폐유리 재활용협의회는 조합법인으로 볼 수 없음

심판청구번호 국심2003서 3125(2004. 1. 16) 隙�각각 이를 취소합니다.

청구법인은 폐유리 회수 및 처리를 위하여 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 따라 유리재활용협의회를 설립하여 사업을 영위하면서 조합법인으로 보아 조세특례제한법 제72조 의 규정에 의한 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 규정을 적용하여 각 사업연도의 법인세를 신고하였다. 처분청은 청구법인을 조합법인이 아닌 일반법인으로 보아 2003.6.15. 청구법인에게 법인세 1998사업연도 ○○○원, 1999사업연도 ○○○원, 2000사업연도 ○○○원 및 2001사업연도 ○○○원을 각각 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.9.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 한국유리공업협동조합의 등기부 및 정관에 규정된 고유목적사업인 폐유리 재활용사업을 영위하는 사업부서로, 1996년부터 폐유리 재활용사업을 시작하면서 사업구분을 명확히 하고 회계처리를 투명하게 하기 위하여 별도의 사업자등록을 하였으나, 폐유리 재활용사업 및 법인세 신고 등 제반업무는 사실상 한국유리공업협동조합에서 직접 영위하고 있어 조합법인에 해당하며, 또한, 1996사업연도부터 계속하여 조합법인으로 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세 신고를 해왔음에도 불구하고 일반법인으로 보아 소급하여 법인세를 과세하는 것은 신의성실의 원칙에도 위배되므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1996.5월 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 의하여 한국유리공업협동조합의 폐유리 재활용협의회로 허가를 받아 설립된 후 환경부의 폐기물예치금사업자단체로 승인을 얻어 별도의 사업자등록을 하였고, 한국유리공업협동조합의 구성이 재활용협의회 사업부와 유리조합 사업부로 구성되어 있으나, 사업부별로 각각 이사회와 감사가 있고, 재활용협의회 운영규정에 사업·재산 및 회계, 해산 등에 관하여 별도로 규정되어 있는 점 등으로 보아 한국유리공업협동조합과는 별도의 비영리단체에 해당하므로 일반법인으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 폐유리 재활용협의회를 한국유리공업협동조합의 조합법인으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제72조 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

① 다음 각호의 1에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 동법 제55조의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에 법인세법 제24조 의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액과 동법 제25조의 규정에 의한 접대비(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 12의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 “당기순이익과세”라 한다)한다. 다만, 당해 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

1. ∼ 4. (생 략)

5. 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회

6. ∼ 7. (생 략)

② (생 략)

③ 제1항 각호의 법인(제1항 단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기한 법인을 제외한다)은 복식부기에 의한 기장을 하지 아니할 수 있다.

④ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 유리병 및 폐유리의 회수·처리·공급을 원활하게 추진하고 재활용을 극대화하기 위한 사업을 영위하기 위하여 1996.5.14. 자원의절약과재활용촉진에관한법률 제33조 의 규정에 의하여 유리재활용협의회로 허가를 받아 환경부의 폐기물예치금사업자단체로 승인과 함께 사업자등록을 한 후, 1996사업연도부터 2002사업연도까지 조합법인으로 조세특례제한법 제72조 의 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례규정에 따라 법인세를 신고하였으며, 청구법인의 운영규정에는 주사무소를 한국유리공업협동조합 내에 두고, 사업·회원·이사 및 감사 등 임원과 운영위원회를 별도로 두도록 규정하고 있음이 청구법인이 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서와 협의회 운영규정에 의하여 확인된다. 한편, 한국유리공업협동조합은 1995.5.1. 폐유리 회수·처리사업을 위한 폐유리센타 운영과 폐유리 재활용촉진을 위한 홍보·연구·기술개발 및 폐유리 재활용사업을 영위하기 위하여 등기부등본 및 정관에 폐유리 재활용사업을 고유목적사업으로 추가하였으며, 동 조합 내에 유리재활용협의회의 사업부서를 두어 특별회계로 운영하도록 하고, 재활용사업을 위한 분담금 및 회원, 기타 필요한 사항 등을 관리하기 위하여 별도의 협의회 관리규정을 두도록 규정하고 있다. (2) 조세특례제한법 제72조 (조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)에서 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합 등의 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제13조 (과세표준) 및 제55조(세율)의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익에 100분의 12의 세율을 적용하여 법인세를 과세하도록 규정하고 있다.

(3) 청구법인의 경우 협의회 운영규정에서 사업, 회원, 이사 및 감사 등 임원과 운영위원회 등을 별도로 두고 있고, 회계처리도 특별회계로 별도로 하고 있는 점 등으로 보아 법인세법상 "법인으로 보는 단체"의 성격이 있을 수 있으나, 자원의절약과재활용촉진에관한법률에 의한 한국유리공업협동조합의 폐유리 재활용협의회로 허가 및 환경부의 폐기물예치금사업자단체로 승인을 받아 별도의 사업자등록을 한 것은 한국유리공업협동조합이 폐유리 재활용사업을 독립채산제로 운영하기 위한 것으로 판단되며, 한국유리공업협동조합의 등기부등본 및 정관에 폐유리 재활용사업이 고유목적사업으로 등재되어 있고, 하나의 사업부서로 특별회계로 운영 및 관리규정 등을 두고 있는 점 등으로 보아 한국유리공업협동조합의 사업부서의 하나로 사실상 직접 운영하여 온 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구법인을 조합법인이 아닌 일반법인으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.