기준시가로 양도차익을 산정해서 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 2002.10.25 처분청에 2002.2기 부가가치세 예정신고를 하면서 OOOO시 O구 OOO OOOOOO 및 25번지 대지 199.17㎡에 지상 3층 건물 470.41㎡(이하 쟁점건물 이라 한다)의 신축과 관련하여 교부받은 세금계산서 3매(이하 쟁점세금계산서 라 한다) 공급가액 합계 OOO,OOOO원의 매입세액을 공제신청한 바, 처분청은 이에대한 환급조사를 실시하여 쟁점건물의 사용승인일인 2002.6.17을 쟁점건물의 신축과 관련한 건설용역의 공급시기로 보아 사용승인일 이후인 2002.7.10 교부받은 세금계산서 1매(공급가액 OO,OOOO원)는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 해당매입세액을 공제부인하였고, 사업자등록신청일인 2002.7.22로부터 20일이전에 교부받은 세금계산서 2매(2002.6.15 교부분 공급대가 O,OOOO원 및 2002.6.30 교부분 공급대가 OOO,OOOO원)는 사업자등록전의 매입세액으로 공제부인하여, 2002.11.8 청구인에게 2002.2기분 부가가치세 O,OOO,OOO원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.12.3 이의신청을 거쳐 2003.1.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 세금계산서에 주민등록번호가 기재되어 있지 아니하고 사업자등록번호가 기재되어 있어 발행일자를 소급하여 세금계산서를 작성하였다는 이유와 OO건설의 건설공사 표준도급계약서에 공사기간과 계약금 및 중도금을 기재한 사실이 없다는 점을 들어 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 간주할 수 없고 환급의 대상이 아니라고 해석하고 있으나, 사업자등록번호가 기재되어 있다는 것은 실제로 세금계산서 발행이 사업자등록신청일 이후에 작성되었다는 것을 의미하며, 이는 대금의 최종정산이 하자보수공사 등으로 인하여 그만큼 지연되었다는 것을 의미하는 것이고, 세금계산서의 발행일자와 실제 지급일자가 일치하지 않을 수도 있지만, 이 경우에도 공급자가 그들의 편의에 따라 세금계산서를 작성·교부한 것이며, 세법에 문외한인 청구인이 이러한 세무관계를 잘 이해하지 못하였을 뿐, 정당하게 지급한 매입세액을 환급받고자 신고하였음에도 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액공제를 부인하고 과세함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서임이 명백하므로 매입세액을 공제부인하고 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서의 공급시기 등이 사실과 다르다 하여 매입세액을 공제부인하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제54조 【세금계산서의 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 쟁점건물의 사용승인일이 2002.6.17인 사실과 청구인이 부O산임대업으로 사업자등록(사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO)을 신청한 날이 2002.7.22인 사실 및 쟁점세금계산서의 교부일이 사업자등록신청일 이전임에도 쟁점세금계산서에 공급받는 자의 주민등록번호가 기재되어 있지 아니하고 사업자등록번호가 기재되어 있는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 달리 다툼이 없다. (나) 쟁점세금계산서의 공급자와 작성·교부일자 및 공급가액을 살펴보면 다음과 같다. OOO OOO OOOO OOOO OOOOO OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO OO,OOO,OOOO OOOOO OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO O,OOO,OOOO OOOOOOOO OOOOOOOOO O,OOO,OOOO OOO,OOOO (다) 처분청은 쟁점건물의 건설용역을 대가의 지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역으로 보고, 그 공급시기를 쟁점건물의 사용승인일로 보아 위 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보고 있으며, 또한 쟁점세금계산서중 ①과 ③의 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 규정하는 사업자등록을 하기 전의 매입세액이라 하여 청구인이 2002.2기 부가가치세 예정신고시 신청한 쟁점세금계산서의 매입세액공제신청을 부인하고, 신고불성실가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (라) 이에 대하여 청구인은 쟁점건물의 사용승인일은 2002.6.17이나 사용승인일까지는 쟁점건물의 공사하자 등에 따라 사용승인일 이후에도 일부공사가 계속되었으며, 실제 공사가 완료되고 공사대금이 지급된 시점은 2002.7월말경인 바, 이러한 사실은 쟁점세금계산서의 공급받는 자가 주민등록번호가 기재되지 아니하고 사업자등록번호가 기재된 사실로도 확인될 뿐 아니라, 공급자인 OO건설 대표 박OO이 이와같이 실제 용역의 공급이 완료된 시기와 대금의 지급시기를 확인하고 있음에도 세금계산서상 작성일자가 공급시기와 다르다는 이유를 들어 정당한 매입세액을 공제부인하고 과세함은 부당하다는 주장이다.

(2) 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분이 정당한지에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 관련법령에 의하면, 세금계산서는 용역을 공급하는 때에 교부하도록 하고 있고, 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때이며, 통상적인 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때로 규정하고 있고, 교부받은 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는 것이나, 예외적으로 사업자등록신청일부터 역산하여 20일이내의 등록전 매입세액과 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 세금계산서 등의 매입세액에 대하여는 이를 매출세액에서 공제할 수 있도록 규정하고 있다. (나) 이와 같은 관련법령의 규정에 의하여 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액이 공제가능한지에 대하여 살펴보면, 2002.6.30 발행분(공급가액 OOO,OOOO원)과 2002.6.15 발행분(공급가액 O,OOOO원)의 경우는 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 이전에 교부받은 세금계산서로서, O 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서의 공제가 불가능한 등록전매입세액이므로 O 세금계산서상의 매입세액을 공제부인한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 보이고, (다) 또한, 2002.7.10 발행분(공급가액 OO,OOO,OOO원) 세금계산서를 살펴보면, 청구인은 쟁점건물에 대한 건설용역의 공급시기와 관련하여 2002.7월에도 하자보수공사 등을 하였다는 주장이나, 쟁점건물의 사용승인일이 2002.6.17로서 사용승인일 이후에도 계속하여 건설공사를 하였다는 사실이 객관적으로 확인되지 아니하므로 건설용역의 최종공급시기가 불분명한 것으로 보이고, 이러한 경우에는 건설용역의 최종공급시기를 사용승인일로 보아 할 것이다(같은 뜻: 부가가치세법 통칙 9-22-3). 따라서 O 세금계산서는 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것이기는 하나, 용역의 최종공급시기가 2002.6.17임에도 2002.7.10 이를 교부받아 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 세금계산서가 아니므로 해당매입세액을 공제부인하고 과세한 처분 역시 달리 잘못이 없다고 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.