부가가치세가 면제되는 토지관련 매입세액은 손금에 산입하는 것이 타당함 감자의 대가로 현물을 지급하는 경우 자본적 거래가 아니라 현물을 유상양도한 것으로 보아야함
부가가치세가 면제되는 토지관련 매입세액은 손금에 산입하는 것이 타당함 감자의 대가로 현물을 지급하는 경우 자본적 거래가 아니라 현물을 유상양도한 것으로 보아야함
심판청구번호 국심2003부 0072(2003. 6. 25) 치세매입세액 ○○○원을 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
(2) 나머지 청구는 이를 기각합니다.
청구법인은 ○○○협동조합 등 20개 원양어업회사와 공동출자하여 ○○○ 원양어업전용부두축조 및 배후시설용 토지조성공사 (이하"쟁점공사"라 한다)를 시행하는 공유수면매립면허권을 1991.6.10. 취득하였다. 청구법인은 1992년도에 쟁점공사관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청이 토지관련 매입세액이라고 하여 매출세액에서 불공제하는 경정처분을 한 이후 매입세액을 쟁점공사 원가로 계상하여 왔다. 청구법인 등은 1995년 쟁점공사를 사실상 준공하여 동 지상에 7개 원양어업회사가 냉동창고 건설을 착공하였으며 1997.5월 원양어업 전용부두를 개장하고, 2001.4.2. 공유수면매립 준공인가를 받았다. 청구법인은 2001.2.21. 자본금 ○○○원을 ○○○원으로 감자(자본금 감소 ○○○원)하고 쟁점공사로 인하여 조성된 토지 107,232㎡ ○○○원(이하 "쟁점토지" 라한다)중 98,572㎡ ○○○원(공사비 ○○○원, 매입세액 불공제금액○○○원, 이하 "쟁점면허권" 이라 한다)을 주식소유지분율로 각 주주에게 현물(쟁점면허권)로 지급하였다. 처분청은 청구법인이 감자의 방법으로 주주들에게 쟁점면허권을 분배한 것을 재화의 공급으로 보고, 특수관계자에게 쟁점면허권을 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산을 부인하여 쟁점면허권의 감정평가액 ○○○원과 쟁점공사원가○○○원의 차액 ○○○원을 익금 가산하는 한편, 쟁점면허권의 공급에 부가가치세를 과세하면서 그동안 매입세액 불공제로 조성원가계정에 계상되었던 매입세액중 부과제척기간 이내인 1997년 1기∼2001년 1기분 매입세액 ○○○원(이하 "쟁점매입세액" 이라한다)을 매출세액에서 공제하고 법인소득금액계산시 손금불산입하여, 2002.10.2. 청구법인에게 2001사업연도분 법인세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.12.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 감자의 대가로 각 주주에게 주식소유지분율로 현물(쟁점면허권)지급한 토지에 대하여 공유수면매립 면허권양도로 보아 부당행위계산 부인하였으나, 유상감자의 대가물로 현물을 지급하는 경우 시가에 의하여 지급한다는 규정이 없고, 시가로 평가한다고 하여도 감자차익이 발생하므로, 자본거래로 인한 감자차익을 손익거래에서 발생한 양도차익으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하며, 청구법인이 2001.2.21. 감자한 주식의 평가액이 ○○○원이고 토지의 평가액이 ○○○원인 상태에서 주주에게 토지를 지급하여 유상으로 균등감자를 한 것은 법인세법시행령 제88조 의 부당행위에 해당하지 아니한다.
(2) 쟁점토지를 양도하는 경우 토지의 소유권보존등기시 공유수면매립면허권 관련서류가 필요하므로 공유수면매립면허권은 토지와 상호 결부하여 양도하는 것이며, 쟁점면허권 양도(2001.2.21.)후에 추가적인 공사비 투입이 없었던 점 등으로 보아 쟁점토지는 실지 준공된 상태로 부가가치세법상 부가가치세가 면세되는 토지에 해당함에도, 부가가치세 과세재화로 보아 쟁점매입세액을 공제한 후 법인소득금액 계산시 쟁점매입세액을 손금불산입한 처분은 부당하다.
(1) 감자의 대가로 현물(쟁점면허권)을 지급한 거래를 자본거래로 보는 경우 상법 제171조 제1항 의 법인격을 부인하게 되며, 쟁점면허권 양도는 주주들간의 투자유가증권 양도양수거래(손익거래)를 생략함으로써 자본거래로 위장한 손익거래에 해당하며, 종전 주주인 ○○○산업(주)가 2000.8.9. ○○○원에 취득한 보유주식 ○○○주를 ○○○원에 양도한 사실 등으로 보아 쟁점면허권을 토지에 부수하여 무상으로 양도했다고 볼 수 없고, 쟁점면허권의 양도가액이 감정가액에 비하여 현저히 저렴하고 특수관계자간의 거래에 해당하여 법인세법 제52조 제2항 및 같은법시행령 제89조 제2항 제1호의 규정에 따라 부당행위계산을 부인하고 감정가액을 시가로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 쟁점공사는 국가에 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 일부를 취득하는 것으로, 부가가치세가 과세되는 용역의 공급에 해당하므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하고 손금불산입한 처분은 정당하다.
(1) 청구법인이 공유수면매립면허권을 감자의 방법으로 주주에게 이전한 것이 공유수면매립면허권의 유상양도에 해당하는지 여부
(2) 공유수면매립공사와 관련하여 발생한 부가가치세 매입세액이 조성된 토지의 자본적지출에 해당하는지 여부
(1) 수익 관련규정 법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액
9. 제88조 제1항 제8호 각목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익
10. 제1호 내지 제9호외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
(2) 배당 또는 분배의제 관련규정 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】① 다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.
1. 주식의 소각, 자본의 감소, 사원의 퇴사, 탈퇴 또는 출자의 감소로 인하여 주주·사원 또는 출자자(이하 “주주등”이라 한다)가 취득하는 금전 기타 재산가액의 합계액이 주주등이 당해 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액 법인세법시행령 제14조 【재산가액의 평가 등】① 법 제16조 제1항 각호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.
2. 취득한 재산이 주식 등외의 것인 경우에는 그 재산의 취득당시의 시가
(3) 부당행위계산부인 관련규정 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한 다)을 기준으로 한다. 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
(4) 제세공과금의 손금불산입 관련규정 법인세법 제21조 【제세공과금의 손금불산입】다음 각호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 20개 원양어업회사(준공시 12개사)와 공동출자하여 1991.6.10. ○○○원양어업전용부두축조 및 배후시설용 토지조성을 목적으로 공유수면매립면허를 취득하여 공사를 진행하여온 업체로, 1997.5월 원양어업전용부두를 개장한후, 2001.4.2. 공유수면매립준공인가(조성면적 107,232㎡, 조성원가 ○○○) 직전인 2001.2.21. 조성면적 98,572㎡(감정가액○○○원, 공사원가 ○○○원, 감자금액 ○○○원, 감자차익 ○○○원)에 상당하는 자본을 감자하여 각 주주에게 공유수면매립면허권으로 대물변제하였다. (나) 2000.12.31.현재 청구법인이 제시한 감자주식 평가총액은 해양수산부의 토지공사비정산금액 ○○○원을 기준으로 하는 경우에 ○○○원이며, 조성된 토지의 감정가액 ○○○원을 기준으로 하는 경우에 ○○○원임이 확인된다. (다) 청구법인이 2001.2.21. 자본을 감자하는 대가로 쟁점면허권으로 대물변제한 것이 자본거래에 해당하는지와 쟁점면허권의 공급이 부당행위계산 부인대상에 해당하는지에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인은 감자의 대가로 청구법인소유의 쟁점면허권으로 각 주주에게 대물변제한 것이 자본거래에 해당한다고 주장하나, 이것을 자본거래로 인식하는 경우 법인 실체설을 부인하게 되며, 법인이 해산되어 청산소득을 계산하는 경우에도 잔여재산을 시가로 평가하게 되어있는 점 등으로 볼 때, 감자의 대가로 현물을 지급하는 경우에 현물을 유상양도한 것으로 보아야 할 것으로 판단된다. 둘째, 청구법인은 위와 같이 감자전 주식 평가액(총사업비기준 ○○○원 또는 감정평가액기준 ○○○원)이 대물변제한 쟁점면허권의 평가액(공사비기준 ○○○원 또는 감정가액기준 ○○○원)과 비슷하여 감자의 대가로 쟁점면허권으로 대물변제한 것이 부당행위계산 부인대상에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인이 제시한 감자전 주식평가액은 쟁점공사가액을 장부상 공사비가 아닌 감정가액으로 계산한 결과이며, 청구법인의 계산방법중 쟁점공사가액을 장부상 공사비로 한 주식평가액은 ○○○원이 되어 쟁점면허권의 감정가액 ○○○원에 비하여 저가이므로 부당행위계산 부인대상에 해당하는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. 법인세법 제21조 제1호 에서 부가가치세의 매입세액은 법인의 각사업년도의 소득금액을 계산함에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니하는 것이나, 부가가치세가 면제되는 경우를 제외한다고 규정하고 있으므로, 부가가치세가 면제되는 쟁점공사와 관련한 쟁점매입세액은 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.