연구개발비 귀속시기

심판청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 2001.10.15. 정보통신연구진흥원과 연구개발협약을 체결하면서 정부출연금인 연구개발비로 1억6,800만원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 지급 받은 후 2001사업연도 법인세 신고시 국고보조금으로 보아 일시상각충당금으로 손금에 산입하여 신고하였다. 처분청은 쟁점금액을 국고보조금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 익금에 산입한 후 2003.7.19. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 48,205,370원을 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.15. 이의신청을 거쳐 2003.12.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 정보통신연구진흥원으로부터 지급받은 쟁점금액은 국고보조금이 아니라 상환의무가 있는 부채에 해당하므로 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점금액은 일시상각충당금으로 손금에 산입할 수 있는 국고보조금에 해당하지 않으며, 쟁점금액을 지급받은 후 연구성과물에 대한 매출실적도 없이 청구법인이 폐업하여 상환할 금액이 구체적으로 확정되지 않아 부채로 볼 수 없어 지급받은 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구개발협약에 따라 정보통신연구진흥원으로부터 지급받은 연구개발비의 손익 귀속시기를 언제로 할 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2001.12.31, 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제36조【국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 또는 지방재정법에 의한 보조금(이하 이 조에서 “국고보조금 등”이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)의 취득 또는 개량에 사용한 경우 당해 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득 또는 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 1년 이내에 이를 취득 또는 개량하고자 하는 경우에는 제1항의 규정을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 “사용된”은 “사용하고자 하는”으로 본다.

③ 제2항의 규정에 의하여 국고보조금 등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며，이 경우 그 금액은 합병법인 등이 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 것으로 본다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 국고보조금 등과 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산의 명세서(제2항의 경우에는 국고보조금 등의 사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

(2) 법인세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16658호로 개정되기 전의 것) 제64조 【국고보조금 등의 손금산입】

① 법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용 자산”이라 함은 사업용 고정자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 사업용 자산별로 당해 사업용 자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 또는 지방재정법에 의한 보조금 등(이하 이 조에서 “국고보조금 등”이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용 자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산: 일시상각충당금

2. 제1호외의 자산: 압축기장충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용 자산의 감가상각비(취득가액중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

2. 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑤ ∼ ⑥ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 AV 및 정보통신용 다중기기 개발을 위하여 2001.10.18. 정보통신연구진흥원과 연구개발협약서를 체결한 후, 정부출연금인 연구개발비로 2억4,000만원을 2차례에 나누어 지급받기로 하고 2001.10.15. 쟁점금액인 1억6,800만원을 지급받아 2001사업연도 법인세 신고시 국고보조금으로 일시상각충당금으로 손금에 산입하여 신고하였으나, 그 후 처분청에서 쟁점금액을 국고보조금에 해당하지 않는 것으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 경정하여 고지하자, 쟁점금액을 국고보조금이 아닌 상환의무가 있는 부채에 해당하는 것으로 보아 부채를 익금에 산입하여 법인세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 건 심판청구를 제기하였다. 처분청은 쟁점금액을 국고보조금 및 부채에 해당하지 아니하는 것으로 보아 익금에 산입한 후 청구법인에게 2001사업연도 법인세를 경정하여 고지하였음이 처분청이 제출한 2001사업연도 법인세경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 정보통신연구진흥원으로부터 지급받은 쟁점금액은 국고보조금이 아니라, 차후 상환의무가 있는 부채에 해당한다고 주장하면서, 정보통신연구진흥원과 체결한 연구개발협약서 및 회계연구원의 질의회신(01-032, 2001.3.5)을 증빙서류로 제출하고 있다. 2001.10.18. 정보통신연구진흥원과 체결한 연구개발협약서 내용을 살펴보면, 제9조(기술료 납부 등)에서 청구법인은 2003.2.28.부터 2008.2.28.까지 6차례에 걸쳐 연구개발과제의 수행결과로서 취득되는 순매출액(당해 기술이 사용되는 제품의 매출액에서 매출에누리, 환입액을 차감)의 2%를 기술료로 정보통신연구진흥원에 납부하도록 규정하고 있으며, 회계연구원의 질의회신 내용에서는 기업이 기술개발의 연구를 위하여 정부출연금으로 연구개발비를 지급받은 경우 기술개발의 성공이 거의 확실한 경우에는 차입금 등 부채로 계상한다고 회신되어있다.

(3) 정보통신연구진흥원에 의하면 청구법인이 지급받은 쟁점금액은 다른 목적에 사용하지 아니하고 연구개발에 성실히 사용한 경우에는 반환의무가 없으며, 기술료는 정보통신연구진흥원이 연구개발비를 출연하여 연구개발에 함께 참여한 연구성과에 대한 로열티 성격으로 받는 것으로 연구개발과제의 수행결과에 관계없이 무조건 납부의무가 있는 것이 아니라, 연구개발과제의 수행결과로 취득되는 순매출액이 있는 경우에만 납부의무가 있는 것으로 확인된다. 그리고, 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도)에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제43조(기업회계기준과 관행의 적용)에서 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인의 익금과 손금의 귀속사업연도에 있어서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따르도록 규정하고 있다.

(4) 이 건의 경우 청구법인이 지급받은 쟁점금액은 법인세법에서 규정하고 있는 국고보조금에 해당하지 아니한다는 점은 청구법인도 인정하고 있고, 설령, 국고보조금으로 간주하더라도 쟁점금액을 기계장치 등 사업용자산을 취득하거나 개량에 사용하지 아니하고 인건비 또는 임대료의 지급에 사용한 사실이 확인되며, 쟁점금액을 정보통신연구진흥원에 상환할 의무도 없는 것으로 확인된다. 따라서, 처분청이 법인세법의 규정에 쟁점금액을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.