양도소득세 산정시 기납부한 토지초과이득세가 필요경비공제 대상인지 아니면 세액공제 대상인지 여부

심판청구번호 국심2003서 1338(2003. 7. 18)

청구인은 2002.11.12 ○○○시 ○○○구 ○○○ 대지 408.6㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 양도하고 2002.12.20 쟁점토지에 대한 1992년도분 토지초과이득세 납부액 ○○○원(이하 "쟁점세액"이라 한다)을 양도소득세 산출세액에서 공제하여 양도소득과세표준예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점세액을 필요경비로 공제하고 당해 연도에 양도한 타자산의 양도소득금액 ○○○원을 합산하여, 2003.4.5 청구인에게 2002년도 귀속 양도소득세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.5.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1992.9.29 쟁점토지에 대해 부과된 토지초과이득세 ○○○원을 기 납부하였는 데 토지초과이득세가 위헌결정됨에 따라 1998.12.28 동 법률이 폐지되면서 폐지법률 부칙 제2조에 구법 제26조 규정은 계속하여 적용한다고 경과규정을 두었으므로 기납부한 쟁점세액에 대한 세액공제를 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 폐지된 토지초과이득세법 부칙 제2조의 규정에 의하면, 토지초과이득세가 부과된 토지를 세액 결정일로부터 6년 이내에 양도하는 경우 기부과된 토지초과이득세를 세액공제 할 수 있으며 6년을 경과한 후 양도하는 경우에는 필요경비로 공제할 수 있도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 경과하여 쟁점토지를 양도하였으므로 세액공제가 아닌 필요경비로 공제함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 양도소득세 산정시 기납부한 토지초과이득세가 필요경비 공제대상인지 아니면 세액공제대상에 해당하는지의 여부
• 나. 관련법령 (1)1998.12.28 법률 제5586호로 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조 【양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 따라서 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년이내에 유휴토지 등 을 양도하는 경우: 100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴 토지 등을 양도하는 경우: 100분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 법인세법 제59조 의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다. 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다. (2) 소득세법시행규칙 제84조 【예정신고납부세액공제】① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부하는 경우에 한한다.

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조 의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.12.20 양도소득과세표준예정신고시 기 납부(1992.9.29)한 토지초과이득세 ○○○원(쟁점세액)을 세액공제로 신고하였고, 처분청은 이에 대하여 폐지된 토지초과이득세법 부칙 제2조의 규정에 의하여 기 납부한 쟁점세액은 필요경비에서 공제하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 토지초과이득세가 위헌결정된 이후에 제정된 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조에서 "이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다"고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일(1992년)로부터 6년을 초과하여 쟁점토지를 양도(2002년)하였으므로 폐지법률 제26조 제4항의 규정에 의거 쟁점세액을 필요경비로 공제함이 타당하다고 판단된다(국심2002전31, 2002.5.31 같은 뜻임). 따라서 처분청에서 이 건 양도소득세 결정시 청구인이 기납부한 쟁점세액을 양도소득세의 필요경비에 산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.