예정신고납부세액공제 계산 여부

심판청구번호 국심2003중 3546(2004. 2. 12)

청구인 소유였던 ○○○ 임야 1,388㎡, 같은동 ○○○ 전 1,517㎡(이하 "종전토지"라 한다)가 2001.5.2 ○○○ 551.2㎡, 867.8㎡(이하"쟁점토지"라 한다)의 환지예정지로 지정·고시 되었다. 청구인은 쟁점토지를 ○○○주식회사에게 양도한 후 토지대장등 관련서류를 첨부하여 2002.6.26 부동산양도신고를 하였고, 같은날 처분청은 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 기준시가로 양도가액을 계산하여 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 ○○○원을 납부할 것을 안내하였다. 청구인은 처분청의 안내에 따라 2002.8.23 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 계산된 산출세액(이하 "당초 산출세액"이라 한다)의 15%를 예정신고납부세액 공제하고 나머지 금액 ○○○원을 자진 납부하였는데 처분청은 쟁점토지가 환지처분된 토지이므로 기준시가에 의한 양도가액산정시 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 계산할 것이 아니라 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 단서규정에 따라 관할세무서장이 평가한 금액을 적용하여야 한다하여 쟁점토지를 감정기관에 의뢰하여 감정평가한 후 그 평가금액을 2003년 4월말경 청구인에게 통지하고 2003.5.31까지 이를 적용하여 양도소득세를 변경·신고 납부할 것을 안내하였다 청구인은 처분청이 평가한 금액으로 쟁점토지의 양도가액을 다시 계산하여 산출된 세액 ○○○원의 15%를 예정신고 납부세액 공제하고 나머지금액을 2003.5.31 자진 납부하였다. 처분청은 예정신고 납부세액공제를 당초 산출세액의 15%만 인정하여 2003.10.1 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 ○○○원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.11.24 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지처럼 개별공시지가가 없는 토지의 경우 그 가액을 납세지관할 세무서장이 평가하도록 하고 있어 처분청이 쟁점토지를 평가하여 청구인에게 통지하기 전까지는 청구인이 토지평가액을 알수가 없었고 이와 같이 과세관청이 토지평가업무를 방치하여 부동산양도신고일의 말일로부터 2월이 경과된 시점에 당초신고의 오류내용을 변경하여 양도소득세를 신고·납부한 이건의 경우 변경신고시 산출된 세액의 15% 상당금액 모두를 세액공제하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 환지처분된 쟁점토지에 대한 개별공시지가가 없어 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 양도소득세 사전신고 하였음은 인정되나 부동산양도신고세액공제는 부동산 소유권이전등기를 신청하는 날까지 당해부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야만 15% 공제를 하는 것이므로 비록 청구인이 2003.5.31 세무서장이 평가한 개별공시지가로 수정신고하였다 하더라도 수정신고시 증액된 세액에 대하여 예정신고납부세액 공제를 배제하고 양도소득세를 경정고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 변경신고시(2003.5.31) 증액된 세액에 대하여 예정신고납부세액 공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 구 소득세법 제165조 【부동산양도신고 등】① 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 부동산의 소유권을 이전하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고(이하 이 조에서 "부동산양도신고"라 한다)하여야 한다. 다만. 주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)·농지 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 토지수용법·공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법기타 법률에 의한 수용 및 협의매수(보상금을 공탁하는 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 같다) ]

② 제1항의 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 따라 부동산양도신고확인서를 교부하여야 한다. 다만, 비거주자로부터 부동산양도신고를 받은 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 국세기본법에 의한 납세담보를 제공받은 후 부동산양도신고확인서를 교부하여야 한다.

1. 제1항 제3호의 규정에 의한 공매 또는 경매

2. 제1항 제4호의 규정에 의한 수용(협의매수를 제외한다.)

③ 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 납세의무자로부터 납부세액에 관한 안내서의 교부신청을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 교부한다.

④ 제3항의 규정에 의한 안내서에 따라 제105조의 규정에 의한 예정신고기한내에 세액을 자진납부하는 때에는 제69조의 규정에 의한 토지 등 매매차익예정신고자진납부 또는 제69조의 규정에 의한 예정신고자진납부를 한 것으로 본다. 이 경우 토지 등 매매차액예정신고납부세액공제 또는 예정신고납부세액공제는 제69조 제4항 또는 제108조의 규정에 불구하고 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 15에 상당하는 금액으로 한다.

⑥ 부동산양도신고 및 확인서의 교부 등 기타 필요한 사항은 대통령령이 정한다. 구 소득세법시행령 제224조 【부동산양도신고 등】①부동산을 양도한 자(부동산양도신고에 관한 위임을 받은 자를 포함한다)는 부동산소유권이전에 관한 등기를 신청하는 날까지 재정경제부령이 정하는 부동산양도신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 부동산양도신고를 하여야 한다. 이 경우 법 제165조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 사유로 부동산의 소유권이 이전되는 때에는 부동산을 양수한 자로 부동산의 소유권이 이전되는 때에는 부동산을 양수한 자(부동산양도신고에 관한 우임을 받은 자를 포함한다)도 부동산양도신고를 할 수 있다.

1. 토지대장(취득당시의 토지등급이 기재된 것에 한한다) 및 건축물대장등본

3. 부동산 보유기간 중에 환지가 있었던 경우 및 도시재개발법에 의한 도시재개발 또는 주택건설촉진법에 의한 주택재건축이 있었던 경우에는 환지예정지증명원·잠정등급확인원 및 관리처분내용을 확인할 수 있는 서류

4. 법 제96조 제1항 단서·동조 제2항 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서·동호 나목의 규정이 적용되는 경우에는 양도 및 취득에 관한 계약서 사본. 이 경우 제9항의 규정에 의한 고급주택의 양도에 관한 계약서 사본에는 양수자의 인감증명에 사용하는 인장을 날인하여야 한다.

5. 제9항의 규정에 의한 고급주택의 경우에는 실지거래가액의 확인을 위한 양수자의 인감증명서

③ 제1항의 규정에 의하여 부동산 양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 재정경제부령이 정하는 부동산양도신고확인서를 부동산 양도신고자에게 즉시 교부하여야 한다. 이 경우 부동산양도신고서의 기재사항이 불비하거나 제1항 각호의 서류가 미비된 때에는 부동산양도신고확인서를 먼저 교부한 후 그 보완을 요구하여야 한다.

⑥ 거주자가 제1항의 규정에 의한 부동산양도신고 후 신고내용에 오류가 있거나 부동산 매매계약의 변경 등이 있는 경우에는 법 제105조 및 법 제110조에 규정하는 신고기한까지 그 변경된 내용 등을 신고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 토지대장 등을 첨부하여 2002.6.26 구 소득세법 제165조 의 규정에 의거 부동산양도신고를 하고 처분청의 안내에 따라 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 계산된 당초산출세액의 15% 상당금액을 예정신고납부세액 공제하고 2002.8.23 양도소득세를 자진 납부하였다.

(2) 쟁점토지는 환지처분된 토지로서 양도당시 개별공시지가가 고시되지 아니하였다.

(3) 처분청은 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 단서 및 같은법 시행령 제164조 제1항의 규정에 의거 개별공시지가가 없는 쟁점토지를 2003.4월 감정기관에 의뢰하여 감정평가하고 그 평가금액을 청구인에게 통지하였으며, 청구인은 처분청으로부터 통보 받은 평가금액을 적용, 양도차익을 다시 계산하여 산출된 세액의 15%상당금액을 예정신고납부세액 공제하고 2003.5.31 양도소득세를 변경신고·납부하였다.

(4) 처분청에서 당초 산출세액의 15% 상당금액만 예정신고납부세액공제금액으로 인정하여 양도소득세를 경정고지한 이 건 처분에 대하여 청구인은 처분청에서 안내해준 대로 2002.6.26 부동산양도신고를 하였고, 처분청에서 토지의 감정평가를 늦게하여 결과적으로 양도소득세의 변경·신고가 지연된 것이므로 지연신고·납부한데 대하여 청구인에게 귀책사유가 없으므로 2003.5.31 변경신고시 증액된 세액에 대하여도 예정신고납부세액 공제를 인정하여야 한다고 주장하고 있어 살펴보면, 예정신고납부세액 공제제도의 경우 부동산양도신고·납부를 조기에 하도록 유도하기 위해 도입한 제도로서 조기납부세액의 기한의 이익상실을 보상해 주는데 그 의미가 있다는 점, 처분청에서 당초 산출세액을 계산하여 2002.6.26 청구인에게 통지한 안내문에 "세액계산은 전산에 의하여 하고 있습니다. 그러나 세액계산요소(공시지가, 등급등)의 입력착오가 있을 수 있으므로 반드시 세액계산내역을 확인하여야 합니다"라는 내용이 기재되어 있어 부동산양도신고시 납세자에게 양도관련 주요사항의 확인의무를 주지시키고 있는 점, 청구인이 부동산양도신고 과정에서 양도당시 개별공시지가가 고시되지 아니한 쟁점토지에 대하여 예정신고납부세액공제를 목적으로 납세지관할 세무서장에게 감정평가를 양도신고기한내에 하여줄 것을 요구한 사실이 없는 점 등을 종합해 볼 때 2003.5.31 양도소득세 변경신고시 증액된 세액에 대하여 예정신고납부세액공제를 배제하고 양도소득세를 경정고지한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.