회계감사인의 의견에 대한 연구개발비의 자산성을 부인하고 단기 손금으로 계상하였다하더라도 미래의 경제적 효과를 기대하는 등 법인세법의 연구개발비라면 이연자산으로 계상하여야 한다.
회계감사인의 의견에 대한 연구개발비의 자산성을 부인하고 단기 손금으로 계상하였다하더라도 미래의 경제적 효과를 기대하는 등 법인세법의 연구개발비라면 이연자산으로 계상하여야 한다.
○○○세무서장이 2003.1.16. 청구법인에게 한 법인세 1999사업연도 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원, 2001사업연도 ○○○원, 합계 ○○○원의 부과처분은 1999사업연도 경상개발비 ○○○원 및 이에 대한 연구소 직원의 급여 ○○○원, 2000사업연도 경상개발비 ○○○원 및 이에 대한 연구소 직원의 급여 ○○○원, 2001사업연도 경상개발비 ○○○원 및 이에 대한 연구소 직원의 급여 ○○○원을 손금산입하여 각 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정합니다.
청구법인은 1985.1.11.부터 전기용접기를 제조하는 법인으로서, 1999·2000·2001 사업연도에 부설연구소의 연구·개발활동을 위하여 지출한 비용을 제조원가 또는 판매·관리비로 계상하여 해당 사업연도에 지출한 비용을 전액 손금산입하였는 바, 처분청은 청구법인이 해당 사업연도에 전액 손금산입한 비용 중 아래 표의 ○○○원(이하 "쟁점연구개발비"라 한다)을 신제품·신기술의 연구·개발활동과 관련된 비경상적인 비용으로서 미래의 경제적 효익을 기대할 수 있는 이연자산으로 보아 각 사업연도의 소득금액에서 해당 사업연도의 쟁점연구개발비를 손금불산입하고 균등액 상각추인액은 손금산입하여 2003.1.16. 청구법인에게 1999사업연도 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원, 2001사업연도 ○○○원, 합계 ○○○원의 법인세를 경정고지하였다.
○○○ 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 법인세 관련법령은 어떠한 연구개발비가 법인세법시행령 제77조 【이연자산의 평가】제1항 제3호의 연구개발비에 해당되는지에 대하여 구체적으로 규정하고 있지 아니하므로 실무상 이에 해당되는지 여부는 기업회계기준 및 동 해석을 토대로 판단할 수 밖에 없는 바, 기업회계기준 및 동 해석에 의하면 쟁점연구개발비는 신제품·신기술개발과 관련하여 지출된 것이 아니라 경상연구개발비에 해당하므로 당기에 전액을 손금산입하는 것이 타당함에도 불구하고 이를 이연자산으로 보아 해당 사업연도에 전액을 손금불산입하고 균등상각액만을 손금추인한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 이연자산의 평가에 있어서는 기업회계기준의 적용이 배제되는 것인 바, 쟁점연구개발비중 ○○○와 ○○○○○○용접시스템의 개발비용은 정부출연금을 받아 지출한 것이고, 그 외의 제품개발비도 신제품 및 신기술의 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것으로 보여지며, 동 연구개발사업에 참여한 연구소 연구원들에 대한 급여도 연구원들의 주된 업무가 신제품·신기술의 연구업무일 뿐만 아니라 청구법인의 대표이사 최○○○ 및 용접기연구소 팀장 이ㅇㅇㅇ이 쟁점연구개발비가 이연자산에 해당한다고 확인하였으므로 쟁점연구개발비는 법인세법 시행령 제77조 제2항 제3호 의 규정에 따라 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액만을 손금산입한 당초 처분은 정당하다.
4. 연구개발비: 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것으로 하되, 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다.
② 제1항의 이연자산은 다음 각호의 방법에 의하여 상각한다.
4. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년이내의 매 사업연도에 균등액 이상을 상각하여야 한다. <1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것> (2) 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. <1999.12.31. 대통령령 제16658호로 개정된 것> (3) 법인세법시행령 제77조 【이연자산의 평가】① 제73조 제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다.
3. 연구개발비: 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의한 이연자산의 가액은 다음 각호의 방법에 의하여 각 사업연도의 손금에 이를 산입한다. 다만, 창업비·개업비 및 연구개발비의 경우 법인이 제1호 내지 제3호에 규정된 기간의 범위내에서 손금산입기간을 정하여 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그 신고한 기간동안 균등액을 각 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.
3. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도 개시일부터 5년이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법
③ 제2항 단서의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 이연자산평가방법은 그 신고(변경신고를 포함한다)한 방법을 최초로 적용한 사업연도에 발생한 이연자산의 가액부터 적용하며, 당해사업연도 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 이를 계속 적용하여야 한다.
④ 제2항의 규정에 의하여 이연자산의 가액을 손금에 산입한 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이연자산평가조정명세서 및 이연자산평가방법신고(변경신고)서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (4) 법인세법시행령 부칙 제2조【일반적 적용례】이 영은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 제49조·제62조제1항·제77조 및 대통령령 제15970호 법인세법시행령 부칙 제17조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다. < 2001.12.31. 대통령령 제17338호로 개정된 것 > (5) 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
6. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도개시일부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 상각하는 방법
④ 법인이 제3항의 규정에 의하여 상각방법의 신고를 하지 아니한 경우 당해 감가상각자산에 대한 상각범위액은 다음 각호의 상각방법에 의하여 계산한다.
4. 제1항 제5호 및 제6호의 자산에 대하여는 법인설립일 또는 연구개발비로 계상한 날이 속하는 사업연도개시일부터 각각 5년이 되는 날이 속하는 사업연도종료일까지 매 사업연도에 균등액을 상각하는 방법 <2002.12.30. 대통령령 제17862호로 개정된 것> (7) 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
6. 개발비: 관련제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년 이내의 기간내에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법
(2) 청구법인이 제시하는 연도별개발기종내역, 지출증빙, 외부회계감사인의 의견서, 전용연구소 주간업무계획 등과 처분청이 제시하는 청구법인의 대표이사 확인서, 청구법인의 개발제품설명서, 제품개발 관련 기안지, 조사보고서, 결의서 등에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 쟁점연구개발비는 아래 표와 같이 물품대, 제작비 등의 제품개발비(이하 "쟁점제품개발비"라 한다)와 동 제품개발과 관련하여 이에 종사한 연구소 직원에게 지급한 급여(이하 "쟁점급여"라 한다)로 구분되며, 쟁점제품개발비는 정부출연금을 지원받아 개발한 비용(이하 "정부출연개발비"라 한다)과 청구법인이 자체적으로 개발한 비용(이하 "자체개발비"라 한다)으로 구분된다.
○○○ (나) 정부출연금을 지원받아 개발한 사업은 아래 표와 같은 바, 청구법인은 정부출연개발비를 자산화하고자 하였으나 회계감사인 안진회계법인(이하 "회계감사인"이라 한다)이 ○○○는 기계성능검증미비, 대체기계로서의 가격타당성이 없는 고철덩어리이고, ○○○용접시스템은 개발이 진행 중이므로 자산성 여부를 판단하기 어렵다고 보아 기업회계기준해석 제5항의 개발비 해당기준을 적용하여 당기 비용으로 하였다고 주장하고 있다.
○○○
1. ○○○원장이 2000.10.2. 청구법인에게 통보한 "○○○개발산업 과제의 중간평가 결과"에 의하면, 당초 계획하였던 외국제품을 구입하고 역설계하여 시제품 제작, 시운전까지 성공적으로 개발을 수행한 것으로 판단되고, 국내에서 최초의 ○○○용접기 개발과제이므로 위탁기관과의 연계를 좀 더 효과적으로 수행하여 연구를 수행하기 바라며, 1차 연도 연구결과는 우수하여 계속수행이 바람직하다는 의견을 기재하였다. 또한, 청구법인이 2002.3.30. ○○○평가원장에게 제출한 "개발 후 최종보고서"에 의하면, 향후 상품화, 홍보·전파, 생산시설·측정장비보완을 위하여 총 ○○○원의 예산이 소요되고, 동 ○○○대 판매가격은 ○○○원으로 예상되는 바, 1년에 20대를 판매할 경우 총 8억원의 수익이 예상된다고 보고하였다.
2. ○○○ 용접시스템 개발사업의 개발기간은 2001.7.1.부터 2003.6.30.까지인 바, ○○○개발사업협약서에 의하면 청구법인은 2001사업연도에 정부출연금 ○○○원, 2002사업연도에 ○○○원을 지원받아 기술개발을 하고, 협약이 해약되었을 경우에 주관기관장인 청구법인 대표이사 최○○○는 기수령한 정부출연금 중 본 기술개발사업에 사용한 기술개발사업비를 제외한 금액을 ○○○평가원장에게 지체 없이 보고하여야 하며, 정부출연금의 잔액은 ○○○평가원장이 환수하며, 참여기업부담금의 잔액은 주관기관장 또는 참여기업 대표가 환수하는 협약을 체결한 사실을 알 수 있다. (다) 청구법인이 자체적으로 개발한 제품은 아래 표와 같이 개발기간이 단기이고, 품질개선, 외형축소 등을 한 제품이다.
○○○ (라) 쟁점급여는 아래 표와 같이 전체 연구소 직원 급여 중 1999.8.1.부터 2001.12.31.까지 전용기연구소 직원 급여 ○○○원과 1999.1.1.부터 2001.12.31.까지 용접기연구소 직원 급여 ○○○원을 합계한 금액이다.○○○
1. 처분청은 1999.8.자 ○○○개발을 위한 "○○○개발사업계획서"에 전용기연구소의 강○○○(총괄책임자), 최○○○, 박○○○, 안○○○, 이○○○, 나○○○이 동 개발사업의 연구원으로 기재되어 있는 사실과 용접기연구소 연구원들의 제품개발관련 기안지 등을 근거로 쟁점급여는 정부출연개발사업과 자체개발사업의 연구개발활동에 직접 종사한 인원에 대한 급여이므로 법인세법상의 연구개발비에 해당한다고 주장하고 있다.
2. 이에 대하여 청구법인은 1999∼2001기간 중의 전용기연구소의 주간업무계획을 제시하면서 동 업무계획에는 기존 고객의 요구에 의한 설계변경, 연구자료수집, 해외출장 등의 내용이 기재되어 있는 바, 쟁점급여는 법인세법상의 연구개발비가 아니라고 주장하고 있다.
3. ○○○ 개발사업은 제1공장 전용기연구소의 강○○○외 6명(○○○개발사업계획서, ○○○개발사업비 사용실적보고서에 누락된 유무상에 대한 급여 포함)이 참여하였는 바, 제1공장 전용기연구소 직원의 급여 중 ○○○ 개발사업에 참여한 연구원의 급여는 아래와 같이 1999사업연도○○○원 중 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원 중 ○○○원, 2001사업연도 ○○○원 중○○○원이고, ○○○개발사업계획서 및 ○○○개발사업비 사용실적보고서 등에 의해 확인되는 각 연구원별 참여율 중 산업기반기술개발사업비 사용실적보고서상의 ○○○ 개발사업 참여율 40% 적용하여 연구원의 급여를 안분한 금액은 1999사업연도 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원, 2001사업연도 ○○○원, 합계 ○○○원이다.
○○○ ※ 연구계획서 및 사용실적보고서에 유무상이 연구원으로 기재되어 있지 않지만 청구법인은 ○○○연구개발에 참여한 것으로 소명함
4. ○○○ 용접시스템 개발사업은 제2공장 용접기연구소의 안○○○외 5명이 참여하였는 바, ○○○ 용접시스템 개발사업의 기간은 2001.7.1.부터 2003.6.30.까지이므로 용접기 연구소 직원의 1999사업연도 급여 ○○○원, 2000사업연도 급여 ○○○원은 정부출연개발사업과 관련이 없고, 제2공장 용접기연구소 직원의 급여 중 ○○○용접시스템개발사업에 참여한 연구원의 급여는 아래와 같이 2001사업연도 ○○○원이며, ○○○용접시스템개발 계획서에 포함된 연구원의 참여율을 기준으로 산정한 각 연구원의 급여는 ○○○원이다.
○○○ (마) 2002년 8월 청구법인의 대표이사 최○○○는 "청구법인은 1997∼2001사업연도에 당기비용으로 처리한 쟁점연구개발비는 신제품 및 신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 개발비로서 이연자산에 해당됨을 확인합니다"라는 확인서를 작성하였고, 청구법인의 용접기팀장 이○○○도 "본인은 1988.3월 ○○○ (주)○○○에 입사한 뒤 용접기(범○○○) 연구소에서 현재 근무하고 있으며, 정부출연개발사업과 자체개발사업에 의한 개발제품은 동 연구소에서 신제품 및 신기술을 개발한 실적이며 모두 상품화되었음을 확인"하는 확인서를 작성하였으나, 이 건 심판청구시에 청구법인은 처분청의 조사공무원이 기재하여 과세의 근거로 삼은 위 확인서의 "미래의 경제적 효익과 … 이연자산에 해당된다"라는 문구를 수정하여 줄 것을 요청하였으나 거부당한 상황에서 기명날인한 것이고, 연구개발비에 대한 자산성 유무는 청구법인의 대표이사와 실무자가 판단할 사안이 아니라 회계감사인과 같은 세무회계전문가가 판단함이 타당하다고 주장하고 있다. (바) 2002.10.2. ○○○회계법인 대표이사 양○○○는 "청구법인이 경상연구개발비로 회계처리한 것 중 대부분의 금액은 기업회계기준해석 제2항에서 규정하고 있는 기존 제품의 품질개선을 위한 일상적인 노력, 계속적 영업활동의 일환으로 특정요구사항이나 고객의 요구에 따라 제품 등을 유연성 있게 변경하는 활동 및 기존제품에 대한 정기적 설계변경과 관련하여 발생된 비용이므로 발생한 기간의 제조원가 및 판매비와 관리비로 회계처리한 것입니다. 또한 일부 프로젝트와 관련하여 발생한 연구개발 관련비용은 기업회계기준해석 제5항에서 규정하고 있는 5가지의 요건을 모두 충족하고 있지 아니하며 특히 연구개발활동으로 인한 미래의 경제적 효과와 이익을 기대하는 것이 매우 불확실하여 기업회계기준에 따라 자산으로 인식할 수 없으므로 발생한 기간의 비용으로 회계처리한 것입니다. 따라서 본 감사인의 전문가적인 판단에 따르면 상기 회사의 연구개발 관련비용의 회계처리는 기업회계기준에 따라 적정하게 처리된 것입니다."라는 의견서를 작성·제출하였다.
(3) 위 사실관계 및 기업회계기준해석 등을 토대로 쟁점연구개발비가 법인세법상의 연구개발비에 해당하여 5년간 매사업연도에 균등액을 손금에 산입하여야 하는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인은 회계감사인의 의견에 따라 쟁점연구개발비의 자산성을 부인하고 당기의 손금으로 산입하였으나, ○○○평가원장이 2000.10.2. 청구법인에게 통보한 "○○○개발산업 과제의 중간평가 결과" 및 청구법인이 2002.3.20. ○○○평가원장에게 제출한 최종보고서에 의하면, 청구법인이○○○용접기 개발과제를 효과적으로 수행하여 미래의 경제적 효과와 이익을 기대하고 있는 것으로 기재되어 있고, ○○○ 용접시스템 개발사업과 관련한 산업기술개발사업협약서상에도 청구법인은 미래의 경제적 효과와 이익을 기대하고 정부출연금을 지원 받았으며, 처분청 조사 당시에도 협약을 해약하지 아니하고 개발사업을 진행한 사실이 확인된다. 따라서 정부출연제품개발비와 이에 해당하는 연구소 직원의 급여는 이연자산으로 계상하여 5년간 매사업연도에 균등액을 상각하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점제품의 설명서 등에 의하면 자체개발제품은 특별히 신기술 및 신제품에 이를 정도로 고도의 연구개발사업으로 보여지지 아니하고 기업회계기준해석 제2항의 일상적 제품검사를 포함한 상업생산중의 품질관리, 기존제품의 품질개선을 위한 일상적 노력, 계속적 영업활동의 일환으로 특정요구 사항이나 고객의 요구에 따라 기존생산능력을 유연성 있게 변경하는 것, 기존 제품에 대한 계절적 또는 정기적 설계변경 등에 해당하는 것으로 보여진다. 또한 전용기연구소의 주간업무계획으로 볼 때에도 전용기연구소 연구원들의 주된 업무는 자동차 회사의 라인변경, 신차생산라인증설 등 고객의 요구에 따라 기존 용접기의 용량을 증대하거나 이동성을 편리하게 하는 등 기존제품의 품질개선을 위한 설계업무가 대부분인 것으로 확인된다. 따라서 자체개발제품개발비와 이에 해당하는 연구소 직원의 급여는 경상개발비에 해당하므로 법인세법상 연구개발비로 보아 손금을 인정하지 아니한 처분은 부당한 것으로 판단된다. (다) 따라서, 처분청은 쟁점연구개발비 중 정부출연개발비와 이에 해당하는 연구소 직원의 급여를 제외한 자체연구개발비와 이에 해당하는 연구소 직원의 급여를 각 사업연도 손금으로 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다
결정 내용은 붙임과 같습니다.