지목이 전이나 사실상 공장용지로 변경된 경우 취득시 개별공시지가가 없는 것으로 보아 토지를 감정가액으로 평가할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심2003부 3615(2004. 6. 5)

청구인은 1996.1.25. ○○○군수로부터 ○○○ 소재 토지 5,468(이하 "쟁점토지"라 한다)상에 공장설립승인을 받아 1996.4.17. 안○○○로부터 쟁점토지를 취득하여 건물 1,562(이하 "쟁점건물"이라 하고, "쟁점토지"와 "쟁점건물"을 "쟁점부동산"이라 한다)를 신축·증축하고, 1996.4.6. 개업하여 ○○○이라는 상호로 김치공장을 운영하다가 2002.8.20. 쟁점부동산을 남득자에게 양도하고 2002.11.21. ○○○을 폐업하였는 바, 쟁점토지의 양도가액은 공시지가를 적용하여 267,932,000원으로 하고, 취득시 쟁점토지가 사실상 공장용지이므로 개별공시지가가 없는 것으로 보아 쟁점토지의 취득가액은 감정가액을 적용하여 393,226,283원으로 하여 2003.5.31. 쟁점부동산의 양도소득세를 과세미달로 신고하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 기준시가(당 6,030원)가 고시되어 있으므로 쟁점토지의 취득가액을 32,972,040원으로 보아 쟁점토지의 양도차익을 233,970,799원, 쟁점건물의 양도차손을 11,874,440원으로 산정하여 2003.7.12. 2002년 귀속 양도소득세 61,231,970원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.8.21. 이의신청을 거쳐 2003.12.2. 이 건 심판청구를 제기하였다

• 가. 청구인 주장 청구인은 1995년 12월말 쟁점토지의 사용승락, 1996.1.25. 공장설립승인을 받고, 1996.4.17. 쟁점토지를 취득하여 공장을 신축한 후 1998.1.23. 건물사용승락을 받아 1998.2.2. 쟁점토지 지목을 공장용도로 변경하여 김치공장을 운영하다가 2002.8.20. 쟁점부동산을 양도하였는 바, 1996.1.25. 공장승인통보로 인하여 쟁점토지 지목이 전에서 공장용지로 사실상 변경되었고, 1996.4.15. 등록세와 취득세의 감면확인서상 지목이 공장용지로 기재되어 있으며, 1995.6.30. 고시된 기준시가가 있으나 사실상 공장용지인 사실을 반영하여 1997.6.30. 고시된 공시지가는 51,100원으로 상승하였으므로 취득당시의 기준시가를 쟁점토지의 기준시가로 볼 수 없다. 토지가액의 평가는 개별공시지가에 의하나, 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 지목이 변경되어 개별공시지가가 없는 경우에는 감정가액으로 평가할 수 있으므로 쟁점토지 취득가액을 감정가액으로 산정하여 쟁점부동산 양도소득세를 과세미달로 신고한 것은 정당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지 취득시 지목이 전이나 사실상 공장용지이므로 개별공시지가가 없는 토지라고 주장하나, 쟁점토지의 토지대장에 의하면 1998.2.2. 지목이 전에서 공장용지로 변경되었고, 취득시에 개별공시지가가 존재하므로 개별공시지가가 없는 토지에 해당되지 아니한다. 따라서 쟁점토지 취득가액을 감정가액 대신 기준시가로 평가하여 경정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지대장상 지목이 전이나 공장설립승인을 받아 사실상 공장용지로 변경된 경우 개별공시지가가 없는 것으로 보아 토지가액을 감정가액으로 평가할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (3) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토 지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. (4) 소득세법시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다. (5) 지적법 제2조 【용어의 정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "지적공부"라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 것을 말한다.

• 가. 토지대장·임야대장·공유지연명부·대지권등록부(이하 "대장"이라 한다), 지적도·임야도(이하 "도면"이라 한다) 및 경계점좌표등록부
• 나. 가목의 지적공부에 등록할 사항을 이 법이 정하는 바에 따라 전산정보처리조직에 의하여 자기디스크·자기테이프 그 밖에 이와 유사한 매체에 기록·저장 및 관리하는 집합물

7. "지목"이라 함은 토지의 주된 용도에 따라 토지의 종류를 구분하여 지적공부에 등록한 것을 말한다.

17. "지목변경"이라 함은 지적공부에 등록된 지목을 다른 지목으로 바꾸어 등록하는 것을 말한다. (6) 지적법 제3조 【토지의 조사·등록 등】① 국가는 이 법이 정하는 바에 의하여 모든 토지를 필지마다 토지의 소재·지번·지목·면적·경계 또는 좌표 등을 조사·측량하여 지적공부에 등록하여야 한다.

② 지적공부에 등록하는 지번·지목·면적·경계 또는 좌표는 토지의 이동이 있는 때에 토지소유자(법인아닌 사단이나 재단의 경우에는 그 대표자나 관리인을 말한다. 이하 같다)의 신청에 의하여 소관청이 결정한다. 다만, 신청이 없는 때에는 소관청이 직권으로 조사·측량하여 결정할 수 있다. (7) 지적법 제21조 【지목변경신청】토지소유자는 지목변경할 토지가 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 날부터 60일 이내에 소관청에 신청하여야 한다. (8) 지적법시행령 제16조 【지목변경신청】 ① 법 제21조의 규정에 의하여 지목변경을 신청할 수 있는 경우는 다음 각호와 같다.

등 관계법령에 의한 토지의 형질변경 등의 공사가 준공된 경우

2. 토지 또는 건축물의 용도가 변경된 경우

3. 법 제26조의 규정에 의한 도시개발사업 등의 원활한 사업추진을 위하여 사업시행자가 공사준공 전에 토지의 합병을 신청하는 경우

② 토지소유자는 법 제21조의 규정에 의하여 지목변경을 신청하고자 하는 때에는 지목변경사유를 기재한 신청서에 행정자치부령이 정하는 서류를 첨부하여 소관청에 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 1996.4.17. 취득하여 2002.8.20. 양도한 사실이 등기부등본에 의해 확인되고, 쟁점토지는 취득당시 지목이 전이었으나 1998.2.2. 공장용지로 변경된 사실이 토지대장에 의해 확인되는 바, 1995.6.30. 고시된 쟁점토지의 개별공시지가는 당 6,030원, 1996.6.30. 고시된 개별공시지가는 6,460원, 1998.6.30. 고시된 개별공시지가는 43,100원, 2002.6.29. 고시된 개별공시지가는 49,000원이므로 처분청은 1995.6.30. 고시된 6,030원을 적용하여 취득가액을 32,972,040원, 2002.6.29. 고시된 49,000원을 적용하여 양도가액을 267,932,000원으로 평가하고, 필요경비를 989,161원을 차감하여 양도차익을 233,970,799원으로 산정한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의해 확인된다.

(2) ○○○감정평가법인이 2003.5.29. 작성한 쟁점토지에 대한 감정평가서에 의하면, 1996.4.17. 시점의 평가액이 82,020,000원이고, 1998.1.23. 시점의 평가액은 399,164,000원이며, ○○○감정평가법인이 2003.5.27. 작성한 감정평가서에 의하면, 1996.4.17. 시점의 평가액이 82,020,000원이고, 1998.1.23. 시점의 평가액은 410,100,000원이다. 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 공시지가가 없는 것으로 보아 감정가액으로 산정하였는 바, 감정평가액 중 저가액인 399,164,000원에서 1996.4.17.부터 1998.1.23.까지 정상 지가상승률(1.0151%)을 고려한 가액을 차감하여 393,226,283원으로 산정한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(3) 청구인은 ○○○군수로부터 1996.1.25. 공장설립승인을 받았고, 청구인이 1996.3.23. 농지조성비와 전용부담금 26,279,200원을 납부한 사실이 농지조성비·전용부담금 납입통지서에 의해 확인되는 바, 공업배치및공장설립에관한법률(법률 제5109호, 1995.12.29) 제13조 제3항에 의하면, 공장설립 등의 승인을 얻은 자는 농지법 제36조 의 규정에 의한 농지전용의 허가 및 동법 제37조·제45조의 규정에 의한 농지전용의 신고를 한 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한, ○○군수가 1996.4.15. 발행한 취득세·등록세 감면확인서에 의하면, 과세물건란에 쟁점토지 지목이 공장용지로 기재되어 있고, 조세감면규제법 제113조 제2항에 따라 등록세(1,988,360원) 50%를 감면, 조세감면규제법 제114조 제2항에 따라 취득세(1,325,580원) 50%를 감면한 사실이 확인된다. (4) 소득세법 제99조 제1항 에 의하면, 토지의 기준시가는 지가공시및 토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다)에 의하여 평가하고, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제164조 제1항 에 의하면, 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경되어 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 말하며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다고 규정하고 있다. 또한 동령 제3항에 의하면 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인은 1996.1.25. 쟁점토지상 공장설립승인을 받아 1996.4.17. 쟁점토지를 취득하고, 1998.8.2. 토지대장상 지목을 전에서 공장용지로 변경하여 김치공장을 운영하다가 2002.8.20. 쟁점토지를 양도하였는 바, 취득당시 쟁점토지상에 공장설립승인을 받아 농지법상 전용허가가 의제되어 쟁점토지는 사실상 공장용지로 보이나, 지적공부상 지목변경은 1998.8.2. 이루어졌고, 공장용지를 반영한 새로운 기준시가가 고시되기 전에 청구인이 쟁점토지를 취득한 경우에 해당하므로 소득세법시행령 제164조 제3항 에 따라 직전의 기준시가로 취득가액을 평가하는 것이 타당하며, 청구인은 1996.4.17. 시점의 감정가액이 있음에도 불구하고 1998.1.23.시점의 감정가액을 임의로 역산하여 취득가액을 평가한 점 등을 고려하면 처분청이 1995.6.30. 고시된 공시지가에 의해 쟁점토지의 취득가액을 평가하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.