국세부과제척기간의 기산일이 감면받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날의 다음 날인지 여부

심판청구번호 국심2003서 0892(2003. 7. 5)

3. 고지분 ○○○원 및 2003.2.10. 고지분 ○○○원의 부과처분은 부과제척기간이 경과하였으므로 이를 취소하고, 1998사업연도 법인세 2003.1.3. 고지분 ○○○원 및 2003.2.10. 고지분 ○○○원의 부과처분은 법인세 미납부가산세를 제외하여 그 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 구 조세감면규제법 제63조에 의한 공공사업시행자(사업시행인가 1994.6.14.)로서 ○○○도 ○○○군 ○○○ 일원 154만평에 ○○군 ○○관광단지를 개발하기 위해 1995년부터 토지매입을 추진하였으며, 이 과정에서 토지의 소유자들은 청구법인에게 토지를 양도하고 구 조세감면규제법 제63조의 규정에 의거 양도소득세를 감면 받아 왔다. 처분청은 청구법인이 이 건 공공사업 시행인가일(1994.6.14.)로부터 3년이 되는 날(1997.6.14.)까지 공공사업에 착수하지 아니하였다 하여 2003.1.3. 및 2003.2.10. 청구법인에게 양도인이 감면받은 양도소득세 감면세액을 청구법인의 1997 및 1998사업연도 법인세에 각각 가산하여 아래와 같이 부과처분하였다.

○○○ 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 공제 또는 면제받은 세액을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우에 동 추징세액에 대한 국세부과제척기간의 기산일은 국세기본법 제12조 의 3 제2항 제3호의 규정에 의거 그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날이므로 사업승인 후 3년이 되는 시점인 1997.6.14.이어서 이 건 부과처분일인 2003.1.3.로부터 소급하여 5년이상 경과한 1998.1.2. 이전 토지 매입분에 대한 감면세액의 추징은 부과제척기간이 경과한 후의 처분으로서 부당하다.

(2) 공공사업 승인후 3년이 경과한 후에 취득하는 토지에 대하여는 구 조세감면규제법 제63조 제1항의 감면요건과 동조 제2항의 추징요건이 동시에 충족되어 당초부터 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니하므로 당초부터 감면대상이 아닌 것을 과세당국의 오류로 인하여 감면된 세액을 감면세액의 직접적인 수혜자가 아닌 청구법인의 법인세에 가산하여 징수하는 것은 조세평등주의에 어긋나며 법의 취지에도 부합하지 아니하므로 청구법인으로부터 이 건 감면세액을 추징하는 것은 부당하다.

(3) 예비적청구로서, 이 건 감면세액의 납세의무 성립 당시의 양도소득세는 정부부과제도이었으므로 납세자의 신고는 정부결정을 통하여 확정되고 또 감면조건의 이행여부는 공공사업시행 인가일로부터 3년이 경과하는 날에 공사착공 여부로 확인되므로 추징사유발생일 이후 과세당국이 양도소득세의 감면을 배제하고 추징고지하는 경우, 미납부가산세를 부과할 수 없다. 또한 토지보상과정에서 1996년 4월 집단민원의 발생으로 1997년 6월까지 토지 보상업무가 중단되었으며, ○○○관광벨트 개발계획과의 연계 추진 및 정부의 공기업 경영혁신 방침에 따라 1998년 3월부터 다시 토지매입업무가 부득이하게 중단된 것으로 귀책사유없는 청구법인에게 미납부가산세까지 부과하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 국세기본법시행령 제12조 의 3 제2항 제3호의 공제 또는 면제받은 세액은 당해 납세의무자가 직접 공제 또는 면제받은 국세에 대하여 적용하는 것이고, 구 조세감면규제법 제63조 제2항에서 감면된 세액에 상당하는 금액은 청구법인이 아닌 토지양도자가 감면받은 세액으로, 공공사업시행자인 청구법인의 의무불이행에 따른 추징세액에 대하여 적용할 수 없으며, 법인세에 가산하여 징수하는 것으로서 이 건 부과제척기간의 기산일은 법인세 신고기한일인 1998.3.31.의 다음날이므로 이 건 과세처분은 정당하다.

(2) 이 건 토지 양도자들이 감면대상에 해당하는지 여부는 구 조세감면규제법 제63조 제1항의 감면요건에 의해서만 판단하여야 하고, 동조 제1항의 공공사업시행자인 청구법인에게 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세의 감면이 그 요건이 이미 충족된 사항이므로 사업시행의 인가 등을 받은 날로부터 3년이 경과한 이후에 양도하였다 하여 감면대상에서 배제되는 것은 아니고, 3년이 경과한 1997.6.14. 이후에도 청구법인은 토지를 매입하면서 세액감면신청서 및 공공사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 제출하여 토지 양도자로 하여금 양도소득세를 감면받도록 하였는 바, 동 감면서류를 과세관청에 제출한 시점에 양도자의 감면세액과 관련한 귀책사유는 양수자인 청구법인에게 이전되었다고 보아야 하므로 청구법인으로부터 추징한 처분이 정당하다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없고, 청구법인이 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세에 가산하여 법인세법 제31조 에 의하여 자진납부하였어야 함에도 미달하게 납부한 의무불이행에 대한 제재로서 미납부가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 국세부과제척기간의 기산일은 감면받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날인지, 아니면 법인세 신고기한일인지 여부

(2) 추징사유발생일 이후 토지 매입분은 취득자체가 추징사유에 해당되어 감면대상에서 제외하여야 하고, 양수자(청구법인)가 아닌 토지 양도자로부터 추징하여야 하는 것인지 여부

(3) 1999.12.31.까지 정부부과제도를 취하고 있던 양도소득세 감면세액 추징시 법인세 미납부가산세를 신고납부의무가 없는 청구법인에게 부과한 처분으로서 부당한지 여부

• 나. 관련법령

(1) 1998.4.10. 개정전 조세감면규제법 제63조【공공사업용토지등에 대한 양도소득세등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하“토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 매입자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년이내에 당해 공공사업에 착수하지 아니하는 경우 1998.4.10. 개정후 조세감면규제법 제63조【공공사업용토지등에 대한 양도소득세등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다. 2000.12.29. 개정후 조세특례제한법 제77조 【공공사업용토지등에 대한 양도소득세등의 감면】② 다음 각호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가등을 받은 날부터 3년이내에 당해 공공사업에 착수하지 아니하는 경우 (2) 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 국세기본법시행령 제12조 의 3【국세부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하“과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 공제 또는 면제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날

(3) 1998.12.28. 개정전 법인세법 제41조 【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제38조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 비영리내국법인에 대해서는 제1호의 상업장부에 관한 가산세의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

3. 제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제16조 제7호 및 제18조의 3 제1항 제1호의 규정에 의하여 지급이자 등을 손금에 산입하지 아니함에 따라 추가로 납부하여야 할 법인세를 포함한다)에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(이하“미납부세액”이라 한다)에 대하여 금융기관의 대출이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다. 1998.12.28. 개정후 법인세법 제76조 (가산세) 제1항 제3호

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제29조 제4항·제56조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1998.1.2.이전 토지 매입분 관련 감면세액 추징이 국세 부과제척기간 경과후의 처분인지 여부에 대하여

• 가) 청구법인은 ○○○공사법에 의하여 설립된 법인으로 1992.10.19. 교통부 고시 제92-30호에 의거 ○○○도 ○○○군 ○○○리 일원 154만평이 ○○○ 화원관광사업단지로 지정되고, 1994.6.14. 사업승인이 되어 구 조세감면규제법 제63조에 의한 공공사업의 시행자로서 1995.10.18.부터 토지매입에 착수하였으며, 이 과정에서 토지의 양도자들은 위 조세감면면규제법 제63조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면 받아 왔으나, 사업승인일로부터 3년이 되는 1997.6.14.까지 청구법인이 당해 공공사업에 착수하지 아니함으로써 동조 제2항에 의거 그 간의 감면세액을 청구법인으로부터 법인세에 가산하여 징수한 사실이 확인되고 이 사실에는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. 나) 국세기본법시행령 제12조 의 3 제2항 제3호의 규정에 의하면, 공제 또는 면제받은 세액을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우에 동 추징세액에 대한 국세부과제척기간의 기산일은 "그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날의 다음날"로 규정되어 있는 바, 이 규정의 적용에 있어 세액을 면제받은 당해 납세자에 한정한다고 볼 근거도 없으므로 국세의 징수대상이 되는 모든 납세자에게 적용된다 할 것이고, 이 건 감면세액을 공공사업시행자인 청구법인으로부터 법인세에 가산하여 징수하는 세액에 대하여 당시의 법인세법령에 의하면 정부가 직접 부과고지하도록 되어 있고, 매입자에게 신고납부의무를 부여하고 있지 아니하므로 부과제척기간의 기산일은 법인세 신고기한일의 다음날로 볼 것이 아니라 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날의 다음날인 1997.6.15.을 기산일로 보아야 할 것이며, 1997.6.15 이후 토지 매입분의 경우에도 위 조세감면면규제법 제63조 제2항의 규정에 의거 감면받은 세액의 징수대상에 해당하므로 이 건 부과처분일인 2003.1.3.로부터 소급하여 5년이 넘는 1998.1.2. 이전 토지 매입분에 관련된 감면된 세액의 징수는 부과제척기간이 경과된 이후의 처분으로서 취소대상이라고 판단된다.

(2) 추징사유발생일(1997.6.14.) 이후 토지 매입분에 대하여 감면받은 세액을 토지양도자가 아닌 청구법인으로부터 징수한 처분의 당부에 대하여

• 가) 구 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면규정의 취지는 공공사업의 시행자가 용지확보를 용이하게 하기 위한 것으로 동조 제1항 제1호의 규정에 의거 일정 토지를 공공사업 시행자에게 양도하기만 하면 감면을 인정하도록 하고 있고, 감면신청도 당해 공공사업의 시행자가 하도록 하고 있는 바, 청구법인은 이 건 토지를 매입하면서 청구법인이 공공사업의 시행자임을 확인할 수 있는 서류를 발급하여 토지 양도자로 하여금 양도소득세를 감면받도록 하였음이 확인된다.
• 나) 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가등을 받은 날부터 3년이내에 당해 공공사업에 착수하지 아니하여 위 조세감면규제법 제63조 제2항에 의한 징수사유가 발생한 경우에 감면받은 세액의 징수는 토지 양도자가 아닌 매입자로부터 징수하도록 하고 있고, 이 건과 같이 징수사유가 발생한 이후에 토지를 매입하였다 하여 토지 양도자로부터 감면받은 세액을 징수하여야 한다고 볼 근거가 없으므로 추징사유발생일(1997.6.14.) 이후 토지 매입분 중 쟁점(1)에 의하여 부과제척기간이 경과한 것으로 판단한 1998.1.2.이전 토지 매입분을 제외하고는 감면받은 세액을 청구법인으로부터 징수한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 미납부가산세 부과의 당부에 대하여 이 건 미납부가산세 부과의 처분근거를 보면, 법인세법 제41조 제1항 제3호 에 의하여 중간예납 또는 신고납부에 관한 규정에 따라 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에 적용되는 일반가산세 부과에 관한 규정을 준용하여 부과한 것임을 알 수 있고, 이 건 양도소득세 추징에 관한 규정을 보면, 구 조세감면규제법 제63조 제2항에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세에 가산하여 징수한다고 규정되어 있을 뿐, 이에 따른 가산세 부과에 관한 사항은 별도로 규정되어 있지 않음을 알 수 있다. 이 건과 같이 사후관리하는 과정에서 추징사유가 발생하는 경우에 가산세 부과에 관한 명문규정이 없을 뿐만 아니라, 면제받은 세액에 대한 신고·납부의무 규정을 두고 있지도 아니하므로 납부하여야 할 세액을 납부하지 않거나 미달하게 납부한 경우에 적용되는 일반가산세 부과규정인 법인세법 제41조 제1항 제3호 (미납부가산세)의 규정을 적용할 수는 없다고 판단된다(국심 92서308, 1992.3.30. 같은뜻임).

따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.