세금계산서의 발행교부사실을 매출처별세금계산서 합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하였다하여 관련 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부
세금계산서의 발행교부사실을 매출처별세금계산서 합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하였다하여 관련 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부
○○○세무서장이 2003.8.13. 청구법인에게 한 2003년 제1기분 부가가치세 61,828,890원의 부과(환급결정)처분은
(1) 영세율이 적용되는 공급가액 2,188,679,490원에 대하여 매출처별세금계산서합계표미제출가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,
(2) 나머지 청구는 이를 기각합니다.
청구법인은 2002.3.18. ○○○번지에서 사료제조업으로 설립등기하고 사업자등록을 한 법인이다. 청구법인은 2003년 제1기 과세기간 중 배합사료를 축산농가에 매출하고 공급가액 2,188,679,490원의 영세율 매출세금계산서(이하 "쟁점1세금계산서"라 한다)를 발행·교부한 사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하여 2003년 제1기 확정분 부가가치세를 신고하면서, 2002.3.25. 위 사업장에 신축중인 공장(이하 "쟁점공장"이라 한다)을 ○○○영농조합법인으로부터 양수하고 2002.6.28. 쟁점공장의 소유권보존등기를 한 것과 관련하여 2003.5.1. ○○○영농조합법인으로부터 공급가액 2억원 상당의 매입세금계산서(이하 "쟁점2세금계산서"라 한다)를 교부받아 동 매입세액을 공제하여 2003.7.25. 2003년 제1기 확정분 부가가치세를 신고(117,511,095원 환급)하였다. 처분청은 2003년 8월 청구법인의 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인조사 결과, 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하여 부가가치세를 신고한 사실에 대하여 매출처별세금계산서합계표미제출가산세(쟁점1세금계산서 공급가액의 2%) 및 영세율과세표준불성실가산세(쟁점1세금계산서 공급가액의 1%)를 적용하였고, 쟁점2세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제(가산세 6백만원 포함)하여 2003.8.13. 청구법인에게 2003년 제1기분 부가가치세 61,828,890원을 환급결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.27. 이의신청을 거쳐 2003.10.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 영세율을 적용받고 있는 신설법인으로 전산프로그램을 사용하여 부가가치세신고서를 작성하였는데, 2003년 제1기 과세기간 중 영세율매출세금계산서를 정상적으로 발행·교부하였으나, 부가가치세신고서 작성시 전산입력 과정에서 영세율매출세금계산서를 "영세"로 입력하여야 하나 담당직원의 착오로 "면세"로 입력함에 따라 동 신고서상 제1면에 있는 과세표준 및 매출세액의 영세율란에 동 금액이 기재되지 않고 제2면의 면세사업 수입금액란에 자동으로 기재되면서 매출처별세금계산서합계표(갑)대신 매출처별계산서합계표(갑)이 자동으로 출력되어 동 출력물을 첨부하여 당해 과세기간 부가가치세를 신고하였다. 위와 같이, 청구법인이 매출처별세금계산서합계표를 매출처별계산서합계표로 잘못 기재한 사실과 영세율 과세표준을 면세수입금액으로 잘못 기재하여 부가가치세를 신고한 것은 단순한 전산입력착오에 의한 것이므로 이 건 가산세를 적용한 처분은 부당하다.
(2) 당초 ○○○영농조합법인이 신축중인 쟁점공장의 공사도급금액은 당초 8억 9천만원이었고, 추가공사의 필요에 따라 2억원의 공사비가 증액되어 청구법인이 10억 9천만원에 양수하기로 계약을 체결하면서 추가약정서를 체결하였는데, 동 추가공사비 2억원은 제반 추가공사, 정산 및 중대하자 등의 처리가 완료된 시점에서 지급하기로 약정하였다. 그 후, 쟁점공장의 공사비가 1억원이 증액되어 총 11억 9천만원으로 변경되었고, 2002.5.1. 쟁점공장의 신축공사가 1차 준공되어 추가약정서에 따라 공사비 9억 9천만원을 공사시공자에게 지급하였으나, 나머지 2억원은 2003.5.1. 중대하자 등이 모두 완료되어 쟁점공장의 양도자인 ○○○영농조합법인에 이를 지급하고 정상적으로 쟁점2세금계산서를 교부받은 것이므로 매입세액불공제 및 가산세를 부과함은 부당하다.
(1) 부가가치세 영의 세율을 적용받는 과세표준을 부가가치세 과세표준으로 신고하지 아니하고 단지 신고서상의 면세수입금액란에 기재하여 신고한 경우에는 영세율과세표준신고불성실가산세가 적용되는 것이므로(국세청 예규 부가 46015-1609, 1998.7.15. 참조), 영세율과세표준신고불성실 가산세를 적용함은 정당하다. 또한, 청구법인은 소득세법상 매출처별계산서합계표를 제출하였을 뿐, 부가가치세법상 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하였으므로 매출처별세금계산서합계표미제출가산세를 적용한 처분은 정당하다.
(2) 당초 ○○○영농조합법인과 ○○○(주)는 쟁점공장신축공사 도급계약을 체결하였으며(착공일 2001.10.23.), 청구법인은 공사 진행중인 쟁점공장에 대하여 기지급한 공사대금 2억원을 계약금액으로 하여 모든 공사계약사항을 양도·양수하는데 합의하고 시공자인 ○○○(주)의 동의를 얻어 양도·양수계약을 체결하였음이 확인된다. 위 공사비의 정산은 2001.12월에 양도자인 ○○○영농조합법인이 이미 지급한 공사비 2억원을 유효한 것으로 하여 청구법인이 추가공사비 전액(9억 9천만원)을 시공자에게 지급하고 양도인이 기지급한 2억원은 청구법인이 양도인에게 지급하는 형식으로 하면서 그 지급시기를 건축물사용승인 후 전액 지급하기로 약정하였는 바, 추가공사에 따른 공사약정금액을 모두 지급한 사실과, 쟁점공장이 2002.5.1. 사용승인되었고 2002.6.28. 건물보존등기가 되었으며, 양수대금 2억원을 2002.12.31.자 장부상 건물가액으로 계상한 사실 등을 감안할 때, 2003.5.1. 수취한 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액불공제 및 관련 가산세를 부과한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하였다 하여 관련 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부
(2) 쟁점2세금계산서에 대하여 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제 및 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때
⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액
⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
(2) 같은 법 시행령 제70조의 3【가산세】① 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.
③ 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.
④ 법 제22조 제4항 제1호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우를 말한다.
(3) 같은 법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(4) 같은 법 제9조【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때
(5) 같은 법 시행령 제21조【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 현금판매·외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용 가능하게 되는 때
9. 기타의 경우에는 재화가 인도되거나 인도가능한 때
(1) 먼저, 청구법인이 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별세금계산서합계표가 아닌 매출처별계산서합계표에 기재한 사실에 대하여 착오로 기재된 경우로서 동 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 것으로 보아 이 건 매출처별세금계산서합계표미제출가산세 및 영세율과세표준불성실가산세를 제외할 수 있는지를 본다. (가) 청구법인은 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 잘못 기재하여 2003.7.25. 2003년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였으나, 약 1주일 후인 2003년 8월 초에 처분청의 현지조사시 계산서가 아닌 매출세금계산서를 비치·제시하였다고 주장하는 점, 청구법인이 신설법인인 점, 전산프로그램으로 부가가치세 신고서를 작성하여 신고하고 있는 점, 동 세금계산서를 교부받은 거래상대방(면세사업자인 축산농가)이 2003년 귀속분 수입금액 신고시 쟁점1세금계산서에 대하여 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 신고한 점을 감안할 때, 청구법인의 세무담담 직원이 영세율을 면세로 잘못 입력하게 됨에 따라 매출처별계산서합계표가 자동출력되어 이를 제출하게 되었다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있어 보인다. (나) 또한, 청구법인이 위와 같이 잘못 기재하여 신고하였지만, 부가가치세를 탈루하거나 조세회피의 의도를 가지고 고의로 사실과 다르게 기재하였다고 보여지지 아니한다. (다) 부가가치세법 제22조 제3항 의 단서에 의하면 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제70조의 3 제3항에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다고 규정하고 있다. (라) 청구법인은 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별 세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하여 신고한 사실이 있으므로 일단 매출처별세금계산서합계표미제출과 관련된 가산세를 부과하는 것이 원칙이다. 한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고 그와 같은 제재는 납세자에게 그 의무를 행하지 못한데에 이를 정당화할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것(대법원 95누17274, 1996.10.11. 같은 뜻)인 바, 청구법인이 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하여 신고한 것이 매출처별세금계산서합계표미제출 관련 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다. 청구법인의 경우 위에서 보는 바와 같이 쟁점1세금계산서와 관련된 거래가 있었음이 청구법인의 부가가치세신고서에 첨부된 매출처별계산서합계표 및 거래상대방의 매입처별세금계산서합계표 등에 의하여 확인되고 있고, 매출처별세금계산서합계표에 영세율 세금계산서로 기재하여야 할 것을 전산입력시 단순 착오로 면세로 잘못 입력하여 매출처별계산서합계표로 전산처리된 채로 신고하였다고 인정되는 점과, 일반적으로 청구법인과 같이 신규로 사업을 개시한 사업자의 경우 영세율매출을 면세매출로 착각할 수 있는 개연성이 있다는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점1세금계산서의 발행·교부사실을 매출처별세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별계산서합계표에 기재하여 신고한데 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당할 것이다. 따라서, 청구법인의 단순착오에 의하여 잘못 기재된 쟁점1세금계산서에 대하여 매출처별세금계산서합계표미제출가산세를 적용한 처분은 취소함이 타당할 것으로 판단된다(국심2002중937, 2002.8.30. 같은 뜻). 그러나, 부가가치세 영의 세율을 적용받는 과세표준을 부가가치세 과세표준으로 신고하지 아니하고 단지 신고서상의 면세수입금액란에 기재하여 신고한 경우에는 부가가치세법 제22조 제4항 의 영세율과세표준신고불성실가산세가 적용되는 것(국세청예규 부가 46015-1609, 1998.7.15.참조)이므로 영세율과세표준불성실가산세를 적용한 처분은 정당하다고 판단된다.
(2) 다음, 쟁점공장의 신축과 관련된 쟁점2세금계산서의 공급시기를 공장사용승인일(2002년 제1기, 2002.5.1.)로 볼 것인지, 아니면 청구법인이 주장하는 공사대금을 지급하기로 약정한 날(2003년 제1기, 2003.5.1.)로 볼 것인지 이에 대하여 본다. (가) ○○○영농조합법인과 ○○○(주)간에 쟁점공장의 신축공사에 대한 도급공사계약을 체결하였고, 2001년 12월 ○○○(주)가 동 공사비(계약금) 2억원(공급가액)의 세금계산서를 동 조합법인에 발행·교부하여 동 조합법인이 부가가치세를 신고한 사실, 위 시공사의 입회하에 2002.3.25. 청구법인과 ○○○영농조합법인간에 신축중이던 쟁점공장의 양도·양수계약을 체결한 사실, 쟁점공장의 신축공사비가 총 11억 9천만원인 사실, 쟁점공장 사용승인일이 2002.5.1.(소유권보존등기일 2002.6.28.)인 사실과, 같은 날 청구법인이 시공사인 ○○○(주)로부터 9억 9천만원에 대한 매입세금계산서를 교부받아 2002년 제1기분 부가가치세를 신고한 사실, 2003.5.1. ○○○영농조합법인으로부터 쟁점2세금계산서를 수취하여 2003년 제1기분 부가가치세를 신고한 사실 등에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. (나) 청구법인은 당초 발주자인 ○○○영농조합법인으로부터 신축 중이던 쟁점공장을 자산인수방식으로 양도·양수하였으므로 당초 발주자가 시공사에게 지급하였던 기성고에 해당되는 양도대금(2억원, 공급대가)의 공급시기는 쟁점공장의 사용승인일(2002.5.1.)이 아니라 청구법인과 동 조합법인간에 체결한 2002.3.25.자 약정서에 따라 그 대금을 지급받기로 약정한 날이 되어야 하고, 그 대금을 지급하는 시점(2003.5.1.)이 공급시기가 되어야 한다고 주장하고 있다. (다) 부가가치세법 제9조 제1항 의 규정에 의하면, 재화의 공급시기에 대하여 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때로 규정하면서, 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화의 이용이 가능하게 되는 때로 규정하고 있는 바, 청구법인이 제시하는 2002.3.25.자 약정서에 의하면 물건(신축중인 쟁점공장)의 양도는 본 약정의 체결과 동시에 이루어지면서 양수인은 제반 소유권을 행사할 수 있다고 약정되어 있는 점을 감안할 때, 위 양도·양수계약을 체결한 날(2002.3.25.)에 신축중인 쟁점공장이 양도되었다고 보이므로 이 날을 공급시기로 봄이 타당할 것이며, 처분청이 주장하는 것과 같이 적어도 같은 과세기간인 건물사용승인일(2002.5.1.)을 그 공급시기로 봄이 타당하다. (라) 그렇다면, 처분청이 쟁점2세금계산서에 대하여 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 당해 매입세액을 불공제하고 관련 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.