기업합리화적립금으로 적립한 상태에서 폐업한 경우 감면세액의 추징여부

심판청구번호 국심2003부 3842(2004. 3. 8) � 청구법인은 ○○○에서 직물류제조업을 영위하면서 1998사업연도 법인세신고시 ○○○원을 중소법인에 대한 특별세액감면으로 신고하고 2001.3.31. 폐업하였다. 이에 처분청은 청구법인이 폐업한 날에 감면세액에 대한 추징사유가 발생된 것으로 보아 2003.12.1. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제145조 에 의하면, 2000.12.29.자로 기업합리화적립금의 적립의무를 면제하고 감면세액상당액을 장기차입금의 상환이나 사업용고정자산의 취득에 사용하도록 개정되었고, 동법 시행령 부칙 제43조의 소기업 등에 대한 감면세액의 사후관리에 관한 경과조치에서 이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조제1항 및 제6항의 규정을 적용 받던 감면세액에 대하여는 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도에 감면 받은 것으로 보아 제145조제5항의 개정규정을 적용한다고 규정하고 있다. 위 개정세법은 중소법인에 대한 감면세액 상당액에 대한 사후관리를 완화시켜주는데 그 목적이 있으므로 기존의 규정을 준수하여 기업합리화적립금을 적립하였다면 사후관리의무를 이행한 것으로 보아야 하고, 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 부칙 제43조에 따라 청구법인처럼 2001.3월에 폐업한 경우 2001년 이후 최초로 개시한 사업연도에 감면 받은 것으로 볼 수 없으므로 동법 시행령 제137조에 의한 사후관리 대상이 될 수 없음에도 청구법인이 이미 적립한 기업합리화적립금의 임의적립금으로 전환된 부분까지 사후관리 대상이 된다는 것은 개정법률의 소급적용 및 확대해석한 것이므로 법인세를 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1998사업연도에 중소법인특별세액감면 규정에 의거 법인세 ○○○원을 감면신고를 하고, 2001.3.31. 폐업신고 당시 감면세액 상당액을 사업용 고정자산에 투자하거나 장기차입금의 상환에 사용하지 아니하고 기업합리화적립금 ○○○원을 적립한 상태에서 폐업하였으므로 조세특례제한법 제145조제5항 및 동법 제146조 규정의 추징사유에 해당되어 감면세액을 추징한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 1998사업연도에 중소법인에 대한 특별세액을 감면 받고 동 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립한 상태에서 2001.3.31. 폐업신고를 한 경우, 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법에 의거 감면세액 상당액을 장기차입금이나 사업용 고정자산매입에 사용하지 않았다 하여 감면 받은 세액을 추징할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 (2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제7조 (중소기업에 대한 특별세액 감면) ① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 "의료업"이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(중략) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의10) 제145조(기업합리화적립금의 적립) ① 제5조 내지 제7조, 제7조의2, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조, (중략), 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 "감면 등"이라 한다)를 적용 받고자 하는 내국법인(중소기업법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제 받고자 하는 세액(괄호생략)에서 공제 받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 "감면세액상당액"이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제 받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제 받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세 상당액)에서 공제 받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다. 제146조(감면세액의 추징) 제145조제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

4. 제145조제1항의 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)이 동조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우(사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다): 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액 부 칙 (2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 법률) 제1조(시행일) 이 법은 2001년1월1일부터 시행한다. (단서 생략) 제43조(소기업 등에 대한 감면세액의 사후관리에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조제1항 및 제6항의 규정을 적용 받던 감면세액에 대하여는 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도에 감면 받은 것으로 보아 제145조제5항의 개정규정을 적용한다. (2) 조세특례제한법시행령 (2000.12.29.대통령령 제17034호로 개정된 것) 제137조(기업합리화적립금의 적립 등) ⑤ 법 제145조제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 중소법인은 공제받은 세액에 상당하는 금액을 다음의 용도에 사용하여야 한다.

1. 상환기간이 1년 6월 이상인 재정경제부령이 정하는 사채 및 외화차입금과 상속세및증여세법시행령 제10조제2항 의 규정에 의한 금융기관의 차입금의 상환

2. 당해 기업의 고유목적에 직접 사용하는 사업용 자산의 매입이나 건설을 위한 투자

⑥ 제5항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제1호의 경우에는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받은 날부터 2년이내에, 동항 제2호의 경우에는 5년이내에 사용하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 폐업당시 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 이전의 법률에 의하여 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립한 상태에서 폐업하였는데도 개정된 법률을 적용하여 이를 사후관리대상으로 보아 감면세액을 추징하는 것은 법률을 소급적용 한 것으로서 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 청구법인은 1998사업연도 법인세신고시 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소법인에 대한 세액감면으로 ○○○원을 신청한 후 2001.3.31. 폐업신고를 하였고, 처분청은 청구법인이 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 제145조제5항 의 규정에 의하여 감면세액 상당액을 고정자산에 대한 투자나 장기차입금에 사용하지 아니하고 폐업하였다 하여 그 폐업한 날에 추징사유가 발생한 것으로 보아 감면세액에 이자상당 가산액을 가산한 ○○○원을 추징한 사실이 처분청의 관련자료에 의해 알 수 있고 이에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 전시 조세특례제한법 제145조제6항 및 동법 시행령 제137조제5항 및 제6항의 규정에 의하면, 중소법인에 대한 감면을 받은 법인은 공제받은 세액에 상당하는 금액을 2년이내 장기차입금의 상환 또는 5년이내 사업용 고정자산에 대한 투자에 사용하도록 규정하고 있고, 동법 부칙 제1조에서 개정법률은 2001.1.1.부터 시행하며, 동법 제43조에서 종전의 제145조제1항 및 제6항의 규정을 적용받던 감면세액에 대하여는 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받은 것으로 보아 제145조제5항의 개정규정을 적용하도록 규정하고 있다. 또한, 동법 제146조에서 제145조제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 중소법인이 감면 받은 세액상당액을 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우가 발생한 때에는 이자상당 가산액을 가산하여 법인세로 납부토록 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 전시 조세특례제한법 제145조제5항 의 규정에 의하여 2001.1.1.전에 이미 중소법인에 대한 감면을 받은 법인은 2001.1.1. 기준으로 감면받은 세액 상당액을 2년이내 장기차입금의 상환 또는 5년이내 사업용 고정자산에 대한 투자에 사용하여야 함에도 청구법인은 비록 종전의 법률에 의하여 감면받은 세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하였지만 2001.1.1을 기준으로 2년이내 장기차입금의 상환 또는 5년이내 사업용 고정자산에 대한 투자에 사용하지 아니하고 2001.3.31. 폐업함으로써 동법 제146조제4호의 규정에 의하여 그 폐업한 날에 추징사유가 발생되어 감면세액을 추징하는 것이 타당한 것으로 해석된다.

(4) 한편, 청구법인은 개정전의 법률을 준수하여 기업합리화적립금을 적립하였다면 사후관리의무를 이행한 것으로 보아야 하고 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 부칙 제43조에 따라 청구법인처럼 2001.3월에 폐업한 경우 2001.1.1. 감면받은 것으로 볼 수 없어 개정된 법률에 의한 사후관리대상이 될 수 없음에도 법인세를 추징하는 것은 법률을 소급하여 적용하거나 확대해석 한 것이라고 주장하나, 개정법률은 중소법인이 종전의 감면세액 상당액에 대하여 개인기업과 동일하게 기업합리화적립금의 적립의무를 면제하는 대신 2001.1.1.이전 감면분은 2001.1.1.에 감면받은 것으로 보아 2년이내 장기차입금의 상환 또는 5년이내 사업용 고정자산에 대한 투자에만 사용토록 명백하게 규정하고 있음에도 종전의 법률에 의한 기업합리화적립금을 적립하였다는 이유만으로 개정세법이 적용되지 않는다는 청구법인의 주장은 법리를 오인한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 중소법인에 대한 감면세액 상당액을 사업용 고정자산의 투자나 장기차입금의 상환에 사용하지 아니하고 폐업하였다 하여 감면세액 및 이자상당가산액을 법인세로 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.