조세심판원 심판청구 부가가치세

재활용폐자원에 대한 매입세액공제를 배제한 처분

사건번호 국심-2003-중-0194 선고일 2003.04.25

미등록 개인사업자로부터 폐자원을 매입했다라도 공급대가의 합계액이 간이과세 규모인 경우 재활용폐자원에 대한 매입세액공제 가능함

주 문

○○○세무서장이 2002.10.8. 청구법인에게 한 부가가치세 1998년 2기분 ○○○원, 1999년 1기분 ○○○원, 1999년 2기분 ○○○원, 2000년 1기분 ○○○원, 2000년 2기분 ○○○원, 2001년 1기분 ○○○원, 2001년 2기분 ○○○원, 합계 ○○○원과 법인세 1998사업연도 ○○○원, 1999사업연도 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원, 2001사업연도 ○○○원,합계 ○○○원의 부과처분 및 소득금액 1998년 ○○○원, 1999년 ○○○원, 2000년 ○○○원, 2001년 ○○○원, 합계 ○○○원에 대한 대표자 상여처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구법인은 폐자원재활용을 목적으로 부가가치세 일반사업자·간이과세자, 면세사업자, 비사업자(이하 "쟁점사업자"라 한다)로부터 폐 스테인리스를 수집하여 제련업체에 납품하는 중소도매업체로 조세특례제한법 제108조 (재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례)의 규정에 따라 부가가치세 신고시 부가가치세 면세사업자 또는 간이과세자로부터 매입한 재활용폐자원에 대하여 108분의 8을 매입세액으로 특별공제하고 있다. 처분청은 청구법인이 1998년 2기부터 2001년 2기까지 매입세액을 특별공제한 재활용폐자원중 30명의 미등록과세사업자로부터 매입한 ○○○원(이하 "쟁점1거래"라 한다)에 대하여 매입세액공제 특례를 부인하고, 주민등록번호기재가 오류로 나타난 11명의 거래처로부터 매입한 폐자원 ○○○원(이하 "쟁점2거래"라 한다)을 가공자료라고 하여 원가를 부인하여 2002.10.8. 청구법인에게 주문기재의 법인세 ○○○원과 부가가치세 ○○○원을 결정고지하고 손금불산입한 소득금액 ○○○원)를 가공매입로 보아 원가를 손금불산입처분함은 부당하다.

(3) 청구법인이 간이과세자 내지 비사업자 30명과 거래한 쟁점1거래는 납품자 1인이 1과세기간중 1∼2회정도 납품한 거래로 인적사항을 비치기록하고 있고 7개 과세기간(1998.2기∼2001.2기)중 1인당 거래금액이 최저 ○○○원에서 최고 ○○○원에 불과하며 특히, 과세기간별로는 1인당 거래금액이 최저 ○○○원에서 최고 ○○○원 밖에 안되는 간이과세자 내지 비사업자임에도 처분청이 일반과세자로 보아 법인세법 제116조 제2항 의 증빙을 미수취하였다고 하여 가산세를 부과처분함은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점1거래에 대하여 고철의 거래처 (고철 수집상)의 인적사항, 거래일자, 거래금액등이 수동으로 기록된 계량확인서 이외에 대금지급의 금융자료와 대금수령인의 영수증 등을 제시하지 아니하고 폐자원매입처인 고철수집상 대부분이 일반과세자로 확인되므로 조세특례제한법의 매입세액공제 특례규정의 적용을 배제한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점2거래에 대하여 청구법인은 고철매입에 따른 거래처의 대금수령영수증이나 정확한 주민등록번호 등 거래증빙을 제출하지 못하고 있어 쟁점2거래를 가공매입자료로 처분한 것은 정당하다.

(3) 청구법인의 쟁점1거래는 일반과세자와의 거래임에도 매입세금계산서를 교부받지 아니하여 법인세법 제116조 제2항 및 법인세법 제76조 에 따라 가산세를 적용한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

(1) 부가가치세 미등록사업자로부터 매입한 재활용폐자원에 대한 매입세액특별공제 가능 여부

(2) 고철을 납품한 비사업자의 주민등록번호가 틀리고 매입대금을 현금으로 지급하였다고 하여 가공매입자료로 볼 수 있는지 여부

(3) 1과세기간중 1∼2회 납품하는 부가가치세 미등록 사업자를 일반과세자로 보아 증빙미수취가산세를 적용할 수 있는지 여부

  • 나. 관련법령 이건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서

3. 제121조 및 소득세법 제163조 의 규정에 의한 계산서 법인세법시행령 제158조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법 제116조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사업자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업자를 말한다.

1. 법인. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 제외한다.

  • 가. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관 련된 부분은 제외한다)
  • 나. 국가 및 지방자치단체
  • 다. 금융보험업을 영위하는 법인(소득세법시행령 제208조 의 2 제1항 제3호의 규정에 의한 금융·보험용역을 제공하는 경우에 한한다)
  • 라. 국내사업장이 없는 외국법인

2. 부가가치세법 제2조 의 규정에 의한 사업자. 다만, 읍·면지역에 소재하는 부가가치세법 제25조 의 규정에 의한 간이과세자로서 여신전문금융업법에 의한 신용카드가맹점이 아닌 사업자를 제외한다.

3. 소득세법 제28조 의 규정에 의한 사업자. 다만, 동법 제120조의 규정에 의한 국내사업장이 없는 비거주자를 제외한다.

② 법 제116조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 10만원 미만인 경우

2. 농·어민(한국표준산업분류에 의한 농업 중 작물생산업·축산업·복합농업, 임업 또는 어업에 종사하는 자를 말하며, 법인을 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받은 경우

3. 소득세법 제127조 제1항 제3호 에 규정된 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받은 경우(원천징수한 것에 한한다)

4. 기타 재정경제부령이 정하는 경우 법인세법시행규칙 제79조 【지출증빙서류의 수취 특례】 영 제158조 제2항 제4호에서 “기타 재정경제부령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 경우를 말한다.

10. 다음 각목의 1에 해당하는 경우로서 공급받은 재화 또는 용역의 거래금액을 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률에 의한 금융기관을 통하여 지급한 경우로서 법 제60조의 규정에 의한 법인세과세표준신고서에 송금사실을 기재한 경비 등의 송금명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우

  • 라. 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용받는 사업자로부터 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 각호의 규정에 의한 재활용폐자원 등이나 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 재활용가능자원(동법시행규칙 별표 1 제1호 내지 제9호에 열거된 것에 한한다)을 공급받은 경우 법인세법 제76조 【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조 에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 업종·규모·지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.

③ 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 제3항의 규정에 의한 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다.

⑥ 제28조 제1항의 규정에 의하여 경정 또는 재경정한 공급대가가 제1항에서 규정하는 금액 이상인 개인사업자는 그 경정 또는 재경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다. 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제 할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 조세특례제한법시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원 등”이라 한다)의 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

1. 고 철

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 재정경제부령이 정하는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)

3. 취득연월일
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○○도 ○○○시 ○○○ 소재 대지 692.4㎡를 ○○○여자대학교로부터 연간 ○○○원에 임차하여 고철야적장과 콘테이너사무실로 사용하고 있으며, 종사직원으로는 대표이사 1명, 관리직 1명(대표이사의 처), 기사 3명(운반용 20톤차량 1대 집게차 2대), 현장 야적담당직원 2명이 상근하고 있고, 폐자원야적장에 출입하는 차량은 계근대를 통과하게 되어있어 청구법인의 야적장으로 입고되는 폐자원수량이 자동으로 컴퓨터에 기록되고 일련번호별로 계근표를 출력하여 관리보관하고 있으며 상품수불부는 거래건별로 기록하지 아니하고 세금계산서 기준으로작성되어 있다.

(2) 청구법인이 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 1호 의 규정에 따라 아래의 강○○○외 29명의 쟁점사업자로부터 매입한 폐자원 ○○○백만원에 대하여 108분의 8을 매입세액으로 공제하였으나 처분청은 쟁점사업자를 부가가치세 일반과세자로 보아 쟁점1거래의 매입세액공제 특례를 배제하였으며, 아래의 구○○○외 9명으로부터 매입한 ○○○원의 쟁점2거래에 대하여 주민등록번호오류로 거래처인적사항이 불분명하고 거래대금 지급증빙이 불비하다 하여 매출원가를 부인하였다.

○○○

(3) 쟁점1거래에 대하여 살펴본다. 재활용 폐자원 매입세액 특별공제 대상은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자 또는 간이과세자·과세특례자로부터 취득하거나 면세사업과 과세사업을 겸영하는 자의 면세사업과 관련하여 취득하는 재활용폐자원 등에 한정되는 바, 위 (표1)에 의하면 강○○○ 외 29명의 공급대가의 합계액은 ○○○원으로서 각 개별 공급자의 연간 공급대가가 1999년까지는 과세특례자, 2000년부터는 간이과세자(이하"간이과세자"라 한다.)규모(1역년의 공급대가가 48백만원 미만)에 해당되는 바, 당초 처분청에서는 이들의 인적사항이나 일반가계로부터의 매입여부 등 거래내용을 확인할 수 없고 사업자등록을 하지 않았다고 하여 매입세액공제를 부인하였다. (가) 위 관련 법령은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함) 또는 간이과세자로부터 취득하는 재활용폐자원에 대하여 재활용매입세액특별공제가 가능한 것으로 규정하고 있다. 청구법인에게 재활용폐자원을 공급한 강○○○외 29명이 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는자(일반가계)가 아닌 미등록 개인사업자라 할지라도 위 부가가치세법 제25조 제5항 의 규정에 의하여 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 간이과세 규모인 경우 최초 과세기간에는 간이과세규정을 적용받는 것이다. 처분청은 이들 공급자들이 청구법인외에 재활용폐자원 사업자들에게 폐자원을 공급하여 그 공급대가의 총액이 부가가치세법상 간이과세규모를 상회하는 것을 밝히지 않고 단순히 이들을 미등록사업자로 보고 청구법인의 부가가치세 매입세액공제 특례를 배제한 것은 사실 확인의 소홀 내지는 관련 법령을 오해한 결과로 보여지므로 강○○○외 29명으로부터 매입한 폐자원에 대해서는 이들의 1역년동안 공급대가 총액이 간이과세규모를 넘는다는 입증이 없는 한 최초 과세기간에 폐자원매입세액공제 특례 적용이 가능한 것으로 판단된다(같은 뜻 국심98부1667, 1999.3.13). (나) 또한, 청구법인이 비치하고 있는 쟁점1거래의 계량확인서에는 조세특례제한법시행령 제110조 에 규정하는 공급자의 성명, 주민등록번호, 운송차량번호, 취득가액, 취득연월일이 자필서명되어 있고, 법인세법 시행규칙 제79조 제10호 라목에서는 부가가치세의 간이과세자 및 과세특례자로부터 재활용폐자원 등을 공급받은 경우 세금계산서 등 지출증빙의 수취의무를 면제하고 있어, 처분청이 청구법인에게 매입세금계산서를 교부받지 아니하였다 하여 법인세법 제116조 제2항 및 법인세법 제76조 에 따라 가산세를 적용한 것은 사실 확인의 소홀 내지는 관련 법령을 오해한 결과로 보여지므로 지출증빙서류의 미수취가산세 적용을 배제하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 쟁점2거래에 대하여 살펴본다. 청구법인이 매입하는 폐자원은 모두 청구법인의 야적장에 차량으로 입고되며 입고시 반드시 계근대를 지나게 되어 계근대와 연결된 컴퓨터에서 자동으로 중량이 기록되도록 시설되어 있고, 청구법인이 제시한 쟁점2거래에 대한 계량확인서에 폐자원납품자의 성명, 주민등록번호, 공급가액, 취득연월일이 자필서명되어 있다. 처분청은 폐자원납품자 구○○○ 등 11명의 주민등록번호가 틀려서 실지거래여부를 확인할 수 없다고 주장하나 청구법인이 심판청구중에 제출한 주민등록번호를 살펴보면 11명중 9명은 주민등록번호 기재오류로, 1명은 정상으로, 1명에 대하여는 아직 규명되지 아니하는 것으로 밝혀지고 있으며 현재도 청구법인에게 소량의 폐자원을 납품하고 있는 김○○○, 윤○○○는 청구법인과의 거래사실확인서를 제출하였다. 청구법인이 제출한 보통예금장과 현금출납장을 연계하여보면 보통예금통장에서 인출하여 쟁점2거래의 대금을 지급하였음이 확인되고, 쟁점2거래의 대금 ○○○원중 2001년분 ○○○원과 1998년분 ○○○원에 대하여는 건별로 확인이 안되고 있으나 ○○○원에 대하여는 일자별, 거래처별, 수량, 단가, 금액등의 거래내역과 현금출납부상의 거래내용이 일치한다. 따라서, 위와 같이 계량확인서, 주민등록번호 기재오류, 보통예금장과 현금출납장의 연계검토내용으로 보아 쟁점2거래는 실지거래한 것으로 판단된다.

4. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)