과세표준신고기한을 경과한 후 제출한 신고서에 의한 환급의 가능 여부

심판청구번호 국심2003서 3634(2004. 2. 12)

청구법인은 3.1정신을 기념함으로서 민족문화의 발전과 사회복지증진에 기여하기 위한 목적으로 설립되어 3.1문화상과 장학금 등에 관한 사업을 영위하고 있는 재단법인으로서, 2001사업연도 중 기부금 등에 의하여 발생한 이자소득 ○○○원 등에 대하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입하므로서 기 납부된 원천징수세액 ○○○원(이하"쟁점원천징수세액"이라 한다)이 환급되는 2001사업연도 법인세과세표준 및 세액신고서를 2002.4.8 제출하였고, 2003.9.1 쟁점원천징수세액의 환급을 처분청에 신청하였다. 처분청은 청구법인이 2002.4.8 제출한 법인세과세표준신고서는 법정신고기한 내에 제출된 적법한 신고서가 아니므로 2001사업연도 중에 발생한 이자소득금액에 대한 청구법인의 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되어 기 납부한 원천징수세액은 환급할 수 없음을 2003.9.27 청구법인에게 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.11.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법 제62조 제1항 은 비영리내국법인이 과세표준신고를 하지 아니한 경우에는 이자소득에 대하여 원천징수의 방법으로 납세의무가 종결되는 것으로 본다는 것일 뿐, 법정신고기간 후에는 과세표준의 신고를 할 수 없거나 신고를 하는 경우에도 납세의무가 종결되는 것으로 해석할 수 없는 것이므로, 청구법인이 법인세과세표준신고기한이 경과한 후에 신고하였더라도 처분청은 청구인의 신고에 의하여 그 존재와 범위가 확정된 원천징수 세액을 청구법인에게 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 비영리법인이 원천징수된 이자소득에 대한 법인세를 환급 받기 위하여는 법정신고기한 내에 과세표준신고를 하여야 함에도 기한이 경과한 후에 제출한 신고서는 적법한 신고서로 볼 수 없으므로 청구법인이 기납부한 원천징수세액의 환급신청을 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 당해 사업연도 중 이자소득금액만 발생한 비영리법인이 법인세과세표준 신고기한을 경과하여 신고서를 제출한 경우 이자소득금액에 대한 원천징수납부세액의 환급이 가능한지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고)

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 이하생략

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 이하생략 (2) 법인세법 제62조 (비영리내국법인의 과세표준신고 특례)

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. ∼ 3. 이하생략

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계 할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (4) 법인세법 제99조 (비영리내국법인의 과세표준신고의 특례)

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. (5) 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (이하생략) (6) 국세기본법 제45조의3 (기한 후 신고)

① 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한 후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조 의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 의하여 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자는 기한 후 과세표준신고액에 상당하는 세액과 세법에서 정하는 가산세를 기한 후 과세표준신고서의 제출과 동시에 납부하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기한 후 과세표준신고서를 제출하고 해당 세액을 납부한 경우 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.

④ 기한 후 과세표준신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 납세의무가 있는 내국법인은 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 각 사업연도의 종료일로부터 3월 이내에 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 함에도 청구법인은 당해 사업연도 중에 이자소득금액에 대한 원천징수세액 ○○○원을 환급세액으로 계산한 법인세과세표준 및 세액신고서를 신고기간이 경과한 2002.4.8 처분청에 제출하였으므로 이는 법인세법 제60조 의 규정에 의한 적법한 신고로 볼 수 없다. 또한, 법인세법 시행령 제99조 제2항 에서는 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있으므로 청구법인의 이자소득금액에 대한 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되었음을 알 수 있다.

(2) 청구법인이 당해 사업연도에 발생한 이자소득금액에 대하여 법인세과세표준신고 기한이 경과한 후에 신고한 것이 국세기본법에 의한 기한 후 신고 또는 경정청구의 대상이 되는지에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법상 기한 후 신고제도는 무납부가산세를 경감시키고 과세관서의 무신고자 조사결정에 필요한 과세자료의 취득을 용이하게 할 목적으로 "법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부할 세액(가산세 제외)이 있는 자"가 신고하도록 한 제도인 바, 청구법인은 세법에 의하여 납부할 세액이 없으므로 청구법인의 2002.4.8자 법인세 과세표준신고는 국세기본법 제45조 의 3에 의한 기한 후 신고에 해당한다고 볼 수 없다. (나) 경정청구는 국세기본법 제45조 의 2 제1항 및 제2항에 의하여 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 과세표준 및 세액을 결정 받은 자가 할 수 있는 바, 청구법인의 경우 법정신고기한 내 과세표준신고서가 제출되지 아니하였고, 과세표준 및 세액의 결정을 받은 사실이 없어 경정청구로도 볼 수 없다.

(3) 따라서, 청구법인이 법인세 과세표준신고 기한내에 신고서를 제출하지 않음에 따라 청구법인의 이자소득금액에 대한 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되었고, 국세기본법상의 기한 후 신고나 경정청구로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점원천징수세액의 환급을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심 2002광0580, 2002.5.22외 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.