면세사업자로 사업자등록한 후 과세사업을 추가하여 사업자등록정정신청을 한 날부터 역산해 20일 전에 과세사업용 건물을 신축하고 교부받은 건물분 세금계산서의 매입세액을 등록 전 매입세액으로 보아 불공제한 사례임
면세사업자로 사업자등록한 후 과세사업을 추가하여 사업자등록정정신청을 한 날부터 역산해 20일 전에 과세사업용 건물을 신축하고 교부받은 건물분 세금계산서의 매입세액을 등록 전 매입세액으로 보아 불공제한 사례임
심판청구번호 국심2003구 3871(2004. 5. 24) 청 구 인 성 명(주)○○○ 주 소 ○○○ 대표이사 이○○○ 대리인 성명 공인회계사 이○○○ 주소 ○○○ 행 정 처 분 청 ○○○세무서장
심판청구를 기각합니다.
청구법인은 2001.11.13. 설립등기하고, 2001.11.16. 사업자등록을 신청하여 면세사업(축산, 부화·종계사육·종계종란수출입업) 사업자등록증을 교부받은 후, 2002년 2월 ○○○소재 임야 25,040㎡를 매입하여 그 지상에 철근콘크리트구조 동물 및 식물관련시설 연면적 10,158㎡(1층 부화장 9,598.57㎡, 2층 기숙사 등 관련시설 559.43㎡로 이하 "쟁점건물"이라 한다)를 신축하기 위하여 2002년 7월 착공하였으며, 2002년 제2기분 부가가치세 신고시 위 건물 신축관련 매입세액(169,233,830원)을 면세사업관련 불공제 매입세액으로 신고하였다가 2003.1.23. 위 매입세액을 공제(환급)하여 달라고 경정청구하였다. 처분청은 청구법인이 경정청구한 위 매입세액 중 157,763,630원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)은 과세사업에 관한 사업자등록 정정신청일(2002.10.1.)로부터 20일 이전에 발생한 매입세액이라 하여 매입세액공제를 배제하고, 2003.5.23. 나머지 차액 11,470,200원만 환급통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.18. 이의신청을 거쳐 2003.12.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 사업자등록이 면세사업으로 되어 있다 하더라도 신축건물 전부를 과세사업에 사용하고 있으므로 부가가치세법 제16조 의 2의 공통매입세액 정산논리와 실질과세원칙에 따라 쟁점매입세액을 환급하여야 한다.
(2) 청구법인은 2001.11.16. 과세사업자등록을 신청하였으나, 처분청이 제대로 검토하지 아니하고 일방적으로 면세사업자등록증을 발급한 것이므로 신의성실원칙에도 반하는 처분이므로 부당하다.
(2) 청구법인이 제출한 사업자등록신청서를 보면, 과세사업여부는 표기하지 아니하였고, 제조, 부화·종계사육·종계종란수출입업은 면세사업에 해당하며, 면세사업자등록 신청일(2001.11.16.)로부터 과세사업자등록 신청일(2002.10.1.)까지는 상당한 기간이 있어 이 기간 중에 과세사업자등록을 신청할 수 있었음에도 이를 신청하지 아니하였을 뿐만 아니라, 당초의 부가가치세 신고시 청구법인 스스로 면세관련 매입세액으로 보아 공제하지 아니한 바 있어 면세사업자 임을 자인하였으므로 신의성실원칙에 반하는 처분으로 볼 수 없다.
(1) 면세사업자등록 후 신축한 건물을 과세사업에 사용하는 경우 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부
(2) 과세사업으로 사업자등록을 신청하였음에도 처분청이 임의로 면세사업자등록증을 교부한 것인지 여부
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.
⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 부가가치세법시행령 제61조 의 2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
(1) 청구법인은 2001.11.16. 처분청에 업태를 축산으로, 종목을 부화, 종계사육, 종계종란수출입업으로 기재한 사업자등록신청서를 제출하였고, 이에 따라 처분청이 면세사업자용 사업자등록증○○○을 교부하였으며, 2002.10.1. 과세사업인 위탁부화업을 추가하는 것으로 기재한 사업자등록 정정신청서를 제출하였고, 쟁점건물은 2002.7.9. 건축허가, 2002.7.19. 착공, 2003.4.24. 사용승인을 받았음이 확인되고 위 사실에는 다툼이 없다. 처분청은 쟁점건물 신축관련 매입세액 중 과세사업인 위탁부화업을 추가하여 사업자등록 정정신청서를 제출한 2002.10.1.로부터 역산하여 20일 이내의 것을 제외한 매입세액(쟁점매입세액)을 공제배제하였다. (2) 부가가치세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은법 제17조 제2항 제5호 소정의 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고, 따라서 부가가치세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 면세사업자라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것이거나 부가가치세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 부가가치세법 제5조 제1항 에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다 할 것이다○○○. 청구법인은 쟁점건물을 과세사업용으로 사용하고 있으므로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산규정인 부가가치세법시행령 제61조 의 규정을 적용하여 쟁점매입세액을 공제하여 달라고 주장하나, 쟁점건물의 실지귀속여부에 불구하고 사업자등록전 매입세액에 해당함으로 인하여 쟁점매입세액의 공제를 배제한 이 건의 경우와는 과세근거를 달리하고 있으므로 받아들일 수 없는 주장이라 할 것이다.
(3) 또한, 청구법인의 법인등기부상 과세사업인 "위탁부화업"이 기재되어 있으나, 사업자등록 신청당시 신청서에 이를 기재하지 아니하였는 바, 등록신청서에 첨부된 법인등기부에 과세사업이 있다 하더라도 신청서에 이를 기재하지 않았다면, 당해 과세사업을 영위할 의도가 있었다고 하기 어렵다 할 것이고, 청구법인이 면세사업자등록 신청일(2001.11.16.)로부터 당초 교부받은 면세사업자등록증을 과세사업자등록증으로 정정 교부받을 충분한 시간적 여유가 있었음에도 아무런 조치를 취하지 아니하였고, 청구법인 스스로 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 바 있으며, 사업자등록증의 교부행위는 사업행위의 등록사실을 증명하는 증서를 교부한 것에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
○○○소재 임야 25,040㎡를 매입하여 그 지상에 철근콘크리트구조 동물 및 식물관련시설 연면적 10,158㎡(1층 부화장 9,598.57㎡, 2층 기숙사 등 관련시설 559.43㎡로 이하 "쟁점건물"이라 한다)를 신축하기 위하여 2002년 7월 착공하였으며, 2002년 제2기분 부가가치세 신고시 위 건물 신축관련 매입세액(169,233,830원)을 면세사업관련 불공제 매입세액으로 신고하였다가 2003.1.23. 위 매입세액을 공제(환급)하여 달라고 경정청구하였다. 처분청은 청구법인이 경정청구한 위 매입세액 중 157,763,630원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)은 과세사업에 관한 사업자등록 정정신청일(2002.10.1.)로부터 20일 이전에 발생한 매입세액이라 하여 매입세액공제를 배제하고, 2003.5.23. 나머지 차액 11,470,200원만 환급통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.18. 이의신청을 거쳐 2003.12.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 사업자등록이 면세사업으로 되어 있다 하더라도 신축건물 전부를 과세사업에 사용하고 있으므로 부가가치세법 제16조 의 2의 공통매입세액 정산논리와 실질과세원칙에 따라 쟁점매입세액을 환급하여야 한다.
(2) 청구법인은 2001.11.16. 과세사업자등록을 신청하였으나, 처분청이 제대로 검토하지 아니하고 일방적으로 면세사업자등록증을 발급한 것이므로 신의성실원칙에도 반하는 처분이므로 부당하다.
- 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세법시행령 제61조 의 2의 공통매입세액 정산은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자에게 적용하는 것인 바, 면세사업자 등록을 하고 면세사업에 해당하는 부화장을 건축한 청구법인에 대하여 쟁점매입세액의 공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 제출한 사업자등록신청서를 보면, 과세사업여부는 표기하지 아니하였고, 제조, 부화·종계사육·종계종란수출입업은 면세사업에 해당하며, 면세사업자등록 신청일(2001.11.16.)로부터 과세사업자등록 신청일(2002.10.1.)까지는 상당한 기간이 있어 이 기간 중에 과세사업자등록을 신청할 수 있었음에도 이를 신청하지 아니하였을 뿐만 아니라, 당초의 부가가치세 신고시 청구법인 스스로 면세관련 매입세액으로 보아 공제하지 아니한 바 있어 면세사업자 임을 자인하였으므로 신의성실원칙에 반하는 처분으로 볼 수 없다.
(1) 면세사업자등록 후 신축한 건물을 과세사업에 사용하는 경우 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부
(2) 과세사업으로 사업자등록을 신청하였음에도 처분청이 임의로 면세사업자등록증을 교부한 것인지 여부
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.
⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 부가가치세법시행령 제61조 의 2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
(1) 청구법인은 2001.11.16. 처분청에 업태를 축산으로, 종목을 부화, 종계사육, 종계종란수출입업으로 기재한 사업자등록신청서를 제출하였고, 이에 따라 처분청이 면세사업자용 사업자등록증○○○을 교부하였으며, 2002.10.1. 과세사업인 위탁부화업을 추가하는 것으로 기재한 사업자등록 정정신청서를 제출하였고, 쟁점건물은 2002.7.9. 건축허가, 2002.7.19. 착공, 2003.4.24. 사용승인을 받았음이 확인되고 위 사실에는 다툼이 없다. 처분청은 쟁점건물 신축관련 매입세액 중 과세사업인 위탁부화업을 추가하여 사업자등록 정정신청서를 제출한 2002.10.1.로부터 역산하여 20일 이내의 것을 제외한 매입세액(쟁점매입세액)을 공제배제하였다. (2) 부가가치세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은법 제17조 제2항 제5호 소정의 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고, 따라서 부가가치세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 면세사업자라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것이거나 부가가치세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 부가가치세법 제5조 제1항 에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다 할 것이다○○○. 청구법인은 쟁점건물을 과세사업용으로 사용하고 있으므로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산규정인 부가가치세법시행령 제61조 의 규정을 적용하여 쟁점매입세액을 공제하여 달라고 주장하나, 쟁점건물의 실지귀속여부에 불구하고 사업자등록전 매입세액에 해당함으로 인하여 쟁점매입세액의 공제를 배제한 이 건의 경우와는 과세근거를 달리하고 있으므로 받아들일 수 없는 주장이라 할 것이다.
(3) 또한, 청구법인의 법인등기부상 과세사업인 "위탁부화업"이 기재되어 있으나, 사업자등록 신청당시 신청서에 이를 기재하지 아니하였는 바, 등록신청서에 첨부된 법인등기부에 과세사업이 있다 하더라도 신청서에 이를 기재하지 않았다면, 당해 과세사업을 영위할 의도가 있었다고 하기 어렵다 할 것이고, 청구법인이 면세사업자등록 신청일(2001.11.16.)로부터 당초 교부받은 면세사업자등록증을 과세사업자등록증으로 정정 교부받을 충분한 시간적 여유가 있었음에도 아무런 조치를 취하지 아니하였고, 청구법인 스스로 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 바 있으며, 사업자등록증의 교부행위는 사업행위의 등록사실을 증명하는 증서를 교부한 것에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
○○○
결정 내용은 붙임과 같습니다.