수정신고 후 추가자진납부하여야 할 세액 중 일부만 추가자진납부한 경우 가산세감면규정 적용 여부

심판청구번호 국심2003서 1081(2003. 7. 24) 의 수정신고에 의한 가산세 감면 규정을 적용하여 영세율과세표준 신고불성실가산세를 경정합니다.

청구법인은 산업용기기 등의 수출업을 영위하는 법인으로 2002년 제1기분 부가가치세 확정신고를 필하고, 그 신고상황에 영세율 매출 등의 신고누락분이 있음을 확인하여 2002.10.25. 영세율 매출금액 누락액 ○○○원 및 과세분 매출금액 누락액 ○○○원 등 부가가치세 과세표준을 증액하고 영세율과세표준 신고불성실가산세 등을 적용하여 추가납부세액 ○○○원으로 수정신고하였으나, 2002.11.7. 위 수정신고시 영세율과세표준 신고불성실가산세에 대해 "수정신고로 인한 가산세 50% 경감"을 적용하지 아니한 사실을 발견하여 이를 수정하는 경정청구를 하였고, 2002.11.27. 수정신고에 의한 추가납부세액을 ○○○원으로 계산하여 자진납부하였다. 처분청은 수정신고에 대한 경정청구는 세법상 허용되지 아니하며, 청구법인이 2002.10.25. 수정신고하였으나, 수정신고로 인한 추가납부세액을 납부하지 아니하였으므로 국세기본법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 수정신고에 의한 가산세 감면을 배제하여 2002.12.1. 청구법인에게 2002년 제1기분 부가가치세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.2.7. 이의신청을 거쳐 2003.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 법정신고기한 경과후 6월 이내에 수정신고하면서, 착오로 수정신고로 인한 가산세 100분의 50 감면을 적용하지 아니하고 추가납부세액을 계산하였다가, 정당하게 계산한 추가납부세액을 2002.11.27. 자진납부하였는 바, 영세율과세표준의 수정신고의 경우 증가되는 과세표준에 상당하는 세액의 증가가 없으며, 가산세는 증가되는 과세표준에 상당하는 세액이 아니므로 이 건의 경우 국세기본법 제46조 제2항 에서 규정하는 "수정신고로 인하여 국세를 추가하여 납부하여야할 자가 이를 납부하지 아니한 때"에 해당되지 아니하므로 가산세감면을 배제하는 국세기본법 제46조 제2항 의 규정이 적용되지 아니한다. 또한, 청구법인은 법정신고기한 경과후 6월 이내에 수정신고하고, 정당하게 계산된 추가납부세액을 납부하였는 바, 수정신고로 인한 추가납부세액을 일시 지연하여 납부하였다 하여 가산세 감면을 배제한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 경정청구는 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액에 대하여 허용되는 것으로 세법상 수정신고분에 대하여는 허용되지 아니하며, 수정신고시에 추가납부할 세액을 납부하지 아니하였으므로 수정신고에 의한 가산세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 수정신고후 수정신고로 인하여 추가로 자진납부할 세액을 지연납부하였으나 법정신고기한 경과후 6월 이내에 납부한 경우, 수정신고에 의한 가산세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다. 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1 에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당 해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신 고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때. 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1 에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신 고한 국세의 과세표준과 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또 는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.(이하 생략) 국세기본법 제46조 【추가자진납부】

① 세법에 의하여 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정하는 과세표준수정신고서를 제출하 는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미달한 때에는 그 부족액과 세법이 정하는 가산세를 과세 표준 수정신고서의 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 이 를 납부하지 아니한 때에는 제49조의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출하였으나, 과세표준신고 액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 자는 당해 세액과 세법이 정하는 가산세를 세무서장이 고지하기 전에 납부할 수 있다. 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】 관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월 이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.10.25 2002년 제1기분 부가가치세 과세표준수정신고서를 제출하였으며, 동 수정신고서에 기재된 추가납부세액은 착오로 수정신고로 인한 가산세 감면(50/100)이 적용하지 아니한 세액을 기재하였으며, 2002.11.7. 수정신고시의 가산세 감면 적용착오를 정정하여 경정청구서를 제출하고, 2002.11.27. 정당하게 계산된 추가납부세액을 자진납부한 사실이 납부영수증에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 위 2002.11.7.자 경정청구는 경정할 이유가 없음을 통지하고, 2002.11.27. 추가납부세액은 임의납부세액으로 보아 환급결정하는 한편, 2002.10.25.자 수정신고는 추가납부세액을 납부하지 아니한 것으로 보아 가산세감면적용을 배제하여 이 건을 부과처분하였다.

(3) 이러한 사실에 기초하여 처분청이 2002.11.7.자 경정청구를 거부한 처분 및 가산세감면규정의 적용을 배제한 처분에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 규정에 의하면 경정청구는 "최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다." 라고 규정하고 있어 현행세법상 수정신고한 부분에 대한 경정청구는 경정청구대상이 아닌 것으로 보아야 하므로 처분청이 "경정할 이유가 없음"을 통지한 것은 정당한 것으로 판단된다. 그러나, 납세자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 수정신고한 부분에 대하여 경정 등의 청구를 할 자격이 없다 할 것이나, 국세를 과다하게 수정신고 납부한 사실이 확인되면 처분청은 부과제척기간내에 이를 경정할 수는 있는 것으로 보인다.(같은 뜻, 국세청 징세46101-600, 2002.12.16) (나) 청구법인은 영세율과세표준을 수정신고한 경우 증가되는 과세표준에 상당하는 세액의 증가가 없으며, 가산세는 증가되는 과세표준에 상당하는 세액이 아니므로 국세기본법 제46조 제2항 이 적용되지 아니한다고 주장하나, 부가가치세 과세표준 및 세액 신고에 있어서 납부할 세액은 매출세액에서 매입세액을 차감한 금액에서 경감 또는 공제세액 및 기납부세액 등을 차감하고 가산세액을 가산한 금액을 의미하는 것이므로 수정신고로 인하여 추가자진납부하여야 할 세액이 없다는 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. (다) 처분청은 청구법인이 수정신고와 동시에 추가납부할 세액을 납부하지 아니하였다 하여 수정신고로 인한 가산세 감면을 배제하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 법정신고기한 경과후 6월 이내에 수정신고하였고, 정당하게 계산된 추가납부세액도 납부하였으므로 국세기본법 제46조 제3항 (1999.8.31. 신설)에서 과세표준의 신고 후 과세표준신고액에 상당하는 세액의 일부 또는 전부를 납부하지 아니한 경우에도 세무서장이 고지하기 전까지는 납부할 수 있도록 규정하고 있는 점, 추가자진납부하여야 할 세액 중 일부만 추가자진납부한 경우에는 일부 추가자진납부에 의하여 수정된 범위안에서 가산세를 감면하는 것이 타당하다(같은 뜻, 국세청 징세46101-3644, 1995.11.14)는 점에서 청구법인이 이 건 처분전에 납부한 세액을 수정신고와 동시에 납부되지 아니하였다 하여 수정신고와 무관하게 임의납부된 세액으로 보는 것은 타당하지 아니하다. 그러므로 청구법인이 2002.11.27. 추가납부한 ○○○원의 범위안에서 국세기본법 제49조 에 규정하는 수정신고에 의한 가산세 감면규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.