특수관계있는 청구외법인이 부담하여야 할 비용을 청구법인이 세금계산서를 교부받은 것에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 매입세액불공제 및 부당행위계산부인한 처분의 당부

심판청구번호 국심2002중 3380(2003. 5. 29) 이를 취소한다.

청구법인은 ○○○국에 본사를 둔 ○○○S.A가 100%를 출자하여 설립된 법인으로, 2000.12.27 하수 및 폐수처리, 수처리 서비스업을 주업종으로 하여 사업자등록을 하고(2000.12.21 개업일), 2001.3.30 청구외 ○○○몬드사와 컨설팅용역계약(이하 "쟁점용역"이라 한다)을 체결하였으며, 2001.5.10∼2002.1.8 기간중 9회에 걸쳐 쟁점용역에 대한 대가 ○○○원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 지급하고 해당 과세기간에 동 매입세액을 공제하는 동시에 쟁점금액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점금액을 청구법인과 특수관계에 있는 ○○○워터산업개발주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)가 현대전자산업(주)로부터 수처리 시설을 취득하는데 관련된 컨설팅용역에 대한 대가로 청구외법인이 부담하여야 할 비용으로 보아 동 매입세액을 불공제하는 한편, 부당행위계산부인규정을 적용하여 쟁점금액을 손금불산입하여, 2002.10.15 청구법인에게 부가가치세 2001년 2기 ○○○원, 2002년 1기 ○○○원 및 2001사업연도 법인세 ○○○원을 결정고지하였다(2001년 1기 매입세액 ○○○원은 환급을 거부하고, 2002사업연도 지급분은 법인세를 과세하지 아니함). 청구법인은 이에 불복하여 2002.11.6 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점금액은 청구외법인이 ○○○전자산업(주)로부터 수처리 시설을 취득하는 과정에서 발생된 컨설팅용역에 대한 대가가 아니라, 청구외법인이 ○○○전자산업(주)에게 산업용수공급 및 폐수처리용역을 제공하면서 청구법인이 청구외법인과 수처리시설운영 및 유지계약을 체결하고 청구법인이 이를 운영하는 과정에서 발생한 비용이므로 청구법인이 부담하여야 하는 비용임에도 불구하고, 청구법인의 직원의 확인서만을 근거로 쟁점금액을 청구외법인이 부담할 비용으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점용역의 계약기간이 6개월의 단기이고, 주요내용이 ○○○전자산업(주)로부터 수처리 시설을 인수하기 위한 사전정보, 일정, 전략, 계획수립, 자산운영에 대한 포괄적인 프로젝트의 제공 등으로 되어 있어 청구외법인이 쟁점용역의 주 수혜자이며, 또한 쟁점금액의 대부분이 자산인수 초기에 지출되었으며, 설령 산업용수공급설비의 효율적인 운용에 필요한 자문서비스가 있다 하더라도 이는 궁극적으로 인수자산의 향후 가치를 극대화하기 위한 비용에 해당하므로, 쟁점금액에 대하여 동 매입세액을 불공제하고 부당행위계산을 부인하여 손금불산입한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 체결하고 지출한 쟁점용역에 대한 대가를 특수관계에 있는 청구외법인이 부담하여야 하는 비용으로 보아, 청구법인이 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 동 매입세액을 불공제하고 부당행위계산을 부인하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하“납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하“매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하“환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또 는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산 서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서 에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기 재사항(이하“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또 는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재 된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하“부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 법인등기부등본, 주식등이동상황명세서 등에 의하면, ○○○워터S.A가 100% 주식에 투자하여 2000.12.20에 청구법인을, 2000.12.8에 청구외법인을 각각 설립하였고, 양 법인 모두 수처리, 하수 및 폐수처리, 생활용수나 산업용수 공급 등을 그 사업목적으로 하고 있는 특수관계법인임이 확인된다.

(2) 수처리시설 자산양도양수계약서, 등기부등본, 재무제표 등에 의하면, 2001.3.23 청구외법인은 ○○○전자산업(주)와 수처리 및 폐수처리시설물(○○○도 ○○○, ○○○도 ○○○, ○○○도 ○○○ 및 ○○○ 등 4개 지역 소재)에 대한 양도양수계약(가액: ○○○원)을 체결하고, 2001.3.30 청구외법인명의로 사업장별 인수시설물에 대한 소유권이전등기를 경료하였으며, 청구외법인은 ○○○전자산업(주)가 발행한 공급가액 ○○○원(위 계약서상 시설물이외의 인수시설물대금 포함)의 세금계산서를 교부받았고, 청구외법인은 위 인수시설물을 12년이 경과한 후 ○○○전자산업(주)에게 반환하도록 약정되어 있고 그에 따른 감가상각비(정액법) 등의 회계처리를 하였음이 확인된다.

(3) 쟁점용역계약서, 수처리시설 운영용역계약서, 산업용수공급 및 폐수처리서비스계약서, 부가가치세 및 법인세신고서 등에 의하면, ①2001.3.29 청구외법인과 ○○○전자산업(주)간에 산업용수및 폐수처리서비스용역계약 체결, ②2001.3.29 청구법인과 청구외법인간에 수처리 시설운영용역계약 체결, ③ 2001.3.30 청구법인과 ○○○몬드사간에 쟁점용역계약(미화 ○○○불)을 각각 체결하였고, 청구법인은 2001.5.10∼2002.1.8 기간중 사이몬드사에게 쟁점용역대가 ○○○원을 지급하고, ○○○몬드사가 발행한 세금계산서를 아래 표와 같이 수취하여 동 매입세액을 매출세액에서 공제하는 한편, 쟁점금액을 손금산입하여 해당 과세기간에 대한 부가가치세 및 법인세를 신고하였음이 확인된다.

○○○

(4) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사과정에서 청구법인의 직원(이○○○)으로부터 쟁점금액이 자산인수와 관련되고 용역에 대한 수혜자가 청구외법인이라는 확인서를 제출받은 후, 쟁점금액을 청구외법인이 부담하여야 하는 비용으로 보아 동 매입세액을 불공제하고, 부당행위계산부인규정을 적용하여 손금불산입하여 이 건 과세하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(5) 청구법인은 ○○○몬드사와 쟁점용역계약을 체결하고 그 대가를 지급한 것인 바, 쟁점용역은 수처리 시설에 대한 인수와 관련된 용역이 아니라 산업용수공급 및 폐수처리운용에 관련된 용역임에도, 청구법인의 직원으로부터 제출받은 확인서만을 근거로 하여 쟁점금액을 자산인수와 관련하여 청구외법인이 부담하여야 할 비용으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로, 이에 대하여 살펴본다. (가) 재무제표 및 법인등기등본 등에 의하면, 청구외법인은 수처리 시설만을 보유한 자산보유회사이고(급여계상액이 없음), 청구법인은 동 자산 등을 운용하거나 유지·관리를 하는 회사이며, 이 외에도 한국내에 수처리 또는 폐수처리 등을 사업목적으로 하는 자산보유회사 및 운용회사가 아래와 같이 설립되었음이 확인되고, 자산보유회사와 자산운용회사를 구분하여 설립·운용하는 것이 이들 회사를 투자·설립한 ○○○워터S.A 특유의 경영전략으로 보여진다.

○○○ (나) 쟁점용역계약서 부록B(전문서비스의 범위) 제1조(일반)에 의하면, "프로젝트 매니저는 부여된 작업을 수행할 하나의 통합된 계획, 프로젝트, 구성관리팀을 선정하여 제공할 것이고, 이것에는 고객의 자체 전문가나 외부조언가에 의해서든 모든 하부 컨설턴트 협력의 투입량을 포함할 것이다"고 되어 있고, 제2.1조(사전구성)에서는 준비단계, 계획 및 조달전략, 프로젝트 절차계획, 계획관리, 비용관리, 조달 등으로 나뉘어 있을 뿐이어서 이 부분만으로 자산인수와 관련된 용역임을 단정하기 어려운 것임을 알 수 있다(처분청은 이를 기초로 하여 자산인수관련 용역으로 추정한 것으로 보여짐). 또한, 제2.2조(계획의 세부사항)에 의하면, 쟁점용역을 수행하는 프로젝트매니저의 업무의 범위는 다음과 같은 바, 그 업무내용에는 주로 수처리 시설의 운영과 관련된 것으로 보여지는 반면에 자산인수와 관련된 내용은 확인되지 아니한다.

1. 고객이 ○○○전자에 제공한 물처리 과정과 ○○○전자 에서 방출되는 하수처리 과정의 전산망 시스템의 향상

2. 이천공장에 있는 생수펌프장과 주요 공급 전송관의 업무개선과 향상

3. 이천의 생수펌프장의 전력공급설비 개량

4. 사람, 기계, 전력, 처리과정, 화학실습을 포함하여 모 든 공장의 설비에 전반적인 처리과정 향상

5. 이천공장의 예비처리 설비에 대한 개량

6. 청주와 구미 공장의 폐수처리 설비에 대한 업무 개선 7. 새 실험실 설비

9. 네곳의 모든 공장의 SCADA(관리통제와 자료취득) 시스템을 향상

10. 네곳의 모든 공장 전체의 건강과 안전 기준에 대한 전반적인 개선

11. 네곳의 모든 공장의 고객과의 공동기준에 상응하 는 설비의 이미지를 향상하기 위한 전반적인 개선 (다) 청구법인의 직원 이○○○(수처리시설을 인수한후인 2001.4.23 입사, 2002.4.23 퇴직)의 문답서를 보면, 처분청 조사자의 질문에 자산인수과정에 관한 컨설팅도 있지만 수처리 시설의 운영에 관한 컨설팅도 포함되어 있다는 식으로 불분명한 답변을 한 것으로 나타나고, 이 건 심판청구시 제출한 확인서에 의하면, "세무조사시 정확한 확인절차나 이해없이 자산인수관련 용역도 포함되었다는 취지로 답변한 바 있으나 그에 대한 해명기회가 없었으며 이와 달리 쟁점용역은 수처리시설의 운영과 관련되었다"고 진술한 것으로 되어 있다. (라) ○○○몬드사의 용역결과물 등에 의하면, 2001.2∼12월 기간동안 해외사무소 직원 13명 및 동사가 하위계약을 체결한 회사 직원 10여명이 국내에 체류(대부분이 계약체결 후인 2001.4∼7월중 체류)하면서 쟁점용역을 수행하고 용역결과물을 쟁점용역계약 체결이후인 2001.5.4 및 2001.5.28 해외사무소에서 대부분을 작성한 것으로 나타나는 한편, 인터넷조회결과 ○○○몬드사는 오수관리나 물 등의 전문용역을 제공하는 회사임을 알 수 있다. (마) 살피건대, 청구외법인이 ○○○전자산업(주)로부터 수처리 시설물인수계약을 2001.3.23 체결한 후 청구외법인 앞으로 소유권이전등기를 경료한 2001.3.30에 청구법인이 오수관리 등의 전문용역을 제공하는 ○○○몬드사와 쟁점용역계약을 체결하고 그 결과물(대부분이 2001.5.4 및 2001.5.28 작성)을 제출하였는 바 쟁점용역에 자산인수와 관련한 사항을 포함시킬 이유가 없어 보이며, 쟁점용역계약의 업무범위를 보아도 주로 수처리 시설의 운영에 관한 사항으로 되어 있고, 청구법인의 직원 이○○○은 수처리 시설의 인수 및 용역계약 체결 후에 입사한 직원으로 당초 수처리 시설의 인수나 운영에 관한 분명한 답변을 못하고 있는 점(이 건 심판청구시 수처리시설의 운영과 관련한 용역임을 진술) 등을 모아 볼 때, 이 건은 청구법인이 청구외법인에게 수처리 시설의 운영에 관한 용역을 제공하는 과정에서 쟁점용역계약을 체결하였다고 봄이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점금액을 청구외법인이 부담하여야 하는 지출비용으로 보아 세금계산서상의 매입세액을 불공제하고, 부당행위계산부인규정을 적용하여 쟁점금액을 손금부인한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.