쟁점 세금계산서가 정당한 세금계산서인지 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 2003.2.13. 청구법인에게 한 2001년 제2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 수지첨가제를 제조·판매하는 법인으로, 대표이사 송OO이 2000.3.2. 개인명의로 OO도 OO시 OOO OOO OOOOOO 대지 10,778.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 공장건물 5개동 4,976.5㎡을 신축하는 과정에서 동 공장건물중 가동과 나동 1,984㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 자신을 발주자로 하여 도급계약을 체결하고, 2001년 제2기중 (주)OO종합건설등 5인의 시공자로부터 공급가액 OOO,OOO,OOO원의 매입세금계산서 8매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액 OO,OOO,OOO원을 공제받았다. 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2003.2.13. 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 (주)OO종합건설등 5인과 쟁점공장의 도급계약를 체결하고 건설용역을 발주하였으나, 쟁점공장의 준공단계에서 쟁점토지가 송OO의 소유로 되어 있어 쟁점공장을 청구법인 명의로 등기할 수가 없음을 알고 이를 대지의 소유자인 송OO에게 양도하였으므로 청구법인이 양도전에 시공자등으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서이며, 따라서 이에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 대표이사 송OO은 자신을 쟁점공장의 건축주로 하여 건축허가를 받았고, 쟁점공장을 준공한 후 자신의 명의로 보존등기하였으며, 자신을 임대자로 하여 정OO외 4인에게 쟁점공장을 임대한 점등으로 보아 쟁점공장의 건축용역을 공급받은 자는 쟁점공장의 소유자인 송OO이므로 청구법인을 쟁점공장의 건축용역을 공급받은 자로 하여 교부된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이며, 이에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 대표이사가 개인명의로 취득한 토지상에 공장건물을 신축하면서 청구법인 명의로 도급계약을 체결하고 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조(납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인의 대표이사 송OO은 2000.3.22. OOOOOO관리공단으로부터 쟁점토지를 취득하고 2000.6.10 자신의 명의로 쟁점공장의 건축허가를 받았으나, 청구법인은 쟁점공장의 신축과 관련하여 2001.9.13.～ 2001.11.19.기간중 자신을 발주자로 하고 (주)OO종합건설등 3인의 건설회사를 시공자로 하여 쟁점공장의 건설도급계약을 체결하였으며, 공사가 진행되던 2001년 제2기중 위 3인의 시공자와 (주)OO산업건설등 3인의 기타공사용역의 제공자에게 대금을 지급한 후 위 6인의 시공자로부터 쟁점세금계산서를 교부받고 이를 건설가계정으로 자산에 계상한 후 2001년 제2기분 부가가치세 신고시 관련매입세액을 공제받았다. (나) 청구법인은 건축허가자인 송OO 명의로 2002.1월 쟁점공장의 사용승인을 받고, 2002.2.5. 건축물대장에 등재한 후2002.4.4.～2002.7.1. 기간중 공부상 명의자인 송OO을 쟁점공장의 임대자로 하여 아래 표와 같이 정OO외 2인에게 임대하였다. (다) 청구법인은 2001.7.10 쟁점공장을 송OO에게 5억5천만원에 양도하기로 매매계약을 체결하고, 2002.7.31. 송OO에게 쟁점공장을 명도하면서 매출세금계산서를 교부하였으며, 송OO은 쟁점공장을 2002.8.28. 자신의 명의로 보존등기하였고, 청구법인은 쟁점공장의 매매대금 및 부가가치세의 합계액 OOOOO원을 송OO에 대한 차입금과 상계하는 방식으로 2002.7.10. OOO원, 2002.7.31. OOOOO원, 2002.11.30 OOO원, 2002.12.31. OOOOO원을 회수하였으며, 2003.1.25. 2002년 제1기분 쟁점공장의 임대료에 대하여 법인명의로 세금계산서를 교부하여 수정신고하였고, 2002년제2기분 부가가치세 신고시에 쟁점공장의 양도가액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였다.

4. 이러한 사실은 처분청이 제출한 쟁점토지 및 쟁점공장의 등기부등본, 쟁점공장의 건축물관리대장·도급계약서·쟁점세금계산서, 쟁점공장의 임대차계약서 및 임대료에 대한 세금계산서, 쟁점공장의 매매계약서 및 관련세금계산서, 2001년 제2기 내지 2002년 제2기분 부가가치세 신고서 및 수정신고서등에 의해 확인된다.

(2) 판 단 (가) 청구법인이 제출한 쟁점공장의 건설도급계약서에 의하면 청구법인은 자신을 발주자로 하여 (주)OO종합건설등 3인과 쟁점공장에 대한 건설도급계약을 체결하였고, 청구법인의 자산계정을 보면 청구법인이 쟁점공장의 공사대금을 지급하고 이를 건설가계정과목으로 자산에 계상하였으며, 공사대금중 OO원은 2001.10.30. OO은행 OOOO지점에서 대출받아 지급하고 이에 대한 지급이자를 건설자금이자로 계상하고 있는 점을 감안하면 청구법인이 쟁점공장의 공사용역을 제공받고 그 대금을 실제 지급한 것으로 인정된다. (나) 청구법인이 제출한 쟁점공장의 매매대금의 회수내역을 보면 주주종업원단기채무계정에 기재된 송OO에 대한 채무와 상계하였는 바, 청구법인의 자금조달 및 그 사용내역을 보면 대부분 송OO의 (주)OO은행 OOOO지점계좌(OOOOOOOOOOOOO)와 OO은행 OO동지점계좌(OOOOOOOOOOOOOO)에서 인출되어 청구법인의 (주)OO은행 OOOO지점계좌(OOOOOOOOOOOOO)와 (주)OO은행 OO지점계좌(OOOOOOOOOOOOO)에 입금되는 방식으로 조달하여 이를 공사대금등으로 사용하고 주주종업원단기채무계정에 송OO에 대한 채무로 계상하고 있는 점이 확인되므로 주주종업원단기채무계정에 계상된 송OO에 대한 채무는 실채무로 인정되고, 동 채무와 상계하는 방식으로 회수된 쟁점공장의 매매대금은 실제로 회수된 금액이라고 판단된다. (다) 청구법인은 쟁점공장의 명도일인 2002.7.31이전에 송OO을 임대자로 하여 임대차계약을 체결한 정OO등에 대한 임대료에 대하여 청구법인을 임대자로 하여 O,OOO,OOO원의 매출세금계산서를 교부하고 2003.1.25. 2002년제1기분 부가가치세를 수정신고하였으며, 쟁점공장의 양도와 관련하여 명도일인 2002.7.31을 공급일자로 하여 공급가액 OOOOO원의 매출세금계산서를 교부한 후 이를 2002년제2기분 부가가치세 과세표준으로 신고하여 매출세액 OOOO원을 납부하였음이 확인되므로 청구법인은 쟁점공장의 임대 및 양도와 관련하여 적법하게 부가가치세를 신고납부하였다고 하겠다. (라) 따라서, 청구법인이 쟁점공장의 건설용역을 제공받고 대금을 지급한 후 공급받는 자를 청구법인으로 하여 쟁점세금계산서를 교부받은 이상 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서에 해당하는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.