면세사업자가 발행한 사실과 다른 세금계산서로 본 처분의 당부

○○○세무서장이 2003.4.13 청구인에게 한 2001년 2기분 부가가치세 ○○○원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○○도 ○○○시 ○○○에서 "○○○유통"이라는 상호로 수산물의 도·소매업을 영위하는 사업자로 청구외 ○○○물산주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 2001년 2기 과세기간중 부가가치세 과세대상물품인 피뿔고동(참소라를 가공한 것으로 이하 "쟁점재화"라 한다)을 매입하고 공급가액 ○○○원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하였다. 청구외법인의 사업장관할 ○○○세무서장은 청구외법인에 대하여 세무조사를 실시하고 면세사업자인 청구외법인이 과세사업 겸업자로 사업자등록을 정정하지 아니하고 과세사업을 영위(쟁점재화등 과세물품공급)한 사실을 적출하여 청구외법인에게는 미등록가산세를 부과하고, 동 사실을 처분청 등에 과세자료로 통보하였다. 처분청은 부가가치세법상 과세사업 미등록자인 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련매입세액을 불공제하여 2003.4.13 청구인에게 2001년 2기분 부가가치세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구인 이에 불복하여 2003.6.13 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구외법인이 미등록사업자(면세사업자)에 해당한다는 이유로 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 관련 매입세액을 불공제하였는 바, 영세사업자인 청구인으로서는 쟁점세금계산서에 기재된 사업자등록번호가 부가가치세법 규정에 의한 과세사업에 대한 사업자등록번호인지 또는 법인세법 규정에 의한 면세사업에 대한 사업자등록번호인지를 구분할 수 없는 실정이었고, 실제로도 법인의 사업자등록번호는 과세사업자등록번호와 면세사업자 등록번호가 동일하여 청구인은 사업자등록번호가 기재된 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 믿을 수밖에 없었으므로 쟁점세금계산서상 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 부가가치세법상 과세사업자로 등록하지 않고 법인세법에 의거 면세사업자로 등록한 청구외법인으로부터 과세되는 재화를 공급받고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 쟁점세금계산서상 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 제1호의 2의 규정에 의거 공제 받을 수 없는 매입세액이라 할 것이고, 따라서 쟁점세금계산서상 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 면세사업자로부터 부가가치세 과세대상 재화를 공급받고 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급 받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다) 으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우 ※ 참고법령 부가가치세법 제5조 【등 록】 ① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. 부가가치세법시행령 제7조 【등록신청과 등록증 교부】⑧ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다. 법인세법 제111조 【사업자등록】 ① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 부가가치세법 제5조 의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다. 법인세법시행령 제154조 【사업자등록】 ① 법 제111조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일부터 20일내에 사업자등록신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 부가가치세법시행령 제7조 내지 제13조의 규정은 제1항의 등록에 관하여 이를 준용한다.

③ 국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 아니하는 법인에 대하여는 고유번호를 부여하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인은 수산물 도매업을 영위하는 법인으로 면세사업자로 사업자등록을 한 후 과세사업 겸업자로 사업자등록 정정을 하지 아니한 채 2001년 1기 및 2기 과세기간중 과세물품을 매출하여 이에 대한 세금계산서를 발행하고 관련 부가가치세를 신고한 사실이 ○○세무서 담당조사공무원이 2002.12 작성한 조사복명서에 의해 확인된다.

(2) 청구인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점계산서에는 공급자인 청구외법인의 등록번호가 청구외법인의 '사업자등록번호'(○○○)가 기재되어 있다.

(3) 청구인이 청구외법인으로부터 부가가치세 과세대상인 쟁점재화를 공급받고 쟁점세금계산서를 수취하였다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(4) 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서의 발행자인 청구외법인이 부가가치세 과세사업등록자가 아니라는 이유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였으나, 청구인은 부가가치세 과세대상인 쟁점재화를 청구외법인으로부터 공급받고, 청구외법인의 사업자등록번호가 기재된 쟁점세금계산서를 수취하였는 바, 당해 법인으로부터 계속하여 면세재화인 미가공수산물만 공급받아 영세한 규모로 수산물 도·소매업을 영위하고 있어 세법지식이 상대적으로 부족한 청구인에게 쟁점재화거래시 청구외법인이 부가가치세 면세사업자인지 또는 부가가치세 과세겸업사업자인지 여부를 구별하거나 쟁점재화가 과세재화이므로 공급자에게 그에 따른 적절한 조치(사업자등록 정정신청 후 세금계산서교부)를 취할 것을 기대함이 기대하기는 일반 사회통념상에 비추어 볼 때 무리라고 보여지는 점, 실제 부가가치세 과세용 사업자등록번호와 부가가치세 면세용 사업자등록번호가 구별되지 아니한 채 사용되고 있는 점 등을 감안할 때 쟁점재화거래시 청구인은 선의의 거래당사자에 해당된다고 보여진다. 요건대, 비록 세금계산서의 발행권한이 없는 면세사업자가 쟁점세금계산서를 발행했다고 하더라도 세금계산서의 발행상의 하자를 알지 못한 것에 대하여 청구인에게 귀책사유가 있다고 보기는 어려우므로 쟁점세금계산서상의 매입세액은 청구인의 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.