매출.매입처벌계산서합계표를 미제출시 가산세적용한 처분의 당부

○○○세무서장이 2003.9.9. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 전자관 및 전자부품업을 제조하는 법인으로 중국 현지공장과 반제품 임가공계약을 체결하고 원재료를 무상수출하여 생산한 위탁가공물품을 국내에 반입하고 있어 2002년 1월∼5월 중 수입통관지세관장으로부터 공급가액 ○○○원 상당의 수입계산서(이하 "쟁점계산서"라 한다)를 교부받았으나, 2002.12.31.까지 수입통관지세관장에게 전산자료의 삭제요청을 하지 아니하고 쟁점계산서에 대하여 제출기한까지 매출·매입처별계산서합계표를 제출하지 아니하였다. 처분청은 쟁점계산서 공급가액의 1%를 매출·매입처별계산서합계표미제출가산세로 법인세에 가산하여 2003.9.9. 청구법인에게 2002사업연도 법인세○○○원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.12.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건의 경우, 부가가치세가 면제되는 물품(원자재를 반출하여 임가공한 후 재수입)으로 과세권의 행사 방해 및 조세채권의 실현을 일실케 할 어떠한 행위도 없었고, 수입계산서교부제도가 2002.1.1. 시행되면서 관세청장이 수입계산서교부를 고시로 정하도록 하였음에도 내부지시문서로 시행(2002.6.1.)하여 청구법인은 수입통관지세관장으로부터 이를 통보받지 못하여 발생한 것으로서 청구법인이 2002.6월∼12월 기간동안에 수입계산서를 교부받지 아니한 사실을 감안할 때, 고의나 납세협력의무를 해태한 사실이 없음을 알 수 있다. 위와 같이, 청구법인의 경우 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당(대법원2001두810, 2003.2.14. 같은 뜻)되므로 이 건 가산세 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 관세청장이 부가가치세가 면제되는 수입물품에 대한 수입계산서교부제도변경을 고시로 정하였음에도 세관장에게 내부지시문서로 시행(심사정책 ○○○, 2002.5.25., 2002.6.1.시행)하여 이를 알지 못하였으므로 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 주장하나, 당초 처분시 청구법인이 제출한 수입계산서교부제도 변경안내(2002.5.28. ○○○관세사 사무소에서 청구법인의 김○○○ 차장에게 보냄) 및 2003.6.24. 관세청 ○○○과에 보낸 수입계산서 부가가치세 신고의 건 등을 살펴보면, 청구법인은 수입계산서교부제도 변경내용을 2002.5.28. 이미 알고 있었다고 인정된다. 그렇다면, 청구법인은 수입통관지세관장에게 2002.1월∼5월분 수입계산서의 전산삭제 요청을 하지 않았고, 기한내에 매출·매입처별계산서합계표를 제출하지 않았으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2002.1월∼5월 중 쟁점계산서를 교부받고 2002.12.31.까지 쟁점계산서의 전산자료 삭제요청을 하지 아니하고 매출·매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한데 대하여 가산세를 적용한 처분이 정당한지
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제121조 【계산서의 작성·교부 등】③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에게 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서를 교부하여야 한다.

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 “매출·매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(2) 같은 법 제76조【가산세】⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (이하생략)

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

(3) 같은 법 시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】① 소득세법시행령 제211조·제211조의 2 및 제212조의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다. (4) 소득세법 제163조 【계산서의 작성·교부 등】③ 수입하는 재화에 대하여는 세관장이 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.

(5) 같은 법 시행령 제212조의 2【수입계산서】① 법 제163조 제3항의 규정에 의하여 교부하는 계산서는 제211조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하여 고시하는 바에 의한다.

② 세관장은 부가가치세법 제12조 제2항 제2호 내지 제14호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화의 수입에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 계산서를 교부하지 아니할 수 있다. 다만, 재화의 수입자가 사업자등록증을 제시하고 계산서의 교부를 요구하는 경우에는 계산서를 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 원재료를 중국의 현지공장에 무상수출하였다가 위탁가공한 제품을 국내에 반입하면서 2002.1월∼5월 기간동안 수입통관지세관장으로부터 쟁점계산서를 교부받았고, 2002.6.1.부터는 수입계산서의 교부신청을 하지 아니하여 계산서를 교부받지 아니하였으며, 기 교부받은 쟁점계산서에 대하여 2002.12.31.까지 수입통관지세관장에게 전산자료의 삭제요청을 하지 아니하고 제출기한 내에 매출·매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 사실이 이 건 관련자료에 의하여 확인되며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구법인이 2002.12.31.까지 수입통관지세관장에게 쟁점세금계산서의 전산자료 삭제요청을 하지 아니한 채 매출·매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 이상 이 건 가산세부과가 정당하다는 주장이고, 청구법인은 신설된 제도를 시행하면서 세관장에게 내부지시 문서로만 시행하여 청구법인이 동 사실을 알지 못한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우에 해당되어 이 건 가산세를 제외함이 타당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 2002.1.1.부터 시행되는 개정된 법인세법 제121조 에 의하면, 세관장은 수입되는 재화에 대하여 계산서를 교부한다고 규정하면서, 동 계산서의 작성·교부와 관련하여 2001.12.31. 신설되고 2002.1.1.부터 시행된 소득세법시행령 제212조 의 2 제2항의 규정에 의하면, 부가가치세가 면제되는 재화의 수입에 대하여는 수입계산서를 교부하지 아니할 수 있다. 다만, 재화의 수입자가 사업자등록증을 제시하고 계산서의 교부를 요구하는 경우에는 계산서를 교부하여야 한다고 규정하였다가, 2003.1.1부터는 계산서를 반드시 교부하도록 규정하고 있음을 알 수 있다. (나) 관세청장이 세관장에게 지시한 문서(심사정책 ○○○, 2002.5.25.)에 의하여 관할세관장이 ○○○관세사무소(통관업무담당자)에 통지한 수입계산서교부제도변경안내(2002.5.28.)문에 의하면, 2002.6.1부터 부가가치세가 면제되는 물품에 대한 수입계산서를 교부하지 아니하는 것을 원칙으로 하되 납세자가 교부를 원하는 경우에만 예외적으로 교부한다고 하면서, 2002.1.1. ∼ 2002.5.31. 기간동안 기 교부된 수입계산서는 납세자가 수입계산서의 교부를 원하지 않는 경우에 한하여 기 교부내역 및 국세청 제출전산자료에서 삭제할 예정이므로 삭제를 희망하는 납세자는 2002.12.31.까지 통관지세관장에게 신청하여야 한다고 기재되어 있다. (다) 처분청은 청구법인이 제출한 위 수입계산서교부제도변경 안내문에 의하면 2002.5.28. ○○○관세사 사무소에서 청구법인의 김○○○차장에게 보낸 것으로 되어 있다 하여 2002.5.28.에 수입계산서 교부제도가 변경된 것을 인지하였다고 주장한다. 그러나, ○○○관세사 사무소에서 청구법인에게 보낸 자료는 2002.5.28. 수입계산서교부제도변경 안내문(○○○관세사 사무소 통관담당자에게 보냄)이 아니라, 관세청장이 한국관세사회 등에 보낸 공문(사본)으로서 수신: (주)○○○ 김○○○ 차장, 발신: ○○○관세사 사무소로 기재되어 있는 바, 동 자료에 의하면 이 건과 같은 재수입물품의 경우 당초 납세자가 희망하는 경우에 한하여 수입계산서를 교부하였으나, 2003.1.1.부터는 수입계산서를 반드시 교부하도록 소득세법시행령이 개정(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정)되었다고 통지하는 것이어서 동 증빙만으로는 청구법인이 2002.5.28.에 수입계산서교부제도의 변경내용을 알고 있었다고 보기 어렵다.

(3) 위의 사실관계를 종합해 볼 때, 청구법인이 2002.1.1.∼2002.5.31. 기간 중 수입통관지세관장으로부터 쟁점계산서를 교부받고 2002.12.31.까지 기 교부된 계산서에 대하여 전산자료삭제요청을 하지 아니하고 매출·매입처별계산서합계표를 기한내에 제출하지 아니한 것은 사실이나, 2002.1.1.부터 처음 시행(2001.12.31. 신설)되는 소득세법시행령 제212조 의 2 제2항에서 부가가치세가 면제되는 재화의 수입에 대하여는 수입계산서를 교부하지 아니할 수 있도록 규정하면서, 재화의 수입자가 계산서의 교부를 요구하는 경우에 계산서를 교부하도록 규정하고 있고, 세관장들이 관세사무소 등에 보낸 2002.5.28.자 수입계산서 교부제도변경안내문에 의하면, 2002.1.1.부터 2002.5.31.까지 기 교부된 수입계산서는 납세자가 수입계산서의 교부를 원하지 않는 경우에 한하여 기 교부내역 및 국세청 제출전산자료에서 삭제하겠다고 안내하였다고 하나 청구법인의 경우 동 내용을 통지받았다고 보기 어려운 점, 2002.6.1. 이후에는 계산서를 교부하지 아니한 점, 청구법인이 신설된 규정에 따라 수입계산서의 교부신청을 한 사실이 없는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 2002.1.1.∼2002.5.31. 기간동안 기 교부받은 수입계산서에 대하여 2002.12.31.까지 수입통관지세관장에게 전산자료삭제요청을 하지 아니하고 관할세무서장에게 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니하였다 하여 청구법인에게 그 의무해태를 탓하기는 어렵다고 판단되므로 이 건 가산세의 부과처분은 취소함이 타당할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.