매입세액불공제 및 대표자상여 처분의 당부

심판청구번호 국심2003서 1940(2003. 10. 17)

○○○세무서장이 2003.4.8 청구법인에게 한 2001년 1기 부가가치세 ○○○원의 부과처분 및 2001년 귀속 ○○○원의 소득금액변동통지처분은, ○○○원을 청구법인의 소득금액에서 제외하고 대표자 상여처분에서 제외하여 소득금액변동통지금액을 경정하며, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 ○○○시 ○○○구 ○○○번지에서 비철금속 제조업을 영위하는 법인으로서 (주)○○○건설중기(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2001.1기 매입세금계산서 4매(공급가액 합계 45,000,000원으로 이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2001.1기 부가가치세 및 2001사업연도 법인세를 신고하였다. 중부지방국세청장은 청구외법인에 대한 세무조사결과 청구외법인을 자료상으로 결정하여 인천지방검찰청에 고발하고 처분청에 자료통보한 바, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 공제부인하고 쟁점세금계산서의 공급대가 49,500,000원을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 처분하여 2003.2.8 청구법인에게 2001.1기 부가가치세 7,112,250원을 결정고지하고, 소득금액변동통지하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 임대용 공장을 건축하기 위하여 기존의 공장건물을 철거하고 2001년 3월∼6월 기간중 공장건물의 신축공사를 직영으로 건설하였고, 건축공사 중 기존건축물의 철거공사 및 신축건물의 토목공사를 하면서 청구외법인의 장비를 사용하고 쟁점매입세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고하고, 용역의 대가는 2001.7월중 지급하였는 바, 쟁점세금계산서는 실지거래에 의하여 교부받은 정당한 세금계산서이므로 부가가치세 매입세액을 공제부인하고 공급대가를 대표자 상여로 처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 공장신축공사를 직영하였고 철거 및 토목공사를 하면서 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 해당구청에 제출한 착공신고서에 실지 시공자는 토목건축공사업 면허를 소유하고 있는 (주)○○○주택으로 확인되므로 청구법인의 주장은 사실과 다를 뿐 아니라, 도급공사계약서 등 대금지급의 사유를 구체적으로 제시하지 못하고 있으므로 자료상인 청구외법인이 발행한 쟁점세금계산서의 부가가치세 매입세액을 공제부인하고 공급대가를 대표자 상여로 처분하여 소득금액변동통지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 공제부인하고, 공급대가 해당분을 대표자에 대한 상여로 처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 살펴보면, ○○○지방국세청에서 청구외 이○○○에 대하여 세무조사를 실시하였는 바, 이○○○는 청구외법인을 포함한 27개 법인을 위장설립하여 실제 거래사실없이 가공 매출·매입세금계산서를 수수하는 자료상 행위를 한 것으로 조사되었으며, 이에 따라 이○○○와 위 법인들이 자료상 행위를 한 범칙자로 인천지방검찰청에 고발되었고, 처분청은 자료상으로 고발된 청구외법인이 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 사실이 확인된다.

(2) 위와 같이 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분에 대하여 청구법인은, 기존의 공장건물을 철거하고 임대용 공장건물을 신축하기 위하여 토목공사 등을 하면서 중기용역을 청구외법인으로부터 제공받아 공사대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로서 쟁점세금계산서는 실제 거래사실이 있는 정당한 세금계산서라는 주장인 반면, 처분청은 구청에 제출된 청구법인의 공장건물착공신고서에는 시공자가 (주)○○○주택인 사실에 비추어 (주)○○○주택이 공장건물의 신축공사를 청구법인으로부터 모두 하도급받아 시행하였을 것이고, 따라서 (주)○○○주택이 아닌 청구외법인이 쟁점세금계산서상의 건설용역을 제공하였다고 주장하는 청구법인의 주장은 사실과 다르며, 또한, 쟁점세금계산서와 관련한 공사대금의 지급사실 등이 구체적으로 확인되지 아니하므로 자료상으로 판명된 청구외법인이 발행한 쟁점세금계산서를 실제 용역대가의 지급없이 수취한 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다는 입장이다.

(3) 그런데, 청구법인은 쟁점세금계산서상의 중기용역에 대한 대가를 다음과 같이 지급하였다고 주장하면서, 청구법인의 대표자인 최민석의 통장사본·무통장입금증 및 청구외법인 발행 입금표와 청구외법인 소유의 굴삭기 건설기계등록증·서울특별시 구로구청장의 건축물사용승인서·(주)○○○주택의 사업자등록증과 건설업등록증·임대용 공장건물의 공사와 관련한 세금계산서 및 공사계약서·견적서·공사원가계산서와 쟁점세금계산서상의 거래에 대하여 청구외법인이 거래사실을 확인한 확인서 등을 제시하고 있다.

○○○

(4) 위의 내용과 관련 금융자료에 의한 사실관계와 청구법인이 주장하는 내용을 종합하면, 청구법인의 대표자인 최○○○의 ○○○은행 통장(계좌번호 ○○○)에서 2001.7.18자로 ○○○원이 인출되었고, 청구외법인이 청구법인에게 발행한 입금표에는 2001.7.18 청구법인이 ○○○원을 청구외법인에게 입금한 것으로 나타나고 있는 바, 청구법인은 대표자 최○○○의 통장에서 위와 같이 ○○○원을 인출하여 그 중 ○○○원을 중기용역의 대가로 청구외법인에게 지급하였다는 주장이며, 또한, 청구법인이 ○○○은행 ○○○동 지점에서 청구외법인 명의의 ○○○은행 ○○○동 지점계좌(계좌번호 ○○○)로 ○○○원을 무통장입금한 사실이 무통장입금증에 의하여 확인되는 바, 쟁점세금계산서상의 공급대가중 위 현금지급한 ○○○원을 차감한 나머지 용역대가 ○○○원을 무통장으로 청구외법인에게 입금하였다는 주장이다.

(5) 청구법인이 제시한 ○○○구청장의 건축물사용승인서에 의하면 2001.6.16부터 공장건물의 사용을 승인하고 있는 점에 비추어 청구외법인이 공장건물을 신축한 사실은 확인되고, 청구법인이 제시하고 있는 공장건물의 건축과 관련한 세금계산서 및 공사계약서·견적서·부가가치세 매입처별세금계산서합계표를 종합하여 살펴보면, 공장건물의 신축에 필요한 철강 등 건축자재를 청구법인이 ○○○종합철강(주)와 (주)○○○월드 등에서 직접 조달한 것으로 나타나고 있고, ○○○산업(주) 등으로부터 레미콘을 조달한 것으로 나타나고 있으며, (주)○○○건설과 소방설비공사를 계약하고 세금계산서를 발급받은 사실과 2001.4.1 공장건물의 철거공사 및 기초토목공사계약을 청구외 조○○○와 2001.4.1 체결한 사실이 나타나고 있으므로, 청구법인이 공장건물의 신축과 관련한 전체공사를 (주)○○○주택에 하도급 주지 않고 (주)○○○주택에 대하여는 건물의 건축공사를 하도급주었을 뿐, 일부자재의 구입과 설계 및 토목공사 등에 대하여는 별도의 업체와 공사계약을 체결하거나 자재를 구입한 것으로서 공장신축공사의 시공자는 (주)○○○주택이나 청구법인이 일부공사를 직영하였다는 주장은 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

(6) 그러나, 청구외법인은 자료상으로 고발된 사업자로서 청구외법인과 청구법인간에 중기용역제공과 관련한 계약내용 등을 확인할 수 없고, 청구법인이 청구외법인에게 용역의 대가로 쟁점세금계산서의 공급대가를 모두 지급하였다고 주장하나, 청구법인의 대표자인 최민석의 통장에서 인출된 금액은 인출사실만 확인될 뿐 청구외법인에 대한 지급사실은 확인되지 않으므로 ○○○원에 대한 용역대가의 지급사실을 인정하기는 어려우며, 다만, 청구법인이 청구외법인에게 무통장입금한 ○○○원은 그 지급사실이 객관적으로 확인되고 위와 같이 청구법인이 공장건물의 공사를 일부 직접 시행한 사실이 인정되므로, 동 금액에 대한 중기용역의 실제 제공자가 청구외법인인지 아니면, 청구외법인의 명의를 빌려 다른 사업자가 용역을 제공하였는지에 대한 사실판단 여부를 떠나 동 금액에 대하여는 청구법인의 공사원가로 이를 인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 다만, 외형상 동 금액에 대한 거래도 청구법인과 자료상으로 고발된 청구외법인과의 거래인 바, 청구법인은 청구외법인이 자료상이라는 사실을 선량한 관리자의 주의의무를 다하였으나 이를 알지 못하였다는 사정을 달리 입증하지 못하고 있으므로, 청구외법인이 발행한 쟁점세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서로 보아야 할 것이며, 따라서 해당 부가가치세의 매입세액 전체를 공제부인한 당초처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

(7) 위의 사실을 종합하여 살펴볼 때, 청구법인은 공장건물의 신축을 위하여 기존건물의 철거 및 기초토목공사 등을 직접시행한 것으로 보이고 이에 따른 중기용역을 실제로 제공받았을 것으로 보여지는 바, 청구외법인은 자료상으로 고발은 되었으나 건설중기를 보유하고 있고 중기사업자로 등록된 사업자이므로, 중기용역에 대한 대금지급내역이 객관적으로 확인되는 ○○○원에 대하여는 동 금액에 대한 해당용역을 청구외법인이 청구법인에게 직접 제공하였는지, 아니면 청구외법인이 다른 사업자로 하여금 청구법인에게 중기용역을 제공하게 하고 그 대가를 청구외법인이 수령하였는지 여부를 떠나 동 금액에 대하여는 청구법인의 공장건설과 관련한 경비로 인정하여 이를 청구법인의 소득금액에서 제외하고, 대표자에 대한 상여처분에서 제외하여 소득금액변동통지금액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.