추가적인 세무조사가 진행 중인 것이 과세처분의 취소사유에 해당되는지 여부

○○○세무서장이 2003.1.30 청구법인에게 한 <별지1> 기재의 1999년 2기분 부가가치세 2건 ○○○원, 2000년 1기분 부가가치세 ○○○원 합계 ○○○원 및 1999사업연도 법인세 2건 ○○○원, 2000사업연도 법인세 ○○○원 합계 ○○○원의 부과처분과 추계결정한 법인세 과세표준과 당기순이익의 차액 ○○○원○○○ 및 법인소득금액 계산상 손금불산입한 금액 ○○○원 합계 ○○○원을 대표자 상여처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 처분 중 과세번호 6번의 1999사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분과 법인소득금액 계산상 손금불산입한 금액 ○○○원에 대한 대표자 상여처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

처분청은 2002년 11월 ○○○지방국세청장으로부터 통보받은 과세자료에 의하여 청구법인이 1999년 2기∼2000년 1기 중 ○○○건설중기(주) 및 ○○○건설중기(주)로부터 수취한 공급가액 ○○○원 상당의 세금계산서(이하 "세금계산서(1)"이라 한다)를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 매입세액 불공제하는 한편, 청구법인이 당초 비치기장한 장부의 주요부분이 허위라고 보아 청구법인의 소득금액을 추계결정하여 2002.11.22 청구법인에게 1999년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2000년 1기분 부가가치세 ○○○원 합계 ○○○원과 1999사업연도분 법인세 ○○○원, 2000사업연도분 법인세 ○○○원 합계 ○○○원을 결정하고, 추계결정한 법인세 과세표준액과 대차대조표상 당기순이익과의 차액 ○○○원○○○을 청구법인의 대표이사 박○○○에게 상여처분하였으며, 2002년 11월 ○○○지방국세청장으로부터 통보받은 과세자료에 의하여 청구법인이 1999년 2기 중 ○○○중기(주)로부터 수취한 공급가액 ○○○원 상당의 세금계산서(이하 "세금계산서(2)"라 하며, 세금계산서(1)과 세금계산서(2)를 합하여 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 매입세액 불공제하는 한편, 법인소득금액 계산상 손금불산입하여 2002.12.6 청구법인에게 1999년 2기분 부가가치세 ○○○원과 1999사업연도분 법인세 ○○○원을 추가로 결정하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입한 금액 ○○○원을 청구법인의 대표이사 박○○○에게 추가로 상여처분하였는 바, 청구법인이 2001년 4월 폐업하여 이 건 납세고지서와 소득금액변동통지서는 모두 2003.1.30 청구법인의 대표이사 박○○○의 주소지인 ○○○도 ○○○시 ○○○아파트 322동 1002호로 송달되었다.(<별지1> 청구법인에 대한 과세내역 참조) 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.21 이의신청을 거쳐 2003.8.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서는 청구법인이 ○○○건설(주)로부터 하도급받은 ○○○도 ○○○시 ○○○ 아파트 토목공사를 ○○○건설(주)등에게 시행하게 하고 발급받은 것으로 이와 관련하여 현재 ○○○지방국세청장의 세무조사가 진행중에 있으므로 동 조사가 종결된 이후에 과세하여야 함에도 처분청이 사실관계에 대한 확정없이 한 이 건 과세처분은 전액 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서는 ○○○지방국세청장과 ○○○지방국세청장의 세무조사결과 자료상으로 확정된 업체로부터 수취하였음이 확인되는 바 청구법인은 이에 대한 소명자료를 제시하지 아니하고 있으며, 청구법인에 대한 ○○○지방국세청장의 세무조사는 쟁점세금계산서의 정당성 여부를 가리는데 있는 것이 아니므로 이 건 과세처분을 전액 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 청구법인에 대하여 추가적인 세무조사가 진행중이라는 사실이 이 건 과세처분의 취소사유에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법(2002.12.18 법률 제6782호로 개정된 것) 제55조【불복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제26조 【납부의무의 소멸】 국세·가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

1. 납부·충당 또는 부과의 취소가 있은 때

2. 제26조의 2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때

3. 제27조의 규정에 의하여 국세징수권의 소멸시효가 완성된 때 제81조의 3 【중복조사의 금지】 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정·재조사를 할 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 이 건 과세처분에 불복하여 2003.3.21 이의신청을 한데 대하여 국세기본법 제55조 소정의 불복대상이 아니라고 보아 청구주장을 각하하였으므로 본안심리에 앞서 이 건 청구가 적법한 청구인지 여부를 살펴본다. (가) 이 건 이의신청에 대한 결정서를 보면, 처분청은 쟁점세금계산서가 ○○○지방국세청장과 ○○○지방국세청장의 조사결과 가공자료로 판명되었고, ○○○지방국세청장이 청구법인에 대하여 실시하고 있는 세무조사는 쟁점세금계산서의 정당성 여부를 확인하는 조사가 아닌데도 청구법인이 쟁점세금계산서에 대한 소명자료는 제시하지 아니하고, 청구법인에 대한 추가적인 세무조사를 이유로 이 건 과세처분을 취소하고, 세무조사결과를 반영하여 다시 과세하여야 한다고 주장함은 국세기본법 제55조 의 소정의 불복대상이 아니라고 보아 각하 결정하였음을 알 수 있다. (나) 그러나, 청구법인은 이 건 이의신청 당시부터 청구취지로 "이 건 과세처분을 취소하여야 한다"고 주장하면서 청구이유로 "세무조사가 진행중인 사안에 대하여 사실관계에 대한 확정없이 과세처분을 함은 부당하다"고 주장하였는 바, 청구법인이 불복대상으로 삼은 이 건 부가가치세와 법인세 과세처분은 국세기본법 제55조 소정의 처분에 해당되어 불복대상이 된다고 보여진다.

(2) 다음으로, 청구법인에 대하여 세무조사가 진행중이라는 사실이 이 건 과세처분의 취소사유에 해당되는지 여부를 살펴본다. (가) ○○○지방국세청장은 2002.7.11 청구법인에 대한 특별조사에 착수하여 2002년 11월 쟁점세금계산서 중 ○○○건설중기(주) 및 조강건설중기(주)와 관련된 과세자료를 처분청에 통보하고, 2003.2.28 조사를 종료할 예정이었으나, 청구외 ○○○건설(주)에 대한 ○○○지방검찰청의 수사와 관련하여 "위장·가공혐의거래에 대한 확인 및 ○○○지방검찰청의 수사진행"을 이유로 ○○○건설(주)의 거래처인 청구법인 등에 대한 조사기간을 2003.3.1부터 2003.4.30까지 43일간 연장하였으며, 동 조사기간은 2003년 10월말까지 재연장되었음이 ○○○지방국세청장이 청구법인 등에게 발송한 조사기간 연장통지서 등에 의하여 확인된다.(○○○지방국세청 조삼이46621-10055, 2003.2.27 참조)

○○○지방국세청장과 처분청에 확인한 바, 쟁점세금계산서는 2001년 11월 ○○○지방국세청장과 ○○○지방국세청장의 ○○○건설중기(주) 등에 대한 조사결과 실물거래가 없는 가공자료로 이미 확정되었고, ○○○지방국세청장이 현재 청구법인등 ○○○건설(주)의 거래처 10개 업체를 대상으로 실시중인 조사는 쟁점세금계산서와는 직접 관련이 없다는 것으로, 처분청이 제출한 ○○○지방국세청장의 조사기간 연장통지서에 의하면, 조사대상업체가 청구법인과 ○○○건설(주) 등 10개 업체로 되어 있으나, 쟁점세금계산서 중 세금계산서(1)을 발급한 ○○○건설중기(주) 및 ○○○건설중기(주)는 포함되어 있지 아니함이 확인되고, 세금계산서(2)는 당초 ○○○지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받아 과세한 것으로 확인되는 바, ○○○지방국세청장이 청구법인 등에게 실시중인 조사는 쟁점세금계산서와 관련된 조사가 아니라는 처분청의 주장이 사실인 것으로 보여진다. 따라서, 쟁점세금계산서와 관련된 ○○○지방국세청장의 세무조사가 진행 중에 있으므로 이 건 과세처분을 전부 취소하고 사실관계 확정후 다시 과세하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다만, <별지1> 기재의 청구법인에 대한 과세내역에서 확인할 수 있는 바와 같이, 처분청은 쟁점세금계산서 중 세금계산서(1)에 대하여 먼저 과세하면서 청구법인이 당초 비치기장한 장부의 주요부분이 허위라고 보아 청구법인의 소득금액을 표준소득율에 의하여 추계결정한 이후, 세금계산서(2)에 대하여 추가로 과세하면서, 총수입금액의 변동은 없다고 보면서도 세금계산서(2)를 법인소득금액 계산상 추가로 손금불산입한 결과, 비용의 일부에 대하여 실지조사의 방법으로 과세한 결과가 되었는 바, 법인소득금액을 추계결정한 이후, 추가로 발견된 가공매입자료에 대하여 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세함은 당연하나, 법인소득금액을 계산함에 있어 총수입금액의 변동이 없다고 보면서도 비용의 일부에 대하여 실지조사의 방법으로 추가로 손금불산입한 처분은 추계과세의 법리에 어긋난 것으로 판단된다. 따라서, <별지1> 기재의 과세번호 6번 1999사업연도분 법인세 ○○○의 부과처분과 법인소득금액 계산상 추가로 손금불산입한 금액 ○○○원에 대한 대표자 상여처분은 이를 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.