공통매입세액 안분계산 방법으로 신고한 후 이를 실지귀속에 따라 재분류하여 경정할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 "○○○"이라는 상호로 전문의약품 조제판매(부가가치세 면세사업) 및 일반의약품 판매(부가가치세 과세사업)을 영위하는 자로서 2001년 제2기분 부가가치세 과세표준 및 세액 신고시 부가가치세 과세분 매출 ○○○원, 부가가치세 면세분 매출 ○○○원, 총매출 ○○○원으로, 매입세액 ○○○원을 공통매입세액으로 신고하면서 동 매입세액을 부가가치세 과세분 수입금액 및 부가가치세 면세분 수입금액 비율로 안분계산하여 ○○○원을 매입세액으로 공제하였다. 처분청은 청구인의 당해 과세기간 매입금액 중 (주)○○○으로부터의 매입금액 ○○○원을 과다신고한 사실을 확인하여 과세·면세 공통매입세액 안분계산을 재계산하여 2003.4.7. 청구인에게 2001년 제2기분 부가가치세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.6.27. 이의신청을 거쳐 2003.10.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 당해 과세기간 중 (주)○○○으로부터의 매입금액 ○○○원을 착오로 ○○○원으로 잘못 기재하여 총 매입세액 ○○○원이 과다신고된 사실은 인정하나, 당해 과세기간의 총매입금액은 전문의약품, 일반의약품으로 구분이 가능하며, 착오로 과다신고된 매입금액은 전액 전문의약품관련 매입이므로 당초 신고한 매입세액을 정확하게 분류하면 면세관련매입세액 ○○○원, 과세관련매입세액 ○○○원, 공통매입세액 ○○○원인 바, 이를 기준으로 공제가능한 매입세액을 재계산하면 ○○○원으로 계산되므로 이를 당해 과세기간의 매출세액에서 매입세액으로 공제하여 경정 결정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세·면세관련 매입세액은 실지귀속에 따라 구분하는 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우 이를 공통매입세액으로 보아 과세·면세 매입세액을 안분계산하는 것인 바, 청구인은 당초 당해 과세기간의 과세표준 및 세액 신고시 과세·면세관련 매입금액 구분을 하지 아니하고 매입금액 전부를 공통매입금액으로 하여 공통매입세액 안분계산방법에 의하여 공제가능한 매입세액을 계산하였으므로 매입금액의 과다신고사실이 확인된 후, 매입세액을 실지귀속에 따라 과세·면세분 매입금액으로 구분, 재계산하여야 한다는 주장은 당초 과세·면세분 매입금액을 구분 기장한 사실이 확인되지 아니하므로 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 당초 매입세액 전부를 공통매입세액으로 신고하여 과세·면세관련 매입세액을 공통매입세액 안분계산방법으로 구분신고하였다가 이를 실지귀속에 따라 과세·면세관련 매입세액으로 재분류하여 경정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관계법령은 다음과 같다 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련 된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관 련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 (이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액 에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ---------- 총공급가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 당해 과세기간 중 (주)○○○으로부터의 매입금액을 착오로 ○○○원(세액 ○○○원) 과다신고한 사실 및 당해 과세기간의 매입금액을 의사의 처방전 없이는 판매가 불가능한 전문의약품(부가가치세 면세매출분), 의사의 처방전 없이도 판매가 가능한 일반의약품, 기타 공통매입분의 구분없이 매입금액 전부를 공통매입금액으로 신고한 사실에 대하여 처분청과 청구인간에 서로 다툼이 없다.

(2) 처분청은 위 과다신고된 매입세액을 차감하여 과세·면세분 매입세액 안분계산을 재계산하여 ○○○원(당초 신고 매입세액 ○○○원)을 공제가능한 매입세액으로 경정하였다.

(3) 청구인은 오류 수정 후 당해 과세기간의 총 매입세액은 ○○○원으로 부가가치세가 면세되는 전문의약품매출과 관련한 매입세액○○○원, 부가가치세가 과세되는 일반의약품매출과 관련된 매입세액 ○○○원, 과세·면세 구분이 불가능한 공통매입세액 ○○○원으로 분류되므로 과세관련매입세액 ○○○원과 공통매입세액 ○○○원을 과세·면세수입금액 비율로 안분계산한 ○○○원을 합한 ○○○원을 공제가능한 매입세액으로 하여 경정하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이의 당부를 살펴본다. (가) 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 규정하는 산식에 의하여 계산하는 것이므로(같은 뜻, 국세청 부가46015-3883, 2000.11.28. 외 다수) 원칙적으로 실지귀속이 확인되는 경우에는 실지귀속에 따라 과세·면세 매입세액을 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 청구인은 이 건 심판청구를 제기하면서 당해 과세기간의 매입금액을 실지귀속에 따라 과세·면세분 매입 및 공통매입분으로 재분류하여 공제가능한 매입세액을 재계산하여야 한다고 주장하나, 청구인이 분류한 과세·면세분 매입 및 공통매입 금액이 정당한지를 검증할 수 있는 매입금액의 품목 등 분류기준은 제시하고 있지 아니하며, 청구인은 매입당시 과세·면세분 매입을 구분하여 기장한 것으로도 보이지 아니한다. 사실이 이러하다면, 청구인이 당초 신고시 매입세액 전부를 공통매입세액으로 분류하여 과세·면세분 수입금액 비율로 안분계산하는 방법으로 공제가능한 매입세액을 계산하였고, 청구인의 상품수불부 또는 매입장 등에 의하여 과세·면세분 매입금액을 실지귀속에 따라 구분하기도 어려운 것으로 보이는 이 건의 경우, 청구인이 매입세액을 과다신고한 사실이 확인된 후 실지귀속에 따라 분류하여 재계산한 과세 및 면세 관련매입세액을 실지귀속에 따라 정당하게 분류한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 청구인이 당초 신고한 공통매입세액 안분계산방법에 의하여 청구인이 과다신고한 매입세액을 차감한 금액을 공통매입세액으로 하여 공제가능한 매입세액을 재계산한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.