로 전액 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.