기납부 토지초과이득세가 필요경비 공제대상인지 세액공제 대상인지 여부

심판청구번호 국심2002전 0031(2002. 5.31) � 청구인 송○○○·송○○○, 청구외 송○○○은 1989.12 공유로 취득한 경기도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 대지 1,845.6㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 2000.8.8 양도하고 기납부한 토지초과이득세를 필요경비로 하여2000.7.19 양도소득세 예정신고·납부하였고, 2001.5.31 양도소득세 확정신고시 기납부한 토지초과이득세를 세액공제로 신고하였다. 처분청은 청구인들이 기납부한 토지초과이득세를 2000.7.19 양도소득세 사전신고시 필요경비로 신고함이 정당하고 세액공제로 2001.5.31 확정신고한 것은 부당하다고 보아 2001.9.27 청구인들에게 당초 사전신고 및 결정내용이 정당하다는 통지를 하였다. 청구인들은 이에 불복하여 2001.12.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 기납부한 토지초과이득세를 토지초과이득세법에서 필요경비로 공제하도록 규정할 것이 아니라 세액공제로 하였어야 한다는 헌법재판소의 판결(92헌바49, 1994.7.29)에 따라 세액공제로 신고한 것은 정당하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 토지초과이득세법에 대한 헌법재판소의 헌법불합치 결정(92헌바49, 52 병합)에 의거 토지초과이득세법이 폐지되었으나 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조의 규정에 의하여 종전법을 적용하도록 되어있고, 토지초과이득세가 부과된 토지를 양도할 경우 양도소득세 계산시 기부과된 토지초과이득세를 세액공제 또는 필요경비로 공제할 수 있도록 되어 있는바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 초과하므로 토지초과이득세법 폐지법률 부칙에 의거 세액공제가 아닌 필요경비 로 공제함이 타당하다.

• 가. 쟁점 기 납부 토지초과이득세가 필요경비 공제대상인지 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련 법령 폐지전 토지초과이득세법 제26조 【양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】 ① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 따라서 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 60

② (생 략)

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 법인세법 제59조 의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다. 토지초과이득세법 폐지법률 부칙(1998.12.28 법률 제5586호) 제2조【일반적 경과조치】 이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인들은 2000.7.19 부동산양도 사전신고시 기 납부한 토지초과이득세 96,128,691원을 필요경비로 공제하여 신고하였고 2001.5.31 양도소득세 확정신고시에는 세액공제로 신고한 바, 이에 대하여 처분청은 필요경비로 신고함이 정당하고 세액공제로 신고한 것은 부당하다고 보아 이건 통지하였음이 관련자료에 의해 확인된다. 살피건대, 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조의 규정에서 "이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다"고 되어 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 초과하였으므로 전시 토지초과이득세법 제26조 제4항 의 규정에 의거 필요경비로 공제함이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 이 건 양도소득세 부과시 청구인들이 기납부한 토지초과이득세를 필요경비로 인정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 결론 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.