세액감면신청을 하지 않은 경우 경정처분시 감면을 받을 수 있는지 여부

심판청구번호 국심2003서 3307(2004. 4. 1) �595,572,930원과 2003.5.1 청구법인에게 한 법인세 3건 111,427,840원(1998사업연도분 24,192,020원, 1999사업연도분 50,499,820원, 2000사업연도분 36,736,000원)의 부과처분은 각 사업연도에 중소제조업등에대한특별세액감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

청구법인은 건물신축시 필요한 철강구조물을 제작하여 건설현장에 설치하는 사업을 영위하는 중소기업으로, 1997사업연도∼2000사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하면서 중소제조업등에대한특별세액감면은 신청하지 아니하였다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사에서 청구법인이 손금으로 계상한 금액중 가공원가 등 1,572,693,523원을 손금불산입하는 등 하여, 2003.3.27 청구법인에게 1997사업연도분 법인세 595,572,930원, 2003.5.1 청구법인에게 법인세 3건 111,427,840원(1998사업연도분 24,192,020원, 1999사업연도분 50,499,820원, 2000사업연도분 36,736,000원)을 경정고지하면서 중소제조업등에대한특별세액감면은 인정하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.6.18 이의신청을 거쳐 2003.10.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 철강구조물을 공장에서 제조하여 건설현장에서 설치하고 있는 바, 공장시설을 갖추고 건축용 철구조물 등을 제조하여 직접 시공·설치하는 산업활동은 제조업에 해당되므로 청구법인의 각사업연도 소득은 전액 제조업 소득이고, 또한 청구법인은 중소기업의 요건에 해당하고, 중소제조업등에대한특별세액감면은 법인세 과세표준 및 세액신고시 감면신청을 하지 아니한 경우에도 감면요건에 맞으면 당연히 감면해 주어야 함에도 처분청이 이 건 처분을 하면서 중소제조업등에대한특별세액감면을 인정하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 청구법인에 대한 1997∼2000사업연도분 법인세 경정시 중소제조업등에대한특별세액감면에 대하여 청구법인이 당초 법인세 신고시 동 감면신청을 하지 아니하여 인지하지도 못하였으며, 또한 청구법인은 손익계산서에 매출액을 제품매출, 상품매출, 공사매출, 부산물매출 등으로 구분하고 있고, ○○○도 ○○○군에 철강구조물 제조시설을 갖추고 제작한 철강구조물을 서울 본사에 매출하여 지점사업장에서 본사로 매출세금계산서를 발행하는 등 제조업 매출이 발생하고 있으나 본사는 건설현장에서 철골공사를 하고 동 건설용역에 대한 세금계산서를 발행하는 등 건설업 매출이 발생하고 있는 바, 각사업연도별 제조업 소득과 건설업 등의 소득이 구분되는 근거가 없어 중소제조업등에대한특별세액감면규정을 적용할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 각사업연도 법인세 신고시 중소제조업등에대한특별세액감면을 신청하지 아니하였으나 이 건 경정처분에 대하여 동 특별세액감면을 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법 제7조【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】 ① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(1996.12.30 개정)

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 같은법 시행령 제7조 【중소제조업등에 대한 특별세액감면】④ 법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다. (2) 조세특례제한법 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업，정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(1998.12.28 개정)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 같은법 시행령 제6조 【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 제143조 【구분경리】① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항，제34조, 제63조, 제64조, 제65조, 제68조，제95조, 제101조, 제102조, 제122조와 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.(1998.12.28 개정) 같은법 시행령 제136조 【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조 의 규정을 준용한다. 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 같은법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.(1999.5.24 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부등본을 보면 청구법인은 1988.4.21 철물공사업을 주업종으로 하여 설립되어 1995.4.21 철강구조물 공사업과 철구조물 제작 및 도매업을 추가하였으며, 1995.6.26 ○○○ 소재에 지점(제조공장)을 설치한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 1997∼2002사업연도분에 대한 당초 법인세 과세표준 및 세액 신고시 중소제조업등에대한특별세액감면을 신청하지 아니하였다가, 2001 및 2002사업연도분에 대하여는 2003.6.3 동 특별세액감면 상당액을 공제하여 달라는 경정청구를 하고, 처분청은 2003.7.3 동 경정청구한 세액을 환급결정하였다(2001사업연도부터는 감면대상에 건설업이 추가되어 제조업소득여부에 대한 다툼이 없음). 1997∼2000사업연도분에 대하여는 처분청이 2003.3.27 및 2003.5.1 이 건 법인세 처분을 하면서 아래와 같이 청구법인이 요구한 중소제조업등에대한특별세액감면을 인정하지 아니하였다.

○○○ (3) 조세특례제한법 제7조 제2항 및 같은법 시행령 제6조에서 '중소제조업등에대한특별세액감면을 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다'고 규정하고 있으나, 위 관련법령에서 본 바와 같이 중소제조업등에대한특별세액감면은 중소기업으로서 법령에서 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 원칙적으로 감면신청을 하여야 할 것이지만 감면신청을 하지 아니한 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없어 위 감면신청규정이 감면신청을 한 경우에만 감면을 적용한다는 강제규정으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 1997∼2000사업연도 법인세 신고시 중소제조업등에대한특별세액감면신청을 하지 않았다 하더라도 감면요건이 충족되면 세액을 감면하는 것이 타당하다고 할 것이다(국심2000서2348, 2001.5.21 ; 감심99-300, 1999.9.21 같은뜻).

(4) 청구법인이 각사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고시 처분청에 제출한 자료 등을 근거로 처분청이 제시한 자료에 의하면 청구법인의 수입금액 구성내역은 아래와 같고, 또한 청구법인은 이 건 처분의 대상이 된 사업연도에 감면대상소득과 기타소득을 구분하여 기장하지 아니하였다.

○○○

(5) 청구법인이 아래와 같이 발생한 수입금액을 위 (4)에서 본 공사수입으로 분류하였다고 하면서 제시한 관련 공사내역중의 하나인 자료(하도급계약서, 내역서)를 보면 아래와 같이 나타난다.

○○○

(6) 전시법령에 의하면 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인에 대한 업종구분은 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있는 바, 한국표준산업분류에 의하면 제조업중 구조용금속제품제조업(분류번호 2811)을 철강재 또는 비철금속재로 건물, 교량, 철탑 및 기타 구조물의 금속구조재 및 부분품, 금속조립건물 등의 건설용지 위에 직접 조립·설치·축조될 수 있는 상태의 금속구조재를 제조하는 산업활동으로 정의하면서 직접 제조한 구조재 및 금속구조물을 직접 설치하는 경우도 포함하고 있으며, 건설업의 타산업과의 관계에서도 조립식 건물 구성품 또는 구조물 및 건물장치용 기계장치 등의 제조 또는 판매를 주로 하는 사업체로서 직접 이들을 조립·설치하는 경우에는 그 주된 활동에 따라 제조 또는 판매업으로 보고, 단순히 설치만을 전문적으로 하는 별개의 부서를 독립된 사업체로 분리 파악할 수 있는 경우에만 건설업으로 분류하고 있다. 청구법인은 철강구조물 제조시설을 갖추고 제작한 구조물을 판매하거나 건설현장에서 직접 시공하는 업체로, 위 분류기준에 의하여 청구법인이 공사수입으로 분류한 내역을 보면, 청구법인 공장(청구법인의 지점)에서 건축용 철구조물 등을 제작하여 건설현장에서 직접 시공·설치한 것으로 나타나는 바, 이는 한국표준산업분류표상 제조업에 해당하여 청구법인이 영위한 업종은 제조업으로 보아야 하므로 중소제조업등에대한특별세액감면을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 1997∼2000사업연도분에 대한 이 건 법인세 처분을 함에 있어 중소제조업등에대한특별세액감면을 적용하지 아니한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.