연구 및 인력개발비의 세액공제의 시기

심판청구번호 국심2003구 2543(2005.5.12) 의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 2003.5.31.까지 회신하지 아니한 부작위 처분은, 청구법인의 2001사업연도에 발생한 연구·인력개발비 1,000,120,000원(당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액)의 100분의 50에 상당하는 금액을 연구·인력개발비세액공제금액으로 하여 2001사업연도 법인세 세액을 경정한다.

• 가. 2001사업연도 법인세 과세표준과 세액 신고내역 중 소득금액계산과 연구·인력개발비 세액공제상 오류를 수정하기 위하여 청구법인은 2003.3.31. 처분청에게 2001사업연도에 발생하였고 당해 사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비 연평균발생액을 초과하는 연구·인력개발비 1,000,120,000원(이하“쟁점연구·인력개발비”라 한다)에 대하여 세액공제를 적용하고 무형고정자산 취득과 관련하여 발생한 인건비 등 합계 901,373,781원을 손금불산입하여 청구법인에게 2001사업연도 법인세 11,103,168원을 환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 경정청구를 검토한 결과 청구법인이 2001사업연도 법인세 신고시 과다하게 손금산입한 인건비 등 901,373,781원의 소득금액계상은 적정하나 2001사업연도에 발생한 쟁점연구·인력개발비를 당해 사업연도에 세액공제를 하는 것이 적정한지 여부에 대하여 ○○○에게 질의한 상태이므로 회신결과가 도달하면 처리하겠다는 입장만 표명한 채 법정처리기한(2003.5.31.)을 경과한 현재까지도 경정청구에 대하여 회신하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.8.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 비용발생에 관하여 세법에서 특별한 규정을 두고 있지 아니하므로 국세기본법 제20조 에 의하여 기업회계기준을 적용하는 것이 타당한데, 기업회계기준에서 경제적 효익이 유출·소비되어 자산이 감소하거나 부채가 증가하고 그 금액을 신뢰성있게 측정할 수 있을 때 비용을 인식하며 이는 자산의 감소 또는 부채의 증가와 동시에 비용을 인식하는 것이다.

(2) 국책연구과제 공동연구사업에 참여한 청구법인에게 발생한 쟁점연구·인력개발비는 연구주관단체○○○와 연구부담금에 대한 지출계약을 체결하여 발생되는 비용으로 당해 비용은 연구기간, 성과물의 완성도, 연구의 성공여부 등과는 관련없고 반환받을 권리도 없는 기부금 성격의 비용으로 부담금을 수수하는 시기에 채권 및 채무가 발생(완성)되는 소멸성비용이다.

(3) 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 제10조 에서 감면세액의 계산방법을 지출주의(현금주의)에서 발생주의로 변경한 것은 기업이 지속적 연구개발(R＆D)을 수행하여 국제경쟁에서 생존할 수 있도록 연구·인력개발비가 발생한 당해 사업연도에 전액 세액공제를 적용하는 것이 입법취지인데, 그렇다면 쟁점연구·인력개발비의 경우 약정한 연구개발기간은 2002사업연도까지이나 2001사업연도에 이미 전액이 발생한 이상 당해 연구·인력개발비를 연구개발기간에 따라 안분계산하여 공제할 것이 아니라 발생한 당해 과세연도에 전액을 세액공제하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 구 조세감면규제법기본통칙 9-0…1에서 연구·인력개발비는 당해 과세연도 중 실제 지출된 현금(어음 지급분으로서 당해 과세 연도 중에 결제되는 것을 포함한다) 지급분(선급금은 제외한다)만을 말한다고 규정하고 있는 이상, 2000.12.29. 조세특례제한법 개정으로 감면세액 계산방법이 지출주의에서 발생주의로 변경되었다 하더라도 2과세연도에 걸쳐 연구개발이 이루어지는 경우 선급분은 세액공제대상이 아니므로 연구개발기간이 2002사업연도까지인 쟁점연구·인력개발비 중 2001사업연도에 선지급한 2002사업연도분 선급금은 세액공제 적용대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제10조 에 규정하는 연구·인력개발비가 발생하여 그에 대하여 세액공제를 적용하는 경우 세액공제시기가 당해 연구·인력개발비가 발생한 과세연도인지 아니면 연구개발기간동안의 각 과세연도(안분계산)인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(생략)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하“연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발 생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하 는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한 한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하 여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득 세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법시행령 (2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 것) 제9조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서“대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12 별표 6 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국·공립 연구기관 ㉰ 정부출연 연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인 (비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1979.11.1. 설립되어 전기자동제어기기의 설계·설치공사와 산업용 전기제어기기 등 제조·판매업을 영위하는 법인이고, 청구법인이 2001사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비 연평균발생액을 초과하는 금액이라 주장하는 쟁점 연구·인력개발비와 해당 세액공제금액을 산정한 내역은〈표 1〉과 같으며, 청구법인은 2001사업연도 법인세 신고당시 쟁점·연구인력개발비를 경상연구개발비 중 위탁연구비로 분류하고 권리·의무가 확정되지 아니한 것으로 보아 손금불산입 유보처분한 사실이 법인세 과세표준 및 세액신고서, 소득금액조정합계표, 세액공제조정명세서(3), 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑) 등에 나타난다. (2) 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 에 내국인이 2003.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도 법인세에서 세액공제할 수 있다고 규정하고 있고, 2000년 간추린 개정세법○○○에는 기업회계기준에 맞게 감면세액계산방법을 지급주의에서 발생주의로 변경한 사실과 2001.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용하고 다만 종전에 발생하였으나 지출되지 아니한 금액은 2001.1.1. 과세연도에 발생한 것으로 보아 개정규정을 적용한다고 해설되어 있다.

(3) 기업회계기준상 발생주의는 현금을 지출하는 때 그 금액을 인식하는 회계처리방법인 현금주의(지출주의)와는 달리 현금의 지출 그 자체보다 근원적으로 현금의 지출을 일어나게 한 경제적 사건이 발생하였을 때 당해 발생한 사실에 따라 비용을 인식하는 회계처리방법으로 현금의 지출이 없다고 하더라도 기업의 손실이나 그밖의 재무상태에 영향을 미치는 사건에 대하여 그것이 발생하는 때 비용을 기록하는 회계처리방법인데, 일반적으로 발생주의 기준을 적용하여 비용을 인식하는 경우 당사자 사이에 비용의 발생에 관하여 약정을 하는 때 비용을 부담하는 자에게는 약정한 비용을 지출하여야 하는 의무가 확정되는 반면 당해 비용을 받을 자에게는 약정한 비용을 수령할 권리가 확정되는 것이므로 쟁점연구·인력개발비 또한 발생주의 기준에 의하여 청구법인이 연구개발기관에게 쟁점연구·인력개발비를 지출하기로 약정하는 때 비용이 발생하는 것이고 지출약정일자가 불분명한 경우에는 보완적으로 당해 비용을 실제 지출하는 때 비용이 발생하는 것이다.

(4) 계약서·협약서 및 금융거래자료와 현업대체전표 등을 보면 연구개발기간과 쟁점연구·인력개발비 지출약정일자 및 실제 지출일자 등이〈표 2〉및〈표 3〉와 같고, 청구법인이 쟁점연구·인력개발비를 지출하기로 약정한 때가 전부 2001사업연도이며 2002사업연도분은 없으므로 2002사업연도분을 2001사업연도에 선지급한 금액 또한 없는 사실[디지털보호계통 제어기기 및 표준패키지국산화계약(④계약)과 급전용 직렬보상 DVR개발계약(②계약)은 쟁점연구·인력개발비 지출약정일자가 불분명하거나 2과세연도에 걸쳐 있지만 청구법인이 실제 지출한 사업연도는 2001사업연도임] 등이 확인된다.

(5) 청구법인이 연구개발기관과 체결한 계약서와 협약서상 사업성과의 귀속 또는 연구성과의 귀속과 관련한 약정내용과 국책연구과제수행에 참여하는 청구법인 입장은 다음과 같다. (가) 연구의 성과물인 연구기자재 및 연구시설 등 발명품이나 시작품을 청구법인이 인수하고자 하는 경우에는 정부출연금 지분을 소유권자인 연구개발기관에게 상환하여야 하고 청구법인은 연구의 결과에 대하여 우선적으로 기업화할 권리를 가지며 연구결과의 일부 또는 전부를 활용하거나 기업화하여 제품을 생산하는 경우 연구에 투입된 정부출연금 이상을 연구개발기관에게 기술료로 납부하여야 한다고 약정한 내용(⑥계약 제11조), 지적소유권, 유형적 발생품, 시작품 및 보고서 판권 등 유·무형 발생품은 연구개발기관 소유로 하고 다만 청구법인이 실시계약을 체결하고 실시계약에 따라 정액기술료를 납부한 경우 납부한 때부터 산업재산권 등 발생품에 대한 소유권을 가진다고 약정한 내용(③계약), 연구결과활용(관련분야)에 있어 청구법인은 우선적으로 기업화할 권리를 가지며 연구사업수행과 관련하여 기술료계약을 체결하기로 약정한 내용(④계약 제11조) 등이 계약서와 협약서에 나타난다. (나) 쟁점·연구인력개발비 발생과 관련한 국책연구과제수행에 참여하는 청구법인의 경우 연구가 성공하는 경우 참여자 우선원칙에 의하여 성과물에 대한 대가를 지급한 후 우선사용권을 인정받으며 연구가 실패한 상태에서 종료되더라도 보상을 받거나 권리를 주장할 수 없고, 연구가 성공하는 때 취득하는 지적재산권은 청구법인이 그에 대하여 대가를 지급하고 등록한 후 독점적 권리를 행사할 수 있는 것일 뿐이고 연구가 종료된다고 하여 지적재산권을 취득할 수는 없으며, 대가를 지급한 후 성과물을 취득하더라도 당해 성과물이 수익 그 자체는 아닌 입장에 놓여 있었다. 그렇다면 성과물의 취득은 쟁점연구·인력개발비의 지급, 연구과정, 연구의 종료 후 청구법인의 선택에 따라 문제가 되는 것이지 당해 성과물의 취득을 곧바로 쟁점연구·인력개발비의 발생에 대응하는 수익으로 인정하기는 어려운 이상 쟁점연구·인력개발비는 비용이 발생하는 때 그와 동시에 지급하여야 하는 의무 또한 확정되는 것으로 보인다.

(6) 청구법인이 위 ⑤계약에서 부담하는 금액의 비용계상과 관련하여 2004.3.16. ○○○에게 당해 금액을 비용으로 처리하는 사업연도가 현금(약속어음)을 지출한 2001사업연도인지 주관연구개발기관의 연구개발기간으로 안분계산한 2001 및 2002사업연도인지에 대하여 질의하자, ○○○은 2001사업연도에 지출한 부담금은 당해 사업연도의 비용으로 계상하는 것이 타당하다는 내용을 회신하였다.(○○○, 선급비용계상에 대한 질의회신)

(7) 그렇다면 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 에 연구·인력개발비는 발생한 당해 과세연도 법인세에서 세액공제한다고 규정하고 있는데 쟁점연구·인력개발비의 경우 발생한 때인 지출약정일자(약정일자가 불분명한 경우는 실제 지출일자)가 전액 2001사업연도이며 또한 2002사업연도분을 선지급한 금액이 포함되어 있지 아니하고, 연구 성과물의 취득과 직접 대응하기 어려운 당해 연구·인력개발비는 발생하는 것과 동시에 청구법인에게 당해 비용을 지급하여야 하는 의무가 확정되는 것이며, ○○○이 청구법인에게 2001사업연도에 발생한 연구·인력개발비는 당해 사업연도의 비용으로 계상하는 것이 타당하다고 회신한 내용 등을 종합해 보면, 2001사업연도에 발생한 당해 사업연도 개시일부터 소급하여 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 쟁점연구·인력개발비는 연구개발기간인 2001 및 2002사업연도에 안분계산하여 세액공제할 것이 아니라 당해 연구·인력개발비가 발생한 2001사업연도에 당해 비용의 100분의 50에 상당하는 금액에 대하여 연구·인력개발비세액공제를 적용하여야 한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.