과세유형의 전환자로부터 수취한 매입세금계산서의 공제 여부

○○○세무서장이 2003.4.3 청구법인에게 한 1999년 제2기분 부가가치세 ○○○원과 2000년 제1기분 부가가치세 ○○○원의 부과처분은 ○○○실업 및 ○○○실업으로부터 수취한 세금계산서를 공제대상 매입세액으로 하여 세액을 경정합니다.

청구법인은 1991년 10월부터 청구외 (주)○○○와의 운송계약에 의하여 (주)○○○의 ○○○, ○○○, ○○○공장에서 전국에 산재된 (주)○○○ 18개 출고사무소까지 자동차운반차량인 Transporter를 이용하여 신규차량을 운송하는 업무와 동 출고사무소에서 영업소 및 차량구입고객에게 직접 운전하여 인도해주는 배달탁송업무를 영위하고 있다. 청구법인은 위 운송업무중 차량을 직접 운전하여 고객에게 인도해주는 배달탁송업무는 10개의 배달탁송업체(○○○ 등 지역별로 분담)와 자동차탁송위임계약을 맺고 이들로부터 차량탁송용역을 공급받고 이에 대한 탁송료를 지급하고 관련 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하고 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 위 10개의 배달탁송업체 중 2개업체[○○○실업(박○○○), ○○○실업(박○○○) 이하 "쟁점거래처"라 한다]로부터 차량탁송용역을 제공받고 1999년 제2기 및 2000년 제1기 과세기간중 수취한 매입세금계산서〔공급가액 ○○○원(1999년 2기분 ○○○원, 2000년1기분 ○○○원), 이하 "쟁점세금계산서", "쟁점금액"이라 한다)를 간이과세자가 발행·교부한 것으로써 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2003.4.3 청구법인에게 1999년 제2기분 부가가치세 ○○○원과 2000년 제1기분 부가가치세 ○○○원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.7.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점거래처가 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 사실을 알지 못하고 일반과세자로 계속 거래를 하여 왔고, 쟁점거래처는 처분청이 직권으로 과세유형을 전환하였는 바, 사업자등록증 검열제도가 1996.1.1부터 폐지되고, 2000.7.1 이전에는 인터넷으로 사업자의 과세유형등을 확인할 수 없었던 점 등으로 보아 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점거래처는 쟁점세금계산서를 발행하기 전인 1999.7.1 및 1999.1.1 일반사업자에서 간이과세자로 과세유형이 전환되어 세금계산서를 발행할 수 없는 사업자임이 확실한 바 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 같은법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 제출한 자료에 의하면, 쟁점거래처중 ○○○실업은 1997.12.1 일반과세자로 사업자등록하여 1999.7.1 간이과세자로 과세유형이 전환되었고, ○○○실업은 1998.2.20 일반과세자로 사업자등록하여 1999.1.1 간이과세자로 과세유형이 전환된 사실이 확인된다. 또한, 1998년도 이후 청구법인과 쟁점거래처간의 거래내역은 다음 표와 같다.

○○○ 처분청은 쟁점세금계산서를 간이과세자가 발행한 것으로 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제한데 대하여 청구법인은 쟁점거래처가 간이과세자로 과세유형이 전환된 사실을 모르고 쟁점세금계산서를 받았으므로 선의의 거래당사자라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 쟁점세금계산서는 쟁점거래처가 간이과세자로 과세유형이 전환된 이후에 발행·교부된 것이어서 정당한 세금계산서에 해당되지 아니한다고도 볼 수 있으나, 청구법인은 1998년부터 쟁점거래처와 거래하면서 1998년도에 ○○○, ○○○ 상당의 배달탁송용역을 제공받고 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고하였고, 1999년 1기와 이 건 쟁점 과세기간인 1999년 2기 및 2000년 1기에도 청구법인은 쟁점거래처로부터 계속 배달탁송용역을 제공받고 쟁점거래처가 발행한 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고한 사실이 있는 점 및 처분청이 쟁점거래처의 과세유형을 일반과세자에서 간이과세자로 전환하였으나, 사업자등록증 검열제도가 1996.1.1부터 폐지되고 2000.7.1 이전에는 인터넷으로 사업자의 폐업이나 과세유형전환 여부 에 대하여 조회.확인할 수 있는 제도가 없었던 점 등을 종합하여 보면, 청구법인으로서는 쟁점거래처의 과세유형이 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 사실을 알 수 없었다고 봄이 타당하여 청구법인은 이 건 거래시 선량한 관리자로서 주의의무를 다한 것으로 인정된다.(국심2002중3102, 2003.2.17 같은 뜻) 따라서, 쟁점세금계산서가 비록 쟁점거래처가 간이과세자로 과세유형이 전환된 이후에 발행된 것이라 할지라도 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당된다 하겠으므로 당해 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.