자료상으로부터 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액불공제하고 손금불산입한 처분의 당부

○○○세무서장이 2003.4.17 청구법인에게 한 1999사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 토공사 등 전문건설업을 영위하는 법인으로 1999.11.30 ○○○ 소재 (주)○○○로부터 운반용역을 제공받고 공급가액 ○○○원의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 수취하여 동 매입세액 ○○○원을 매출세액에서 공제하고 1999년 2기분 부가가치세를 신고함과 동시에 동 매입금액 ○○○원을 공사원가로 손금산입하여 1999사업연도 법인세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 자료상으로 고발된 (주)○○○로부터 실물거래없이 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하고, 동 매입금액을 손금불산입하여 2003.4.17 청구법인에게 1999년 2기분 부가가치세 ○○○원, 1999사업연도 법인세 ○○○원을 결정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.6.25 이의신청을 거쳐 2003.9.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서의 거래명세표 및 입금표 사본 등과 같이 (주)○○○와 실지거래를 한 것이며, 더구나 청구법인이 그 거래대금으로 지급한 약속어음 ○○○원을 (주)○○○의 대표이사 김○○○이 배서하여 결제된 사실이 확인되는 점으로 볼 때 (주)○○○가 자료상이라고 하더라도 이를 수취한 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (주)○○○의 실질운영자 김○○○이 청구법인과 실물거래없이 쟁점세금계산서를 교부한 사실을 확인한 바 있고, 청구법인이 실제 운송용역을 제공받으면서 차량등록부 및 사업자등록증 확인등 주의의무를 다 이행하였다면 충분히 실제 사업자의 세금계산서가 아님을 알 수 있는 상황이었으므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정할 수 없다.

• 가. 쟁 점 이 건의 다툼은 쟁점세금계산서를 실물거래없이 자료상으로부터 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서생략) 법인세법 제19조 【근거과세】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.11.30 (주)○○○로부터 운송용역을 제공받고 공급가액 ○○○원의 매입세금계산서를 수취하여 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여 1999년 2기분 부가가치세를 신고한 사실 및 동 공급가액을 공사원가로 손금산입하여 1999사업연도 법인세를 신고한 사실이 확인된다.

(2) 처분청이 심리자료로 제시한 (주)○○○ 실질운영자인 김○○○의 확인서에 의하면, (주)○○○가 1997년 1기부터 2001년 1기까지의 과세기간중 청구법인을 포함한 거래처에 실물거래없이 ○○○원에 상당하는 매출세금계산서를 발행한 사실이 확인되며, 김○○○의 확인서에 의하면, 김○○○이 임○○○ 소유의 인○○○호 차량 및 기타 차량을 관리해 주면서 운송용역을 제공한 업체에 임○○○ 명의의 세금계산서를 발행하여야 하나 당시 사업자등록이 되어있지 않아 (주)○○○의 세금계산서를 교부받아 청구법인등에게 제공하였다고 확인하고 있다.

(3) 청구법인이 심리자료로 제시하는 공사도급계약서·지출결의서 및 거래명세표·약속어음 사본·○○○은행의 당좌예금통장 사본에 의하면, 청구법인이 ○○○항 ○○부두 확장구역 축조공사(공사기간 1999.9.20∼2001.5.31)와 관련하여 원도급자인 (주)○○○로부터 공사금액 21억원에 하도급받은 사실 및 동 공사현장에서 사용하기 위한 크레인을 ○○○에서 ○○○의 공사현장으로 트레일러 2대로 운반하고 그 운반비 ○○○원에 대하여 거래명세표를 첨부하여 1999.11.30 지출(청구)결의하였고, 청구법인이 1999.12.29 쟁점세금계산서의 공급대가 ○○○원에 대하여 약속어음을 발행하여 (주)○○○에 지급한 사실이 확인되며, 또한 동 약속어음이 교환되어 2000.5.3 청구법인의 ○○○은행 당좌예금통장에서 결제된 사실이 확인된다.

(4) 살피건대, 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없으나, 세금계산서의 기재내용 중 명의상의 거래상대방이 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때에는 "알지 못하였음"에 과실이 없는 경우에 한하여 매입세액으로 공제할 수 있는 것(대법원 96누617,1996.12.10)인 바, 이 건의 경우 (주)○○○의 실질운영자인 김○○○이 쟁점세금계산서를 실물거래없이 발행한 가공세금계서라고 확인한 바 있고, 청구법인에게 운송용역을 주선한 김○○○의 확인서에 의하면, 임○○○ 소유의 차량을 관리하면서 동 차량으로 운송용역을 제공한 업체에 임○○○ 명의의 세금계산서를 발행하여야 하나, 당시 사업자등록이 되어 있지 아니하여 (주)○○○로부터 세금계산서를 교부받아 청구법인 등에게 제공한 사실을 확인하고 있는 점 등을 감안할 때 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하기에는 무리가 있다고 할 것이이므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 타당하다고 할 것이다.

(5) 다만, 청구법인이 ○○○항 ○○부두 확장공사에 사용하기 위하여 크레인 및 그 부속장비를 ○○○항에서 ○○○항까지 트레일러 2대로 운반한 사실이 확인되고 있고, 처분청이 심리자료로 제시한 김○○○의 확인서에 의하면 임○○○명의의 세금계산서를 교부하여야 하나 당시 사업자등록이 되어 있지 아니하여 (주)○○○로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 청구법인 등에 교부한 사실이 확인되는 점으로 볼 때 쟁점세금계산서를 가공매입금액으로 보기보다는 위장매입금액으로 보아 법인소득금액계산시 손금으로 인정하는 것이 사실관계에 부합한다고 할 것이므로 처분청의 1999사업연도에 대한 법인세 과세처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.