중복지원 배제대상 여부 판정

심판청구번호 국심2003광 0801(2003. 6. 27) ALIGN=CENTER>이 유

청구법인은 반도체용 화학약품의 제조업을 영위하는 외국인투자법인으로서 외자도입법 제7조 및 제14조의 규정에 의거 외국인투자 인가와 조세감면 결정을 받아 1994사업연도부터 1998사업연도까지는 법인세 과세표준 및 세액신고시 외자도입법 제14조의 규정에 의하여 법인세를 감면 받았으나 1999사업연도에는 외자도입법에 의한 법인세감면을 받지 아니하고 조세특례제한법의 중소제조업에 대한 특별세액감면액 ○○○원을 감면세액으로 신고하였다. 처분청은 청구법인이 외자도입법에 의한 법인세 감면을 재무부장관으로부터 통지받고 1994년부터 1998사업연도까지는 외자도입법에 의하여 법인세 감면을 받았으나 동 감면기간인 1999사업연도에는 청구법인이 임의로 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 받았으므로, 이를 조세특례제한법 제127조 제5항 의 중복지원배제 대상에 해당되는 것으로 보아 중소제조업에 대한 특별세액감면액 ○○○원을 배제하여 2002.12.11.청구법인에게 1999사업연도 법인세 ○○○원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제127조 제5항 의 중복지원의 배제 규정은 동일한 과세연도에 두 개의 조세감면이 중복되는 경우 그중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다는 의미로서 한번 적용한 조세감면을 그 다음 과세연도에도 계속 적용하여야 한다는 의미는 아닌 것으로 판단되고, 재무부예규심사위원회(1996.3.27.)에서도 외국인 투자기업 이 동일한 사항에 대하여 외자도입법상의 감면과 조세감면규제법상의 감면을 동시에 적용 받을 수 있는 경우 납세자가 유리한 것을 선택하여 적용 받을 수 있다고 결정한 것을 보더라도 처분청이 조세특례제한법의 중소제조업 특별세액감면을 배제하고 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 재무부장관으로부터 외자도입법에 의해 법인세감면통지를 받은 법인으로서 1994년∼1998사업연도에는 외자도입법에 의하여 법인세 감면을 받았으나 동 감면기간중인 1999사업연도에는 청구법인이 임의로 조세특례제한법에 의한 중소제조업 등 특별세액감면을 받았는 바, 이는 조세특례제한법 제127조 제5항 의 중복지원배제 대상에 해당되므로 중소제조업에 대한 특별세액감면을 배제하고 법인세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 외자도입법에 의해 법인세 감면을 받아 오던 중 임의로 조세특례제한법의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 특별세액감면으로 변경하여 법인세를 감면 받은 경우 조세특례제한법의 중복지원배제 대상으로 보아 특별세액감면을 배제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 외자도입에 관한 법률(1992.12.8 법률 제4519호로 개정된 것) 제14조【소득세등의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하고자 하는 외국인투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당되는 경우에는 제2항 내지 제4항에 규정하는 바에 따라 소득세·법인세·취득세·재산세 및 종합토지세를 감면한다.

2. 수출자유지역설치법에 의한 수출자유지역에 입주하는 사업

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업

② 외국인투자기업에 대한 소득세 또는 법인세는 당해 기업의 주식 또는 지분에 대하여 외국투자가가 소유하는 주식 또는 지분의 비율(이하“외국인투자비율”이라 한다)에 따라 제1항의 규정에 의하여 소득세 등의 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 사업 개시일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도부터 3년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 외국투자가가 취득하는 주식 또는 지분에서 생기는 배당금에 대한 소득세 또는 법인세는 제2항의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면기간 동안에 발생한 소득에 한하여 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑤ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 소득세 또는 법인세의 과세연도 종료일까지 재무부장관에게 감면신청을 하여야 한다.

⑥ 재무부장관은 제5항의 규정에 의한 감면신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.

(2) 조세특례제한법(1998.12.28 법률 제5584호로 개정된 것) 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】

① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제127조 【중복지원의 배제】

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제64조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 이 법 부칙 제12조 제4항과 외국인투자촉진법 제9조 및 제11조의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면 규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용 받을 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 재무부장관으로부터 외자도입법에 의한 법인세 감면 통지를 받고 1994년∼1998사업연도까지는 외자도입법상의 법인세감면을 받았으나 동 감면기간인 1999사업연도에는 청구법인이 임의로 조세특례제한법의 중소제조업 특별세액감면을 신청하였고, 처분청은 이를 조세특례제한법의 중복지원배제 대상으로 보아 중소제조업 특별세액감면액을 배제하고 법인세를 과세하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 조세특례제한법 제127조 의 중복지원의 배제규정은 동일한 과세연도에 두 개의 감면이 중복되는 경우 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다는 의미로서 청구법인은 1999사업연도에 조세특례제한법상의 중소제조업 특별세액감면 하나만을 받았음에도 중복지원 배제대상으로 보아 중소제조업 특별세액감면세액을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 1994.12.20. 재무부장관으로부터 외자도입법에 의한 법인세감면을 통지받고 1994사업연도부터 외자도입법상의 법인세 감면을 받아오다 감면기간중인 1999사업연도에는 외자도입법상의 감면을 받지 아니하고 임의로 조세특례제한법 제7조 의 중소제조업에 대한 특별세액감면을 받았다 하여 감면세액을 배제하고 법인세를 부과처분 하였음이 법인세 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인의 1999사업연도 법인세과세표준 및 세액신고서의 공제감면세액계산서를 보면 외자도입법상의 법인세감면을 받지 아니하고 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의해 중소제조업에 대한 특별세액감면액 ○○○원을 감면세액으로 신고하였음을 알 수 있다.

(3) 위 관련법령 조세특례제한법 제127조 중복지원의 배제 규정을 보면 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 둘 이상의 감면규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용 받을 수 있다고 규정되어 있는 바, 이는 동일한 과세연도에 조세특례제한법상의 감면과 외자도입법에 의한 감면을 동시에 적용 받을 수 있는 경우 납세자가 유리한 감면을 선택하여 적용 받을 수 있다는 것을 의미하는 것으로 판단된다(재정경제원 국조46017-66, 1996.4.17 같은 뜻임). 따라서, 청구법인이 비록 이제까지 받아오던 외자도입법상의 법인세 감면을 받지 아니하고 1999사업연도에 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소제조업 특별세액감면으로 변경 신청하였다 하여 이를 중복지원 배제 대상에 해당되는 것으로 보아 중소제조업 특별세액감면액을 배제하고 법인세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.