조세심판원 심판청구 양도소득세

부동산의 양도차익을 기준시가로 결정한 처분의 당부

사건번호 국심-2003-중-3162 선고일 2004.05.13

부동산의 취득가액으로 제시한 2개 감정평가법인의 감정가액의 평균액은 취득일로부터 3개월이 훨씬 지나서 소급감정한 가액으로 신빙성이 있는 것으로 인정하기 어려워 양도차익을 쌍방기준시가로 산정한 사례

주 문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

필지 공장용지 2,043㎡(이하 "쟁점1토지"라 한다)를 취득하여 1987.7.7. 공장건물 1,148㎡를 신축하고, 1990.3.21. ○○○필지 임야 등 332㎡(이하 "쟁점2토지"라 한다)를 취득하여 1990.8.27. 공장용지로 지목변경 한 후 1991.5.3. 공장건물 405㎡를 증축하여 운영하다 2000.7.19. 공장용지 및 도로 2,375㎡, 공장건물 1,553㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 (주)○○○에 양도하고 기준시가에 의거 양도소득세 사전신고를 하였다가 2000.9.30. 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액 10억원, 취득가액은 2개 감정평가법인의 감정가액 평균액 735,881,800원으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 경정청구를 하였다. 처분청은 ○○○국세청장이 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 실지 조사한 결과 양도가액은 실지거래가액 10억원으로 확인이 되나 취득가액은 실지거래가액이 확인되지 아니하여 청구인이 실지거래가액으로 신고한 양도 및 취득가액을 부인하고 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 2003.8.6. 청구인에게 양도소득세 225,117,880원을 결정·고지하였다 청구인은 이에 불복하여 2003.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 취득일이 1986.12.18.과 1990.3.21.로 취득당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당되어 양도가액은 실지거래가액으로 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호 및 동법 제114조 제5항에 의거 추계조사 결정을 경정청구한 경우이므로 처분청은 조사사무처리규정 제89조 제1항 "납세자가 실지거래가액으로 신고한 경우에는 양도차익을 양도 및 취득시의 실지거래가액에 의하여 산정한다. 다만, 양도 취득가액 중 쌍방 또는 일방의 거래가액이 확인되지 않는 경우에는 양도 또는 취득가액을 각각 양도일 전후 3월내의 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(취득가액에 한한다), 기준시가의 순차로 결정하여야 한다"에 의거 결정하여야 함에도 실지거래가액으로 확인된 양도가액마저 부인하고 쌍방 기준시가로 결정한 것은 소득세법 제114조 제5항 및 동법 시행령 제176조의 2 제3항을 믿고 신고납부한 납세자의 권리를 부당하게 침해한 과세처분이고, 또한 ○○○는 공신력 있는 감정평가기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있으며 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 아니한다고 판시하였고, 국세심판원결정○○○은 6개월 이상 소급하여 감정평가한 가액이라도 그 신뢰성이 인정되고 기준시가로 평가하는 것보다 합리적인 평가이므로 시가로 인정된다고 결정이유에서 밝히고 있으며, 1993.10.14. 국세심판관 합동회의에서도 6개월 이상 소급하여 감정평가한 가액이라도 그 감정가액의 신뢰성 여부는 개별 검토 판단할 사항이라고 의결하고 있는바, 청구인이 쟁점부동산의 취득가액을 확인할 수 있는 매매계약서 등의 증빙서류가 없어 부득이 2개 감정평가법인에 의뢰하여 소급감정한 감정가액의 평균액을 쟁점부동산의 실지 취득가액으로 인정하여야 한다.

(2) 쟁점1토지○○○는 전 4필지와 답 2필지가 1986.12.4. 공장용지로 지목변경 된 후 동일 날자에 모지번에 합병된 직후인 1986.12.18. 취득하였기 때문에 토지의 품위 및 이용가치가 현저히 달라진 합병된 토지에 해당되고, 쟁점2토지○○○는 1990.3.21. 취득당시 전 1필지와 임야 2필지로 구성되어 있었으나 청구인이 1990.8.27. 공장용지로 각각 지목변경하여 합병한 경우로 지목변경 및 합병시에 토지등급이 조정되지 아니하여 지가산정에 합리성이 결여되어 취득당시의 개별공시지가를 적용하는 것은 불합리하므로 소득세법시행령 제164조 제1항 에 의한 개별공시지가가 없는 토지로 보아 납세지관할세무서장이 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가한 가액을 기준시가로 적용하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제96조 제1항 의 규정은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산할 수 있는 예외적 경우의 하나로서 "양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 소득세법 제110조 제1항 의 규정에 의한 확정신고기한까지 신고하는 경우"를 들고 있는 바, 이 경우 실지 취득 및 양도가액이 신고시 제출한 실지매매계약서에 의하여 확인되어야 하는 것으로 청구인이 취득가액으로 신고한 감정가액은 증빙 등을 갖추어 신고한 실지거래가액으로 볼 수 없으며, 또한 취득가액으로 신고한 감정가액은 부동산 양도 후 양도소득세 신고를 목적으로 10년 이상 소급감정한 가액으로 이는 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제2호 에 위배되어 신빙성이 있는 가액이라 볼 수 없으므로 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 소득세법 제100조 제1항 및 동법 제114조 제4항에 의하여 양도 및 취득가액을 기준시가로 결정한 당초 처분은 정당하다.

(2) 토지 취득시 일부 토지가 분할·합병된 것은 사실이나 소득 세법시행령 제164조 제1항에 의한 기준시가는 분할·합병 등으로 공시지가가 없어 기준시가를 산정 할 수 없는 경우에 관할세무서장이 인근 유사토지를 표준지로 하여 평가토록 한 규정인바, 청구인이 취득한 쟁점1,2토지는 취득당시 토지등급과 개별공시지가가 존재하여 이에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

(1) 쟁점부동산의 취득가액으로 신고한 소급감정가액을 부인하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부와

(2) 쟁점토지 취득당시 지목변경 및 합병되어 개별공시지가가 없는 토지로 보아 취득가액을 세무서장이 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

  • 나. 관련법령

(1) 소득세법(1999.12.28. 법률 제6051호로 개정된 것) 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
  • 나. 제94조 제3호 내지 제5호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
  • 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산

  • 가. 토 지 (1995. 12. 29 개정: 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 부칙) 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하“개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가외의 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가외의 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 것) 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 지적법에 의한 신규등록토지

2. 지적법에 의한 분할로 인하여 지번이 새로이 부여된 토지

3. 지적법에 의한 합병된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다) 제176조의 2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서“감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점(1)에 대하여 (가) 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 사전신고를 하였다가 양도가액은 실지거래가액, 취득가액은 2개 감정평가법인의 감정가액 평균액으로 양도차익을 산정하여 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 조사한 결과 양도가액은 실지거래가액으로 확인이 되나 취득가액은 확인이 되지 아니하여 청구인이 실지거래가액으로 신고한 경정청구를 거부하고 쌍방기준시가로 양도차익을 산정하여 과세하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다. (나) 청구인은 쟁점부동산의 취득가액을 확인할 수 있는 매매계약서 등의 증빙서류가 없어 부득이 2개 감정평가법인에 의뢰하여 소급감정한 감정가액의 평균액을 쟁점부동산의 취득가액으로 하여 경정청구를 하였음에도 처분청이 감정가액을 부인하고 기준시가로 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

1. 우선 소득세법 제176조의2 제3항 을 보면 감정가액은 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액이라고 규정되어 있다.

2. 청구인은 2000.7.19. 쟁점부동산을 양도하고 기준시가로 양도소득세 사전신고를 하였다가 2000.9.30. 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액 10억원, 취득가액은 고려감정평가법인과 중앙감정평가법인에 소급감정 의뢰하여 평가한 감정가액의 평균액 735,881,800원(쟁점1토지는 1986.12.18. 쟁점2토지는 1990.2.24. 공장건물은 1987.7.2.과 1991.3.5.을 가격시점으로 소급감정)으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 경정청구를 하였음이 청구인이 제출한 심리자료에 나타난다. (다) 위의 내용을 종합하여 보면, 감정가액은 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액이라고 규정되어 있는 바, 청구인은 1986.12.18.과 1990.3.21. 쟁점토지를 취득하여 1987.7.2.과 1991.3.5.위 토지에 공장건물을 신축하고 2000.7.19. (주)○○○에 양도하면서 쟁점부동산의 취득가액을 ○○○과 ○○○에 소급감정 의뢰하여 평가한 사실로 볼 때, 청구인이 경정청구시 쟁점부동산의 취득가액으로 제시한 2개 감정평가법인의 감정가액의 평균액은 취득일로부터 3개월이 훨씬 지나서 소급감정한 가액으로 신빙성이 있는 것으로 인정하기 어려워 경정청구를 거부하고 쟁점부동산에 대하여 양도차익을 쌍방기준시가로 산정하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 (가) 청구인은 쟁점부동산에 대한 토지 취득당시 지목변경과 합병이 되어 토지등급과 개별공시지가가 없는 토지라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (나) 청구인이 1986.12.18. 취득한 쟁점1토지○○○의 토지대장을 보면 청구인이 취득하기전인 1986.12.2. ○○○외 ○○○가 ○○동 ○○○번지에 합병되고, 같은 날 공장용지로 지목이 변경된 것으로 나타나며, 청구인이 1986.12.18. 쟁점1토지 취득당시 토지등급은 165등급으로 기재되어 있고, 쟁점2토지○○○의 토지대장을 보면 청구인이 1990.8.27. 취득할 당시 토지지목이 임야와 전으로 개별 토지등급이 기재되어 있었으며, 청구인이 취득한 후 5개월이 지난 1990.8.27. 토지지목을 공장용지로 변경하여 ○○동 ○○○번지에 합병된 것으로 나타난다. (다) 위 관련 소득세법 제164조 제1항 에 의하면 지적법에 의해 합병된 토지나 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지는 납세지 관할세무서장이 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 평가한 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점1토지는 청구인이 취득하기 전 공장용지로 지목변경과 합병이 완료되어 청구인이 취득당시 토지등급이 존재하였고, 쟁점2토지 역시 취득당시 지목이 임야와 전으로 이루어진 토지로 해당 토지등급이 존재하였을 뿐만 아니라 청구인이 쟁점2토지를 취득한 후 5개월이 지나서 공장용지로 지목변경과 ○○○번지에 합병된 사실 등으로 볼 때, 청구인이 쟁점1,2토지 취득당시 토지등급과 개별공시지가가 존재하지 않아 세무서장이 감정가액을 참작하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여야 한다는 주장은 사실로 인정하기 어려워 보인다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)