기납부한 토지초과이득세의 기납부세액공제 여부

심판청구번호 국심2003구 3685(2004. 2. 12)

• 가. 청구인은 ○○○ 대지 364.6㎡ 및 건물 243.81㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 2002.10.31. 주식회사 ○○○에 양도하고 2003.5.27. 쟁점부동산에 대하여 양도차익 및 납부세액이 없는 것으로 하여 양도소득세 과세표준신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 과세표준신고가 잘못되었다하여 양도차익을 재산정하여 2003.7.14. 청구인에게 2002년도분 양도소득세 ○○○원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2003.8.20. 이의신청을 거쳐 2003.12.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 취득한 토지는 1993년 토지공시지가가 ㎡당 ○○○원이고 2002년 공시지가는 ○○○원으로 공시지가가 하락하였으므로 양도차익이 없는 것이 타당하며, 또한 청구인은 1993.10.1. 토지초과이득세를 납부하였는데 토초세는 위헌으로 폐지된 법으로서 기납부한 토지초과이득세에 법정이자를 가산하여 환급하거나 양도소득세에 공제하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 양도당시 기준시가는 ○○○원이며 취득일인 1988년도 기준시가는 ○○○원으로서 기타 필요경비(토지초과이득세 등)공제하여 양도차익이 ○○○원으로 이를 적정하게 산정하였으며, 청구인이 기납부한 토지초과이득세 ○○○원은 토지초과이득세법 제26조 제4항 의 규정에 따라 필요경비로 산입하여 이미 처분청에서 시정조치하였고, 토지초과이득세 전액을 세액에서 공제해야 한다는 청구주장은 법률에 근거가 없어 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 기납부한 토지초과이득세 ○○○원을 필요경비로 하여 양도소득세를 산정한 처분의 적법여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (단서생략) 제97조 【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. (단서생략) 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

(2) 토지초과이득세법(1998.12.28. 법률 제5586호로 폐지된 것) 제26조 【양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나, 법인세법 제59조 의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다. 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5586호) 제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 경과조치】이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산을 거래한 내용은 1988.5.31. ○○○ 토지 364.6㎡를 매매로 취득하고 1992.9.18. 동 지상위에 건물 243.81㎡을 신축하였으며, 1993.10.1 청구인은 토지초과이득세 ○○○원을 납부하였고 이후 2002.10.31. 쟁점부동산을 양도한 사실이 등기부등본 및 일반건축물관리대장에서 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 양도한 사실에 대하여 토지초과이득세를 필요경비에서 공제하여 아래와 같이 양도차익을 산출하였다.

○○○ (3) 소득세법 제96조 및 제97조 등에 의하면 양도차익의 계산은 양도가액에서 취득가액등 필요경비를 공제하여 산정하며, 양도가액 또는 취득가액은 양도 또는 취득당시의 기준시가를 적용하되, 납세자가 실지거래가액에 의해 자산양도차익 예정신고 또는 확정신고를 하는 경우 예외적으로 실지거래가액에 의해 과세하도록 되어 있다.

(4) 또한, 토지초과이득세법 제26조 (양도소득세 등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세) 제4항, 부칙 제2조 등의 규정에 따르면, 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 초과하여 당해 유휴토지를 양도한 경우에는 기부과된 토지초과이득세는 전액을 필요경비로 공제한다고 규정하고 있다.

(5) 따라서, 청구인은 토지초과이득세의 결정일로부터 6년을 초과하여 쟁점부동산을 양도한 이 건의 경우 청구인이 납부한 토지초과이득세 ○○○원을 필요경비로 공제하여 양도소득금액을 산정한 후 이에 따라 청구인에게 양도소득세를 고지한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(국심2003중1717, 2003.10.30. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.