부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심2003서 2617(2005. 5. 17.)

○○○세무서장이 2002.12.16. 청구법인에게 한 2000년 제2기 과세기간의 부가가치세에 대한 경정청구거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2000.11.20. 자산유동화에관한법률에 의하여 설립된 자산유동화전문회사로서 2000년 제2기 과세기간 중 ○○○동 105-7 ○○○빌딩 외 13건의 부동산을 취득하고 건물부분의 공급가액 58,839,451,248원에 대한 매입세금계산서를 수취하였으나, 당해 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준 확정신고시 관련 매입세액 5,883,944,890원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 매입세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다가, 2002.7.9. 쟁점매입세액은 청구법인이 영위하는 부동산임대업 관련 매입세액에 해당된다하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 영위하는 자산유동화사업 및 자산관리사업은 부가가치세법 시행령 제33조 제1항 제15호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역에 해당하는 것으로 보고, 쟁점매입세액은 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하여야 할 매입세액에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2002.12.16. 당해과세기간에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한다는 취지의 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.12. 이의신청을 거쳐 2003.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 면세사업인 자산유동화사업과 과세사업인 부동산임대업을 겸영하는 자산유동화전문회사로서 자산유동화과정에서 취득한 이 건 부동산은 취득시부터 매각하기 전까지는 면세용역인 자산유동화사업과는 독립된 별개의 과세사업인 부동산임대업과 관련하여 취득한 것으로 보아야 하며, 부동산임대용역을 금융·보험용역에서 제외하도록 규정한 부가가치세법시행령 제33조 제4항 규정이 신설되어 시행(2001.1.1)되기 이전에도 금융·보험사업자가 영위하는 부동산임대용역에 대하여 부가가치세 과세사업으로 취급하여 왔는 바, 2000.12.29. 위 규정의 신설전 과세기간에 대하여도 이 건 부동산을 과세사업용으로 보아 그 취득에 따른 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 자산유동화전문회사가 부동산을 취득하는 것은 부동산임대업을 영위하기 위한 것이라기 보다는 그 목적사업인 자산관리용역을 수행하기 위한 것으로 보아야 할 것이고, 자산유동화전문회사의 유동화 관련사업 및 자산관리용역은 당해 과세기간에 적용되는 부가가치세법 제12조 및 같은 법 시행령 제33조 제1항 제15호 규정에 의하면, 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역으로 규정되어 있으므로 쟁점매입세액을 면세사업과 관련된 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 자산유동화전문회사가 임대용 부동산을 2000.12.31. 이전에 취득한 경우, 당해 부동산 매입시 부담한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조 【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

10. 금융·보험용역으로서 대통령령이 정하는 것

(2) 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제33조【금융·보험용역의 범위】① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업을 하는 자가 제공하는 것으로 한다. 12의 3. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역 (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정 하는 토지관련매입세액

(4) 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제33조【금융·보험용역의 범위】① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

15. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사 및 자산관리자가 행하는 자산유동화사업 및 자산관리사업

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 부가가치세법시행령 제33조 제4항 규정이 신설되어 시행(2001.1.1)되기 이전에도 금융·보험업자가 제공하는 부동산임대용역에 대하여 금융업과는 별개의 부가가치세 과세사업으로 보고 건물에 대한 매입세액을 공제해 왔으므로 청구법인의 부동산임대용역에 대하여도 부가가치세 과세사업으로 보아 그 취득에 따른 매입세액을 공제하여야 한다고 주장한다.

(2) 처분청은 2000.12.29. 개정되기 이전의 부가가치세법시행령 제33조 제1항 제12의 3호에서 자산유동화전문회사의 부동산임대용역을 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역으로 규정하고 있었으므로 이 건 부동산을 면세사업에 관련된 것으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 타당하다는 의견인 바, 위 관련법령 개정일 이전에 취득한 부동산과 관련한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. (가) 청구법인은 자산유동화에관한법률에 따라 2000.11.20. 설립된 유동화전문회사로서 주업종을 금융업으로 사업자등록을 하고, 2000년 제2기 과세기간 중 취득한 부동산의 건물부분 공급가액 58,839,451,248원에 대한 매입세금계산서를 수취하였으나, 당초 부가가치세 과세표준 확정신고시 쟁점매입세액을 면세관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다가, 경정청구기한내인 2002.7.9. 쟁점매입세액을 부동산임대업 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. (나) 청구법인은 이 건 부동산을 매입한 후 부동산의 각 소재지를 사업장으로 하여 관할세무서에 부동산임대업으로 사업자등록을 필하고, 부동산임대수입금액을 부가가치세 과세표준으로 신고한 사실에 대하여는 다툼이 없다. (다) 부가가치세법 제12조 (면세) 제1항 제10호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역에 대해 "금융·보험용역으로서 대통령령이 정하는 것"으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제33조(금융·보험용역의 범위) 제1항 제12의 3호(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)에서 "자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문화사업과 같은 법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역"을 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제1조 (재화의 범위) 및 제2조(용역의 범위)에서 재화 또는 용역의 사업구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하도록 규정하고 있다. (라) 우리 심판원은 2002.5.11. 자산유동화전문회사의 표준산업분류와 관련하여 통계청장에게 유권해석을 의뢰하였는 바, 통계청장은 2002.5.16.자 회신(○○○)에서 금융기관이나 자산관리공사 등으로부터 부동산을 구입하여 이를 기초로 증권을 발행하고 일반투자자들에게 증권을 판매하여 마련한 자금으로 부동산구입 비용을 충당하고 구입한 부동산을 임대 및 처분한 수익금으로 증권을 구입한 투자자에게 상환하는 것이 주된 산업활동인 경우에는 "부동산임대 및 공급업(코드번호: 701)"에 해당한다고 회신하였다. (마) 따라서 부가가치세법상의 사업구분은 법령에서 달리 규정하는 경우를 제외하고 한국표준산업분류표에 의하도록 규정하고 있고, 동 분류표에 의하면 부동산임대업과 금융·보험업은 별개의 독립된 사업으로 구분되어 있음을 알 수 있으며, 통계청장의 위 회신내용에 의하면 부가가치세법 제12조 및 같은 법 시행령 제33조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역의 범위에 부동산임대업은 제외되는 것으로 판단된다.

(3) 한편, 대법원은 판례에서 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항 제12호의 3규정에 의한 유동화전문화사업에 대하여 유동화전문회사가 유동화자산과 관련하여 제공하는 용역 중 유동화자산을 기초로 유동화증권을 발행하고 유동화자산의 관리·운용·처분에 의한 수익금으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 행위는 부가가치세 면제대상인 금융업에 포함된다고 할 것이지만, 유동화자산인 건물을 관리하는 수단으로 제3자에게 임대하는 행위자체는 구 부가가치세법 제12조 및 구 부가가치세법시행령 제33조 제1항 에 의한 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 아니한다고 판시하고 있다(○○○).

(4) 위 사실관계 및 관련법령의 취지 등을 종합해 볼 때, 첫째, 부가가치세법상의 사업구분은 법령에서 달리 규정하는 경우를 제외하고는 한국표준산업분류표에 의하도록 규정하고 있고, 자산유동화사업에 대하여 통계청장의 한국표준산업분류표에 대한 회신내용에 의하면, 자산유동화사업을 "부동산임대 및 공급업"으로 분류하고 있는 점, 둘째, 대법원 판례에서 유동화자산인 건물을 관리하는 수단으로 제3자에게 임대하는 행위자체는 부가가치세법(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제12조 및 같은 법 시행령 제33조 제1항 규정에 의한 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 아니하는 것으로 판시하고 있는 점, 셋째, 위 규정은 특정재화 또는 용역의 공급과 특정재화의 수입에 대하여만 제한적으로 면세하도록 열거하고 있으므로 그 면세대상 사업의 범위를 정한 같은 법 시행령 제33조 제1항 제12의 3호 규정에 의한 자산유동화전문회사의 사업은 그 본질적 요소가 포함된 본래의 의미의 자산유동화전문회사의 사업만을 지칭하는 것으로 해석되는 점, 넷째, 같은 법 시행령 제33조 제1항의 규정은 개정 전(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전)이나 개정 후 규정 모두 유동화전문회사와 금융·보험사업자가 제공하는 용역을 동일하게 부가가치세가 면제되는 용역으로 규정하고 있음에도 과세관청은 금융기관의 부동산임대업을 금융업과 별개의 독립된 과세용역으로 보아 부가가치세를 과세해 온 점 등으로 보아 위 규정 개정 전에 취득한 부동산에 대하여 특별히 자산유동화전문회사의 부동산임대용역만을 부가가치세 면제용역으로 해석할 수는 없는 것으로 보이는 바, 2001.1.1. 이후 시행하는 위 개정 규정은 그동안 금융기관 등이 제공하는 부동산임대용역을 과세해 온 사실에 대한 확인적 규정으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 위 개정 후 규정을 창설적 규정으로 보고 개정 전 규정에서 2000.12.31. 이전까지는 자산유동화전문회사의 부동산임대용역을 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역으로 규정하고 있다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 타당성이 결여된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.