특별부가세를 부당하게 감면받은 것으로 보아 추징한 처분의 당부

심판청구번호 국심2003서 2266(2004. 3. 23) 8pt;"> 1. 처분개요 청구법인은 부동산 임대 및 면테이프 제조공장으로 사용중이던 ○○○번지 소재 공장용지 866.1㎡, 지상 2층 공장 655.7㎡ 및 기숙사 227.01㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 청구외 박○○○에게 양도하고, 쟁점부동산 양도대금 825백만원 전액을 금융기관 부채상환에 사용하였음을 이유로 1998사업연도 법인세 과세표준 신고시 구 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의하여 특별부가세 142,192,538원을 감면신청하였는 바, 처분청은 청구법인에게 위 특별부가세 감면을 결정하였다가, 청구법인은 쟁점부동산 양도일 직전사업연도 제조업 수입금액보다 부동산 임대수입금액이 더 크므로 특별부가세 감면요건을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라, 쟁점부동산을 양도한 날로부터 3년 이내에 사실상 폐업하여 특별부가세 추징요건에 해당된다는 감사원의 감사지적을 받고, 2003.6.15 청구법인에게 1998사업연도분 법인세 217,540,360원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.7.31 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점부동산의 실제 양도시기는 1998.1.30이 아니라 1997.12.30이므로 직전사업연도 수입금액을 기준으로 한 청구법인의 주업종은 제조업으로 특별부가세 면제대상이며, 청구법인은 쟁점부동산 양도후 3년 이내에 폐업한 사실이 없을 뿐만 아니라, 청구법인은 구 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 따라 특별부가세 감면신청을 하였으나, 처분청은 같은법 제33조의 2의 규정에 따라 감면 및 추징여부를 판단한 것으로 법 적용상 오류가 있는 이 건 과세처분은 전액 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 1998사업연도 법인세 과세표준 신고시 제출한 특별부가세 면제신청서와 부동산 매매계약서상 쟁점부동산의 양도시기 및 잔금일자가 각각 1998.1.30로 기재되어 있는 바, 직전사업연도 수입금액을 기준으로 한 청구인의 주업종은 부동산 임대업으로 판단되고, 청구법인은 2002.5.13 폐업할때까지 계속사업자로서의 매출과 매입이 거의없어 토지등을 양도한 날로부터 3년 이내에 사실상 사업을 폐지한 것으로 보여지며, 청구법인은 재무구조개선계획 승인전에 부채를 상환하여 위 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의한 감면요건을 갖추지 못하였으므로 위 조세감면규제법 제33조의 2의 규정에 의하여 감면신청을 한 것으로 보아 특별부가세 감면 및 추징여부를 판단한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 특별부가세를 부당하게 감면받은 것으로 보아 감면받은 특별부가세를 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(1998.2.24 법률 제5524호로 개정되기 이전의 것) 제40조의 3 【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】 ① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.

1. 1997년 6월 30일이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 양도할 것

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관등으로 구성되는 기구(이하 "금융기관협의회"라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것

3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인(제1항 단서의 금융기관을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다.

1. 제1항 제2호의 규정에 의하여 승인을 얻은 재무구조개선계획에 따라 당해 부동산을 양도한 날(장기할부조건인 경우에는 대통령령이 정하는 날로 한다)부터 1년이내에 부동산 양도대금으로 금융기관의 부채를 상환하지 아니한 때

2. 부동산을 양도한 법인의 부채비율이 부동산 양도후 5년 이내의 기간중 기준부채비율보다 증가하게 된 때

3. 당해 부동산을 양도한 날로부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 해산한 때. 다만, 파산 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 때를 제외한다.(1998.2.24 신설)

⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할 세무서장에게 세액면제신청을 하여야 한다. 제33조의2 【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세등의 감면】① 대통령령이 정하는 중소사업자가 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지등을 1998년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 다음 각호의 1에 해당할 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니하다.

1. 토지등의 양도대금을 토지등을 양도한 날부터 1년내에 대통령령이 정하는 바에 따라 금융기관의 부채상환에 사용하지 아니한 때

2. 토지등을 양도한 날부터 3년내에 당해 사업을 폐지하거나 처분한 때

⑤ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세감면규제법(1997.12.13 법률 제5417호로 개정된 것) 부칙 제5조 【양도소득등에 관한 적용례】 이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제40조의 3의 개정규정은 1997년 7월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다 제6조 【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제에 관한 적용례】 ② 제40조의 3의 개정규정을 적용함에 있어서 1997년 12월 31일 이전에 부동산을 양도하는 분에 대하여는 동조 제1항의 규정에 적합하게 양도한 것으로 보아 동조의 개정규정을 적용한다. 다만, 1998년 3월 31일 이전에 동조 제1항의 규정에 의한 금융기관협의회 또는 금융기관의 감독기관의 장으로부터 승인을 얻은 재무구조개선계획 또는 자구계획을 동조 제5항의 규정에 의한 세액면제신청서와 함께 당해 법인의 납세지관할 세무서장에게 제출하지 아니한 분에 대하여는 그러하지 아니한다.

(3) 조세감면규제법시행령(1998.2.24 대통령령 제15685호로 개정되기 이전의 것) 제37조의3 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 ① 법 제40조의 3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 부동산의 양도일까지 계속하여 5년이상 사업을 영위한 내국법인(제4항의 규정에 의한 자구금융기관을 제외한다)을 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업(제1호 또는 제2호의 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 과세연도의 직전과세연도의 사업별 수입금액중 제1호 또는 제2호의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 영위하고 있는 내국법인을 제외한다.

1. 법인세법시행령 제43조 제2항 의 규정에 의한 부동산업. 다만, 건축물 자영건설업(비주거용 건축물의 건설업에 한한다)을 제외한다.

2. 법인세법시행령 제43조 제3항 의 규정에 의한 소비성서비스업 제30조의2 【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세등의 감면】 ① 법 제33조의 2 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소사업자"라 함은 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업을 영위하는 사업자를 말한다.

1. 토지등의 양도일까지 계속하여 5년이상 사업을 영위한 사업자일 것

2. 토지등의 양도일이 속하는 과세연도의 개시일전 3년이내의 각 과세연도에 계속하여 결손금이 발생한 사업자일 것. 이 경우 결손금은 기업회계기준에 따라 작성된 재무제표상의 결손금을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 부동산 임대 및 면테이프 제조공장으로 사용하던 쟁점부동산을 청구외 박○○○에게 매매대금 825백만원에 양도하기로 1997.9.12 양도계약을 체결하고, 1997.11.5까지 계약금 및 중도금 750백만원을 받아 채권은행인 ○○○은행 및 ○○○은행에 대한 대출금 및 연체이자 834,305,070원을 상환하였으며, 1998.1.23 채권금융기관협의회에 재무구조개선계획 승인신청서를 제출하여 동일자로 승인을 받고, 1998사업연도 법인세 과세표준 신고당시인 1999.3.30 구 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의한 세액면제신청서와 청구법인이 위 매매계약서상 잔금 75백만원을 1998.1.30 수령한 것으로 기재하여 1998.1.23 ○○○장으로부터 검인을 받은 검인계약서를 첨부하여 특별부가세 감면신청을 하였다.

(2) 청구법인은 당초 위 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의하여 특별부가세 감면신청을 하였으나, 처분청은 청구법인의 부채상환일이 재무구조개선계획 승인신청일(1998.1.23)보다 빠른 1997.9.26∼1997.11.5로 확인되므로 정상적인 재무구조개선계획의 승인이 아니라고 보아 청구법인이 구 조세감면규제법 제33조의 2의 규정에 의한 감면신청을 한 것으로 보아, 동 규정에 따라 특별부가세 감면 및 추징여부를 판단하였다.

(3) 한편, 쟁점부동산의 양수인인 박○○○은 1998.1.23 매매계약서상 잔금일자를 1998.1.30로 기재하여 관할 ○○○장의 검인을 받고, 1998.2.6 등록세 14,850,000원과 1998.3.2 취득세 9,075,000원을 각각 납부하였으며, 동 검인계약서를 첨부하여 1998.2.6 쟁점부동산에 대한 소유권 이전등기를 접수하였음이 확인된다.

(4) 이에 대한 청구법인의 재무제표 기장내용을 보면, 청구법인은 1997사업연도말 현재 토지 및 건물등 134백만원 상당의 유형자산을 장부에 계상하고 있었으나, 1998사업연도 중 쟁점부동산을 양도하여 1998사업연도말에는 34백만원 상당의 차량운반구 이외에 토지 및 건물등 유형자산은 없는 것으로 기장한 사실이 확인되며, 처분청이 제출한 청구법인의 연도별 수입금액 명세서에 의하면, 청구법인의 1996사업연도 제조업 수입금액은 34,678천원(44.5%), 임대료 수입금액은 43,200천원(55.5%), 1997사업연도 제조업 수입금액은 5,600천원(11.4%), 임대료 수입금액은 43,400천원(88.6%)으로 1996사업연도 및 1997사업연도 공히 부동산 임대료 수입금액이 제조업 수입금액보다 큰 것으로 나타나고, 1998년 3월 이후에는 부가가치세 신고서 및 결산재무제표상 영업실적이 없는 것으로 나타나고 있다.

(5) 또한, 청구법인은 1999.10.21 ○○○ 소재 ○○○호를 1년간 사무실용으로 임대하기로 임대인 박○○○와 임대차계약을 체결하였고, 1999.11.15 ○○○번지 소재 ○○○과 ○○○ 신축공사와 관련하여 ○○○ 신축자재, 캐비넷, 사리함, 실내장식 소요자재, 전산시스템 등을 청구법인이 납품하기로 합의한 사실이 있으며, 1999.12.7 청구외 (주)○○○에서 청구법인에 통보한 원격검침 건에 의하면, 청구법인은 ○○○주식회사의 계량원들이 가가호호 방문하던 계량계측 방법을 일괄계측하는 신 프로젝트의 납품을 추진중인 것으로 보아 청구법인이 경영정상화를 위하여 다각적인 노력을 하였던 사실은 있는 것으로 보이나, 실질적으로 1998년 3월 이후의 영업실적을 신고한 내역은 없으며, 사업부진으로 2002.5.13 폐업신고한 것으로 확인된다.

(6) 먼저, 청구법인은 쟁점부동산의 실제 양도시기가 1998.1.30이 아니라 1997.12.30이므로 직전사업연도 수입금액을 기준으로 한 청구법인의 주업종은 제조업으로 특별부가세 면제대상이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제출한 쟁점부동산 양수인 박○○○의 사실확인서에는 쟁점부동산 양도에 따른 잔금을 1997.12.30 완불하였다고 기재되어 있으나, 청구법인과 쟁점부동산 양수인 박○○○이 한 각종 신고서상 쟁점부동산의 양도일자가 1998.1.30로 기재되어 있고, 쟁점부동산의 실제 양도일자가 1997.12.30이라면 청구법인은 구 조세감면규제법시행령 제37조의 3 제19항의 규정에 의하여 이 건 세액면제신고서를 부동산을 양도한 날이 속하는 1997사업연도 법인세 과세표준 신고기한인 1998.3.31까지 제출하여야 하나, 청구법인은 1998사업연도 법인세 과세표준 신고당시인 1999.3.30 세액면제신청서를 제출하였으며, 청구법인은 박○○○의 사실확인서 이외에 쟁점부동산의 실제 양도일자가 1998.1.30이 아니라 1997.12.30이라는 청구주장을 입증할 신빙성있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있다. (나) 설사, 쟁점부동산의 실제 양도일자를 1997.12.30로 본다 하더라도, 청구법인의 1996사업연도 수입금액 또한 부동산 임대료 수입금액(43,200천원, 55.5%)이 제조업 수입금액(34,678천원, 44.5%)보다 크므로 감면요건을 충족하였다고 보기 어려운 점이 있다.

(7) 다음으로, 청구법인은 2002.5.13 폐업신고를 하였으므로 쟁점부동산 양도후 3년 이내에 폐업한 것으로 볼 수 없다고 주장하고 있으나, 청구법인은 1998년 3월 이후 영업실적이 전혀 없었으므로 사실상 폐업상태에 있었다고 볼 수 밖에 없다할 것이다.

(8) 또한, 청구법인은 청구법인이 구 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 따라 특별부가세 감면신청을 하였음에도, 처분청이 같은법 제33조의 2의 규정에 따라 감면 및 추징여부를 판단하였으므로 법 적용상 오류가 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 위 조세감면규제법 제40조의 3은 1997.12.13 법 개정시 신설된 조항으로, 일반법인이 자산매각대금으로 금융기관 부채를 상환하는 경우 특별부가세를 감면하도록 하였는 바, 동 규정의 적용을 받고자 하는 법인은 원칙적으로 부동산을 양도하기 전에 채권금융기관협의회에 재무구조개선계획을 제출하여 사전승인을 받고, 당해 재무구조개선계획에 따라 부동산을 양도하여야 특별부가세 감면이 가능하도록 하였다. 그러나, 위 규정 신설당시의 같은법 부칙 제6조는 '1997.12.31 이전에 재무구조개선계획의 사전승인없이 부동산을 양도한 경우에도 1998.3.31까지 세액면제신청서와 함께 채권금융기관협의회로부터 사후적으로 승인받은 재무구조개선계획을 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우'에는 예외적으로 특별부가세를 감면받을 수 있도록 하였다. (나) 또한, 위 조세감면규제법 제33조의 2의 규정은 중소기업이 사업용 자산을 양도하여 재무구조개선을 도모하는 경우에 적용되는 규정으로, 일반법인이 같은법 제40조의 3의 규정에 의하여 사업용 자산을 양도하여 재무구조개선을 도모하는 경우와 그 감면요건 등이 유사하나, 중소기업은 대부분 영세하고 개입사업자도 포함되는 점을 고려하여 감면요건과 사후관리요건을 대폭 완화한 것으로 보여진다. (다) 청구법인의 경우에는 위 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의하여 특별부가세 감면신청을 하였으나, 재무구조개선계획 승인전에 부동산을 양도하여 위 제40조의 3의 규정에 의한 감면요건을 갖추었다고 보기 어렵고, 사업용 자산을 1997.12.31 이후에 양도하여 같은법 부칙 제6조의 요건도 갖추었다고 보기 어려우므로 처분청이 같은법 제33조의 2의 규정에 의하여 특별부가세 감면을 신청한 것으로 보아 동 규정에 따라 감면 및 추징여부를 판단한 것은 납세자의 이익을 고려한 것으로 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 것으로 판단된다. (라) 청구법인은 같은법 제40조의 3의 규정에 의하여 이 건을 다시 판단할 경우, 같은조 제2항의 추징요건 제3호(부동산 양도후 3년 이내에 사업을 폐지하거나 해산한 경우)가 1998.2.24 신설되었으므로 이 건에 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 1998.2.24 개정된 구 조세감면규제법은 부칙 제3조에서 위 신설규정은 "이 법 시행(1998.2.24)후 최초로 사업을 폐지하거나 해산하는 경우부터 적용한다"고 규정하여, 1998년 3월에 사실상 폐업한 것으로 간주된 이 건에도 적용되는 것으로 보여진다. 따라서, 청구법인이 구 조세감면규제법상 특별부가세 감면요건을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라, 추징요건에 해당되는 것으로 보아 감면받은 세액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.