실지사용 용도에 불구하고 공부상 용도에 따라 매입세액 불공제한 처분의 당부

○○○세무서장이 2003.8.10. 청구인에게 한 2003년도 제1기분 부가가치세 8,087,070원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 부동산임대사업에 사용하던 ○○○ 소재 기존 건축물을 2002.4.8. 멸실신고한 후, 동 소재지에 지하 1층 지상 6층 건물(지층 주차장 및 기계실 338.08㎡, 지상 1층∼3층 근린생활시설 각 252.20㎡, 246.90㎡, 246.90㎡, 4층 다가구주택 241.22㎡, 5층 다가구주택 219.48㎡, 6층 다가구주택141.09㎡, 총건물연면적은 1,685,87㎡으로 이하 "쟁점건물" 이라 한다)을 임대목적으로 신축하고자 2003.4.3. ○○○구청장으로부터 건축허가를 받은 후 이 건 처분일 현재 신축중에 있다. 쟁점건물은 건축허가시 1층∼3층은 근린생활시설로, 4층∼6층은 주택으로 허가되어 있으나, 청구인은 2003년 제1기분 부가가치세 확정신고시 쟁점건물의 신축시 발생한 공통매입세액에 대하여 4층, 5층은 사무실로 임대사용예정이라 하여 매입세액을 공제하고 6층 면적에 대해서만 주택용으로 매입세액을 불공제하여 조기환급신청하였다. 처분청은 쟁점건물의 총건물연면적 1,685,87㎡중 공부상 주택부분(건축허가서상의 주택면적 607.79㎡)을 면세사용예정으로 보아 매입세액 불공제금액 7,367,338원 및 신고불성실가산세 719,734원을 포함하여 2003.8.10. 청구인에게 2003년 제1기분 부가가치세 8,087,070원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.8.27. 이의신청을 거쳐 2003.11.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 신충중인 쟁점건물의 4층, 5층을 건축허가서상 다가구주택으로 기재되어 있는 용도에 불구하고 이를 과세사업인 사무실로임대할 목적으로 쟁점건물의 시공사인 ○○○(주)에 공사대금 151,500천원을 지급시 부가가치세 15,150천원을 함께 지급하였다. 통상 과세관청에서 공부상 사무실용도이나 실지 주거용으로 사용하는 경우 실질과세원칙을 적용하여 주택으로 보고 있는 바, 처분청이 청구인의 실지이용목적에 불구하고 단지 공부상 예정용도가 주택이라 하여 해당 면적에 대하여 매입세액을 불공제함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점건물의 4층과 5층의 용도가 건축허가서상 주택으로 되어 있으나, 신축후 상가로 임대·사용할 예정이라는 청구인의 주장은 단순한 예정으로 건축허가서상 주택을 상가로 신축할지 또는 신축후 계속하여 상가로 임대할 것인지도 알 수 없으므로 쟁점건물의 공부상 주택으로 신축하도록 허가된 부분에 대하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 당초의 건축허가서상 쟁점건물의 4층 및 5층의 용도가 주택이라 하여 동 면적이 면세사업에 사용될 것으로 보아 매입세액을 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하“공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점건물은 2003.4.3. 당초 ○○○구청장으로부터 건축허가시 지층은 주차장 및 기계실로, 1층∼3층은 근린생활시설로, 4층∼6층은 다가구주택의 용도로 건축허가를 받은 건물이나, 청구인이 4층 및 5층에 대하여 사무실로 임대사용예정이라 하여 매입세액을 공제하여 조기환급신청하였고, 처분청은 쟁점건물의 총건물연면적 1,685.87㎡중 4층 및 5층의 면적을 포함한 공부상 주택부분 607.79㎡에 대하여 면세사용예정으로 보아 매입세액을 불공제하고 이건 처분한 사실이 처분청의 부가가치세 결정결의서 등에 의하여 확인된다. 청구인은 당초 쟁점건물을 신축할 때부터 4층 및 5층을 사무실로 임대할 목적이었고, 쟁점건물의 준공후에도 동 면적을 실제 사무실로 임대하고 있음을 주장하면서, 쟁점건물의 당초 및 변경된 건축허가서, 등기부등본, 일반건축물관리대장 및 쟁점건물의 2층 내지 5층에 대한 부동산임대차계약서 등을 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. 쟁점건물의 4층 및 5층은 건물신축시 다가구주택으로 건축허가를 받았으나, 2003.11.4. 근린생활시설로 변경하여 건축허가받았으며, 2004. 1.6. 쟁점건물의 준공이후 지층은 주차장으로 사용중이고, 1층은 공가상태이고, 2층∼5층은 사무실로 임대사용중이며, 6층은 청구인이 주거용으로 사용하고 있는 사실이 청구인이 제출한 증빙자료 등에 의하여 확인된다. <아래 표 참조>

○○○ 따라서, 쟁점건물의 4층 및 5층은 건물 준공전에 이미 건축허가서상 그 용도가 주택에서 근린생활시설로 변경되었고, 준공 이후에도 실제 사무실로 임대되어 과세사업에 사용되고 있는 사실이 확인되므로 처분청이 당초의 건축허가서상 예정용도가 주택이라 하여 쟁점건물의 4층 및 5층 해당 면적에 대하여 매입세액을 불공제함은 부당하므로 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.