매입세액을 불공제한 처분의 당부

심판청구번호 국심2003구 2931(2004. 2. 13) R>이 유

청구법인은 1995.2.3.부터 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로 재무관리, 회계관리, 생산관리, 인사관리 및 재고관리 등 자료를 일원화하여 관리할 수 있는 정보시스템인 전사적 자원관리시스템(○○○시스템, 이하 "○○○"이라 한다)을 구축하기 위하여 ○○○(주)에서 소프트웨어를, (주)○○○에서 하드웨어를 각각 구입하고, (주)○○○의 자문용역을 공급받으면서 아래 표와 같이 관련 부가가치세 매입세액을 2001년 제2기 및 2002년 제1기 매출세액에서 공제하여 신고하였다.○○○ 처분청은 청구법인이 청구법인과 특수관계에 있는 ○○○(주), (주)○○○ 및 ○○○(주) 등(이하 "특수관계법인"이라 한다)과 함께 ○○○을 공동매입한 것으로 보아 청구법인이 매입시점에 이들 특수관계법인에게 귀속되는 매입금액 상당액에 대하여 매출세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 동 금액에 상당하는 부가가치세 매입세액을 위 표와 같이 불공제하여 2003.7.11. 청구법인에게 2001년 제2기분 ○○○원, 2002년 제1기분 ○○○원, 합계 ○○○원의 부가가치세를 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 기업자원활용의 최적화를 통한 원가절감책의 일환으로 2001.8.7.∼2002.8.31. 기간동안 ○○○을 구축하기 위하여 청구법인 단독으로 하드웨어, 소프트웨어 및 운용프로그램 등을 구입하여 2002.8.31. 동 시스템의 설치를 완료하였고, 이 때에 특수관계법인과 ○○○을 공동으로 사용하기로 하고 이들 특수관계법인에게 ○○○ 설비 관련 매입금액의 45%(각각 15%씩) 상당금액을 공급가액으로 하여 매출세금계산서를 발행 교부하고, 2002년 제2기분 부가가치세 과세표준에 포함하여 정상적으로 매출로 신고하였다. 그럼에도 불구하고, 처분청은 단지 ○○○ 관련 매입세금계산서의 수취시점에 특수관계법인에 귀속되는 매입금액 상당액을 즉시 매출로 계상하지 아니하였다하여 동 금액 상당액을 청구법인에게 귀속되는 매입금액이 아닌 것으로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 다수의 사업자가 재화 또는 용역을 공동매입하는 경우에는 이들 공동매입사업자들의 대표사가 매입세금계산서를 교부받아 동 일자에 다른 사업자에게 매출세금계산서를 교부할 수 있는 것이나, 청구법인은 매입세금계산서를 교부받은 날에 매출세금계산서를 교부하지 아니하였는 바, 청구법인이 공제받은 부가가치세 매입세액 중 특수관계법인의 지분에 상당하는 세액은 청구법인에게 귀속되는 매입세액일 수 없으므로 이를 청구법인의 부가가치세 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 ○○○ 설비투자와 관련한 매입금액을 공동매입으로 보아 다른 공동매입자인 특수관계법인의 지분에 상당하는 금액을 청구법인의 매입금액에서 차감하여 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 부가가치세법 시행규칙 제18조 【공동매입 등에 대한 세금계산서 교부】

① 전기사업법에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우 에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하고 당해 명의자는 그 교부받은 세금계 산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부할 때에는 당해 전기 사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금 계산서를 교부한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 종합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 의한 그 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대 표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 도시가스사업법에 의한 도시 가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이 를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 ○○○ 설치와 관련하여 수취한 매입 세금계산서 수수 상황을 살펴보면, 2001년 제1기 중 청구법인(○○○)을 공급받는 자로 하여 ○○○원, 2001년 제2기 중 청구법인의 본점을 공급받는 자로 하여 ○○○원, 청구법인(○○○)을 공급받는 자로 하여○○○원, 2002년 제1기 중 청구법인의 본점을 공급받는 자로 하여 ○○○원, 청구법인(○○○)을 공급받는 자로 하여 ○○○원, 합계 ○○○원의 매입세금계산서을 수취하였다.(총 매입금액 ○○○원과의 차액은 2002년 제2기 매입으로 신고되었음)

(2) ○○○ 설치와 관련하여 설비 및 용역 제공업체와의 계약체결 내용을 살펴보면, ○○○(주)로부터○○○, 교육 등의 용역을 제공받기로 하고 ○○○원을 지급하기로 하였으며, (주)○○○으로부터 ○○○ 구축에 필요한 Hardware 등 설비대가로 ○○○원을 지급하기로 하였으며, (주)○○○으로부터 ERP 관련 컨설팅 용역을 제공받기로 하고 ○○○원을 지급하기로 약정한 사실이 확인되며, 계약당사자는 청구법인만 명시되어 있고, 처분청이 공동매입자로 본 ○○○(주), ○○○(주), (주)○○○ 등 특수관계회사는 계약당사자로 명시되어 있지 아니한 것으로 보인다.

(3) ○○○ 설비 구매 및 매각처리에 대한 청구법인의 내부결재문건에 의하면, ○○○ 관련 비용을 청구법인 40%, ○○○(주) 20%, ○○○(주) 20%, (주)○○○ 20%로 배분하기로 비용배분기준을 설정한 사실이 확인되며, ○○○ 개발이 완료된 2002.8.31.자로 위 특수관계회사의 사용자(USER ID) 기준으로 청구법인 55%, ○○○(주) 15%, ○○○(주) 15% 및 (주)○○○ 15%로 관련 비용을 배분한 사실이 확인된다.

(4) 청구법인의 ○○○ 관련 매출세금계산서 수수상황 및 부가가치세 과세표준 신고내용을 살펴보면, 청구법인의 책임하에 ○○○을 2001년 제1기∼2002년 제2기 과세기간에 걸쳐 매입하여 동 시스템을 완료한 2002.8.31. 현재 사용자수를 기준으로 배분하여 ○○○(주), ○○○(주) 및 (주)○○○을 공급받는자로 하여 각각 ○○○원씩, 합계 ○○○원의 매출세금계산서를 교부하고, 이를 2002년 제2기 부가가치세 과세표준에 산입하여 신고한 사실이 확인된다.

(5) 이러한 사실에 기초하여 청구법인의 ○○○ 설비투자와 관련한 매입금액을 공동매입으로 보아 다른 공동매입자인 특수관계법인의 지분에 상당하는 금액관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 특수관계회사와 ○○○을 공동으로 매입한 것으로 보아 청구법인이 공동매입자의 대표자로서 수취한 매입세금계산서 금액 중 다른 공동매입자에 해당하는 특수관계법인이 부담할 금액 상당액의 매출세금계산서를 특수관계법인에게 교부하여야 하는 것이나, 청구법인이 이를 이행하지 아니하였다하여 특수관계법인이 부담하여야 할 금액 상당액을 청구법인의 매입금액에서 차감하고 관련 매입세액을 불공제하였다. (나) 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 ○○○ 설치와 관련하여 설비 및 용역 제공업체와 체결한 계약서상에 계약당사자로 청구법인과 해당 용역제공업체만 명시되어 있고, 처분청이 공동매입자로 본 특수관계법인은 계약당사자로 명시되어 있지 아니하므로 외견상 청구법인이 특수관계회사와 ○○○을 공동으로 구매한 것으로 볼 수 있는 근거는 없는 것으로 보인다. (다) 처분청은 청구법인의 내부결재문건 등에 의하여 청구법인과 특수관계법인간의 비용배분을 예정한 사실에 근거하여 사실상 다수의 사업자가 ○○○을 공동으로 취득하여 공동으로 사용한 것으로 보고 있으나, 부가가치세법 시행규칙 제18조 의 규정에 의하면, 청구법인이 특수관계회사와 ○○○을 공동구매한 것으로 보는 경우에도, 청구법인이 ○○○을 실지로 이용하는 특수관계법인에게 매출세금계산서를 교부하는 경우 ○○○ 설치용역을 공급한 사업자가 ○○○을 실지로 사용하는 자에게 매출세금계산서를 교부한 것으로 보도록 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 특수관계법인에게 세금계산서를 교부함에 있어서 교부받은 세금계산서의 작성일자와 같은 날로 하거나, 1역월 이내에 월합계세금계산서를 교부하여야 하는 것으로 보고 있는 바, 청구법인이 ○○○ 설치와 관련하여 매입세금계산서를 수취한 시점에 속하는 과세기간에 특수관계법인의 지분에 상당하는 관련 매입세액을 불공제하기 보다는 오히려 특수관계법인의 지분에 상당하는 매입금액 상당액을 동 과세기간의 부가가치세 과세표준에 산입하는 것이 보다 합당한 것으로 보인다. (라) 위에서 살펴본 바와 같은 방법으로 청구법인의 2001년 제1기∼2002년 제2기 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 세액을 계산하면, 아래 표와 같이 ○○○의 설치가 완료되어 그 사용비율이 확정되기 전인 2002년 제1기까지는 각 과세기간별 매입금액을 청구법인이 내부적으로 산정한 공동매입 배분기준(예정율)에 의하여 특수관계법인이 부담할 금액을 계산하여 매출금액에 산입하고, 청구법인 및 특수관계법인의 ○○○ 사용자수에 따라 배분비율이 확정되는 2002년 제2기에는 확정된 ○○○ 관련 매입금액에 확정된 배분비율에 의하여 계산한 특수관계법인 부담금액에서 기 매출금액으로 산입한 금액을 차감한 나머지 금액을 매출로 계상하는 것이 정당한 것으로 보인다. (단위: 원) 구분 정당한 방법에 의한 과세표준 청구법인의 신고과세표준 매 출 매 입 매 출 매 입 2001.1기 245,454,000 409,090,000

• 409,090,000 2001.2기 1,419,279,120 2,365,465,200

• 2,365,465,200 2002.1기 527,940,000 879,900,000

• 879,900,000 2002.2기 13,721,674 1,248,644,040 2,206,394,794 1,248,644,040 계 2,206,394,794 4,903,099,543 2,206,394,794 4,903,099,543 (마) 위 표에서 보는 바와 같이 정당한 방법에 의하는 경우 2001년 제1기∼2002년 제1기 과세기간 중 매출과세표준에 산입하여야 할 특수관계법인에 대한 매출금액을 청구법인이 ○○○ 설치가 완료된 시점에 매출세금계산서를 교부하고 2002년 제2기 매출과세표준에 산입한 사실이 확인되는 점을 고려할 때, 청구법인이 이 건 ○○○ 설치와 관련하여 매출금액을 신고누락하거나 매입세액을 과다공제한 것으로 보이지 아니한다.○○○ (바) 그러므로, 이 건 ○○○ 도입과 관련하여 청구법인과 특수관계법인이 공동구매 의사를 명확히 표시한 사실이 확인되지 아니하며, 대금의 분담 및 지급일자에 대한 약정도 없이 청구법인 단독으로 ○○○ 구매계약을 체결한 사실이 인정되고, ○○○이 완공되기까지 상당한 자금과 설치기간이 소요되며, 총 투자금액 및 각 업체별 사용비율이 동 설비의 완공시점에서야 비로소 확정된다는 점에서 이와 같이 장기간이 소요되는 시설투자의 경우에는 청구법인의 책임하에 ○○○을 구매하여 이를 공동으로 사용할 수 있는 특수관계법인에게 시스템의 일부를 유상으로 양도한 것으로 보아 ○○○의 완공시까지 수취한 매입세금계산서의 금액 범위내에서 동 설비의 완공시점에 매출세금계산서를 교부하여도 무방한 것으로 보인다. (사) 따라서, 청구법인이 ○○○의 완공시점이 속하는 2002년 제2기 부가가치세 과세표준에 관련매입금액을 사용비율에 따라 특수관계법인에게 배분한 금액을 포함하여 신고한 사실이 확인되고, 실질적으로 청구법인이 이 건 ○○○ 설치와 관련하여 매출금액을 신고누락하거나, 매입세액을 과다공제하지 아니한 사실을 고려할 때, 단지 매입과 동시에 매출로 계상하지 아니하였다는 이유만으로 관련매입세액공제를 부인한 당초 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.