재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 여부

심판청구번호 국심2002중 0558(2002. 6. 4) �1996년 제2기분 18,028,280원, 1997년 제1기분 22,155,730원, 1997년 제2기분 16,940,010원, 1998년 제1기분 18,036,230원, 1998년 제2기분 19,410,240원, 1999년 제1기분 21,343,580원, 1999년 제2기분 24,258,040원, 2000년 제1기분 26,911,850원)의 부과처분 중 조세특례제한법 제108조 (구 조세감면규제법 제102조)의 규정을 적용배제하여 처분한 부분은 이를 취소한다.

청구법인은 재활용폐자원중의 하나인 고철을 수집하여 절단 등 원시가공하여 재생업체에 판매하는 사업을 영위하는 업체로 구 조세감면규제법 제102조(또는 조세특례제한법 제108조)의 재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용하여 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하고 신고하였다. 처분청은 청구법인이 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자나 폐기물재생처리 신고를 한 자에 해당하지 않는다 하여, 청구법인이 각 과세기간에 공제받은 위 부가가치세 매입세액 등을 부인하여 2002.1.17 청구법인에게 부가가치세 167,083,960원(1996년 제2기분 18,028,280원, 1997년 제1기분 22,155,730원, 1997년 제2기분 16,940,010원, 1998년 제1기분 18,036,230원, 1998년 제2기분 19,410,240원, 1999년 제1기분 21,343,580원, 1999년 제2기분 24,258,040원, 2000년 제1기분 26,911,850원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.2.19 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법상의 재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용받는 고철재활용사업자의 범위는 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리 신고를 한 자에 해당하여야 하는데, 구 폐기물관리법에는 고철재활용과 관련된 허가나 신고 규정 자체가 없었고, 현행 폐기물관리법(1999.12.31 개정된 것) 제44조의2 제3항 및 같은법 시행규칙(2000.7.22 개정된 것) 제46조 제4항의 규정에 의하면 2000.7.22부터 고철재활용사업자에 대하여는 신고간주규정이 있어 신고하지 아니한 경우에도 신고한 것으로 보도록 하고 있다. 따라서 고철재활용사업자인 청구법인의 경우에는 신고를 하지 아니한 경우에도 신고를 한 것으로 보아 조세특례제한법상 재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용하는 것이 적법·타당함에도 동 규정의 적용을 배제하여 이 건 부가가치세를 처분함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장한 폐기물관리법 제44조의2 제3항 의 '환경부령이 정하는 자는 제1항의 규정에 의한 신고를 한 것으로 본다'는 규정은 1999.12.31 개정된 것이고 같은법의 위임에 따라 '환경부령이 정하는 자'에 대하여 규정한 같은법 시행규칙 제46조 제4항은 2000.7.22 신설되었으며, 부칙 제1조에서 '이 규칙은 공포한 날로부터 시행한다'고 규정하고 있으므로 청구법인은 조세특례제한법 제108조 의 규정에 의하여 2000년 제2기부터는 매입세액을 공제받을 수 있으나, 1996년 제2기부터 2000년 제1기까지는 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가를 받거나 신고를 한 사실이 없어 매입세액을 공제받을 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 고철재활용사업자의 경우, 폐기물관리법상 다른 폐기물재활용사업자와 달리 시·도지사에게 허가 또는 신고하는 규정이 없음에도 시·도지사에게 허가 또는 신고하여야 하는 요건을 충족하지 못한다 하여 조세특례제한법 제108조 를 적용배제함이 적법·타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이건 과세요건 성립당시의 부가가치세법 제21조 【경 정】① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 3.∼ 4호 생략 구 조세감면규제법 제102조【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 같은법 시행령 제97조【재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례】③ 법 제102조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

2. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한 자

3. 자동차관리법에 의하여 중고자동차매매업등록을 한 자

4. 한국자원재생공사법에 의하여 설립된 한국자원재생공사

5. 기타 재활용폐자원등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제102조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품의 범위는 다음과 같다.

5.∼9호 생략 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 같은법 시행령 제110조【재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례】(1998.12.31 개정) ③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한 자

2. 자동차관리법에 의하여 중고자동차매매업등록을 한 자

3. 한국자원재생공사법에 의하여 설립된 한국자원재생공사

4. 대외무역법 제10조 의 규정에 의하여 신고한 무역업자(제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 경우에 한한다)

5. 기타 재활용폐자원등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제102조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품의 범위는 다음과 같다.

5.∼9호 생략 구 폐기물관리법 제44조 의 2【폐기물재활용신고】① 다른 사람의 폐기물로서 환경부령이 정하는 폐기물을 원료·재료·연료등으로 재생처리(재생처리를 목적으로 하는 수집·운반을 포함한다)하고자 하는 자(법 제26조 제1항의 규정에 의한 폐기물처리업자를 제외한다)는 환경부령이 정하는 시설·장비를 갖추어 환경부령이 정하는 바에 따라 시·도지사에게 신고하여야 한다. 신고사항중 환경부령이 정하는 중요사항을 변경할 때에도 또한 같다. 같은법 시행규칙 제46조【재생처리신고대상폐기물】법 제44조의 2 제1항에서 '환경부령이 정하는 폐기물'이라 함은 다음 각호의 폐기물을 말한다.

1. 지정폐기물중 영 별표1 제5호 가목의 폐합성수지

2. 사업장폐기물중 지정폐기물을 제외한 다음 각목의 폐기물

• 가. 광재류
• 나. 분진
• 다. 폐주물사 및 폐사
• 라. 소각잔재물 및 연소제
• 마. ∼ 버(생략) 현행 폐기물관리법 제44조 의 2【폐기물재활용신고】

① 다른 사람의 사업장폐기물을 재활용하는 자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자는 환경부령이 정하는 보관시설 및 재활용시설을 갖추어 환경부령이 정하는 바에 따라 시·도지사에게 신고하여야 한다.

5. 환경부령이 정하는 사업장폐기물을 재활용하는 자(당해 폐기물을 수집·운반하는 자를 포함한다)

③ 제1항 제5호의 규정에 해당하는 자중 환경부령이 정하는 자는 제1항의 규정에 의한 신고를 한 것으로 본다 같은법 시행규칙 제46조【재활용신고대상】② 법 제44조의 2 제1항 제5호에서 '환경부령이 정하는 사업장폐기물'이라 함은 다음 각호의 폐기물을 말한다. 다만 제4호 내지 제7호의 경우에는 수집·운반하는 경우에 한한다.

3. 폐용기류.

5. ∼ 8호 생략

④ 법 제44조의 2 제3항에서 '환경부령이 정하는 자'라 함은 제2항 제1호 내지 제3호의 1에 해당하는 폐기물을 재활용하는 자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1989.6.21 개업한 이래 재활용폐자원중의 하나인 고철을 수집하여 절단 등 원시가공을 하여 재생업체에 판매하는 사업을 영위하는 업체로 구 조세감면규제법 제102조(또는 조세특례제한법 제108조)의 규정에 의한 재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례를 적용하여 각 과세기간의 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하여 신고한데 대하여, 처분청은 청구법인이 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자나 폐기물재생처리 신고를 한 자에 해당하지 아니한다 하여, 청구법인이 각 과세기간에 공제받은 위 매입세액을 부인하여 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 재활용폐자원중 고철에 대하여는 구 폐기물관리법에서 허가 및 신고규정을 두지 아니한 입법 배경이나 현행 폐기물관리법에서 신고간주규정을 둔 사실을 보면 고철재활용사업자의 경우에는 폐기물재생처리업 신고를 하지 아니한 경우에도 신고를 한 것으로 보아 조세특례제한법상 재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다. (가) 앞서 본 현행 및 구 폐기물관리법에 의하면 사업장폐기물 중 고철에 대하여는 재생처리 신고대상 폐기물로 규정하지 아니하다가 2000.1.1부터 신고대상 폐기물로 규정하였으나, 같은법 시행규칙 제46조 제4항을 신설한 2000.7.22부터는 신고를 하지 아니하여도 신고한 것으로 본다고 규정하였음이 확인된다. (나) 재활용폐자원인 고철의 경우, 폐기물관리법상 1999.12.31까지는 허가나 신고의 대상이 아니어서 조세특례제한법시행령 제110조 제3항 제1호 에서 규정한 '폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리 신고를 한 자'의 요건을 어느 누구도 충족할 수 없었고, 폐기물관리법 제44조 의 2의 개정(1999.12.31)으로 2000.1.1부터는 재활용폐자원인 고철도 신고대상으로 규정되었으나, 같은법 시행규칙 제46조 제4항의 신설(2000.7.22)로 2000.7.22부터는 신고를 하지 아니하여도 신고한 것으로 간주됨에 따라 고철재활용사업자는 위 조세특례제한법시행령 제110조 제3항 제1호 의 요건을 자동적으로 충족하게 되었다. (다) 폐기물관리법상 재활용하는 폐기물에 대하여 신고받을 필요가 없어 신고대상으로 규정하지 아니하여 신고를 하지 아니한 경우를, 신고받을 필요가 있어 신고대상으로 규정하고 있음에도 신고를 하지 아니한 경우와 동일시하여 조세특례제한법상의 재활용고철에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용하지 아니한다면, 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례대상이 주로 고철, 폐지 등인 점에 비추어 정작 고철, 폐지 등은 적용할 규정이 없어 부가가치세 매입세액을 공제받지 못하는 결과가 발생하게 되어 조세특례제한법상 입법 취지는 물론 과세형평에도 맞지 아니하게 된다.

(3) 위 내용과 관련법령의 취지를 종합하면, 청구법인과 같은 고철재활용사업자의 경우, 폐기물관리법상 다른 폐자원활용사업자와는 달리 시·도지사에게 폐기물재생처리업 허가를 받거나 폐기물재생처리 신고를 하는 규정을 두고 있지 아니하고 있어 원시적으로 허가를 받거나 신고할 수가 없음에도, 이러한 허가를 받거나 신고한 사실이 없음을 이유로 구 조세감면규제법시행령 제97조 제3항 제2호(또는 조세특례제한법시행령 제110조 제3항 제1호)의 공제요건을 충족하지 못한다 하여 구 조세감면규제법 102조(또는 조세특례제한법 제108조)의 적용을 배제함은 부당하다. 따라서 청구법인이 매입한 고철에 대하여는 구 조세감면규제법(또는 조세특례제한법)상의 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정을 적용하여 관련매입세액을 공제함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.