부가가치세관련 경정청구가 적법한지 여부

심판청구번호 국심2003서 1239(2003. 6. 19) ize-font:18pt;"> 2. 청구법인의 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 바코드 및 컴퓨터주변기기를 제조·판매하는 법인으로 ○○○도 ○○○시 ○○○에 공장(이하 "○○○공장"이라 한다)을 설치하고, 총괄납부개시전인 2000.6.10.∼2000.12.31. 기간중 ○○○공장에서 제조하여 본점에서 판매한 바코드리본에 대한 매출액 ○○○원(이하 "쟁점매출액"이라 한다)을 본점의 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고납부하였다. 처분청은 ○○○공장이 쟁점매출액에 대한 세금계산서를 본점에 교부한 후 부가가치세를 신고납부하여야 하는 것으로 보고, 2002.9.1. ○○○공장에 대하여 부가가치세 ○○○원(2000년 제1기분 ○○○원, 2000년 제2기분 ○○○원)을 결정고지하였고, 청구법인은 이를 2002.9.30. 납부하였다. 청구법인은 본점에서 신고납부한 쟁점매출액에 대한 부가가치세를 처분청이 ○○○공장분으로 다시 고지하여 이중으로 납부하였으므로 당초 본점에서 신고납부한 부가치세 ○○○원과 이에 대한 환급가산금 ○○○원 합계 ○○○원을 환급하여야 한다고 주장하면서 2002.12.26. 처분청에 경정청구하였으나 처분청은 2003.2.27. 이에 대하여 거부통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.4.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점매출액을 2000년 제1기분 및 제2기분 본점의 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고납부한 후 처분청이 쟁점매출액을 ○○○공장의 매출액으로 하여 부가가치세를 경정고지함에 따라 다시 납부함으로써 동일한 매출액에 대한 부가가치세가 이중으로 납부되었으므로 당초 본점에서 납부한 부가가치세와 그에 대한 환급가산금은 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견

○○○공장은 본점을 공급받는 자로 하여 쟁점매출액에 대한 매출세금계산서를 발행교부하여야 하며, 이 경우 쟁점매출액은 ○○○공장의 과세표준에 포함됨과 동시에 본점의 매입금액이 되며, 본점에서 관련상품을 판매하는 경우 다시 쟁점매출액에 상당하는 본점매출액이 발생되므로 청구법인이 당초 쟁점매출액을 본점의 과세표준에 포함하여 신고한 것은 정당하고, 처분청이 쟁점매출액을 ○○○공장의 매출액으로 보아 과세한 이 건 과세처분도 정당하며, 본점이 ○○○공장으로부터 쟁점매출액에 대한 세금계산서를 교부받지 아니하여 관련매입세액을 공제받지 못한 것은 이중과세와는 다른 것이므로 쟁점매출액을 본점매출액에 포함하여 신고납부한 부가가치세를 환급하여야 한다고 하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 ○○○공장의 쟁점매출액을 본점의 과세표준에 포함하여 신고납부한 데 대해 부가가치세를 과오납한 것으로 보아 환급할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2 (경정등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기간내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (2) 부가가치세법 제4조 (납세지) ① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.

② 사업자에게 2인이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻어야 한다. 같은법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것을 말함) 제5조(주사업장총괄납부) ① 법 제4조 제2항에 규정하는 주된 사업장은 법인의 본점(주사무소를 포함한다. 이하 같다) 또는 개인의 주된 사무소로 한다. 다만, 법인의 경우에는 지점(분사무소를 포함한다)도 주된 사업장으로 할 수 있다. 같은법 시행령 제15조(자가공급의 범위) ② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 2000.6.10. ○○○공장에 대한 사업자등록증을 교부받고, 2000.7.29. 총괄납부의 적용일자를 2001.1.1.로 하여 총괄납부승인을 받았으나, 총괄납부의 적용일이 개시되기 전인 2000.6.10∼ 2000.12.31 기간중 ○○○공장에서 생산하고 본점에 반출하여 판매한 바코드리본에 대한 쟁점매출액 ○○○원(2000년 제1기분 ○○○원, 2000년 제2기분 ○○○원)과 관련하여 ○○○공장에서 본점을 공급받는 자로 하여 매출세금계산서를 교부하지 아니하고,쟁점매출액을 본점의 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고납부하였다. (나) 처분청은 ○○○공장이 총괄납부의 개시일전에 본점에 공급한 쟁점매출액에 대하여 2002.9.1. ○○○공장에 대하여 부가가치세 ○○○원을 결정고지하였고, 청구법인은 2002.9.30. 이를 납부한 후 2002.12.26. 당초 본점에서 납부한 부가치세 ○○○원과 이에 대한 환급가산금 ○○○원 합계 ○○○원을 환급해야 한다고 경정청구하였으나 처분청은 2003.2.27. 거부통지하였다. (다) 이러한 사실은 처분청이 제출한 쟁점매출액명세, 쟁점매출액에 대한 부가가치세 고지서 및 납부영수증, 청구법인의 경정청구서, 처분청의 거부통지서등에 의해 확인되고, 이에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판단 (가) 먼저 본점에서 납부한 2000년 제1기분 부가가치세 ○○○원에 대한 경정청구가 적법한지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인은 2000.7.25. 쟁점매출액중 ○○○원을 본점의 2000년제1기분 과세표준에 포함하여 신고하고 그 세액 ○○○원을 납부한 후 2002.12.26. 이를 환급하여 달라고 하는 경정청구를 하였는 바, 경정청구는 위 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 규정에 의하여 법정신고납부기한으로부터 2년이내에 청구하는 것이나 청구법인은 신고납부기한인 2000.7.25.부터 2년이상이 경과된 2002.12.26.에 경정청구하였으므로 이는 청구기간이 도과된 부적법한 청구이며, 이에 대한 처분청의 거부통지는 안내적 통지로 불복대상인 행정처분의 성격은 없다고 판단된다. 따라서, 청구법인이 처분청의 거부통지를 근거로 제기한 2000년제1기분 부가가치세 경정청구에 대한 불복청구는 심리대상이 아니라고 판단된다. (나) 다음으로 본점에서 납부한 2000년 제2기분 부가가치세 ○○○원에 대한 경정청구에 대하여 살펴본다.

1. 청구법인은 2000.6.20. ○○○공장의 사업자등록을 하였고, 부가가치세법 제4조 제1항 은 사업장별로 부가가치세를 납부하도록 규정하고 있으며, 동법 시행령 제15조 제2항의 규정은 총괄납부개시전에 특정사업장에서 생산한 재화를 판매목적으로 다른 사업장으로 이동하는 것은 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있으므로, ○○○공장에서 생산하여 판매목적으로 본점으로 이동한 바코드리본에 대하여는 ○○○공장이 본점을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발행교부하고, 이를 ○○○공장의 부가가치세 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고납부하여야 한다.

2. ○○○공장이 본점에 공급한 바코드리본과 관련하여 그 공급가액인 쟁점매출액에 대하여 본점에게 세금계산서를 교부하는 경우 쟁점매출액은 ○○○공장의 매출액이 되는 동시에 본점의 매입액이 되며, 본점에서 일반인에게 동 바코드리본을 실제 판매하는 경우다시 본점의 매출액이 되므로, ○○○공장은 쟁점매출액을 부가가치세 과세표준으로 하여 신고납부하여야 하고, 동시에 본점도 쟁점매출액을 과세표준에 포함하여 신고하면서 쟁점매출액과 관련된 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고납부하여야 한다.

3. 그러나, ○○○공장이 본점에게 쟁점매출액에 대한 세금계산서를 교부하지 아니하였으므로 쟁점매출액이 ○○○공장과 본점의 과세표준에 포함되었고 본점에서는 관련세액을 매입세액으로 공제받을 수 없게 되었는 바, 이러한 매입세액불공제는 동일한 과세표준에 중복하여 과세하는 이중과세와는 다르다고 하겠다.

4. 따라서, 청구법인이 쟁점매출액중 ○○○원을 2000년 제2기분 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고납부하였음에도 처분청이 이를 다시 ○○○공장의 과세표준에 포함하여 경정고지함으로써 동일한 과세표준에 대하여 중복과세하였으므로 본점에서 신고납부한 ○○○원에 대한 부가가치세를 환급하여야 한다고 하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호·제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.