[요지] 청구법인이 실제 중기용역등을 제공받고 타인명의 매입세금계산서를 수취한 것으로 인정하여 그 공급가액을 매입원가로 손금산입하고, 소득금액변동통지한 금액에서 손금추인된 금액과 관련부가가치세 상당액을 차감하는 것이 타당함
[요지] 청구법인이 실제 중기용역등을 제공받고 타인명의 매입세금계산서를 수취한 것으로 인정하여 그 공급가액을 매입원가로 손금산입하고, 소득금액변동통지한 금액에서 손금추인된 금액과 관련부가가치세 상당액을 차감하는 것이 타당함
[주 문]
1. OO세무서장이 2002.9.10 청구법인에게 한 1998사업연도분 법인세 O,OOO,OOO원과 1999사업연도분 법인세 OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 각각 익금총액에서 OOO,OOO,OOO원과 O,OOO,OOO원을 차감하여 과세표준과 세액을 경정하고, 2001.6.19 및 2002.9.10 청구법인의 대표자 이OO에게 한 1998년귀속분과 1999년귀속분 소득금액변동통지처분은 소득금액에서 각각 OOO,OOO,OOO원과 O,OOO,OOOO원을 차감하여 이를 경정한다.
2. 청구법인의 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 1968.3.1 설립된 종합건설업체로 1997.1.1.～2001.12.31기간중 OO도 OO군내에서 OO천수해복구공사등 6개 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 수행하면서 신OO 및 이OO로부터 중기 및 토사석운반용역(이하 “증기용역등”이라 한다)을 제공받고 이들이 제공한 하석건설중기(주)등 15개 자료상명의로 된 483건 공급가액 O,OOO,OOO,OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 공사원가로 손금에 산입하였다. 처분청은 2001.6.19 쟁점매입세금계산서중 실거래처가 확인되지 아니한 343건의 공급가액 O,OOO,OOO,OOO원을 손금불산입하여 법인세 O,OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 경정고지하고, 당해 공급가액과 관련부가가치세의 합계액 O,OOO,OOO,OOO원을 대표이사 이OO에게 상여처분하여 소득금액변동통지처분하였으며, 청구법인이 이에 불복하여 2001.9.15. 심판청구를 제기하여 2002.4.16. 재조사결정을 받음에 따라 처분청은 당초손금부인액중 58건 OOO,OOO,OOO원을 손금산입하여 손금부인액을 285건 O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점1금액”이라 한다)으로, 상여처분금액을 O,OOO,OOO,OOO원으로 감액하였다. 처분청은 다시 청구법인이 자료상으로부터 교부받았음이 확인된 매입세금계산서 104건 OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점2금액”이라 한다)을 손금불산입하여 2002.9.10 법인세 OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO O,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO)을 경정고지하고, 쟁점2금액과 관련부가가치세 합계 OOO,OOO,OOO원을 대표이사 이OO에게 상여처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.10.7 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. 같은법 제66조(결정 및 경정)(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 제32조도 같은 내용을 규정하고 있음)
① (생략)
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의해 신고한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(이하 생략) 같은법 제67조(소득처분)(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 법인세법 제35조도 같은 내용을 규정하고 있음) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다 같은법 시행령 제106조(소득처분)(1998.12.31 대통령령 15970호로 개정되기 전의 제94조의2의 규정도 같은 내용을 규정하고 있음)
① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(---)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 사실관계 (가) 청구법인은 1997.1.1.～2001.12.31기간중 OO도 OO군내에서 아래 <표>의 쟁점공사를 수행하면서 신OO 및 이OO로부터 중기용역등을 제공받고, 쟁점매입세금계산서를 제출받아 공급가액을 공사원가로 손금에 산입하였다. OOOO O OOOO OOOO O OOO OOOOOO OO OO OOOO (OO O O) (나) 신OO은 1996년부터 OO시 OOO OO리에 설치된 콘테이너박스를 사업장으로 하여 OO종합건설중기라는 상호로 사업자등록없이 중기알선업을 영위하면서 OO천수해복구공사등 쟁점공사와 관련하여 청구법인에게 중기알선용역을 제공하고, 1998.5.15～2001.12.23 기간중 중기용역등의 대가등을 사업자금관리계좌인 OO은행 OO동 지점계좌(OOOOOOOOOOOOOO) 및 OO중앙회 OO시지부 계좌(OOOOOOOOOOOOO)로 수령하여 이를 현금등으로 인출하여 중기사업자등에게 지급하였으며, 1997.6.1 전문건설업체인 OO건설(주)를 설립하여 대표이사로 재직하면서 1999년이후 청구법인과 도급계약을 체결하여 중기용역등을 제공하고 1997.6.1～2001.12.31.기간중 부가가치세 과세표준을 O,OOO,OOO,OOO원으로 신고하였다. (다) 이OO는 OOOO시 OOO구 OOO OO OOOOOO OOOOOO OOOO를 사업장 소재지로 하여 굴삭기 2대, 불도저 1대를 매입하여 OO중기(OOOOOOOOOOOO)라는 상호로 중기사업을 영위하고 있으며, 쟁점공사중 OOO공사와 관련하여 청구법인에게 중기용역등을 제공하고 1998.1.1～2001.12.31 기간중 부가가치세 과세표준을 OOO,OOO,OOO원으로 신고하였고, 이OO는 1998.7.22～2000.4.27기간중 자신의 사업자금관리계좌인 OOOO은행 OO동중앙지점계좌(OOOOOOOOOOOOOOOOO)로 중기용역등의 공급대가를 수령하였다. (라) 처분청은 청구법인에게 쟁점매입세금계산서중 자료상으로부터 교부받은 379건 O,OOO,OOO,OOO원에 대한 소명요구를 하고 이에 대하여 청구법인은 314건 O,OOO,OOO,OOO원의 실거래확인서를 제출하였으며, 이중 이OO관련 35건 OOO,OOO,OOO원에 대하여는 실거래사실을 인정하여 공사원가로 손금인정하고, 343건 O,OOO,OOO,OOO원은 확인서를 작성한 자가 실거래사실을 부인함에 따라 손금부인하고, 동금액과 관련부가가치세 O,OOO,OOO,OOO원을 대표이사에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였다. (마) 청구법인은 이에 불복하여 2001.9.15. 심판청구(국심 2001중 2710)를 제기하였고, 이에 대한 심판결정에서 『청구법인에게 중기알선용역을 제공하였다는 신OO과 청구법인의 어음을 할인하였다고 하는 이OO, 한OO, 최OO등의 통장에 입금된 내역을 다시 확인하고, 청구법인의 각사업연도 소득금액계산상 손금으로 인정할 만한 사항을 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하라』고 결정한 바 있다. 처분청은 신OO의 계좌에 입금된 자금의 출처를 조사하고 그 중 청구법인의 임원인 송OO 및 그의 처 안영희와 OO천수해복구공사의 현장소장인 한OO 및 그의 처 이OO(이하 “청구법인의 임원등”이라 한다)이 입금한 OOO,OOO,OOO원과 관련하여 입금일자 인근일에 청구법인이 발행한 약속어음으로서 청구법인의 임원등이 입금일이전에 이서한 어음 OOO,OOO,OOO원이 있음을 확인하고 이를 근거로 쟁점매입세금계산서 27건의 공급가액 OOO,OOO,OOO원을 중기용역등에 대한 대가로 지급된 금액으로 인정하고, 청구법인이 발행한 당좌수표중 자기앞수표로 교환되어 신OO의 계좌에 입금된 OOO,OOO,OOO원을 근거로 쟁점매입세금계산서 32건의 공급가액에 상당하는 OOO,OOO,OOO원을 공사원가로 인정하여 쟁점세금계산서중 총 59건의 공급가액 OOO,OOO,OOO원을 손금으로 인정하고, 동금액과 관련 부가치세액의 합계 OOO,OOO,OOO원을 소득금액변동통지금액에서 감액하였다. (바) 처분청은 다시 쟁점매입세금계산서중 자료상명의의 104건 공급가액 OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO)에 대하여 소명요구를 하였고, 청구법인이 이에 대하여 소명하지 못하자, 2002.9.10 동금액을 손금부인하고, 동공급가액과 관련부가치세 합계 OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO)을 대표이사 이OO에게 상여처분하여 다시 소득금액변동통지하였다. (사) 이러한 사실은 청구법인이 제출한 OO천수해복구공사와 관련하여 신OO과 체결한 토석운반대행계약서, 쟁점매입세금계산서 및 청구법인의 대금지급에 대한 회계처리내역, 심판결정문, 신OO 및 이OO의 예금계좌사본·문답서 및 사실확인서, 법인세경정결의서 및 소득금액변동통지서등에 의해 확인된다.
(2) 판 단 (가) 청구법인이 제출한 토석운반대행계약서에 의하면 OO천수해복구공사장의 현장소장인 청구법인의 한OO이사는 개인명의로 1997.2.1～1999.12.30기간중 OO종합건설중기를 운영하던 신OO에게 OO천공사장의 토석운반을 위탁하였음이 확인되고, 서울지방법원 의정부지원은 OO천수해복구공사의 부실로 손실을 입은 주민이 청구법인을 상대로 한 손해배상청구소송에서 신OO이 청구법인을 위하여 공사를 수행한 사실을 인정하였다. 또한, 처분청이 2001.3.15. 신OO으로부터 받은 문답서에 의하면 신OO은 OOO중기를 경영하는 조OO등 9명을 통하여 중기업자를 모집하여 OO천수해복구공사에 투입하고 청구법인의 직원인 이OO의 감독하에 토석운반용역등을 제공하고 일별로 작업확인서를 교부받은 후 이를 근거로 청구법인에게 중기용역등에 대한 대가를 청구하였음이 인정된다. 이 건 심판청구와 관련하여 신OO은 중기용역등의 대가를 자신의 OO은행금촌동계좌, OO중앙회 OO시지부계좌로 수령하여 쟁점공사에 투입된 중기사업자에게 지급하였다고 주장하면서 예금거래내역조회표와 인감증명을 첨부하여 확인하고 있다. 위와 같은 사실을 종합하면 신OO은 OO천공사등 쟁점공사와 관련하여 청구법인에게 중기를 알선해주고 그 대금을 수령하여 중기사업자에게 지급한 사실을 인정할 수 있다. (나) 처분청은 당초 조사시 이OO를 쟁점공사중 공릉천공사와 관련하여 중기용역등을 제공한 사업자로 인정하고, 쟁점매입세금계산서중 이OO가 자신이 중기용역등을 제공하고 대금청구시 제출하였다고 확인한 35건 OOO,OOO,OOO원의 매입세금계산서상 공급가액을 모두 공사원가로 인정하였고, 이 건 심판청구시 이OO는 다시 1998.7.22～2000.4.27기간중 청구법인에게 다른 중기사업자와 함께 중기용역등을 제공하고 공사대금을 OOOO은행 OO동지점 계좌로 수령하였음을 예금거래내역조회표와 인감증명을 첨부하여 확인하고 있는 점을 감안하면 이OO는 쟁점공사중 OOO공사와 관련하여 청구법인에게 중기용역등을 제공한 사실이 인정된다. (다) 처분청은 청구법인의 임원등이 신OO의 계좌에 입금한 금액중 입금일자 인근일에 청구법인이 발행한 약속어음중 청구법인의 임원등이 입금일자이전에 이서한 어음금액을 한도로 공사대금으로 인정하였는 바, 청구법인의 2001.9.15 심판청구에 대한 결정에서 청구법인의 임원등이 청구법인이 중기용역등에 대한 대가로 지급한 약속어음을 할인한 사실을 인정하였고, 이에 대한 재조사과정에서 처분청은 신OO이 중기사업자를 동원하여 쟁점공사를 수행한 사실을 인정하고, 청구법인이 중기용역등의 대가로 지급한 약속어음중 45매 OOO,OOO,OOO원을 청구법인의 임원등이 할인(이서)하여 신OO의 계좌에 입금한 사실을 확인(처분청은 이중 OOO,OOO,OOO원만 중기용역등의 대가로 인정하였음)하였다. 청구법인이 공사대금으로 지급한 것으로 회계처리한 약속어음은 만기일에 전액 결제되고, 청구법인에게 반환된 사실이 없으며, 청구법인의 약속어음은 사채시장에서 신용도가 높아서 이서없이도 할인되거나 발행된 후 일정기간 경과후에 할인되기도 한 사실이 확인되는 점을 감안할 때 청구법인의 임원등이 신OO의 계좌에 입금한 12건 874,171,000원(국민은행 금촌동지점계좌에 1998.9.28. 1억원, 1998.9.30 39,300,000원, 1999.4.8. 135,116,000원, 농협중앙회 OO시지부계좌에 1995.5.15 2억원, 1998.6.17 57,000,000원, 1998.6.19 31,755,000원, 1998.7.13 30,000,000원, 1998.8.13 50,000,000원, 1998.8.15 6,053,000원, 1998.9.17 61,000,000원, 1998.12.17 70,000,000원, 1998.12.26 1억원)중 140,275,000원만을 공사대금으로 보고, 쟁점매입세금계산서중 이에 대응된 27매 공급가액 158,490,000원을 공사원가로 인정한 것은 그 타당성을 인정하기 어렵다. 따라서, 청구법인의 임원등이 자신들의 계좌에서 출금하여 신OO계좌에 입금한 금액중 공사대금으로 인정하지 아니한 740,430,000원은 이중 신OO의 중기알선수수료에 해당하는 금액에 대하여 신OO에게 부가가치세 및 종합소득세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 이는 청구법인이 신OO을 통하여 중기사업자에게 중기용역비등으로 지급된 금액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 한편, 처분청은 청구법인의 자기앞수표중 신OO의 계좌에 입금된 OOO,OOO,OOO원(OO은행OO동지점계좌에 1998.12.31. OO원, 1999.1.22 OOO,OOO,OOO원)중 OOO,OOO,OOO원을 근거로 쟁점매입세금계산서중 32건 공급가액 OOO,OOO,OOO원을 중기용역등의 대가로 손금인정하면서, 신OO이 중기사업자를 동원하여 쟁점공사를 수행한 사실이나 신OO이 중기용역등에 대한 대가로 수령한 청구법인의 자기앞 수표가 신OO의 계좌에 입금되어 지급된 사실 및 동금액이 다시 청구법인에게 유입된 사실이 없는 점등을 확인하고서도 동금액중 일부금액인 OOO,OOO,OOO원만 공사원가로 손금인정하고 나머지 OOO,OOO,OOO원을 손금부인한 것은 그 근거가 불분명하다. 따라서, 동금액중 신OO의 중기알선수수료에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 청구법인의 자기앞수표로 신OO의 계좌에 입금된 금액은 전액 청구법인이 신OO을 통하여 중기사업자에게 중기용역등에 대가로 지급한 금액으로 인정함이 타당하다고 판단된다. (라) 처분청은 쟁점매입세금계산서중 이OO가 제출한 매입세금계산서 64건 OOO,OOO,OOO원의 공급가액을 손금부인하였으나, 처분청은 당초 조사시 이OO가 쟁점공사중 OOO공사를 수행한 사실을 인정하였고, 청구법인이 공사대금으로 지급한 것으로 회계처리한 약속어음중 4매 OO,OOO,OOO원(OOOOOOOOOOO OOOO O,OOO,OOOO OOOO OOOOOOOO O,OOO,OOOO, OOOO OOOOOOOO O,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO OOOO OOOOOOO O,OOO,OOOO)는 이OO의 OO은행 OOO지점의 어음수탁통장에 입금되었다가 만기에 동 은행에 개설된 이OO계좌(OOOOOOOOOOOOOOOOO)에 입금된 사실이 확인되므로 동금액에 대하여 이OO에게 부가가치세 및 종합소득세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 청구법인이 이OO에게 중기용역등의 대가로 지급된 금액으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다. (마) 위 (가) 내지 (라)에서 살펴본 바와 같이 신OO의 OO은행 OOO지점과 OO중앙회 OO시지부에 개설된 계좌에 입금된 금액중 신OO이 청구법인으로부터 약속어음을 지급받아 청구법인의 임원등으로부터 할인받은 것으로 인정되는 OOO,OOO,OOO원과 청구법인으로부터 자기앞수표를 받아 입금한 OOO,OOO,OOO원 및 청구법인이 발행한 약속어음중 이OO의 어음수탁통장에 보관되었다가 만기에 이OO의 계좌에 입금된 4건 OO,OOO,OOO원 합계 O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 청구법인이 중기사용료등으로 지급된 금액으로 인정된다. 그러나, 쟁점금액중 처분청이 손금부인한 금액은 청구법인의 회계처리내역에 의해 쟁점금액이 신OO의 계좌에 입금되기 전에 발행된 약속어음중 청구법인의 임원등이 할인한 92매 OOO,OOO,OOO원의 약속어음과 청구법인의 당좌수표발행액중 자기앞수표로 교환되어 입금된 OOO,OOO,OOO원, 이OO계좌에 입금된 약속어음 4매 OO,OOO,OOO원 합계 OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점손금부인액”이라 한다)으로 확인되고 나머지 OOO,OOO,OOO원은 손금부인된 사실이 확인되지 아니한다. 그리고, 청구법인의 쟁점매입세금계산서 및 그 대금지급에 대한 회계처리내역에 의하면 쟁점매입세금계산서중 쟁점손금부인액에 대응되는 매입세금계산서는 아래 <표>와 같은 128건 공급가액 OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO O,OOO,OOOO)의 매입세금계산서(매입세금계산서 명세 별첨)로 확인되므로 동계산서의 공급가액을 청구법인이 실제 중기용역등을 제공받고 타인명의 매입세금계산서를 수취한 것으로 인정하여 그 공급가액을 매입원가로 손금산입하고, 처분청이 이OO에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 금액에서 손금추인된 OOO,OOO,OOO원과 관련부가가치세 상당액 OO,OOO,OOO원 합계 OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO O,OOO,OOOO)을 차감하는 것이 타당하다고 판단된다. OOOOOOOOO OOOOOOOOOO OOOOO OOO OO (OO O O)