중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면 적용 여부

심판청구번호 국심2002중 1449(2002. 8.19) 규정에 의한 중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 면제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 1998.12.1 청구법인 소유 ○○○도 ○○○시 ○○○외 1필지 공장용지 3,100㎡, 건물 1,708.38㎡(이하 "쟁점공장"이라 한다)를 ○○○원에 대표이사 권○○○에게 매매하기로 계약을 체결하고 쟁점공장의 매각대금으로 1998.12.7∼1999.9.15 기간중 금융기관부채 ○○○원을 상환하고 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 조세특례제한법 제37조 의 규정에 의한 법인의 재무구조개선 등에 대한 세액면제신청서를 제출하여 쟁점공장 양도에 대한 특별부가세 상당액 ○○○원을 전액 면제신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 감면세액을 검토하면서 청구법인의 1999.12.31 현재의 부채비율을 142.46%로 계산하고, 1999사업연도의 부채비율이 1997.12.31 현재의 기준부채비율(91.95%)보다 50.51%가 증가한 것으로 보아 당초 감면세액에 증가한 부채비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 ○○○원을 감면배제하여 2002.1.18 청구법인에게 1999사업연도 법인세 ○○○원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.4.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 부채상환계획을 실행하기 위하여 1998.12.1자로 부동산매매계약을 체결하고 1998.12.7∼1999.9.15에 걸쳐 계약금, 중도금, 잔금을 수령하여 금융기관부채 ○○○원을 상환하였으나 법리를 오인하여 조세특례제한법 제37조 에 규정하고 있는 『법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제』규정을 적용하여 면제신고하였다. 그러나 청구법인은 제조업을 운영하는 중소사업자에 해당되고, 양도일로부터 1년이 되는 날 현재의 금융기관 부채총액이 양도일 현재 금융기관 부채총액에 비하여 현저히 감소되었기 때문에 조세특례제한법 제36조 의『중소제조업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면』 규정에 해당되므로 동 조항을 적용하여 특별부가세를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1999사업연도 법인세 신고당시에 감면세액에서 유리한 조세특례제한법 제37조 를 선택하여 감면신청을 하였으며, 감면신청한 내용은 적법한 것으로 당초 감면내용과는 무관하게 상환한 사업연도의 부채비율이 기준부채비율보다 증가하여 감면세액이 추징됨에 따라 적법하게 신고한 당초 감면을 배제하고 다른 규정에 의한 감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 불합리하다고 판단되고, 청구법인의 1999사업연도 법인세 법정신고기한인 2000.3.31부터 경정청구기한인 1년이 경과하여 경정청구대상이 아니므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 사업용으로 사용하던 공장의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하고 조세특례제한법 제37조 의 규정에 의한 법인의 재무구조개선 등을 위한 세액면제를 적용하여 법인세를 신고하였으나 법인세 과세표준과 세액을 경정하면서 같은법 제36조의 규정에 의한 중소제조업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 면제 규정을 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 “중소사업자”라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 “금융기관부채”라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지 등의 양도대금을 토지등을 양도한 날(장기할부조건인 경우에는 대통령령이 정하는 날을 말하며, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 토지등의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우

2. 토지 등을 양도한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나양도한 경우

③ 제1항의 사업용으로 사용한 토지등의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다. 같은법 제37조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】

① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획(제45조 제1항의 규정에 의한 기업개선계획을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. (단서생략)

1. 1997.6.30 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 양도할 것. 다만, 제41조의 규정에 의하여 증여받은 부동산을 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인을 얻을 것. (단서생략)

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인(금융기관을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.

2. 부동산을 양도한 법인의 부채비율이 부동산 양도후 3년 이내의 기간 중 기준부채비율보다 증가하게 된 경우 (2000.12.28 법률 제6297호로 개정된 것) 같은법 제127조【중복지원의 배제】

⑦ 거주자가 토지 등을 양도하여 2 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만，토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 잔여부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다. 같은법시행령 제33조【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소사업자”라 함은 토지등의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한 중소기업(축산업을 주된 사업으로 영위하고 상시 사용하는 종업원수가 300인 이내인 기업으로서 소득세법시행령 제9조 제1항 제1호 의 규정에 의한 농가부업규모를 초과하는 경우를 포함한다)을 말한다.

③ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상소득금액에 대한 산출세액의 100분의 100으로 하되, 감면대상소득금액은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 토지 등(매매사업용의 토지 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 양도일 현재 3년 이상 보유한 토지 등을 당해 사업자의 재무구조개선을 위하여 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관부채의 감소액이 제1호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 받은 대가 중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)

④ 제3항 제2호의 규정에 의한 금융기관부채의 감소액은 토지 등의 양도일 현재 금융기관부채총액에서 당해 토지 등의 양도일부터 1년이 되는 날 현재의 금융기관부채총액을 차감한 금액으로 한다.

⑦ 법 제36조 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액은 다음 각 호의 1에 의한다.

1. 법 제36조 제2항 제2호의 사유에 해당되는 때에는 그 감면세액 전액

2. 제6항의 규정에 의하여 감면한 세액이 제3항의 규정에 의하여 계산한 감면세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액

⑩ 법 제36조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 토지 등을 양도한 날(제9항에 해당하는 경우에는 그 사유가 종료한 날)부터 3월이 되는 날을 말하되, 3월이 되는 날이 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도 종료일 이후에 도래하는 경우에는 당해 과세연도 종료일을 말한다.

⑪ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받고자 하는 중소사업자는 토지 등의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 재정경제부령이 정하는 부채상환명세서

2. 제6항의 규정에 의한 예정감소액에 의하여 감면받는 경우에는 부채상환계획서. 이 경우 부채를 상환한 경우에는 그 부채상환일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 부채상환완료보고서를 제출하여야 한다. 같은법시행령 제34조【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】

⑩ 법 제37조 제1항의 규정에 의한 면제세액은 다음 각 호에 의하여 계산한 금액으로 한다.

1. 제9항의 규정에 의하여 재무구조개선계획의 승인을 얻은 법인(이하 이 조에서 "재무구조개선법인" 이라 한다)의 경우: 가목의 금액에 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액

• 가. 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대한 산출세액
• 나. 재무구조개선계획에 따라 상환한 금융기관부채의 금액이 부동산 양도대금에서 차지하는 비율

⑭ 법 제37조 제2항의 규정에 의하여 재무구조개선법인으로부터 추징할 세액은 다음 각 호에 의하여 계산한다.

1. 법 제37조 제2항 제1호의 경우: 다음 각목의 세액

• 가. 재무구조개선계획에 따라 제13항에서 규정하는 기한내에 금융기관부채를 상환하지 아니한 때에는 그 상환하지 아니 한 금액에 상당하는 감면세액
• 나. 제12항의 규정에 의하여 면제한 세액이 제10항 제1호의 규정 에 의하여 계산한 면제세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액

2. 법 제37조 제2항 제2호의 경우: 당해 법인의 부채비율이 금융기관부채를 상환한 후 3년의 기간 중 기준부채비율을 초과하는 경우 그 초과비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율을 제10항 제1호의 규정에 의한 면제세액의 합계액에 곱하여 계산한 세액. 이 경우 사업연도 중에 금융기관부채를 상환한 경우에는 그 부채상환일부터 당해 사업연도 종료일까지의 기간을 1년으로 보아 3년의 기간을 계산한다.

3. 법 제37조 제2항 제3호의 경우: 면제세액 전액

⑮ 제14항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부채비율은 각 사업연도말 현재 재정경제부령이 정하는 부채를 대차대조표상 자기자본(자기자본이 납입자본금 보다 적은 경우에는 납입자본금을 말하며, 결손금이 발생하거나 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 이하 제16항에서 같다)으로 나누어 계산한다. 이 경우 외화표시자산 및 부채에 대하여는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 평가한 금액으로 한다.?痴?14항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 기준부채비율은 제1호의 비율에서 제2호의 비율을 차감하여 계산한다. 이 경우 외화표시자산 및 부채에 대하여는 제15항 후단의 규정을 준용한다.

1. 제9항의 규정에 의하여 재무구조개선계획이 최초로 승인된 날이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(이하 이 조에서“기준부채비율산정기준일”이라 한다) 현재의 부채를 기준부채비율산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본으로 나누어 계산한 비율

2. 재무구조개선계획에 따라 상환한 금융기관부채의 합계액을 기준부채비율산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본으로 나누어 계산한 비율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1998.12.1 청구법인 소유 ○○○도 ○○○시 ○○○외 1필지 공장용지 3,100㎡, 건물 1,708.38㎡(쟁점공장)를 ○○○원에 대표이사에게 매매하기로 계약을 체결하고 1998.12.7 주거래은행인 ○○○은행에 재무구조개선계획을 제출하여 승인받고 쟁점공장의 매각대금으로 1998.12.7∼1999.9.15 기간중 금융기관부채 ○○○원을 상환하였으며, 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 조세특례제한법 제37조 의 규정에 의한 법인의 재무구조개선 등에 대한 세액면제신청서를 제출하여 쟁점공장 양도에 대한 특별부가세 상당액 ○○○원을 전액 면제신고하였음이 재무구조개선계획 및 승인서, 부채상환증명서, 법인세 과세표준신고서 및 법인의 재무구조개선 등에 대한 세액감면신청서 등에 의하여 확인된다. 처분청은 청구법인에 대한 감면세액을 검토하면서 청구법인의 1999.12.31 현재의 부채비율을 142.46%로 계산하고, 1999사업연도의 부채비율이 1997.12.31 현재의 기준부채비율(91.95%)보다 50.51%가 증가한 것으로 보아 당초 감면세액에 증가한 부채비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 특별부가세 ○○○원을 감면배제하여 이건 과세한 사실이 조사복명서, 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 당초 법리를 오해하여 조세특례제한법 제37조 의 규정을 적용하여 특별부가세를 면제신청하였으나 중소사업자로서 조세특례제한법 제36조 의 요건을 모두 충족하고 있으므로 동규정에 의하여 쟁점공장의 양도에 따른 특별부가세를 면제하여야 한다고 주장하면서, 부동산매매계약서, 부채상환증명서, 부채증명서등을 제시하고 있으므로 먼저 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제시하고 있는 부동산매매계약서에 의하면 청구법인은 1998.12.1 청구법인의 대표이사인 권○○○에게 쟁점공장을 ○○○원(건물가액 ○○○원 포함, 건물에 대한 부가가치세는 별도)에 매도하기로 매매계약을 체결하고 1998.12.7 계약금 ○○○원, 1998.12.15 1차중도금 ○○○원, 1999.3.15 2차중도금 ○○○원, 1999.6.16 3차중도금 ○○○원, 1999.9.15 잔금 ○○○원을 각각 지급받기로 약정하였음이 확인된다. (나) 청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로 1999사업연도 상용 종업원수와 유형자산금액이 27명과 ○○○원인 중소기업으로서, 1998.12.7 주거래은행인 ○○○은행에 재무구조개선계획을 제출하여 승인받은 사실이 재무구조개선계획 및 승인서에 의하여 확인되고, 청구법인은 쟁점공장의 양도대금을 수령하여 아래와 같이 1998.12.7∼1999.9.15 기간동안 금융기관부채 ○○○원을 상환한 사실이 부채상환증명서에 의하여 확인된다. 금융기관부채상환내역

○○○ (다) 청구법인이 제시하고 있는 금융기관부채증명서에 의하면 청구법인은 아래와 같이 1999.9.15 현재의 금융기관부채는 ○○○은행외 2개 금융기관에 ○○○원, 2000.9.15 현재의 금융기관 부채는 ○○○은행 등 3개 금융기관에 ○○○원의 부채가 있었음이 확인된다. 금융기관 부채증명서

○○○

(3) 쟁점공장의 양도가 조세특례제한법 제36조 의 규정에 의한 감면요건을 충족하고 있는지 등에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1973.4.17 개업한 상용종업원수가 27명인 중소제조법인으로서 견직물 제조공장으로 사용하던 쟁점공장을 양도하였고, 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 쟁점공장의 양도대금으로 금융기관부채를 상환한 사실이 확인되는 이 건의 경우 조세특례제한법 제36조 에 규정하고 있는 중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면요건을 충족하고 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 1999사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제37조 의 규정을 적용하여 세액감면을 신청한 청구법인이 동법 조항에 의한 사후관리결과 감면요건을 충족하지 못하게 되었을 때, 법적 근거를 달리하여 같은법 제36조의 규정에 의한 세액감면을 적용할 수 있는지 여부를 보면, 2000.12.28 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법 제127조 제7항 에서 "토지 등을 양도하여 2이상의 양도소득세 또는 특별부가세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 납세자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하여야 한다."는 중복지원배제 규정을 두고 있으나 동 규정은 2000.12.28 신설되어 2000.1.1부터 시행되는 규정인 바, 청구법인의 경우 이러한 개정규정이 시행되기 이전인 1999.9.15 쟁점공장을 양도하였으므로 개정규정에 불구하고 제36조의 규정을 적용하여 특별부가세를 면제하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.