세금계산서에 대한 실거래 사실을 입증할 수 있는 증빙서류를 제출하였으나 처분청이 이를 분실하고 과세한 것으로 보아 과세처분을 취소할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 OOOO시 OO구 OOO OOOOOOOO에서 기계설비업[(주)OO설비, 이하 『쟁점사업장』이라 한다]을 영위하는 사업자로 OOOO시 OO구 OOO OOOOOO OO빌딩 302호에서 건축자재 도매업을 영위하는 OO산업(주)(이하 『청구외법인』이라 한다)으로부터 1997.10.21.～1997.12.30. 기간동안 공급가액 OO,OOO,OOO원의 세금계산서 4매(이하『쟁점세금계산서』라 한다)를 수취하고 동 매입액(이하『쟁점매입액』이라 한다)을 매입원가로 계상하여 1997사업연도 법인세 등을 신고납부하였으며, OO세무서장은 청구외법인을 자료상으로 고발하고 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2002.10.24. 처분청에 과세자료로 통보하였다. 처분청은 위 과세자료에 대하여 청구법인에 해명자료를 요구하였으나 청구법인이 이를 제출하지 못함에 따라 청구법인이 자료상으로부터 실물거래없이 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보고 쟁점매입액을 가공매입으로 보아 손금불산입하여 2002.7.23. 청구법인에게 1997사업연도 법인세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하고 쟁점매입액 OO,OOO,OOO원을 대표자에게 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.4.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1998년 10월경 OOO세무서에서 실거래처 및 거래사실을 입증하지 않으면 법인세 및 상여처분에 대한 세금을 납부하여야 하므로 실거래처에 대한 소명자료를 즉시 제출하라는 연락을 받고 당시 자재를 판매하고 세금계산서를 발행한 사람을 수소문하여 그 당사자로부터 거래사실확인서, 인감증명서, 주민등록등본 및 각서를 받아 그 원본을 OOO세무서 법인세과 담당자에게 1998년 12월경 직접 제출하였으며, 위 서류를 제출한 후, OOO세무서 법인세과에 해명자료에 대한 인정여부를 문의한 바, 법인세 수정신고는 하지 않아도 된다는 말을 듣고 1999.1.31. 납기로 고지된 부가가치세를 신고납부하였으므로 처분청의 법인세 경정고지 및 상여처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청 직원들이 자료상으로 고발된 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서에 대한 실제 사업자를 밝힌 관련서류(거래사실확인서, 인감증명서, 주민등록등본 및 각서)를 1998년 12월경에 OOO세무서에 실제로 제출하였는지 여부를 확인하기 위하여 문서창고에 보관중인 문서접수대장, 과세자료활용철, 수정신고서철, 자료관련철 등에 첨부된 서류를 대사한 결과 청구법인이 제출하였다는 서류(사실확인서 등)는 발견되지 않았으며, 청구법인도 OOO세무서에 제출하였다는 서류의 사본 또는 제증빙을 제시하지 못하고 있다. 한편, 청구법인이 서류를 제출하였다고 주장하는 시기에 무납부 세액을 경정고지한 공무원(이OO, 현 OO세무서 근무)에게 그 진위를 확인해 본 바, 위 공무원은 사실확인서 관련 접수사실 및 법인세 추징이 없을 것이라는 말을 한 사실이 없음을 확인하고 있다. 또한 청구법인은 청구외법인으로부터 가공세금계산서를 받고 현금결제(입금표)한 것으로 기재되어 있는 장부(현금출납장, 매입매출장)를 제출하고 있으나 신빙성이 없으며, 동 금액이 실제로 설비공사 원재료 매입대금으로 지급되었는지 여부도 확인하기 어렵고, 청구법인은 달리 실제 구입처를 확인할 수 있는 제증빙을 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 보아 이 건 법인세 등을 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서에 대한 실거래 사실을 입증할 수 있는 증빙서류(거래사실확인서, 인감증명서, 주민등록등본 및 각서)를 1998년 12월경 처분청에 제출하였으나, 처분청이 이를 분실하고 과세한 것으로 보아 과세처분을 취소할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

3. 제117조 및 부가가치세법 제32조의 2의 규정에 의하여 신용카드가맹점 가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

(2) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장관할세무서장 사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

3. 확정신고에 있어서 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점세금계산서 발행자를 수소문하여 그 공급자로부터 거래사실확인서, 인감증명서, 주민등록등본 및 각서를 받아 그 원본을 OOO세무서 법인세과 담당자에게 1998년 12월경 직접 제출하였으므로 처분청이 그 제출된 서류를 분실하고 이 건 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

(2) 청구법인은 1997.10.21.～1997.12.30. 기간동안 자료상으로부터 아래와 같이 쟁점세금계산서를 교부받고 이를 매입세액공제 및 손금산입하여 법인세 등을 신고한 사실이 법인세경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다. OOOOOOOOOOO OOOOOO (OO O O)

(3) 청구법인의 대표이사 정OO은 1998년 12월경 거래상대방으로부터 주민등록등본, 인감증명서, 각서 및 거래사실확인서 원본을 제출받아 처분청에 제출하였음을 주장하면서 2003.3.26.자 본인의 사실확인서를 제출하고 있다.

(4) 청구법인은 쟁점세금계산서에 대한 대금지급 사실을 입증할 수 있는 증빙으로 입금표 사본 4매를 아래와 같이 제출하고 있다. OOOOOOO OOOOOO (OO O O)

(5) 처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 소명자료 제출을 요구하였으나, 청구법인은 이를 제출하지 아니 하였고, 청구법인은 쟁점매입액에 대하여 1998.10.31. 부가가치세 수정신고를 하였으나 법인세는 무신고 하였으며, 쟁점매입액은 당초 법인세 신고시 현금출납부 및 매입장에 원가로 계상된 사실이 확인되므로 처분청은 쟁점매입액을 손금불산입 및 대표자 상여처분하여 이 건 과세한 사실이 처분청이 제출한 자료처리복명서 등에 의하여 확인된다. OOOOOOOOOOOO (OO O OO)

(6) 먼저 증빙서류 제출과 관련하여 입증책임에 대하여 살펴본다. 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐를 다투는 경우 즉, 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 지급처를 주장하는 경우 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부 기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 입증하여야 한다.(대법원 96누8192판결, 1997.9.26. 선고 같은 뜻임)

(7) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 볼 때, 첫째, 청구외법인이 자료상인 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는 점, 둘째, 청구법인은 거래상대방으로부터 받은 거래사실확인서 등을 입증자료로 제출하였다고 주장하나 그 제출사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라, 설사 분실되었다는 증빙이 있다고 하더라도 그 증빙만으로는 실제 거래사실 여부를 객관적으로 판단하기 어려운 것으로 보이는 점, 셋째, 청구법인은 달리 장부 및 기타증빙 등 객관적인 증빙에 의하여 그 매입사실을 입증하지 못하고 있는 점, 넷째, 가공세금계산서를 거래 상대방으로부터 받은 경우 그 진실에 관한 입증책임은 구체적 비용지출 사실에 관한 장부 및 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자에게 입증책임이 있는 점 등으로 볼 때, 청구법인이 자료상으로부터 받은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 손금불산입하고 이 건 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.