세금계산서를 교부한 후 법원의 조정결정에 의해 공사대금에서 차감되는 금액이 발생한 경우 감액수정세금계산서를 교부할 수 있는지

심판청구번호 국심2003구 2842(2004. 1. 14) 세 매출세액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로서 1997.9.3. ○○○에 소재한 ○○○신탁(주)를 도급인으로, ○○○에 소재한 (주)○○○인터내셔날을 위탁자로 하여 ○○○에 지하4층, 지상8층의 근린생활시설인 ○○○프라자(이하 "쟁점건물"이라 한다)를 부동산신탁방식으로 개발, 분양하기로 하는 공사계약을 도급금액 ○○○원에 체결하고 세금계산서 13매를 발행하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였으나, 1999.9.9. 건물준공이후 공사대금 ○○○원을 지급받지 못하자 2001.4.24. ○○○지방법원에 공사대금청구의 소를 제기하여 쟁점건물의 잔여공사대금을 ○○○원으로 확인하는 ○○○지방법원 제24민사부 '조정에 갈음하는 결정(2003.4.4.)'에 의해 소송진행 중 당사자간 합의로 관리비 대납분 ○○○원과 채권양도금액 ○○○원을 공사금액에서 공제한 잔여공사대금청구액 ○○○원 중 조정감된 공사대금 ○○○원에 대한 공급가액이 ○○○원임에도, 청구법인은 관리비 대납분이 공사대금에서 공제된 사실을 모르고 관리비 대납분의 공급가액 ○○○원을 포함한 ○○○원의 감액세금계산서(이하 "쟁점감액세금계산서"라 한다)를 교부하고 부가가치세 ○○○원(이하 "쟁점감액세액"이라 한다) 등을 매출세액에서 차감하여 2003년 제1기 부가가치세 ○○○원을 환급으로 신고하였다. 처분청은 환급현지확인 조사결과 쟁점감액세금계산서상의 공사대금 감액분은 매출채권 포기에 해당되어 수정세금계산서 교부사유에 해당되지 아니한 것으로 보아 2003.8.11. 청구법인에게 신고한 2003년 제1기분 부가가치세 환급세액 ○○○원에서 쟁점감액세액 등을 차감하여 ○○○원만 환급·결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.9.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1997년 9월 쟁점건물의 공사를 착공하여 1999년 9월에 준공한 후 공사도급금액 ○○○원에 대한 공급가액을 ○○○원으로 하는 세금계산서 13매를 발행하고 각 과세기간의 공사매출로 계상하여 부가가치세를 신고·납부하였으며, 청구법인과 ○○○신탁(주)와의 쟁송은 당초 공사계약 체결한 쟁점공사의 도급금액 전액(○○○원)을 지급하라는 청구법인의 주장에 대하여 ○○○신탁(주)는 정상적인 재화 또는 용역의 공급이 이루어지지 않았고, 또한 공사 미시공 부분이 있어 당초 공사도급금액을 감액하여야 한다는 항변으로 결국 공급가액 결정에 관한 다툼이었고, 이에 대하여 법원이 양당사자의 주장을 조정하여 쟁점건물의 잔여공사대금을 ○○○원으로 강제결정함에 따라 미확정된 채권(공급)가액을 확정된 채권가액으로 결정하여 쟁점건물의 공사도급금액 중 ○○○원(부가가치세포함)이 감액된 것인바, 처분청이 법원의 결정에 의해 강제조정된 공사대금의 감액분을 수정세금계산서 교부사유가 아닌 매출채권 포기로 보아 쟁점감액세액 등을 환급세액에서 차감하여 ○○○원만 환급결정한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점건물의 공사가 완료된 후 공사대금이 회수되지 아니하여 2001.4.24. 공사대금 미수령분에 대한 공사대금청구의 소송을 제기하였고, 소송진행 과정에서 청구법인과 상대방이 제출한 준비서면의 내용을 보면 각각 상반된 주장을 하고 있음이 확인되는 바, 상대방에서는 공사지체상금 ○○○원, 미시공금액 ○○○원, 건물레벨상승손해액 ○○○원, 기타 건물관리비 대지급금 ○○○원 합계 ○○○원을 쟁점건물의 공사대금에서 공제하여야 된다고 주장하는 반면 청구법인은 일부 하자부분은 있으나 미시공부분 등은 없으므로 당초 공사대금 자체가 변동될 수는 없다고 주장하면서 당초 공사도급계약에 관한 설계도서, 시방서, 산출내역서 등에 의하여 산출된 공사비를 투입하여 쟁점건물의 신축공사를 완료하였다고 주장하는 점등으로 볼 때 청구법인은 당초 도급계약서의 내용에 따라 건설용역의 제공을 완료하였고 그에 따라 쟁점건물이 준공된 것이므로 쟁점건물신축과 관련한 공급가액은 이미 건축물 준공시점에 확정된 것으로 보아야 하는 것이지 공사대금청구소송에서 당초 확정된 공사대금 중 일부금액을 조정결정에 의하여 받지 못하였다 하여 공급가액이 변동된 것으로 볼 수는 없고, 이 건은 청구법인이 공사대금채권을 회수하는 과정에서 일방적으로 채권을 포기한 것이고 이는 부가가치세법 시행령 제59조 에서 규정하는 수정세금계산서 교부사유에 해당되지 않아 쟁점감액세액을 환급세액에서 차감하여 환급한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 세금계산서를 교부한 후 법원의 조정결정에 의해 당초의 공사대금에서 차감되는 금액이 발생한 경우 감액수정세금계산서를 교부할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법시행령(1994.12.31. 대통령령 14471호로 개정된 것) 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 도급금액 ○○○원에 쟁점건물의 공사계약을 체결하고 세금계산서를 교부하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였으나 건물준공 이후 공사대금 ○○○원을 지급 받지 못하여 공사대금청구의 소를 제기한 결과 법원에서 쟁점건물의 잔여공사대금을 ○○○원으로 확정함에 따라 조정감된 공사대금 ○○○원에 대한 쟁점감액세금계산서를 교부하고 쟁점감액세액 등을 매출세액에서 차감하여 2003년 제1기분 부가가치세 ○○○원을 환급으로 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점감액세금계산서상의 공사대금 감액분은 매출채권 포기에 해당되어 수정세금계산서 교부사유에 해당되지 아니한 것으로 보아 청구법인이 신고한 2003년 제1기분 부가가치세 환급세액에서 쟁점감액세액 등을 차감하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점건물에 대한 건설용역을 제공하고 도급금액 ○○○원에 대한 세금계산서를 교부하였으나 법원의 조정결정에 의하여 잔여공사대금이 ○○○원으로 확정함에 따라 잔여공사대금 중 ○○○원이 감액되었기 때문에 쟁점감액수정세금계산서를 교부할 수 있다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) ○○○지방법원 제24민사부 조정에 갈음하는 결정을 보면 '○○○신탁(주)는 청구법인에 대한 쟁점건물 신축공사의 잔여공사대금 채무가 ○○○원임을 확인하고 2003.5.31. 금 ○○○원을 지급하며, 나머지는 대물변제를 원인으로 미분양상가중 ○○○원에 상당하는 상가를 소유권이전한다'고 결정하였음을 알 수 있다. (나) 청구법인이 2003.4.4. 발행한 쟁점감액세금계산서를 교부 받은 (주)○○○인터내셔날의 2003년 제1기 부가가치세 확정신고서를 보면 쟁점감액세금계산서를 제출하여 기 공제받은 매입세액을 부인하고 쟁점감액세액을 매출세액에 가산하여 신고한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 쟁점감액세금계산서의 공사대금 감액분은 채권회수과정에서 일방적으로 채권을 포기한 것으로 수정세금계산서 교부사유에 해당되지 아니한 것으로 보아 쟁점감액세액을 청구법인의 2003년 제1기 부가가치세 매출세액에서 차감하지 아니하였으나, 거래처에 대한 통상적인 채권포기와는 달리 이해관계가 대립되는 양당사자간 잔여공사대금에 대한 합의가 이루어지지 아니하여 법원의 조정에 갈음하는 결정에 의해 잔여공사대금이 ○○○원으로 확정됨에 따라 공사대금이 감액된 이 건의 경우 거래 당사자간의 임의적인 채권포기로 보기는 어렵다고 판단된다.

(4) 위 관련 부가가치세법시행령 제59조 에는 세금계산서를 교부한 후 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 법원의 조정결정에 의하여 공급가액이 최종적으로 확정되어 잔여공사대금을 감액하였고, 청구법인으로부터 쟁점감액수정세금계산서를 교부받은 (주)○○○인터내셔날은 기 공제받은 매입세액을 부인하고 쟁점감액세액을 매출세액에 가산하여 신고한 사실 등으로 볼 때, 처분청이 법원의 조정결정에 의해 공사대금이 감액된 것을 당사자간 임의적인 채권포기로 보아 매출세액에서 수정세금계산서상의 감액세액 ○○○원(관리비 대납분을 공제한 세액)을 차감하지 아니하고 부가가치세를 환급한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.