협회등록법인의 주식 양도에 대하여 대주주로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인 OOO은 1999.12.31.현재 (주)OO의 주식 6,264주를 보유하여 청구인과 국세기본법 제20조에 규정하는 친족 기타 특수관계에 해당하는 OOO(고종사촌), OOO(고종사촌), OOO(고모부), OOO(고종사촌), OOO(고모), OOO(제)(이하 “청구인 등”이라 한다)등과 함께 (주)OO의 주식을 35,235주(2000.1.29. 액면분할로 352,350주가 됨, 당해 법인 전체주식의 3.5%)를 보유하던 자로서 2000년도 중 코스닥시장을 통하여 (주)OO의 주식 62,640주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고 1,393,410,000원을 수취하였다. 처분청은 청구인 등이 1999.12.31.현재 (주)OO의 총발행주식의 3.5% 지분을 보유하였고, 2000년도 중 코스닥시장을 통하여 동 주식 266,965주를 양도하였는 바, 소득세법 제94조 제4호 및 같은 법 시행령 제157조 제5항에서 규정하는 양도소득세 과세요건(주식보유비율 3%이상)을 충족한다 하여 2003.8.14. 쟁점주식의 양도에 대하여 청구인에게 2000년 귀속 양도소득세 188,504,430원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 1998.12.31.자로 신설된 소득세법 시행령 제157조 제5항 제2호의 규정에 의하면, 당해 법인의 주식 합계액의 5/100 이상의 주식을 보유하는 경우에는 대주주에 해당되는 바, 청구인 등이 (주)OO의 주식취득 당시에는 당해 법인 총발행주식의 3.5% 지분을 보유하여 대주주에 해당되지 아니함에도, 1999.12.31. 관련세법의 개정으로 청구인 등이 당해 법인 총발행주식의 3% 이상의 지분을 보유하는 대주주에 해당된다하여 청구인의 쟁점주식 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인 등은 (주)OO의 주식을 취득할 때에는 그 당시 관련세법에 의한 대주주요건(보유주식비율 5%)에 미달되므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하고 있으나, 이 건 양도소득세 과세요건은 쟁점주식의 양도당시 적용되는 세법에 의하여 판단하는 것인 바, 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 총발행주식의 3%이상을 보유하여 과세요건을 충족하므로 쟁점주식의 양도에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 증권거래법에 의한 협회등록법인인 (주)OO의 주식 양도에 대하여 청구인 등을 대주주로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다. 소득세법 제94조【양도소득의 범위】 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대 통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법 시행령 제157조【토지 등의 범위】

④ 법 제94조 제3호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 증권거래 법 제2조 제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이장에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주 등”이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 (이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행 령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 경우 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

⑤ 법 제94조 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제158조제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 등으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 주권상장법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 것은 제외한다.

• 다. 협회중개시장을 통하여 양도하는 것

2. 제1호 각목의 1에 해당하는 것으로서 주권상장법인외의 법인의 대주주 등이 양도하는 주식

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 2000년도 중 양도한 쟁점주식은 1999년도 중에 취득한 주식으로 청구인과 국세기본법 제20조에 규정하는 특수관계에 해당하는 자의 보유주식과 합하여 총 35,235주의 주식을 보유하여 1999.12.31. 현재 당해법인의 총발행주식 대비 3%이상을 보유한 사실과 특수관계에 해당되는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 상장주식 또는 협회중개시장(KOSDAQ)등록 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 과세하는 제도는 1998.12.31. 세법 개정시 신설되어 1999.1.1이후 양도분부터 적용하는 것으로 상장주식을 이용한 변칙증여의 방지 및 다른 자산과의 과세형평을 기하기 위하여 대주주가 상장주식 등을 대량으로 양도하는 경우에도 양도소득세를 과세하기 위한 제도로서 양도소득세 과세요건(당해 법인 총발행주식의 5%이상 보유, 1%이상 양도)이 지나치게 높아 과세의 실효성이 떨어지는 문제점을 보완하고 과세요건을 명확히 하기 위하여 1999.12.31. 관련규정을 개정하여 양도소득세 과세요건을 “당해 법인의 총발행주식의 3% 이상”으로 과세요건을 강화한 것으로 보인다. 청구인은 청구인 등이 1999년 쟁점주식을 취득할 당시에는 1999.12.31. 개정되기 전 소득세법 시행령 제157조 규정에 의하여 당해 법인의 총발행주식 대비 5% 미만을 보유하여 대주주에 해당되지 아니하나, 1999.12.31. 관련 규정을 개정하여 대주주의 해당요건을 “당해 법인의 총발행주식 대비 3% 이상 보유”로 개정함에 따라 청구인 등이 대주주에 해당되었으므로 경과조치를 두어 소급과세를 방지하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 1999.12.31. 개정된 소득세법 시행령에는 상장주식 등의 양도시 양도소득세 과세요건을 강화하면서 별도의 경과조치 등을 규정하고 있지 아니하므로 2000.1.1. 이후 코스닥주식을 양도한 이 건의 경우 1999.12.31. 개정된 소득세법 제94조 제4호 및 같은 법 시행령 제157조의 규정에 의하여 양도소득세의 과세요건을 판단하는 것이며, 동 규정에 의하여 과세요건이 충족된다는 점에 대하여 이론이 있을 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.