3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄적 양도에 해당하는지 여부
- 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】①재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.
⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 부가가치세법시행령 제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다.(후단 생략) (2) 부가가치세법시행령 제65조 【확정신고와 납부】 ① 법 제19조 제1항의 규정에 의한 부가가치세의 확정신고에 있어서는 재정경제부령이 정하는 다음 각호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
2. 법 제6조 제6항 제2호의 규정에 의하여 사업을 양도하는 경우에는 사업양도신고서
(1) 청구인은 1999.12.23 쟁점부동산을 취득하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위하다가 2002.11.1 쟁점부동산을 양수법인에게 양도한 사실이 사업자등록증, 등기부등본등에 의하여 확인된다.
(2) 사업의 포괄적 양도·양수계약서(2002.10.17)에 의하면 청구인은 쟁점부동산의 임대사업에 관한 일체의 권리와 의무를 양수법인에게 포괄적으로 양도하기로 하고, 양수법인은 2002.10.17 현재 청구인의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 하며, 청구인은 양수법인에게 사업양도를 위해 2002.10.29 폐업하고 즉시 폐업신고를 하며, 양도·양수대금은 2002.10.17 결산재무재표상 자산총액에서 부채총액을 공제한 잔액을 기준으로 하고, 양수법은 청구인의 전 종업원을 전원 계속 근무토록 보장한다고 약정하고 있다.
(3) 청구인의 쟁점부동산에 대한 2002년 1기 부동산임대공급가액명세서와 양수법인의 2002년 2기 부동산임대공급가액명세서상의 쟁점부동산의 임대내역은 아래와 같은 바, 청구인은 3층(임차인 박○○○)의 경우 당시 임대료는 보증금만 ○○○원으로 간주임대료를 미처 계산하지 못하였으며, 4층(임차인 정○○○)은 주택으로 임대료 수입을 신고하지 아니하였다고 주장하고 있다 (단위: 천원)○○○
(4) 쟁점부동산의 양도 전후의 임대차계약서의 내용을 정리하면 아래표와 같은 바, 청구인이 사용한 1층이 양도후에 청구인이 임차인으로 바뀌었을 뿐 다른 층은 계속 임대에 공하고 있는 것으로 나타난다.
○○○
(5) 양수법인은 1967.10.5 사업자등록을 하고 부동산임대업을 계속 영위하고 있으며, 쟁점부동산을 양수(2002.10.17)한 후 사업자등록 신청기한(20일)을 57일 경과한 2003.1.2 쟁점부동산에 대한 사업자등록을 신청하였으며, 2002년 2기 부가가치세 신고시 쟁점부동산의 매입세액을 공제하지 않은 사실이 사업자등록증, 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인된다.
(6) 살피건대, 처분청은 쟁점부동산의 양수법인이 사업자등록 신청기한을 경과하여 신청하고, 부가가치세 신고시 제출한 부동산임대공급가액명세서상 임차인이 상이하다 하여 사업의 포괄적 양도·양수를 부인하고 있으나, 양수법인이 사업자등록신청기한을 경과하여 사업자등록을 신청하였다 할지라도 2002년 2기 부가가치세 확정신고시에 2002.10.17∼2002.12.31까지를 과세기간으로 하여 일반과세자로 부가가치세를 신고하고 쟁점부동산의 건물 매입분에 대하여는 매입세액공제를 받지 아니한 것으로 확인되므로 양수법인은 2002.10.17부터 일반과세자로 사업을 영위한 것으로 보아야 하고, 청구인 및 양수법인의 부동산임대공급가액명세서상 임대내용이 상이하게 신고되고 청구인이 부가가치세 확정신고시 사업양도신고서를 제출하지 아니하였다 하더라도, 사업의 포괄적 양도·양수계약서에 의해 사업을 포괄적으로 양도한 것으로 나타나고, 실제로 쟁점부동산의 임대사업이 변동없이 양수법인에 승계된 사실이 확인되므로, 부동산임대공급가액명세서상 신고된 임대내용이 상이하다고 하여 이를 이유로 이 건 사업의 포괄적 양도·양수를 부인할 것은 아니라 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 사업의 포괄적 양도·양수를 부인하고 이를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다..