조세심판원 심판청구 법인세

이의신청에 대한 재조사경정처분의 불복청구 기산일을 언제로 볼 것인지(취소)

사건번호 국심 2003서2010 선고일 2003-11-06

[요지] 『재조사결정』에 따른 경정이 있는 경우에는 그 결정통지서를 수령한 날을 기준으로 청구기간내에 불복청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당함

[참조결정] 국심2000서1817 / 국심1994구1600 / 국심1997서2671 / 국심1993중0513 /

[주 문] OO세무서장이 2002.5.16 청구법인에게 한 1999사업연도분 법인세 OOO,OOO,OOO원과 2002.7.16 청구법인에게 한 1999년 귀속분 근로소득세 OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인과 특수관계에 있는 (주)OO지(이하 “청구외법인”이라 한다)는 1999.9.13 청구외 정O(OO실업주식회사 대표이사)으로부터 OO실업(주) 주식 OOO,OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OO,OOO원씩 O,OOO,OOOO원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다)에 매입하는 계약을 체결하면서 이면합의금으로 O,OOO,OOOO원 (이하 “쟁점합의금”이라 한다)을 추가로 지급하기로 약정하는 한편, 청구법인은 같은 날 (1999.9.13) 청구외법인이 자금난으로 쟁점주식의 매입대금을 지불하지 못하는 경우 청구법인이 대신 지급하고 쟁점주식을 인수한다는 약정과 청구법인이 쟁점합의금도 지급한다는 추가약정을 청구외법인과 체결하였으며, 청구법인은 1999.9.14~11.18 기간중 쟁점매입금액 O,OOO,OOOO원을 청구외법인에게 지급하고 (쟁점매입금액중 계약금 OOO,OOOO원은 1999.9.14 현금으로, 중도금 및 잔금 O,OOO,OOOO원은 청구외법인에 대한 대여금채권과 상계함) 1999.11.24 쟁점주식을 인수한 후, 1999.12.22 쟁점합의금 O,OOO,OOOO원을 정O에게 지급하였다. 한편, 청구법인의 OO증권계좌에 1999.4.26 O,OOO,OOOO원이 입금된 후 동일자로 출금되어 OO파온의 전환사채 O,OOO,OOOO원(이하 “쟁점전환사채”라 한다)을 타인명의로 매입하였다가 1999.11.6 양도하였으나 이를 장부상 계상하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 1999.9.13 현재 시가 1주당 OO,OOO원인 쟁점주식을 특수관계자로부터 고가(1주당 OO,OOO원)에 매입하였다 하여 시가와의 차액 O,OOO,OOO,OOO원을 익금산입하여 기타사외유출로 처분하였으며, 청구법인이 1999.4.26 타인명의로 쟁점전환사채를 취득한 것을 청구법인의 부외자산이 인출된 것으로 보아 익금산입하고 대표자에게 상여처분하여, 청구법인에게 2002.5.16 1999사업연도분 법인세 O,OOO,OOO,OOO원과 2002.7.16 1999년 귀속분 근로소득세 OOO,OOO,OOO원을 결정고지하였다. 그 후 청구법인이 2002.7.16 이의신청을 제기하자 처분청은쟁점주식의 1주당 가액을 OO,OOO원(계약전 최종거래일인 1999.9.10 증권거래소의 종가)으로 재조사결정하고, 쟁점전환사채 인수를 위한 부외유출액을 OOOOO원으로 감액하여, 2003.4.22 법인세 OOO,OOO,OOO원과 근로소득세 OOO,OOO,OOO원을 감액경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.7.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 청구외법인과 쟁점주식의 매매계약을 체결한 사실이 없고, 다만 『청구외법인의 자금사정상 중도금·잔금을 지급하기가 어려운 경우에 청구법인이 이를 대신 지급하고 동 주식을 인수한다』고 약정하였을 뿐이며, 청구법인이 추가로 지급한 쟁점합의금은 경영권의 인수대금일 뿐 주식매매대금이 아니며, 대금지급도 쟁점매입금액은 청구외법인에게, 쟁점합의금은 정O에게 지급하였으며, 청구외법인과 정O이 매매한 금액이 청구법인과 청구외법인이 매매한 금액과 동일하여 부당한 거래에 해당하지 아니하고, 청구법인과 정O은 특수관계자에 해당하지 아니하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없으므로 이 건 과세는 부당하다. 만약, 과세한다 하더라도 쟁점주식은 장외에서 거래된 것이므로 장내시가를 적용할 것이 아니라 시가가 불분명한 경우로 보아 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 및 제3항의 규정에 따라 1주당 OO,OOO원(3개월 평균종가 OO,OOO원×10%할증)원으로 평가하여야 함에도(재삼46014-1338, 1997.5.28 ; 국심2000서1817, 2000.11.22), 쟁점주식의 매매계약일 직전 거래일의 상장가액(종가 OO,OOO원)으로 평가하여 실지거래가액 OO,OOO원(총금액 O,OOO,OOO,OOO원÷쟁점주식수 OOO,OOO주)과의 차액에 대하여 과세하는 것은 부당하다.

(2) 청구법인이 장부상 회계처리하지 아니한 상태에서 1999.5.3 쟁점전환사채를 OOO원에 매입하여 1999.11.6 김OO에게 OO원, 양OO에게 OO원으로 각각 매도하였으나, 이는 청구외법인이 청구법인의 명의를 도용하여 투자한 것으로, 쟁점전환사채가 청구법인의 부외자산이라면 자금원천이 청구법인의 자금이어야 할 것인 바, ① 1999.4.26 대체입금한 OOO원의 원천은 처분청의 재조사과정에서 청구법인의 부외자산이 아닌 것으로 밝혀졌고, ② 1999.4.26 입금한 수표 OOOOO원의 원천은 청구외법인이 청구법인으로부터 자금을 빌려 쟁점전환사채를 구입한 후 심OO 등으로부터 받은 사채구입자금을 입금시킨 것으로 검찰청 수사자료에서 밝혀지고 있으므로, 청구외법인이 청구법인으로부터 일시 차입하여 쟁점전환사채를 구입한 후 자금을 정산한 것임에도, 처분청이 이의신청결정에 따라 당초 과세한 OOOOO원의 부외자산 여부를 재조사하지 아니하고 이 건과 관련없는 당좌계좌 입금액 OOOOO원중에서 청구법인과 관련이 없이 입금된 OOOOO원(심OO OOOO원, 김OO OOOO원, 채OO OOOO원)만을 차감한 OOOOO원을 부외자산이 유출된 것으로 보아 과세한 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 불복청구기산일에 대하여 그동안 대법원, 국세심판원, 국세청의 판단이 상충되어 왔으나 국세기본법 제22조의 2의 규정을 신설(2002.12.18)한 이후에는 동 규정에 따라 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분에 대한 다툼은 당초 처분을 기준으로 하여야 하므로, 불복청구기산일은 재조사 결정고지일이 아닌 이의신청결정서 수령일로, 청구법인이 2002.7.16 제기한 이의신청결정(재조사)일은 2002.10.29 이고 재조사결과 감액경정일은 2003.4.22로, 청구법인은 2002.10.29부터 90일 이내인 2003.1.27까지 심판청구를 제기하여야 OO 2003.7.12 심판청구를 제기하였으므로 동 심판청구는 각하대상이다.

(2) 청구법인이 쟁점주식을 정O으로부터 양수하면서 쟁점매입금액을 지급하고 이면계약된 쟁점합의금을 지급하지 아니한 상태에서 청구법인이 청구외법인과 1999.9.13 체결한 약정서 및 추가약정서에 따라 미지급한 쟁점합의금을 정O에게 지급하고, 쟁점매입금액을 청구외법인에 대한 대여금과 상계지급한 후 1999.11.24 주식을 인수받은 것은 특수관계자 간의 고가매입으로 부당행위에 해당하고, 부당행위계산부인시 시가의 판정기준일은 거래가액이 확정된 계약일이라는 것이 일관된 결정으로(국심94구1600, 1994.9.30 ; 국심93중513, 1993.6.17), 쟁점주식에 대하여 계약일(1999.9.13)을 시가판정기준일로 하여 특수관계가 없는 제3자간에 일반적으로 거래된 가액인 증권거래소의 종가로 평가하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 1999.4.26 부외취득한 쟁점전환사채의 취득자금O,OOOOO원중 OO은행 OOOO지점의 청구법인명의 계좌에서 지출된 OOOOO원의 자금원천은 동 자금이 출금되기전의 잔액 OOO,OOO,OOO원과 당좌대월 OOO,OOO,OOO원이며, 이를 변제하기 위하여 입금된 부외자산 OOOOO원(1999.4.26 심OO OOOO원, 1994.4.30 채OO OOOO원, 1999.5.3 백OO OOOO원, 1999.5.4 김OO OOOO원, 윤OO OOOO원, 김OO OOOO원, 1999.5.13 채OO OOOO원, 1999.5.15 채OO OOOO원)중 OOOOO원(1999.4.26 심OO OOOO원, 1999.5.4 김OO OOOO원, 1999.5.15 채OO OOOO원)은 쟁점전환사채를 매입하기 위하여 일반 개인들이 입금한 자금으로 확인되나, 나머지 OOOOO원은 관계법인 등에서 입금된 금액으로 청구법인의 부외자산으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

(1) 이의신청에 대한 재조사경정처분의 불복청구 기산일을 언제로 볼 것인지

(2) 청구법인이 상장주식인 쟁점주식을 특수관계인으로부터 시가보다 고가에 장외거래로 매입하였다 하여 부당행위계산을 부인한 처분의 당부

(3) 청구법인이 법인의 증권계좌에 입금된 자금으로 제3자 명의의 전환사채를 매입한 것을 청구법인의 부외자산이 유출된 것으로 보아 대표자에게 상여처분한 처분의 당부

  • 나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련규정 국세기본법 제55조 【불 복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 국세기본법 제22조의 2 【경정 등의 효력】 ② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리 의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

(2) 쟁점(2) 관련규정 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는것을포함하며, 이하 이조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다. 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 상속세및증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

  • 가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전 이후 각 3월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. (단서 생략)

(3) 쟁점(3) 관련 규정 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 법인세법시행령 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다. (각목 생략)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 처분청은 당초 2002.5.16 쟁점주식의 시가를 1주당 OO,OOO원으로 하고 부외자산 유출액을 OOO원으로 하여 과세하였다가 청구법인이 이의신청을 제기하자 처분청은 2002.10.29 재조사경정으로 결정한 후, 2003.4.22 쟁점주식의 시가를 1주당 OO,OOO원으로 하고 부외자산 유출액을 OOOOO원으로 하여 감액경정하였으며, 청구법인이 이에 불복하여 2003.7.12 이 건 심판청구를 제기하였음이 이의신청 결정서, 재조사 복명서, 법인세경정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 국세기본법 제22조의 2의 규정을 신설(2002.12.18)한 이후에는 동 규정에 따라 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분에 대한 다툼은 당초 처분을 기준으로 하여야 하므로 불복청구기산일은 재조사경정 고지일(2003.4.22)이 아니라 이의신청결정서 수령일(2002.10.29)이 되어 이 건 불복청구(2003.7.12)는 청구기간(2003.1.27)이 경과한 부적법한 청구라는 주장이나, 처분청이 이의신청 결정에 따른 재조사경정을 하여 청구법인에게 경정내용을 통보하기 전까지는 청구인은 그 결과를 알 수 없고, 그 결과에 대하여 승복할 것인지 또는 다시 불복할 것인지 여부도 결정할 수 없는 상태에 있으므로, 그러한 경우에까지 이의신청 결정서 수령일로부터 불복기간을 기산하는 것은 궁극적으로 납세자의 불복기회를 박탈하는 결과가 된다 할 것이다. 따라서, 위법·부당한 과세처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고, 또한 재결기관의 재조사결정에 의한 처분청의 감액경정내용이 납세자의 불복취지 및 재결기관의 재조사결정취지에 부합한지 여부에 대하여 이를 각 재결기관에서 심리할 수 있는 자기시정의 기회를 부여하는 것이 합당하다는 점에서 재결기관의 『재조사결정』에 따른 경정이 있는 경우에는 그 결정통지서를 수령한 날을 기준으로 청구기간내에 불복청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당한 것으로 판단된다(국심 97서2671, 1998.5.30외 다수 같은 뜻).

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가)청구외법인은 1999.9.13정O(OO실업주식회사 대표이사)으로부터 쟁점주식 OOO,OOO주를 1주당 OO,OOO원인 O,OOO,OOO,OOO원에 양수하고, 1999.9.13 계약금 OOO,OOO,OOO원, 중도금 O,OOO,OOO,OOO원, 잔금 O,OOO,OOO,OOO원을 지급한다는 매매계약을 체결하였음이 주식양수도계약서(1999.9.13)에 의하여 확인되고, 청구외법인이 추가로 쟁점합의금 O,OOO,OOO,OOO원을 정O에게 지급하기로 약정한 사실에 대하여는 다툼이 없다. (나)청구법인은1999.9.13 청구외법인이 정O으로부터 쟁점주식 OOO,OOO주를 주당 OO,OOO원인 O,OOO,OOO,OOO원에 양수함에 있어 자금사정상 중도금, 잔금을 지급하기가 어려운 경우청구법인이이를 대신 지급하고 청구외법인이 동 주식을청구법인에게 인도한다는 약정을 체결하는 한편, 같은날 청구법인이 주식양수자금을 대신 납부하고 주식을 인수하는 경우 청구외법인이 정O에게 지급하기로 이면약정한 쟁점합의금도 청구법인이 납부하기로 하는 추가약정을 체결한 후,같은날 청구법인은 이사회를 개최하여 약정내용을 보고하였으며, 청구법인은 1999.9.14~11.18 기간중 계약금 OOO,OOOO원을 청구외법인에게 현금으로 변제하고 중도금 및 잔금 O,OOO,OOOO원은 청구외법인에 대한 대여금채권과 상계하여 지불하고 1999.11.24 쟁점주식을 인수한 후 금융감독위원회 및 증권거래소에 주식대량보유보고서를 제출하였으며, 1999.12.22 쟁점합의금 O,OOO,OOOO원을 정O에게 지급하였음이 청구법인이 제출한 (주)OO인더스 주식 매입·매도 현황, 지출결의전표, 당좌수표, 관계회사 대여금장부 등에 의하여 확인된다. (다) 위 사실을 종합하여 보면, 청구외법인이 1999.9.13 정O으로부터 쟁점주식을 쟁점매입금액 O,OOO,OOOO원에 매입하면서 쟁점합의금 O,OOO,OOOO원을 지급하기로 약정하고, 같은 날 청구법인은 청구외법인이 쟁점주식대금 및 쟁점합의금을 지급하지 못할 경우 청구법인이 이를 대신 지급하고 쟁점주식을 인수한다는 약정을 하였으며, 청구법인은 동 약정에 따라 청구외법인이 정O으로부터 인수하기로 한 금액을 그대로 지급하고 쟁점주식을 인수한 것이므로, 청구법인은 청구외법인이 정O으로부터 취득한 주식을 다시 취득한 것으로 볼 것이 아니라 청구외법인의 매수자로서의 지위를 승계하여 대위취득한 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인은 특수관계가 없는 정O으로부터 쟁점주식을 매입한 것이 되므로, 처분청에서 청구법인이 특수관계자인 청구외법인으로부터 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산을 부인한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 처분청은 이의신청에 대한 재조사결정에 따라 청구법인이 1999.4.26 부외취득한 쟁점전환사채의 취득자금OOO원중 1999.4.26 대체입금한 OOO원은 청구법인의 부외자산이 아닌 것으로 보아 제외하고, OO은행 OOOO지점의 청구법인명의 계좌에서 지출된 OOOOO원의 자금원천은 아래표와 같이 동 자금이 출금되기전의 잔액 OOO,OOO,OOO원과 당좌대월 OOO,OOO,OOO원이며, 이를 변제하기 위하여 입금된 부외자산 OOOOO원(1999.4.26 심OO OOOO원, 1994.4.30 채OO OOOO원, 1999.5.3 백OO OOOO원, 1999.5.4 김OO OOOO원, 윤OO OOOO원, 김OO OOOO원, 1999.5.13 채OO OOOO원, 1999.5.15 채OO OOOO원)중 OOOOO원(1999.4.26 심OO OOOO원, 1999.5.4 김OO OOOO원, 1999.5.15 채OO OOOO원)은 쟁점전환사채를 매입하기 위하여 일반 개인들이 입금한 자금으로 청구법인의 부외자산이 아닌 것으로 하였으며, 나머지 OOOOO원은 청구법인의 부외자산으로 판단하여 당초 처분을 유지하였음이 처분청의 결정결의서 등에 의하여 확인된다. OO은행 OOOO 지점 당좌예금(부외자산) 입출금 요약 (OO O O) O) OOOO(O,OOO,OOO,OOOO)O OO OOO OO OOO OOO OOOOOO OOO OOOO (나) 청구법인, 청구외법인, OO실업(주), OO밸브(주)의 실질사주는 이OO로 위표의 채OO, 백OO, 김OO, 윤OO는 OO밸브(주) 소속직원으로 확인되고, 청구외법인의 자금부장인 심OO이 대검찰청에 제출한 서류인 청구법인과 청구외법인간 자금거래내역표상에는 청구외법인이 위 금액을 청구법인에 입금한 것으로 나타난다. (다) 살피건대, OO은행 OOOO지점의 청구법인명의 계좌에서 지출된 OOOOO원의 자금원천은 동 계좌에 1999.4.26 심OO이 입금한 OOOOO원과 당좌대월 OOOOO원이며, 당좌대월금액은 1999.4.30 채OO OOOO원, 1999.5.3 백OO OOOO원, 1999.5.4 김OO OOOO원, 1999.5.4 윤OO OOOO원, 1999.5.4 김OO OOOO원, 1999.5.13 채OO OOOO원, 1999.5.15 채OO OOOO원, 합계 OOOOO원의 입금액중에서 반제되었으며, 청구외법인이 청구법인의 당좌예금계좌를 이용한 사실이 당좌예금거래내역과 대검찰청수사자료에 의하여 확인되고, 처분청이 재조사 과정에서 동 계좌에 입금된 OOO원을 청구법인의 자금이 아니라고 확인한 점으로 보아 처분청이 심OO의 자금 OOOO원과 위 OOOOO원 합계 OOOOO원중에서 심OO OOOO원, 김OO OOOO원, 채OO OOOO원 합계 OOOOO원만을 제외한 OOOOO원을 청구법인의 부외자금이라고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)