공사진행 중인 건물의 공통매입세액 안분계산 적정 여부

심판청구번호 국심2003부 1483(2003. 8. 20) 치세 ○○○원의 부과처분은

1. ○○○상가건물이 준공되지 아니하여 동 건물의 취득가액이 확정되기 전에 분양계약이 체결된 분에 대하여는 분양계약건별로 총분양가액을 재조사하여 계약체결당시의 동 건물의 토지와 건물에 대한 지방세법상 시가표준액비율로 토지와 건물가액으로 안분하여 각 과세기간별로 합산한 건물분 분양가액을 해당 과세기간의 과세표준으로 하고,

2. 동 건물이 준공되어 건물의 취득가액이 확정된 후에 분양된 분에 대하여는 분양계약건별로 총분양가액을 재조사하여 토지와 건물의 실제 취득가액을 기준으로 안분하여 각 과세기간별 건물분 분양가액을 합산하여 이를 해당 과세기간의 과세표준으로 하며,

3. 위에서 산정한 각 과세기간별 토지와 건물의 공급가액을 근거로 각 과세기간별 토지분공급가액비율(면세비율)을 계산하고, 이를 당해 과세기간에 발생된 공통매입세액에 곱하여 토지분매입세액을 재계산하여 이를 불공제하는 것으로 하여

4. 1997년 제1기분 내지 1999년 제1기분 과세표준 및 세액을 각각 경정한다.

청구법인은 1998.1.23. 부도가 발생하여 폐업한 법인으로, 1997년 제1기부터 1999년 제1기중 ○○○시 ○○○구 ○○○외 14필지 대지 23,702.2㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)상에 109,400.01㎡의 『○○○』라고 하는 상가건물(이하 "쟁점건물"이라 하고 쟁점토지와 합하여 "쟁점부동산"이라고 한다)을 신축하여 ○○○원에 분양한 후, 이중 건물가액 상당액 ○○○원을 부가가치세 과세표준으로 신고하고, 동 기간중 발생된 분양광고비등에 대한 공통매입세액 ○○○원(이하 "쟁점공통매입세액"이라 한다)을 전액 공제받았다. 처분청은 쟁점부동산의 총분양가액 ○○○원을 토지의 취득가액 ○○○원과 건물의 도급금액 ○○○원의 비율로 안분하여 건물분해당액 ○○○원을 과세표준으로 계산하고, 이를 기준으로 면세비율인 토지분공급가액비율을 산정하여 쟁점공통매입세액중 토지분매입세액을 ○○○원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)으로 계산하여, 2003.1.10. 청구법인에게 1999년제1기분 부가가치세 ○○○원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.27. 이의신청을 거쳐 2003.5.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산의 분양가액을 토지와 건물가액으로 구분하지 아니하고 일괄분양한 후 쟁점부동산의 총공급가액을 공급계약일 현재 토지와 건물에 대한 지방세법에 의한 과세시가표준액의 비율로 안분하여 건물분공급가액을 과세표준으로 신고한 것은 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 및 제5항의 규정에 의한 적법한 신고이므로, 이에 대하여 과세표준을 재계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.(공통매입세액의 불공제에 의해 과세된 부분에 대하여는 구체적으로 주장하지 아니하였음)
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점부동산에 대한 분양계약을 체결할 당시 토지의 실제 취득가액과 건물의 취득가액에 해당하는 도급금액이 있었으므로 쟁점부동산의 총분양가액은 이를 기준으로 토지분과 건물분으로 안분하여 건물분 분양가액을 과세표준으로 계산하여야 하며, 쟁점부동산의 분양을 위해 광고선전비등으로 지출한 금액에 대한 매입세액은 토지와 건물의 공통매입세액이므로 이중 토지분매입세액인 쟁점매입세액은 불공제되어야 한다. 분양당시 건물의 도급계약금액이 취득가액이 아니라고 하더라고 쟁점부동산중 준공일(1998.12.31)이후 분양계약분에 대하여는 계약당시 토지와 건물의 취득가액이 확인되므로 총분양금액을 이를 기준으로 안분하여 건물분 분양금액을 과세표준으로 계산하여야 하며, 이와 같이 구분된 토지분양가액과 건물분양가액을 기준으로 동 과세기간의 면세비율인 토지공급가액비율을 재계산하여 쟁점공통매입세액을 조정계산하여야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 총분양가액을 토지분과 건물분으로 안분계산시 지방세법상 과세시가표준액을 기준으로 하여야 하는지 또는 토지의 취득가액과 건물의 도급계약금액을 기준으로 안분하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제48조의 2(과세표준의 안분계산) ④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

⑤ 제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분한 가액. 지방세법시행규칙 제40조 의 5(건물등의 시가표준액결정) 영 제80조 제1항의 규정에 의한 건물 및 선박의 시가표준액은 다음 각호의 1에 의하여 결정하여야 한다.

건물의 시가표준액은 철근콘크리이트스라브주택(아파트)의 신축가격을 기준으로 구조별·용도별·위치별 지수와 경과연수별 잔존가치율 및 그 규모·특수부대설등을 참작한 가감산율을 적용하여 결정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 쟁점토지를 ○○○원에 취득하여 1997.4.10. ○○○물산(주)와 지하1층 및 지상6층의 본관건물 1동과 지하1층 및 지상2층의 별관건물 1동으로 구성되는 109,400.01㎡의 쟁점건물을 ○○○원에 신축하기로 하는 도급계약을 체결하고, ○○○물산(주)가 동 공사계약에 따라 공사를 착공하였다. (나) 청구법인은 1997.6.23. (주)○○○토지신탁과 쟁점토지에 대한 신탁계약을 체결하여 쟁점토지의 개발을 위탁하였고, (주)○○○토지신탁은 1997.7.10. 청구법인과 ○○○물산(주)간에 체결된 도급계약을 승계하여 1998.12.10. 쟁점건물을 준공하였다. (다) 청구법인은 쟁점건물의 건설을 착공한 1997년 제1기 과세기간에는 자신이 직접 쟁점부동산을 분양하였고, 쟁점토지의 개발을 신탁한 1997년 제2기부터 1999년 제1기중에는 이를 수탁받은 (주)○○○토지신탁이 쟁점부동산을 대행분양하여 1997년 제1기부터 1999년 제1기 기간중 쟁점부동산은 토지와 건물의 가액구분없이 ○○○원에 분양되었다. (라) 청구법인은 쟁점부동산의 총분양가액을 토지는 1996년의 지방세법상 시가표준액(1㎡ 평균가액 ○○○원)을, 건물은 동 건물이 1997년 분양개시당시 준공된 것으로 보고 계산한 지방세법상 시가표준액(층별·용도별로 구분하여 1㎡당 평균 ○○○원 내지 ○○○원)을 적용하여 안분한 후 건물분공급가액 ○○○원(1997년 제1기분 ○○○원, 1997년 제2기분 ○○○원, 1998년 제1기분 ○○○원, 1998년 제2기분 ○○○원, 1999년 제1기분 ○○○원)을 과세표준으로 산정하고, 도급금액중 ○○○물산(주)가 쟁점부동산을 분양하기 위하여 1997년 제1기부터 1999년 제1기중 지출한 분양광고비등 ○○○원에 대하여 ○○○물산(주)로부터 매입세금계산서를 교부받아 매입세액 ○○○원을 세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간에 전액 공제하여 부가치세를 신고납부하였다.. (마) 처분청은 쟁점건물의 도급금액 ○○○원을 건물의 취득가액으로 보고 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제5항 제2호 후단의 규정에 의해 쟁점부동산의 총공급가액을 토지의 취득가액 ○○○원과 건물도급금액 ○○○원으로 안분하여 건물분 공급가액 ○○○원을 과세표준으로 계산하고 동 금액에서 1997년 제1기 내지 1999년 제1기중 청구법인이 신고한 과세표준금액을 차감하여 미달신고금액을 ○○○원으로 계산하여 동 미달신고금액을 전액 1999년 제1기의 과세표준으로 하였고, 청구법인이 ○○○물산(주)로부터 교부받은 매입세금계산서상의 공급가액중 ○○○물산(주)가 1997년제1기 내지 1999년 제1기중 쟁점부동산의 광고선전비등에 지출하고 이를 도급금액으로 청구한 ○○○원에 대한 매입세액 ○○○원에 1999년제1기분 면세비율 9.38%(= 토지공급가액 ○○○원/ 쟁점부동산 공급가액 ○○○원)를 적용하여 토지분 매입세액을 ○○○원으로 계산하고 이를 전액 1999년제1기분 불공제매입세액으로 하여 1999년 제1기분 부가가치세 ○○○원을 결정고지하였다. (바) 이러한 사실은 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 토지에 대한 개별공시지가확인서, '96지방세 과세표준액 적용비율에 대한 ○○○구청장의 고시(제1996-102호), 건물시가표준액 산정방식, 쟁점부동산의 총공급가액중 건물분 공급가액 안분 및 부가가치세 신고내역, 처분청의 쟁점부동산 공급가액의 안분내역 및 1999년 제1기분 부가가치세 경정내역 등에 의해 확인된다.

(2) 판 단 (가) 처분청은 쟁점건물의 취득가액을 도급금액으로 보았으나, 건물의 취득가액은 도급금액외에 건설자금이자, 취득세, 등록세, 기타 부대비용등 취득에 소요되는 모든 비용의 합계액이며, 준공후에 그 금액이 확정되는 점을 감안할 때 처분청이 쟁점건물의 공사진행중에 동 건물의 취득가액을 도급계약서상의 도급금액으로 본 것은 그 근거가 불분명하고 실질에도 부합되지 아니한다고 판단된다. (나) 청구법인은 쟁점부동산을 1997년 제1기부터 1999년 제1기에 걸쳐 분양하였으므로 분양계약 체결시마다 계약체결당시의 토지와 건물에 대한 지방세 시가표준액을 산정하여 총분양금액을 그 비율로 안분하여야 하나, 토지는 1996년의 개별공시지가를 기준으로 하여 1㎡당 지방세 시가표준액을 ○○○원으로 산정하고, 건물은 1997년 최초 분양시에 동 건물이 허가기준에 따라 준공된 것으로 보아 층별·용도별로 구분하여 1㎡당 평균 ○○○원 내지 ○○○원으로 산정한 후 이를 기준으로 1997년제1기 ∼ 1999년제1기에 걸쳐 분양계약이 체결된 모든 분양거래의 안분기준으로 적용하였는 바, 이는 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항에 규정된 적법한 안분방법이 아니라고 판단된다. (다) 처분청은 1997년 제1기 ∼ 1999년 제1기중에 분양된 모든 분양거래와 관련한 과세표준신고누락금액과 동기간중에 과다공제받은 공통매입세액을 모두 1999년 제1기에 귀속되는 과세표준과 불공제매입세액으로 보아 과세처분하였으나, 총분양금액과 공통매입세액은 공급시기에 따라 과세기간별로 구분하여 해당 과세기간의 과세표준 및 세액을 경정하여야 하므로, 처분청은 공급가액 및 매입세액에 대한 귀속시기를 잘못 적용하였다고 판단된다. (라) 따라서, 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 및 제5항의 규정에 의해 쟁점건물이 준공되기 전에 분양계약이 체결된 분은 총분양가액을 계약체결당시 토지와 건물의 지방세 시가표준액비율로 안분하고, 쟁점건물이 준공되어 건물의 취득가액이 확정된 후 분양계약체결분은 총분양가액을 토지와 건물의 취득가액비율로 안분하여 건물분 공급가액을 계산하여 이를 과세표준으로 하고, 각 과세기간별 공통매입세액에 이와 같이 경정된 과세표준을 기준으로 계산한 면세비율을 곱하여 불공제대상 토지분 매입세액을 계산하고, 1997년제1기 ∼ 1998년 제2기의 과세표준 미달신고금액 및 공통매입세액 과다공제금액은 각 과세기간별로 각각 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.