개정규정시행일 이전 익금산입액이므로 부당과소신고가산세를 부과한 처분은 부당함
개정규정시행일 이전 익금산입액이므로 부당과소신고가산세를 부과한 처분은 부당함
심판청구번호 국심2003서 2835(2004. 5. 3) У�1,165,162,400원, 2001사업연도 1,835,656,360원)의 부과처분은
1. 1998∼2000사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 증자소득공제와 중소제조업등에 대한 특별세액 감면규정을 적용하고,
2. 1999∼2001사업연도 법인세 부과처분시 이전가격소득조정금액에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 일반과소신고가산세를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.
청구법인[(구)○○○]은 1996년 스위스에 모기업을 둔 ○○○사와 ○○○사가 합병하여 "○○○"로 출범함에 따라 1997.4.16.자로 의약품제조업 허가증상의 상호명을 ○○○(주)로 변경한 후, 1998년에 국내에서 ○○○(주)의 ○○○ 사업부를 인수하였으며, ○○○의 ○○○ 사업부가 수행하던 의약품의 제조·판매(제조업)와 수입·판매(무역업) 기능 모두를 청구법인으로 이전하였다.
○○○지방국세청장은 청구법인의 1997∼2001사업연도에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인은 1998, 1999사업연도에 관련법령에 의한 중소기업에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 증자소득공제 대상에 해당하지 아니하며, 2000사업연도의 경우는 중소제조업등에 대한 특별세액 감면신청서를 제출하였으나, 1998 및 1999사업연도는 이를 제출한 사실이 없으므로 위 감면규정의 적용을 배제하고, 1999∼2001사업연도 이전가격소득조정금액에 대하여는 부당과소신고가산세를 적용하여 청구법인의 각 사업연도 소득을 경정하고 그 과세자료를 처분청에 통보하였다. 처분청은 2003.5.20. 청구법인에게 1998∼2001사업연도 법인세 합계 10,461,840,580원(1998사업연도 880,138,680원, 1999사업연도 6,580,883,140원, 2000사업연도 1,165,162,400원, 2001사업연도 1,835,656,360원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 1998년 9월 유상증자를 실시하였으며, 모기업인 스위스 법인 ○○○는 청구법인의 신주(보통주 1백만주)를 전량 인수하고, 1998년 9월 증자대금 1백억원을 납입하였고, 청구법인은 1998사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 증자소득공제신청서를 적법하게 제출하였으나, 1998 및 1999사업연도의 각 사업연도소득은 전기에서 이월된 이월결손금으로 모두 공제되어 증자소득공제를 적용할 대상 소득금액이 없어, 청구법인의 1999 및 2000사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시에는 증자소득공제신청서를 별도로 제출하지 아니하여 소득공제를 적용받지 못하였다. 조세특례제한법 부칙 제12조 제3항은 1999.1.1. 이전에 (구)조세감면규제법 제93조의 규정을 적용받던 증자금액에 관하여는 동법에 의한 잔존 공제기간동안 종전의 규정에 의한다고 명시하고 있으며 청구법인의 경우, 증자소득공제 대상 증자가 1998년 9월에 있었으므로, 1998년 3개월, 1999년의 12개월 및 2000년의 9개월이 증자소득공제 대상이 됨에도 청구법인의 1998, 1999 및 2000사업연도에 대한 법인세 경정시 증자소득공제를 전혀 적용하지 아니하는 것은 부당하다. (구)조세감면규제법 기본통칙 90-0…7【경정시 증자소득공제】에서는 법인세 과세표준 신고 또는 경정시 증자소득공제액이 각 사업연도 소득금액을 초과함으로 인하여 공제받지 못한 금액이 있는 경우로서 그 후 경정 등으로 각 사업연도 소득금액이 증가된 경우에는 신고 또는 경정시에 공제받지 못한 금액을 추가로 공제한다고 명시하고 있는 바, 당초 신고시 공제대상 소득금액이 없었던 청구법인의 1998 및 1999 사업연도에 대한 법인세 경정시 증자소득공제가 당연히 적용되어야 한다. 또한 (구)조세감면규제법 제93조 제1항에 따라 (구)조세감면규제법시행령 제89조 제1항의 요건을 충족하는 법인은 증자소득공제를 받을 수 있는 것이며, 같은 조 제12항의 "증자소득공제신청서를 제출하여야 한다"는 규정은 신청을 한 경우에만 소득공제를 적용하는 신청이 공제·감면적용의 필수적요건(신청감면)인 경우에 해당되지 아니하고, 공제·감면신청이 납세자의 협력의무(당연감면)에 불과한 경우에 해당되므로 청구법인의 1999 및 2000사업연도에 대한 법인세 과세표준 경정시, 별도의 신청이 없었다 하더라도 1999사업연도의 12개월 및 2000사업연도의 9개월에 대해 증자소득공제를 적용하여야 한다.
(2) 청구법인은 1998∼2000사업연도에 (구)조세감면규제법 및 조세특례제한법 제7조 에 의거 중소제조업등에 대한 특별세액감면대상 법인에 해당하였으며, 1998 및 1999사업연도의 경우, 청구법인의 당초 법인세 과세표준 및 세액신고시에 산출세액이 없어 세액감면신청서를 제출하지 아니하였고, 2000사업연도의 경우는 산출세액이 발생하여 세액감면신청서를 제출하고 48,641,924원의 세액감면을 받은 바 있다. 한편, 서울지방국세청의 청구법인에 대한 세무조사 결과 법인세 산출세액이 증가함에 따라 중소제조업특별세액감면 금액도 변경되었는 바, 처분청은 청구법인이 당초 신고시 세액감면신청서를 제출했던 2000사업연도에 대해서는 위 세무조사 결정에 따른 법인세 경정시 감면세액을 94,135,638원으로 증액하여 고지세액에 반영하였으나, 산출세액이 없어 청구법인이 세액감면신청서를 제출하지 않았던 1998 및 1999사업연도에 대해서는 위 세무조사 결과에 따른 법인세 경정시 감면세액이 발생하였음에도 불구하고 중소제조특별세액감면을 적용하지 아니하였는 바, 1998 및 1999 사업연도 법인세 신고시 청구법인이 세액감면신청을 하지 않은 것은 당초 법인세 신고시에 감면받을 산출세액이 발생하지 아니하였기 때문이나, 법인세 세무조사의 결과로 산출세액이 발생하였고, 청구법인은 동 사업연도에 대하여 세액감면의 요건을 충족하므로 1998 및 1999사업연도에 대하여 이를 적용하지 아니한 것은 부당하다.
(3) 처분청은 법인세 경정시 1999∼2001사업연도의 이전가격소득조정금액에 대하여 '부당과소신고금액'에 해당하는 것으로 보아 과세하였으나, 첫째, 청구법인에 대한 이전가격 과세조정은 법인세법 제52조 (부당행위계산부인)의 규정을 적용하여 '시가'와 실제 거래가액의 차액을 소득조정한 것이 아니라, 국제조세조정에관한법률(이하 "국조법"이라 한다)에 따른 '정상가격'과 실제 거래가액의 차액을 소득조정한 것이며, 둘째, 국조법에 의한 익금산입 금액은 부당과소신고금액으로 열거하고 있지 아니하므로 처분청에서 쟁점 이전가격소득조정금액을 부당과소신고금액으로 간주하여 고율의 가산세율을 적용하는 것은 조세법률주의에 반하는 과세이므로 위법·부당하고 셋째, 2002.12.30. 법인세법시행령 제118조 제4항 제3의 2호를 신설하면서, 국조법의 규정에 의한 익금산입 금액을 부당과소신고금액으로 별도로 규정하는 것은 같은 항 제1호의 법인세법상의 부당행위계산부인규정에 의한 익금산입 금액에 국조법에 의한 익금산입 금액이 포함되지 않는 것이라는 당연한 사실을 재확인한 것이며, 넷째, "2002년 간추린 개정세법"에 의하면, 법인세법시행령 제118조 제3의 2호 규정의 신설 이유에 대해 "국조법 제4조의 규정에 따라 정상가격으로 과세조정되어 익금산입된 금액에 대하여 부당과소신고가산세가 적용되도록 한 것"이라고 설명하고 있는 바, 이는 과거에는 국조법에 의한 익금산입 금액이 부당과소신고가산세의 적용대상이 아니었음을 의미하는 것이다. 따라서 국조법상의 이전가격소득조정에 익금산입금액을 부당과소신고금액으로 한다는 법인세법시행령 제118조 제4항 제3의 2호의 명문규정이 신설되기 전에 발생한 금액을 부당과소신고금액으로 보아 가산세를 부과한 처분은 명백히 소급과세금지의 원칙에 반하는 것으로서 부당하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 1998 및 1999사업연도의 경우, 청구법인은 "중소기업"에 해당하지 아니하며, 2000사업연도에 증자소득공제 대상 소득금액이 있었음에도 소득공제를 신청하지 않았고, 법정신고기한 내에 수정신고 또는 경정청구가 없었다면, 세무조사에 따른 경정으로 인하여 소득금액이 증가하여도 소득공제를 적용할 수 없는 것이므로 당초처분은 정당하다.
(2) 1998 및 1999사업연도의 경우, 청구법인은 "중소기업"에 해당하지 않으므로 중소제조업 특별세액감면의 적용요건을 충족시키지 못하고 있으며, 청구법인은 1998사업연도중 ○○○(주)로부터 ○○○ 사업부를 인수한 후에도 ○○○(주)로부터 상품을 매입하여 국내도매상 등에 판매하였고 이는 한국표준산업분류에 따른 "도매업"에 해당한다. 따라서 청구법인은 제조업, 무역업 이외에 국내도매업을 겸영한 것이므로 사업수입금액을 기준으로 주업을 판단하여야 하고, 이 경우 "무역업"이 주업이 되며, 청구법인은 무역업의 중소기업판정기준을 충족시키지 못하고 있으므로 당초처분은 정당하다.
(3) 국조법에 의해 익금 산입된 금액중 고가매입은 국외특수관계자와의 거래로 인한 조세회피라는 점에서 저가매출과 그 본질이 동일하므로 법인세법시행령 제118조 제4항 제5호 규정의 적용대상이며, 법인세법상의 부당행위계산의 유형인 고가매입, 저가매출과 달리 취급할 이유가 없고, 특수관계자와의 이전가격조작에 의하여 고의로 익금을 과소계상하거나 손금을 과대계상함으로서 부당히 감소시킨 소득을 조정한 것이므로, 법인세법시행령 제118조 제4항 제6호 의 규정도 적용이 가능하다. 또한 개정세법의 취지는 이전가격 소득조정액이 부당과소신고가산세 적용대상임을 명확히 한 것에 불과하며, 법 개정 전에도 적용대상이었음을 의미한다.
(1) 청구법인이 중소기업에 해당하는지 여부 및 1998사업연도 법인세 신고시 증자소득공제신청서를 제출하였으나 소득금액이 없어서 적용받지 못했고, 1999 및 2000사업연도 법인세신고시에는 동 신청서를 제출하지 아니하였는데 처분청이 세무조사에 의하여 각 사업연도 소득금액이 증가된 경우에는 공제받지 못하였던 증자소득공제를 적용받을 수 있는지 여부
(2) 2000사업연도는 중소제조업특별세액감면신청서를 제출하였으나, 결손연도인 1998, 1999사업연도는 동 신청서를 제출하지 아니한 경우 처분청의 세무조사에 의하여 각사업연도의 소득금액이 증가된 경우에는 공제받지 못하였던 중소제조업특별세액 감면을 적용받을 수 있는지 여부
(3) 이전가격소득조정금액을 부당과소신고금액으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부(1999, 2000, 2001사업연도)
(1) 구 조세감면규제법 제93조 【증자소득공제】
① 대통령령이 정하는 법인이 1998년 12월 31일까지 금전출자를 받아 자본을 증가하고 자본에 관한 변경등기를 한 경우(법인설립에 관한 등기후 2년이내에 자본변경등기를 하는 경우를 제외한다)에는 그 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음 달부터 24월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업연도의 소득금액에서 공제한다. 당해 사업연도 중 자본변경등기후의 월수 공제금액＝증가된자본금액 ×------------------------- 12 ×금융기관의 이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 공제율
② 제1항의 규정은 자본을 증가한 후에 지출한 다음 각호의 금액을 합산한 매월 말일 현재의 잔액이 증가된 자본금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기관투자자가 자본을 증가한 경우에는 제2호의 규정에 의한 금액은 이를 합산하지 아니한다.
1. 법인세법 제20조 의 규정에 의한 특수관계있는 자에게 업무와 직접 관련없이 지급한 가지급금등의 합계액
2. 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 취득하기 위하여 지출한 금액의 합계액
③ ∼⑦ 생략
⑧ 제1항의 규정에 의한 공제를 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 공제신청을 하여야 한다.
⑨ 삭 제 (1997.8.30)
(2) 구 조세감면규제법시행령 제89조 【증자소득공제】
① 법 제93조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 법인으로서 당해 사업연도 중에 제2항 각호의 1에 해당하는 자로부터 금전출자를 받아 증가한 자본금액이 직전사업연도종료일 현재 법인세법시행령 제39조 제1항 의 규정에 의한 자기자본과 납입자본금중 큰 금액의 100분의 5 이상인 법인을 말한다.
② 법 제93조 제1항의 규정에 의한 금전출자는 다음 각호의 1에 해당하는 자로부터 받은 것으로 한다. 1.∼4. 생략
③ ∼⑪ 생략
⑫ 법 제93조의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 증자소득공제신청서를 제출하여야 한다.
⑬ 이하생략
(3) 구 조세감면규제법 제7조 【중소제조업등에 대한 특별세액감면】
① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.
② 삭 제
③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.
(4) 구 조세감면규제법시행령 제2조 【중소기업의 범위】
① 법 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업·광업·건설업·운수업·어업·도매업·소매업·방송업, ……을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.
1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원수가 중소기업기본법시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다)이내일 것
중소기업기본법시행령 별표 2의 기준이내일 것
3. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 중소기업기본법시행령 제2조 제2호 의 규정에 적합할 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 2과세연도까지 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업기본법 제2조 제3항 단서의 규정에 의한 사유에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제조업에 속하는 2개 이상의 사업을 겸영하거나 제조업과 무역업을 겸영하는 경우에 있어서는 사업별 사업수입금액 또는 유형자산가액(당해 사업에 직접 사용하는 유형자산가액에 한한다)이 큰 사업을 주된 사업으로 보고 그 외의 경우에 있어서는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
④ 제1항 각호의 규정에 의한 종업원수 및 자산총액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법시행령 별표 1 및 별표 2의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 2과세연도까지 중소기업으로 본다. (5) 조세특례제한법 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】
① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업，정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (6) 조세특례제한법시행령 제2조 【중소기업의 범위】
① 조세특례제한법 제4조 제1항 에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업, 광업, 건설업, 운수업, 어업，도매업, 소매업, 부가통신업, 방송업……을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업" 이라 한다)을 말한다.
① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
(8) 법인세법시행령 제118조 【과소신고금액의 계산 등】
① ∼③ 생략
④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다. 1.∼3. 생략 3의 2. 국제조세조정에 관한 법률 제4조 의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 (2002. 12. 30 신설)
4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.
5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액
6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 구 조세감면규제법시행령 제2조 규정에 의한 중소기업에 해당하며, 1998사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 증자소득공제신청서를 적법하게 제출하였으나, 1998, 1999사업연도의 각 사업연도소득은 전기에서 이월된 이월결손금으로 모두 공제되어 증자소득공제를 적용할 대상 소득금액이 없어 소득공제를 적용받지 못하였고, 청구법인의 1999, 2000사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시에는 증자소득공제신청서를 별도로 제출하지 아니하였으나, 청구법인의 경우, 증자소득공제 대상 증자가 1998년 9월에 있었으므로, 1998년 3개월, 1999년 12개월 및 2000년 9개월이 각각 증자소득공제 대상이 됨에도 처분청이 1998.∼2000사업연도에 대한 법인세 경정시 증자소득공제의 적용을 배제하는 것은 부당하다고 주장한다. (나) 먼저 청구법인이 관련규정에 의한 중소기업에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인은 1998년 9월 유상증자를 실시하였으며, 모기업인 스위스 법인 ○○○는 청구법인의 신주(보통주 1백만주)를 전량 인수하고, 1998년 9월 증자대금 1백억원을 납입한 사실, 청구법인의 이 건 증자일 이전인 1997사업연도와 ○○○(주)로부터 ○○○ 사업부를 인수한 이후인 2000사업연도는 위 규정에 의한 중소기업에 해당되는 사실, 청구법인은 1998사업연도에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 증자소득공제신청서를 적법하게 제출한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 다만, 청구법인은 스위스의 모기업이 세계적으로 합병하여 "○○○"로 출범함에 따라 1998년에 국내에서 ○○○(주)의 ○○○ 사업부가 수행하던 의약품의 제조·판매(제조업)와 수입·판매(무역업) 기능 모두를 일시적으로 인수하였으므로 그 인수품목을 도매로 분류함은 부당할 뿐만 아니라, 설사 도매로 본다 하더라도 관련규정에 따라 당해 연도 및 향후 2년간은 중소기업에 해당하는 것으로 보아야 하고, 증액경정이 있는 경우는 당연히 증자소득공제를 적용하여야 한다고 주장한다.
2. 구 조세감면규제법시행령 제2조 제1항에서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 제1호 또는 제2호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 2과세연도까지 중소기업으로 본다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 1998년에 스위스 모기업의 증자 및 사업규모의 확대로 인하여 1998, 1999사업연도의 경우 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으므로 위 규정에 의하여 당해연도인 1998사업연도 및 그 다음 과세연도인 1999, 2000사업연도까지 모두 중소기업에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 청구법인이 ○○○ 사업부가 수행하던 의약품의 제조·판매(제조업)와 수입·판매(무역업) 기능 모두를 인수하였으므로 그 인수품목을 제조업이 아닌 도매업으로 분류하여 과세한 처분이 적법한지 여부와 관계없이 청구법인은 1998∼2000사업연도 기간동안 위 규정에 의한 중소기업에 해당하는 것으로 판단된다. (다) 다음으로 청구법인이 1998사업연도 법인세 신고시 증자소득공제를 신청한 경우로서 1998, 1999사업연도는 결손신고, 2000사업연도는 흑자신고를 하였으나, 처분청이 세무조사에 의하여 경정결정함에 따라 각 사업연도 소득금액이 증가된 경우, 당초 신고시에 공제받지 못한 증자소득공제를 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.
1. 구 조세감면규제법 제93조 제8항에서 "제1항의 규정에 의한 공제를 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 공제신청을 하여야 한다."고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제89조 제12항에서 "과세표준신고와 함께 증자소득공제신청서를 제출하여야 한다"고 규정하고 있으며, 청구법인이 위 공제신청서 제출요건외에 증자소득공제의 적용요건을 모두 충족하고 있는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.
2. 위 관련규정에 의하면, 증자소득공제의 경우 "공제신청을 한 경우에 한하여 적용한다"는 표현을 하고 있지 않으므로 위 규정은 신청을 한 경우에만 소득공제를 적용하는 신청이 공제·감면의 필수적요건(신청감면)인 경우에 해당하지 아니하고, 공제·감면신청이 납세자의 협력의무(당연감면)에 불과한 경우에 해당되는 바, 청구법인의 1999, 2000사업연도에 대한 법인세 과세표준 경정시, 별도의 신청이 없었다 하더라도 1999사업연도의 12개월 및 2000사업연도의 9개월에 대하여는 증자소득공제를 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.(대법원 2000두3115, 2002.1.22., 국심 1993광 0493, 1993. 6.17. 같은 뜻임)
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1998, 1999 사업연도 법인세 신고시 감면받을 산출세액이 발생하지 아니하여 세액감면신청서를 제출하지 아니 하였으나, 법인세 세무조사의 결과로 산출세액이 발생하였고, 세액감면의 요건을 충족하므로 2000사업연도에 대하여는 중소제조업등에 대한 특별세액감면 대상임을 인정하여 세액감면을 적용하면서, 1998, 1999사업연도에 대하여 이를 적용하지 아니하는 것은 부당하다고 주장한다. (나) 처분청은 1998, 1999사업연도의 경우, "중소기업"에 해당하지 아니하며, 청구법인이 관련규정에 의한 감면신청서를 제출한 사실이 없으므로 중소제조업등에 대한 특별세액감면 규정의 적용요건을 충족시키지 못하는 것으로 보아 이 건 과세한 사실이 확인된다. (다) 청구법인이 "중소기업"에 해당하는지 여부에 대하여는 이미 쟁점(1)에서 심리한 바와 같으며, 위 감면신청서 제출요건외에 중소제조업등에 대한 특별세액감면 규정의 적용요건을 모두 충족하고 있는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없으므로 위 감면신청서 제출이 없는 경우에도 위 감면규정을 적용할 수 있는지 여부에 대하여 본다.
1. 조세감면규제법 제7조 제2항에서 "제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다."고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제7조 제4항에서 "법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다."고 규정하고 있다.
2. 중소제조업등에 대한 특별세액감면의 경우도 "쟁점(1), 증자소득공제"의 경우와 마찬가지로 위 규정에서 "공제신청을 한 경우에 한하여 적용한다"는 표현을 하고 있지 아니하므로 위 규정은 신청을 한 경우에만 소득공제를 적용하는 신청이 공제·감면의 필수적요건(신청감면)인 경우에 해당하지 아니하고, 공제·감면신청이 납세자의 협력의무(당연감면)에 불과한 경우에 해당되는 바, 청구법인의 1998, 1999사업연도에 대한 법인세 과세표준 경정시, 별도의 신청이 없었다고 하더라도 중소제조업등에 대한 특별세액감면 규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 법인세법시행령 제118조 제3의 2호 규정의 신설이유에 대해 " 국제조세조정에관한법률 제4조 의 규정에 따라 정상가격으로 과세조정되어 익금산입된 금액에 대하여 부당과소신고가산세가 적용되도록 한 것"인 바, 이는 과거에는 위 법률에 의한 익금산입 금액이 부당과소신고가산세의 적용대상이 아니었음을 의미하는 것이므로 위 규정이 신설되기 전에 발생한 금액을 부당과소신고금액으로 보아 가산세를 부과하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 것으로서 부당하다고 주장한다. (나) 법인세법 제76조 제1항 제2호 의 규정은 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 금액중 법인세법시행령 제118조 제4항 에 규정된 부당과소신고금액에 대하여는 그 산출세액상당액의 100분의 20을 가산세로 부과하고, 그 외에 미달하게 신고한 금액에 대하여는 그 산출세액 상당액의 100분의 10을 가산세로 부과하도록 규정하고 있다. (다) 한편, 2002.12.31. 대통령령 제17826호로 신설된 법인세법시행령 제118조 제4항 제3호 의 2 규정에서 국제조세조정에관한법률 제4조 의 규정에 의해 익금에 산입한 금액을 부당과소신고소득금액에 해당하는 것으로 규정하고 그 부칙에서 개정규정의 적용시기를 2003.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 명문의 규정을 두고 있는 바, 이는 위 개정규정 시행일 이전 사업연도분의 경우는 위 법률에 의한 익금산입액이 부당과소신고가산세의 적용대상이 아니었음을 의미하는 것으로서 위 규정이 신설되기 전에 발생한 익금산입액을 부당과소신고금액으로 보아 가산세를 부과하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이므로 이 건의 경우와 같이 2002.12.31.이전에 개시한 사업연도분에 대하여는 위 개정규정을 적용할 수 없는 것으로 판단된다. (라) 따라서, 2001사업연도분 이전가격소득조정금액을 부당과소신고금액으로 보아 법인세법 제76조 제1항 제2호 가목의 규정을 적용하여 가산세를 부과한 처분은 부당하므로 쟁점소득금액에 대하여 법인세법 제76조 제1항 제2호 나목의 규정을 적용하여 그 산출세액 상당액의 10%를 가산세로 부과함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.