2. 국외에서 제공하는 용역
3. 선박 또는 항공기의 외국항행용역 부가가치세법시행령 제25조 【외국항행용역의 범위】① 법 제11조 제1항 제3호에 규정하는 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국여행사업자가 자기의 사업에 부수하여 행하는 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각호에 규정하는 것을 포함한다.(이하생략)
② 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기책임과 계산하에 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받은 국제운송용역(2000.12.29 신설)과 항공업에 의한 상업서류 송달용역(2001.12.31신설)은 제1항의 규정에 의한 외국항행용역에 포함된다. 부가가치세법 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(이하생략)
④ 대통령령이 정하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다. 부가가치세법시행령 제57조 【세금계산서 교부의무의 면제】법 제16조 제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 재화 또는 용역을 공급하는 경우로 한다.
3. 법 제11조 제1항 제1호(괄호생략)·제2호 및 제3호 (공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인의 경우와 항공기의 외국항행용역에 한한다)에 규정하는 재화 또는 용역(1982.12.31 개정)
3. 법 제11조 제1항 제1호(괄호생략), 제2호 및 제3호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인의 경우와 제25조 제1항의 규정에 의한 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 항공법에 의한 상업서류 송달용역에 한한다)에 규정하는 재화 또는 용역 (2001.12.31 개정)
(2) 쟁점②에 대한 관련법령을 살펴본다. 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산을 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 아래 과세기간 중에 국제간 상업서류 송달용역에 대하여 세금계산서를 미교부한 금액이 ○○○원인 사실 및 처분청이 위 미교부금액의 100분의 2를 세금계산서미교부가산세로 부과한 사실이 아래 <표1>과 같이 확인되며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.
○○○ (나) 청구법인이 증빙자료로 제시하는 1984.11.28자 국세청장의 예규(부가1265-2527)에 의하면, 항공법 제101조 의 2의 규정에 의하여 교통부장관으로부터 "상업서류를 포함한 견본품"의 항공운송주선업 면허를 받은 사업자가 운송의뢰인으로부터 견본품 또는 상업서류의 국제간 운송을 의뢰받고 자기의 명의로 항공운송사업자의 항공기를 이용하여 당해 견본품 또는 상업서류의 국제간 운송용역을 공급한 후 운송의뢰인으로부터 대가를 받는 경우 그 대가에 대하여는 부가가치세법 제11조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 영세율이 적용되며, 같은법 시행령 제57조 제3호의 규정에 의하여 세금계산서 교부의무는 면제되는 것이라고 유권해석한 사실 및 동 예규는 청구법인의 질의에 대한 국세청장의 회신이었음이 확인된다. (다) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 2000.4.3자 국세청장의 예규(법인46015-720)에 의하면, 상업서류송달업으로 면허를 받은 사업자가 운송의뢰인으로부터 견본품이나 상업서류의 국제간 운송을 의뢰받아 타인의 항공기를 이용하여 운송용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 운송의뢰인으로부터 받는 운송용역의 대가에 대하여 세금계산서를 교부(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우 제외)하여야 하는 것이라고 유권해석을 하고 있음이 확인된다. 처분청은 2003.7.1 동 유권해석을 한 날로부터 관련법령이 2001.12.31 개정되기 전까지의 기간에 대하여 상업서류의 국제간 운송용역에 대하여 세금계산서미교부가산세를 부과하였다. (라) 국세청장의 1984.11.28자 유권해석 당시의 부가가치세법 기본통칙 3-4-11【용선과 이용운송】제1항 제3호에 의하면, 운송주선업을 영위하는 사업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하여 자기명의로 선하증권·항공화물운송장 등을 발급하고 타인의 운송수단을 이용하여 화주에 대하여는 자기책임하에 국제간에 화물을 운송해 주고 화주로부터 운임을 받는 경우의 국제간이용운송용역은 외국항행용역에 해당하므로 영의 세율을 적용한다고 규정되어 있다. (마) 관련법령의 변동내용을 살펴보면, 1984.11.28자 국세청장의 유권해석 당시 세금계산서 교부의무의 면제를 규정한 당시의 부가가치세법시행령 제57조 제3호 에서 항공기의 외국항행용역은 세금계산서 교부의무를 면제하도록 규정하고 있고, 외국항행용역의 범위를 규정한 부가가치세법시행령 제25조 에 의하면, 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 운송하는 것을 말한다고 규정되어 있다. 또한 과세관청은 부가가치세 기본통칙 3-4-11 제1항 제3호 및 국세청예규에 의하여 국제복합운송용역 및 상업서류송달용역을 영세율 적용대상인 외국항행용역에 해당된다고 유권해석을 하고 영세율을 적용하다가 부가가치세법시행령 제25조 제2항 을 2000.12.29 신설하여 국제복합운송용역을 영세율 적용대상용역에 포함하였고, 상업서류송달용역에 대하여는 2001.12.31 개정시 추가로 위 제25조 제2항의 영세율 적용대상용역에 포함시킨 점으로 볼 때 위 부가가치세법시행령 제25조 제2항 의 규정은 창설적 효력을 지닌 규정이 아니고 종래에 예규와 관행으로 운용해 왔던 사항을 법령으로 명확히 규정한 확인규정으로 해석하는 것이 합리적이라고 판단된다. (바) 그렇다면 세금계산서 교부의무의 면제를 규정한 부가가치세법시행령 제57조 제3호 를 2001.12.31 개정하여 상업서류송달용역을 세금계산서 교부대상에서 제외한 것은 위 부가가치세법시행령 제25조 제2항과 균형을 맞추기 위한 것으로 볼 수 있으므로 부가가치세법 시행령 제57조 제3호 의 개정규정도 확인적 성격의 규정이라고 보는 것이 타당하다고 판단된다. (사) 또한 과세관청이 1984년부터 상업서류송달용역은 영세율적용대상이고 세금계산서 교부의무가 면제되는 것이라고 유권해석을 하여 청구법인이 16년 동안 아무런 문제없이 동 예규를 믿고 세금계산서를 교부하지 아니하였음에도, 과세관청이 관련법령의 개정 등 아무런 여건변동이 없는 데도 2000.4.3 위 예규를 갑자기 변경하여 이 건 과세기간(2000.4.3∼2001.12.31)의 상업서류송달용역을 세금계산서 교부대상으로 보아 미교부가산세를 과세하는 것은 세법해석의 합목적성에도 반하는 측면이 있다고 보아야 할 것이다. (아) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 처분청이 부가가치세법시행령 제57조 제3호 의 2001.12.31 개정내용이 2002.1.1 이후 최초로 용역을 공급하는 분부터 적용된다는 것을 반대해석하고 2000.4.3자 국세청장의 예규에 근거하여 이 건 과세기간 중 청구법인의 국제간 상업서류송달용역에 대하여 세금계산서미교부가산세를 부과한 처분은 관련법령의 취지와 성격을 오해한 부당한 처분으로 판단된다.
(2) 쟁점②는 쟁점①에서 청구주장이 인용되었으므로 심리를 생략한다.