수정신고한 기업발전적립금을 적정유보초과소득 계산시 공제할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심2002전 0357(2002. 5. 6) 43,707,900원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2000사업연도 당시 자동차부품 제조업을 영위하는 비상장·미등록법인으로 당해 사업연도 법인세를 확정신고한 후 2001.12.20임시주주총회의 결의를 거쳐 당해 사업연도 유보소득의 일부인1,400,000,000원을 기업발전적립금으로 적립(이하 "쟁점적립금"이라 한다)하고 2001.12.21 이익잉여금처분계산서와 대차대조표를 정정하여 수정신고하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 수정신고요건에 해당하지 않는다는 이유로 이를 인정하지 아니하고, 청구법인이 2000사업연도종료일 현재 자기자본이 100억원을 초과하는데도 당초 법인세 확정신고시 적정유보초과소득에 대한 법인세 신고를 누락하였다 하여 2002.1.10 청구법인에게 2000사업연도 법인세 143,707,900원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.1.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 2000사업연도말 현재 자기자본이 100억원을 초과하게 된 것은 협회등록법인이 되기 위한 공모증자과정에서 그 주식납입금 및 주식발행초과금 33억원이 발생함에 따라 초과하게 된 것이고, 2000.12.27 공모주대금이 납입됨에 따라 협회등록법인으로서의 사실상 요건을 충족하였으므로 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상 법인이 아니고, 또한 청구법인은 2001.12.20 임시주주총회의 결의를 거쳐 쟁점적립금을 기업발전적립금으로 적립하고 2001.12.21 이를 반영하여 수정신고하였는 바, 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 기업발전적립금을 공제하도록 한 취지가 재무구조가 악화되는 부작용을 보완하는 데 있는 점에 비추어 청구법인의 수정신고를 인정하지 아니하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○○협회로부터 협회등록법인으로 2001.1.9 통보를 받고 2001.1.11부터 그 주식매매가 시작되었으므로 협회등록법인으로 통보받기전인 2000사업연도에는 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상 법인에 해당되며, 비상장 대법인이 과세표준 신고시 적정유보초과소득에 대한 법인세 신고를 누락한 후 임시주주총회의 결의에 의하여 적립한 기업발전적립금은 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 공제할 수 없을 뿐만 아니라 법인이 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 법인세 과세표준신고를 한 후에는 당초에 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고하거나 경정 등의 청구를 할 수 없으므로 청구법인의 수정신고를 인정하지 아니하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 법인세 과세표준확정신고 이후 임시주주총회의 결의를 거쳐 유보소득의 일부를 기업발전적립금으로 적립하고 수정신고를 한 경우 동 기업발전적립금을 당해 사업연도 적정유보초과소득 계산시 공제할 수 있는지 여부와 청구법인이 2000사업연도말 현재 협회등록법인에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세 제56조【적정유보초과소득에 대한 법인세】① 내국법인(주권상장법인·협회등록법인 및 비영리내국법인을 제외한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 있어서 대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득이 적정유보소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 "적정유보초과소득"이라 한다)에 100분의 15를 곱하여 산출한 세액을 적정유보초과소득에 대한 법인세로 하여 산출세액에 이를 가산한다.

1. 각 사업연도종료일 현재의 대통령령이 정하는 자기자본(이하 이 조에서 "자기자본"이라 한다)이 100억원을 초과하는 법인

② 제1항의 규정에 의한 적정유보소득은 각 사업연도의 소득금액(제18조 제4호 및 제6호의 규정에 의한 금액을 포함하며, 제57조 제4항의 규정에 의한 수입배당금액을 제외한다)에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 법인의 자기자본의 100분의 10에 상당하는 금액 중 큰 금액으로 한다.

4. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 기업발전적립금으로 적립한 금액 (2) 법인세법 시행령 제93조 【적정유보초과소득의 계산】ⓛ 법 제56조 제1항에서 "대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득"이라 함은 법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득(법 제18조 제4호 및 제6호의 규정에 의한 금액을 포함하고, 법 제57조 제4항의 규정에 의한 수입배당금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "당해 사업연도의 소득금액"이라 한다)에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액을 말한다.

2. 법 제56조 제2항 각호의 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 청구법인이 법인세 과세표준확정신고 이후 임시주주총회의 결의에 의하여 기업발전적립금을 적립하고 수정신고를 한 경우 적정유보초과소득 계산시 유보소득에서 위 기업발전적립금을 공제할 수 있는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2000.9.1 협회등록법인이 되기 위하여 등록예비심사를 ○○○협회에 청구하여 2000.10.11 주식 30%이상 분산 등의 요건을 갖출 것을 조건으로 예비심사를 통과한 후 공모증자를 실시함에 따라 2000.12.27 증자대금 11억원 및 주식발행초과금 33억원이 납입되고, 당기순이익 26억원이 발생하여 자기자본이 1999사업년도말 58억원에서 2000사업연도말에는 128억원으로 되었음이 ○○○협회의 등록예비심사결과 통지서 및 청구법인의 재무제표 등에 의하여 확인된다. (나) ○○○지방국세청장은 청구법인의 법인세신고에 대한 서면분석 결과 청구법인이 2000사업연도종료일 현재 자기자본이 100억원을 초과하는 법인으로 적정유보초과소득 1,048,197,713원에 대한 법인세 계산을 누락하였다 하여 2001.10.31까지 수정신고하도록 통지한 데 대하여 청구법인은 2001.12.20 임시주주총회를 개최하여 2000사업연도 차기이월잉여금 4,967,504,607원 중에서 1,400,000,000원을 기업발전적립금으로 적립하는 것으로 결의하고 2001.12.21 기업발전적립금의 적립에 따라 적정유보초과소득을 △351,802,287원으로 하여 수정신고한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (다) 처분청은 법인이 결산을 확정하고 법인세 과세표준확정신고를 한 이후에는 재무제표를 정정하여 수정신고하거나 경정청구 등을 할 수 없으므로 임시주주총회의 결의에 의하여 적립한 기업발전적립금을 적정유보초과소득계산시 인정할 수 없다고 하여 2002.1.10 이 건 법인세를 과세하였으나, 법인세법 제56조 제1항 에서 규정하고 있는 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세제도의 취지는 비상장 대법인 등이 과다한 사내유보를 통하여 배당소득세의 회피행위를 방지하는데 있고, 한편 동 제도는 재무구조의 악화요인이 되는 부작용이 있어 이를 보완하기 위하여 이익처분시 이월결손금의 보전 및 자본에 전입하는 경우에만 사용할 수 있는 "기업발전적립금"으로 처분한 금액은 적정유보초과소득계산시 제외하도록 하였는 바, 청구법인이 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상에 해당되게 된 사유가 협회등록법인으로 등록하기 위한 과정에서 과세대상 법인에 해당하게 되었고, 비록 법인세 확정신고 이후라 하더라도 이 건 과세처분전에 유보이익의 일부를 기업발전적립금으로 적립하고, 국세기본법상 수정신고기한내에 수정신고하였다면 동 제도의 목적은 달성하였다고 할 것이므로 쟁점적립금은 적정유보초과소득 계산시 공제되는 기업발전적립금으로 인정함이 타당한 것으로 판단된다.(국심 2001중2693, 2002.1.23외 다수 같은 뜻임)

(2) 청구법인이 2000사업연도종료일 현재 협회등록법인에 해당하는 지 여부는 위와 같이 청구주장이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.