중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외국인투자기업감면의 중복 적용 여부

심판청구번호 국심2003부 0709(2003. 6. 27) > 1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1976.6.23.부터 자동차부품 제조업을 영위하는 외국인투자 중소기업으로 1996.12.31. 증자를 하고 1999사업연도∼2001사업연도 법인세 신고시 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외국인투자 증자분에 대한 외국인투자기업감면을 중복적용하여 감면신고하였다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 1994.1.1.이후 개시하는 사업연도부터는 구 조세감면규제법 제117조 제7항의 규정에 의거 중복감면이 배제된다는 이유로 중복감면을 부인하여 2003.1.10. 청구법인에게 법인세 1999사업연도분 ○○○원, 2000사업연도분 ○○○원, 2001사업연도분 ○○○원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 외국인투자기업감면과 구 조세감면규제법상 감면이 중복되는 경우 하나만 선택하여 감면받을 수 있는 규정인 구 조세감면규제법 제87조 7항의 규정은 1988.12.26. 신설되었는 바, 동 규정이 신설되기 이전에 설립된 외국인투자기업까지 중복적용을 배제하는 경우 소급입법금지의 원칙에 위배되고, 또한 최저한세 규정은 감면 등을 받는 경우에도 최소한의 세부담을 시키기 위한 규정인 바, 외국인투자기업감면은 최저한세의 적용대상에서 제외시켜 감면을 더해주도록 하고 있는 취지에 비추어도 중복감면을 배제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1993.12.31. 개정된 조세감면규제법 제117조 제7항의 규정에 의거 1994.1.1.이후 개시하는 사업연도부터는 동일한 공장에 대해 동일한 과세연도에 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외국인투자기업감면을 중복하여 적용할 수 없는 것이므로 중복공제를 부인하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 중복감면배제에 관한 규정이 신설(1988.12.26.)되기 이전에 창업한 외국인투자기업의 경우 1994.1.1. 개시하는 사업연도 이후에도 동일한 공장에 대해 동일한 과세연도에 "중소제조업 등에 대한 특별세액감면"과 "외국인투자기업감면"을 중복하여 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 개정된 것) 제117조【중복지원의 배제】⑦내국인의 동일한 공장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조·제7조·제31조 제7항 및 제8항·제32조 제8항·제34조·제46조·제50조·제54조, 이 법 부칙 제13조 또는 외자도입법 제14조의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. 동법 부칙 제2조【일반적 적용례】이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 동법 부칙 제13조【세액감면에 관한 경과조치】①이 법 시행당시 종전의 제15조·제15조의 3·제40조의 4·제40조의 5 제1항·제40조의 7 및 제45조의 3의 규정에 의한 세액감면을 적용받던 자에 대하여는 종전의 동 각조의 규정에 의한다.

(2) 조세감면규제법(1988.12.26. 법률 제4021호로 개정된 것) 제87조【중복지원의 배제】⑦내국인이 동일한 공장에 대하여 제15조제1항·제40조의 4 제1항·제85조 제2항 및 제85조의 2의 규정과 외자도입법 제14조의 규정이 적용되는 경우에는 조세감면규제법의 규정과 외자도입법의 규정중 하나만을 선택하여 그 적용을 받을 수 있다. 동법 부칙 제18조【중복지원의 배제에 관한 적용예】제87조제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업 또는 입주하는 자부터 적용한다. 동법 부칙 제19조【중복지원의 배제에 관한 경과조치】이 법 시행당시 종전의 제15조·제85조 제2항 및 제85조의 2의 규정을 적용받던 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

(3) 구 외자도입법 제14조【법인세등의 감면】①다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하고자 하는 외국인투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당되는 경우에는 제2항 내지 제5항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도기술을 수반하는 사업

② 외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세의 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 다음 각호와 같이 감면한다.

1. 제1항 제1호에 규정된 사업의 경우에는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(괄호생략)부터 5년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(괄호생략)에 외국인투자비율(괄호생략)을 곱한 금액(이하 이 항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 동법 제16조【증자의 조세감면】①외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제14조 및 제15조의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 내국인이 동일한 공장에 대하여 구 조세감면규제법상의 창업중소기업에 대한 세액감면, 농공지역 입주기업에 대한 세액감면 등과 외자도입법에 의한 법인세 등 감면이 적용되는 경우에는 조세감면규제법의 규정과 외자도입법의 규정 중 하나만을 선택하여 적용받도록 한 중복지원배제규정은 조세감면규제법(1988.12.26. 개정) 제87조에 신설되었고, 위 규정은 동법 부칙 제18조에서 1989.1.1.이후 최초로 창업 또는 입주하는 자부터 적용한다고 규정하고 있어 당시 조세감면규제법에서는 창업중소기업관련 세액감면 등과 외자도입법의 감면이 중복되는 경우만을 규정하고 있고, 중소제조업 등에 대한 특별세액감면에 대하여는 명문의 규정이 없음을 알 수 있다.

(2) 이를 구체적으로 보면, 위 법 부칙 제18조에서 1989.1.1.이후 최초로 창업 또는 입주하는 자부터 적용하는 것으로 규정하고 있는 적용예는 동법 제87조에서 창업중소기업에 대한 조세감면규제법상의 감면과 외자도입법상 감면의 중복적용을 배제한 규정으로 이 건의 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외자도입법상 법인세 감면의 중복적용 여부와는 직접 관련이 없다 할 것이다.

(3) 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 1992.12.8. 신설되었고, 그 후 조세감면규제법 전면개정시(1993.12.31.) 제117조 제7항에서 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외자도입법 제14조의 규정에 의한 법인세 감면규정이 중복 적용되는 경우에는 하나만을 선택하여 적용받도록 규정하고, 그 적용시기는 부칙 제2조에서 1994.1.1.이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 1994.1.1이후에는 창업시기에 관계없이 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외자도입법 제14조에 의한 법인세 감면은 중복하여 적용받을 수 없다 하겠다.(재정경제부 조예46019-197, 2002.11.15. 같은 뜻임)

(4) 한편, 소급과세금지의 원칙이란 그 조세법령의 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 취지일 뿐, 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대한 새로운 법령의 적용까지를 제한하는 것은 아니라 할 것(대법원 93누13131, 1995.5.24 같은 뜻임)이므로 위와 같이 중소제조업 등에 대한 특별세액감면과 외국인투자기업감면 중 선택하여 하나만을 적용받도록 한 것은 조세감면규제법을 1993.12.31. 전면개정하면서 이 법 시행(1994.1.1.)후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 규정한 이상 소급입법에 해당하지 않아 이 건 과세처분이 소급입법금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 법리를 오해한 주장이라 하겠다.

(5) 위 사실내용과 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인이 1999.1.1.∼2001.12.31사업연도에 1996년 증자분에 대한 외국인투자기업감면과 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 중복적용하여 신고한 데 대하여 처분청이 중복적용을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.